HIV-1 coreceptor kullanımının tahmin antiretroviral ilaçlara, örneğin coreceptor antagonistlerinin yeni bir sınıfını idaresi için gereklidir. Bu, bir dizi analizi ile yapılabilir<em> Env</emInternet tabanlı bir tercüme sistemi aracılığıyla> gen ve sonraki yorumlanması (geno2pheno<sub> [Coreceptor]</sub>).
Maraviroc (MVC) coreceptor antagonistleri sınıfından ilk lisanslı antiretroviral ilaç olduğunu. Bu, insan bağışıklık hücreleri (Şekil 1) enfekte etmek için, HIV suşu çoğunluğu tarafından kullanılan ana bilgisayar coreceptor CCR5, bağlanır. Diğer HIV izolatlarının farklı coreceptor, CXCR4 kullanabilirsiniz. Kullanıldığı reseptör, Env proteini (Şekil 2) tarafından virüs olarak belirlenir. Ikinci coreceptor bağlı olarak, sırasıyla virüs R5 veya X4 olarak sınıflandırılır. MVC inhibe CCR5 reseptör hedef hücre içine R5 virüslerin girişine bağlanır. Hastalığın seyri sırasında, X4 virüsler ortaya ve R5 virüsler büyümek olabilir. EMA ve FDA tarafından talep olarak coreceptor kullanımı (ayrıca tropizm denir) belirlenmesi, bu nedenle önceki MVC idaresi zorunludur.
MVC verimliliği MOTİVE, BAŞARI ve 1029 için çalışmalara Bu sophi dayanan yüksek kaliteli bir testtir Monogram, San Francisco, ABD Trofile testi ile yapılmıştırsticated rekombinant testleri. Avrupalı doktorlar değil, aynı zamanda eş zamanlı direnç testleri verin desantralize uzman laboratuarlar ile çalışmak eğilimindedir beri günlük rutin için bu test için kabul, ABD dışında oldukça düşüktür. Bu laboratuvarlar çeşitli kalite güvence değerlendirme 2011 1 sunulmadan sonuncusu uğramıştır.
Şimdi birkaç yıl için, HIV env-V3 gen bölgesi (V3), 2 sıra analize dayalı tropizm tespitler gerçekleştirdik. Bu bölge güvenilir bir tahmin yapmak için yeterli bilgi taşır. Kısa ciro süresi (direnç testi eşdeğeri), daha düşük maliyetler, hastaların ihtiyaçlarına sonuçları uyum olasılığı çok düşük hatta saptanamayan viral yük (VL klinik örneklerin analiz olanağı: coreceptor kullanım genotipik belirlenmesi gibi avantajlar sunuyor ), özellikle bu yana VL ile analiz örnek sayısı, <1000 kopya / ml 'kabaca (Şekil 3) son yıllarda artmıştır.
Tropizm testi için ana adım (Şekil 4) bu video gösterilmiştir:
1. Kan örneği toplanması
2. Plazma ve / veya HIV proviral DNA kan mononükleer hücrelerin HIV RNA'nın izolasyonu
3. Env bölgenin Amplifikasyon
4. V3 bölgenin amplifikasyonu
5. V3 Amplikon sekans reaksiyonu
6. Dizi analizi örnekleri saflaştırılması
7. Saflaştırılmış örnekleri Sekans
8. Sıra düzenleme
9. Veri yorumlama ve tropizm tahmin Dizileme
3-9 klinik deneylerinde gösterildiği gibi V3 sekans, güvenilir bir viral tropizm tahmin sağlar. Aslında, genotipik belirlenmesi mevcut Avrupa ve Alman-Avusturya yönergelere 10 düşünülmektedir.
Fenotipik testi ile karşılaştırıldığında, sadece kısa bir devir süresi (dayanıklılık testi için eşdeğer) değil, aynı zamanda maliyeti daha yüksektir. Buna ek olarak, genotipik test önemli bir avantaj sonuçlar FPR olarak sınıflandırılır ve bu yüzden, hastanın ihtiyaçlarına göre uyarlanabilir olmasıdır. Trofile sonuçlar, diğer yandan, sadece R5 veya X4 rapor vardır ve ham verilere erişimi verilmez.
Avusturya-Alman esaslarına her bir hastanın ihtiyaçlarına 11 cut-off özel FPR adapte izin verirken, şu anda, Avrupa yönergeleri, 20% 10 bir FPR kesme öneririz. Bu doğrultuda, antiretroviral ilaçlar seçenekleri geniş bir yelpazede, yüksek FPR cut-off (>% 20) olan hastalar için recomm vardırsona erdi. Tersine, sınırlı tedavi seçenekleri ile ağır ön tedavi edilen hastalarda, düşük FPR cut-off (>% 5) kullanılabilir. Tedavisi rehberlik Bu tür şu anda kısmen-aktif ilaçlar azaltılmış tedavi seçenekleri olan hastalar için tedavi dahil edilebilir NRTIs, NNRTI'ler, işlem yönergeleri ve Inis için test direnç ile devam etmektedir. Buna ek olarak, genotipik güdümlü terapi değişiklikleri, artan sayıları ile klinik-ilgili FPR kesilmelerine sürekli bioinformaticians, virologlar ve klinisyenlerin bir panel tarafından ayarlanır edilmektedir.
Genotipik tropizm testi diğer önemli bir avantajı çok düşük hatta saptanamayan viral yük (VL) ile klinik örneklerin analiz olasılığıdır. Bu durumda, RNA plazma amplifiable olmadığı zaman, proviral DNA dizilimini edilebilir ve güvenilir 9,12 tahmin etmek için kullanılır. Unutmayın ki, düşük veya belirlenemeyen viral yükü olan hastaların sayısı hızla son yıllarda artmıştır. , T Bugünerofile tahlil sadece VL olan hastalarda <1000 kopya / ml 'den, numunelerin analizine izin verir. Ancak, ön çalışmalar proviral DNA ayrıca Trofile 13 tarafından test edilmesi adecuate olabileceğini göstermiştir.
The authors have nothing to disclose.
Yazarlar Corus, MedSys Hücre Girişi, ZİNCİR ve Resina projeleri finanse edilmektedir.
Name of the reagent | Company | Catalogue number | Comments |
MagNA Pure Compact Nucleic Acid Isolation Kit I | Roche Diagnostics | 04 802 993 001 | |
MagNA Pure Compact System | Roche Diagnostics | 03731146001 | |
T3000 Thermocycler | Biometra | 050-723 | |
One Step RT-PCR Kit | Qiagen | 210215 | |
HotStarTaq Master Mix Kit | Qiagen | 203445 | |
QIAquick PCR Purification Kit | Qiagen | 28106 | |
Exonuclease I (Exo I) | Fermentas | EN0582 | |
FastAP Thermosensitive Alkaline Phosphatase | Fermentas | EF0651 | |
BigDye Terminator v3.1 Cycle Sequencing Kit | Applied Biosystems | 4337457 | |
Sephadex G-50 Superfine | GE Healthcare | 17-0041-01 | |
ABI Prism 3130 XL capillary sequencer | Applied Biosystems | 3130XL |