Summary
这里的协议描述的蛋白质 - 蛋白质相互作用与生物层干涉动力学分析。 F型ATP合成酶，它参与了细胞的能量代谢，可通过在细菌中的ε亚基抑制。我们已经适应生物层干涉研究催化复杂的相互作用与ε的抑制C端结构域。
Abstract
我们描述了使用生物层干涉的研究ε亚基的抑制的相互作用与大肠杆菌 ATP合酶的催化复杂。细菌F型ATP合酶 是一个新的，FDA批准的抗生素对抗耐药结核病的目标。由亚基ε的C-末端结构域理解菌特异性自动抑制ATP合酶可以提供一个新的方法对目标酶对发现的抗菌药物。 ε的C端结构域发生时的有效和无效状态，和催化位点的配体之间的转换酶能影响其中ε的构象主要是一个戏剧性的构象变化。 ε的绑定/解离与催化剂络合物，并间接MEA的检测措施，动力学SURES酶结合ε的移位，并从表面上nondissociable抑制性构象。生物层干涉测量信号不是过于敏感，溶液组合物，因此它也可以被用于监视的催化位点的配位体上的ε的构象变化的变构效应。
Introduction
蛋白质-蛋白质相互作用是重要的，许多生物过程和无标记光学方法，如表面等离子体共振（SPR）已被用于在体外研究的结合和解离动力学1。大多数无标记方法固定在传感器表面1的生物分子，并使用一个光信号，从溶液中检测结合配偶体，因为它与固定的生物分子1相关联。而SPR是一种高度灵敏的方法，很容易产生干扰的变化导致流过传感器2的溶液的折射率。虽然不如SPR，生物层干涉测量（BLI）作为敏感较少受样本结构改变1,3。 BLI使用具有在前端的专有生物相容性涂层光纤生物传感器。这里使用（八位-RED96）系统包含八个分光光度计。白光通过管道输送到某行上移动机械臂探头。光纤传感器ARË拾起探头和转移到含有样品96孔板。一种靶分子被固定在生物传感器表面。然后传感器被移动到包含在溶液中的结合配偶体的孔中。劳保局监察与固定化分子的结合合作伙伴的关联，然后移动传感器解决方案，而约束力的合作伙伴后，监控解离。分子结合到生物传感器表面导致其反射回分光光度仪从内部表面和从传感器和溶液之间的外部接口的光波之间的变化的光学干涉。这些变化中的干扰可以被量化，并用于确定结合和解离，总结在图1所示的动画动力学速率。
我们已申请BLI测量细菌ATP合酶的催化复杂，其ε亚基，它可以自动抑制酶之间的相互作用。 ATP学年nthase是膜嵌入旋转纳米发动机，其催化合成与ATP的水解4。该催化复合物（F 1）可以分离的，因为可以作为一个ATP酶的可溶形式。亚基ε具有两个结构域：N-末端结构域（NTD）是必要的适当组件和所述酶的功能性偶联，但不直接与催化亚基相互作用;的C-末端结构域（CTD）可以通过与相互作用抑制酶多重催化亚基5,6。这ε-介导的调控是针对细菌的ATP合成酶和线粒体同源没有观察到。 ATP合酶已经成为了抗菌药物的目标，如由bedaquiline治疗耐药结核病7近期FDA的批准。因此，靶向药物发现ε的抑菌作用可能产生抗菌素不抑制线粒体ATP合酶。与孤立的催化性复合物（F 1），ε成为一个可分离的亚基。然而，随着ε绑定到F 1，εCTD可经历戏剧性的构象变化，部分地插入到酶的中央空腔，并形成有抑制作用的状态是不太可能直接6,8解离。我们使用BLI测量F 1 /ε结合和解离动力学，间接，审查的催化位点配体对ε的构象变构效应。
在我们的系统中，ε自BLI信号（如SPR）被选择用于固定在传感器表面上是对分子的表面结合的质量敏感。 ε亚基是小（约15 kDa）的相对于所述主F 1复合物（〜347 kDa）的。从而，一个更大的BLI信号将导致选自F 1的结合固定化的ε。为了监测F 1的解离，它可以是非常慢，ε必须被牢固地固定。因此，我们选择了生物素化以及它固定在链亲和素包被的生物传感器。蛋白质可以通过（i）随机修饰表面的赖氨酸9的，用生物素-马来酰亚胺试剂10或（iii）基因中加入特定的生物素受体 肽，它是在酶促生物素化的独特的天然或改造的半胱氨酸（II）的反应是生物素化在标签的蛋白11的体内表达。在我们的系统中，ε是用方法（ⅲ）8生物素化。一旦生物素标记的ε固定在链霉亲和传感器，劳保局可以测量的结合和F 1的解离已耗尽亚基ε（F 1（-ε））的。对于这里描述的实验中，初步试验已经完成，以确定合理的量的生物素化的蛋白质与固定在传感器上。这可以有所不同，这取决于蛋白质的分子量和其结合配偶体，但目标是确定的固定化蛋白质吨最小量帽子（i）提供可接受的信号与噪声的结合动力学与结合配偶体（下面杀敌D）的低浓度和结合动力学与结合配偶体的附近的饱和浓度（ⅱ）最小的失真。此外，生物素化的化学计量可能会有所不同（但要避免> 1摩尔生物素/摩尔蛋白），所以一些初步的分析可能需要为每一批新的生物素化的蛋白质，以确认一致劳保局信号可以固定化过程中实现对链霉亲和涂层传感器。
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Protocol
1。对仪器进行编程的BLI分析
打开仪器至少一小时提前让灯泡预热，这是必要的，以减少噪音和实验过程中漂移的光信号。通过仪器标签设定所需温度，以prewarm样品板支架。然后设置实验设计中的数据采集软件。在实验向导选项卡中选择“新建动力学实验”。这给那些必须在定义的所有步骤的选项卡式菜单。
1.1。板定义
定义列要在96孔样品板使用。指定列包含缓冲，固定蛋白质或约束力的合作伙伴。对于每个协会以及输入绑定的合作伙伴所使用的浓度。注意：在图2所示的板定义为具有不同的试验方案。
1.2。法定义
ontent“>定义所需的检测的所有步骤。这些包括：（i）基线（若干），（二）装载，（三）协会和约束力的合作伙伴（四）解离，然后，如下所述，链接各个实验步骤，在样品板的孔中通过选择在相应的列中的检测步骤，然后双击之列。此方案的传感器就可以从孔中的一列在试验过程中移动到下一个。- 底线
首先简要基线的步骤（≥60秒），并在测定缓冲液中的传感器（ 图2中 ，第1列），以建立初始BLI信号在96孔板中。 - 中 （固定在传感器上的生物素化的蛋白质）
向孔中，将含有生物素化的蛋白（ 图2，第2列），分配的传感器。使用阈值函数来实现的结合预定的水平（见简介）。设置阈值选项，这样所有的传感器将举d，来井的下一列时，传感器中的任何一个达到阈值。 - 底线
包含在缓冲区中的另一基线的步骤（ 图2，第3列;通常> 5分钟），以从传感器洗去未固定的生物素化的蛋白质，并建立新的，稳定的基线信号。对于基本的结合/解离测定仅（ 如图3），包括前协步骤与在缓冲液中的新井中的传感器一个额外的基线的步骤（60秒）（ 图2，第4栏）。 - 协会 （绑定合作伙伴，固定化蛋白质）
对于一个基本的结合/解离吸附测定（如在图3），选择的范围内结合配偶体的浓度以用于不同的传感器/孔（ 图2，第5列）。调整步骤的时间，使得至少一个饱和的结合配偶体的浓度应接近平衡结合信号。对于实验测试的小配体对蛋白质-蛋白质复合物（ 如图5）的解离变构效应，选择一个高浓度的具有约束力的合作伙伴（〜10倍以上，估计杀敌D）在所有关联井使用。 - 解离 （绑定合作伙伴）
对于一个基本的结合/解离测定仅（ 如图3），指定该传感器返回到第4列（ 图2），作为用于协会之前的额外基线的相同缓冲液的孔中。对于一个测定测试的小配体的变构效应，而不是指定的传感器移动到第6列（ 图2），其中，每个孔可以包含缓冲液加不同的变构配体。
1.3。传感器分配
表明在传感器托盘将包含预湿传感器，用于测定的位置。识别任何空位置，因为该实验将辉l如果没有传感器被拾起。
1.4。回顾实验
可视化所有计划的步骤来检查错误并返回到纠正。
1.5。运行试验
输入必要的细节，包括数据文件的位置。输入的实验所需的温度。如果传感器仍需要预湿，选择延迟在实验开始的选项。最后，当所有的样品制备完成后（步骤2），这两个样品板和传感器托盘在仪器被加载，点击Go按钮来运行检测。
2。样品制备
- 准备一个合适的分析缓冲液。缓冲器用于在图3和图5所示的实验：20mM的MOPS（3 - （N-吗啉）丙磺酸），Tris（三（羟甲基）氨基甲烷）（加入以调节pH至8.0），50mM的氯化钾。包含BSA（牛血清白蛋白，脂肪酸游离，0.5mg / ml的终浓度）在缓冲液中的所有测定法的步骤和对生物素化的蛋白或结合配偶体，以尽量减少蛋白的非特异性结合到传感器的所有稀释液。
- 在测定缓冲液中稀释的生物素化的蛋白质（ε），以适当的浓度（参见引言）。
- 准备结合合作伙伴（F 1（-ε））的分析缓冲液（见讨论的浓度使用范围）的稀释液。
- 预湿的链亲和素包被的传感器，至少10分钟，以去除其保护蔗糖涂层。从传感器托盘中取出传感器内置型架以及在托盘的底部插入一个96孔板中，在托盘上滑动的板的一个角向定向槽口。对于要使用的传感器的列中，在96孔板中的该列中添加200微升测定缓冲液，每孔。返回传感器的机架在正确的方向托盘（带选项卡的插槽）。
- 如步骤1在编程过程中分配，填写井ØF中的样品板与测定缓冲液中或相应的蛋白稀释液，如在图2中 。避免引入气泡，因为它们会导致噪音的光信号中。包括一个或多个基准井省略或者（i）生物素化的蛋白质或（ii）结合配偶体。
- 打开仪器的门，将传感器托盘走上舞台（左），与插入的阶段插槽托盘的标签。插入样品板到所述板支架（右）;确保板落座平面和以正确的方向，作为该板夹持器上表示。关上门，从数据采集程序（步骤1.5）开始检测。
3。数据处理
- 该试验运行后，打开数据分析软件，并加载包含数据的文件夹。点击“处理”选项卡中看到一个逐步处理菜单（左）和原始动力学数据，每个传感器（AH）分配不同的颜色（参见图3）。
- 在“数据选择”，点击“传感器选择”按钮。在“样品板图”，指定为参考井的井为1或2控制传感器（G，H在图3的分析）。在Processing菜单，勾选“减法”框中，选择“参考井”，从每一个其他传感器的信号中减去参考信号（单个或平均值）。
- 通过使用“对齐Y轴”步骤中的所有痕迹对齐到Y = 0。选择“基线”作为对准步骤（这是之前的关联步骤的最后底线）。对于“时间范围”，进入最后10秒的基线（ 即 50〜60秒，60秒的基线， 如图三 ）。
- 勾选“跨一步修正”框，以尽量减少该协会与解离步骤之间的信号变化。选择对齐基线或解离。
- 在大多数情况下，选择Savitzky-Golay滤波功能，然后单击“进程的数据！”以继续。目视检查最终处理的数据（右下图）。随着检测用于全局数据分析（ 如图4），如果信号迹线显示协会及分解步骤之间有显著转变，改变解离或基线为“跨一步修正”的评选，并进行到以前的数据重新处理数据分析。
4。数据分析
点击“分析”选项卡中数据分析开始。注意：下面的例子中的步骤是对多个结合/解离曲线全局分析（ 如图3）。
- 对于“步骤来分析”，选择结合和解离。为“Model”，选择1:1。注：其他有限选项可供选择。
- 对于“拟合”，选择环球（完整版）。对于“分组依据”中选择颜色（如在图上）。选择“R 最大未链接到传感器”，让R 最大的独立配件（饱和后面值的约束性最大的信号响应tner与固定化的蛋白）。注：我们这样做对大多数检测，如传感器略有不同蛋白质的固定化量（ 见图3，加载）。
- 上所示的表，确保所有传感器的痕迹进行分析具有相同的颜色，所以他们会作为一个全球性集进行分析。如果需要，选择一个或多个传感器的痕迹，从全局拟合省略：在“包含”一栏，所需的传感器位置单击鼠标右键，选择“排除井”。
- 点击“拟合曲线”！启动非线性回归分析。检查拟合结果，其中包括与传感器的数据痕迹回归曲线（ⅰ）的覆盖（ 如图4），（ⅱ）重复拟合的残差，以及（iii）与所确定的参数值（速率常数，R 最大的表， 杀敌D）和统计（参数标准误差，卡方检验，R 2）。
- 在“数据导出”，单击“导出表到。csv文件”拯救拟合结果。对于GRAP兴或与其他软件的数据/拟合曲线进一步分析，单击“导出拟合结果”来保存每个传感器的数据和拟合曲线在一个文本文件中。
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Representative Results
实时结合和解离劳保局动力学如图3所示。这个实验是在结合和解离与分析缓冲液进行。该实验开始10分钟基线的步骤，因为这些传感器已被预先润湿仅简要介绍。接着，生物素化的ε被加载在传感器上。 ε中没有检测到发生解离整个从参考曲线（G）因无约束力的合作伙伴加入所看到的所有剩余的步骤。第二个参考传感器（H）为缺乏固定的蛋白质，呈现出结合合作伙伴的低非特异性结合。不同浓度的传真：1（-ε）被用于对自动对焦感应器的关联步骤，以适应全球范围内的结果，并得到K A，K d和杀敌的最佳值。结果被处理为在协议中，得到的数据轨迹（蓝色）在图4中。在这种情况下，基准传感器迹H是得自样品TR减去高手在校正结合伴侣和系统信号漂移的非特异性结合。在数据分析的步骤，所有的曲线都适合全球使用1:1模式（单K A，单个K D）“全球（完整版）”适合承担具有约束力的合作伙伴完全解离（信号将返回到零上无限时间）（ 图4中 ，红色）。需要注意的是，与F 1（-ε）的两个最高浓度下，有从全球，1:1的模型数据的小，但显著的偏差。固定化的配体（生物素化的“ε”亚基）水平低的被使用，并且适合于不通过包括质量传递系数的模型（未示出）提高。然而，F 1（ - “ε”）是一个大的复合物（〜350 kDa的），以及其他实验（未示出）表明，这些偏差是由于固定的配体的一小部分的降低的结合可访问性， 即一个F 1绑定到一“ε”可以在空间上阻碍获得另一种生物素化“ε”绑定在同一个链霉亲和四聚体。
图5示出了不同的实验，其中的酶是必然要在1毫摩尔ATP / EDTA存在下传感器固定化ε，这容易使人最F 1 /“ε”络合物承担noninhibitory构象，其中解离容易8。传感器，然后转移到含离解分析缓冲液与不同的配体井。这表明不同配体对ε的构象的影响。例如，暴露于MgADP /丕显着放缓净解离，表明ε构象转变的紧密结合，抑制状态。复杂的解离动力学进行观察，因为不同的配位体所引起的不同的变化在F 1代的小部分。与εε络合物在有源（离解）或抑制（nondissociable）的构象。它也有可能是结合的蛋白质的大量的构象变化直接有助于改变BLI信号，但在我们的研究中，这似乎相比对的大的F 1络合物的结合/解离的信号可忽略不计（见Shah 等人 8，图5D;过渡曲线3和6示出非常相似的行为，虽然他们的条件有利于束缚F不同的构象1）。数据分析软件是不适合这种复杂的解离动力学。因此，我们导出的数据到文本文件进行非线性回归分析等软件。
图1。生物层干涉的原则。动画总结了由BLI检测生物分子相互作用的基本物理。光通过探针从传感器的内表面和（ii）来自外部的反射回分光光度仪（ⅰ）TERFACE与试样溶液中的传感器。这导致的干涉图案。分子结合到传感器表面的变化的干涉图案。这可以被绘制为相对强度的纳米移比波长。监视此纳米位移随着时间的推移提供了结合和离解动力学。图形改编自FortéBio12的许可。
图2中的96孔样品板的样品的示意性布置的传感器将平行移动从列到列，并可以被移动或左或右的在一个特定的分析方案所定义。井用灰色表示检测缓冲液，而红色，蓝色和绿色代表固定的蛋白质，结合合作伙伴和西甲NDS分别。
图3。屏幕截图从劳保局分析的原始数据。垂直的红色线表示实验步骤协议的传感器之间的运动。步骤类型来表示的图像上。缓冲液和样品的位置在图2中，如图所示。正如所指出的沿着该图的顶部的数字，链亲和素包被的传感器被移动 123454：按以下顺序不同列中的样品板的之间。图形下方的图例显示每个传感器的数据跟踪的颜色。在加载步骤中，除H外的每个传感器温育用50nM生物素化的“ε”亚基。在该协会的步骤，传感器孵育的“ε”耗尽F 1 nM的浓度：30（A，H），20（B）15（C）10（D），5（E），2.5（F），0纳米（G） 点击此处查看大图。
图4。屏幕捕获从图3的BLI检测的分析数据，数据进行处理，并在文中所述安装。只显示协会及分解步骤，由垂直红线划分。处理后的数据曲线是蓝色;从1:1全局分析的非线性回归拟合以红色显示。全球拟合结果8：K A = 2×10 5 M -1 -1（±0.1％），K D = 4.8×10 -5 S -1（“±”0.1％），产生杀敌D = 0.24 nM的。拟合优度：R2 = 0.999054。最大结合参数（R max）为适合单独为每个传感器，与平均值= 0.813纳米（“±”0.0803）。 点击这里查看大图。
图5的结果示于ε的构象的配体的变构效应的BLI检测。传真：1（-ε）被绑定到在1毫摩尔ATP / EDTA存在传感器固定化ε。示的关联相和分离相的部分的端部。在分离步骤中，都包括在内不同的配体与F 1的催化位点（列出每个迹线），观察F 1代的解离变构效应
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Discussion
对于BLI目前可用的工具允许用于检测生物分子相互作用显著吞吐量和灵活性。各种溶液的样品被分配在一个黑色微量滴定板的孔中，和一组平行的BLI传感器被编程以来回移动孔在板的列之间。将样品通过轨道振荡整个测定搅拌。这里所使用的系统具有8个传感器，并且使用96孔样品盘，但另一个系统采用16个传感器和一个384孔的样品板。因此，一个传感器固定化的生物分子，并在溶液中的结合配偶体之间的相互作用可以在不同的条件下，在平行的多个传感器下进行测试。例如，在这里提出与固定的抑制ε亚基的第一个试验中，相互作用的测量与六种不同浓度的酶（结合配偶体）的平行（ 图3和4）。这使得一个全球性的分析，以determiNE一对速率常数（K A，K d）就净约束力和分解，从而平衡解离常数（K D = K D / K 一 ），这与抑制常数密切同意（K I）由下式确定酶抑制ε8的解决方案分析。第二种类型的实验（ 图5）表明，BLI还可以监视的小配体对两种蛋白质之间的相互作用的变构效应，不同的配位体的效果在并行进行比较。有用于检测变构配体的影响的限制，因为BLI信号依赖于该结合分子的质量，和优化的条件13下，可直接检测的小分子化合物的结合。然而，在图5的测定中，结合配偶体，F 1，是一个大的蛋白质复合物（〜347 kDa）的，所以BLI信号，它的结合/解离没有显著影响广告小配体如三磷酸腺苷（〜500大）这样的ditional结合到F 1复杂。这被证实与分析，其中这些配体并未影响BLI信号与F 1绑定到ε的截短形式缺乏抑制性CTD 8。因此，变构效应测定法必须考虑的变构配体相的质量的相互作用的蛋白质的质量，并优选地包括控制测试对于直接BLI响应于所述配体的结合。
请注意，某些步骤和修改中的实验方案可以实现更好的结果和更准确的分析至关重要。例如，如在这里所描述的协议（参见步骤1.2.3，1.2.5）中，测定用于结合和解离速率常数全局分析应在一个新的列包括一个额外的基线的步骤（见步骤1.2.3）协步骤，和传感器缓冲孔（ 图2，第4栏）之前，应为returned到同一个缓冲区水井的解离步骤列（见步骤1.2.5）。之前和之后的协步骤具有相同的良好各传感器（具有相同的光学性质）可以提高跨校正步骤（步骤3.4），用于关联/解离步骤，这有利于多个数据轨迹全局动力学拟合（如在图4）。此外，对于实验是比这里显示更多的是初步的，该程序有一个选项来缩短或延长在试验过程中任何一步的时间（虽然它是积极的步骤）。这是有用的，例如，如果最佳负荷信号是不是已经已知的，或如果需要更多的时间，以允许足够的离解，实现了很好的适合的解离速率。
非特异性结合的合作伙伴到传感器表面的结合可能是一个问题的无标记方法，如SPR和BLI。在我们的试验中，这是有效地通过包括牛血清白蛋白的测定缓冲液中最小化。在免疫印迹汀协议，蛋白质比牛血清白蛋白等可以使用，而低浓度的洗涤剂也可以减少非特异性结合（吐温20用于从供应商动力学缓冲液）。即使是最小的非特异性结合，大多数试验应至少包括一个控制传感器没有固定的蛋白质，但在该协会的步骤结合合作伙伴的最高浓度（ 见图3，传感器高）;剩余的非特异性结合的减法（并在其衰变解离步骤）可以显著提高的动力学分析了所研究的特异性结合/解离。另一方面，一旦初始试验证实，生物素化的蛋白质保留在加载步骤之后稳定结合（参见图3，传感器G），该控制可以被省略，且该传感器可用于样品的条件。
对于强大的决心利用劳保局结合和解离速率常数，多个浓度的B的inding伙伴应使用所有的数据痕迹应该由全球分析 来适应，如果可能的话（如在图3和图4）。理想情况下，浓度范围应覆盖〜10倍以上，并预计杀敌下方。在我们的例子中，具有高亲和力的互动（K D = 0.25纳米），信号与噪声是穷人的结合动力学与分包-K D浓度。因此，使用了上述对K D结合伴侣的浓度，使得在观察到的速率和结合水平显著变化，得到（参见图3）。还有，长的解离步骤中使用，以改善信心拟合慢解离速率。以高亲和力相互作用，它也有可能是缓慢的解离是通过重新绑定过程中的解离步骤夸大，因为BLI测定法是在搅拌下样品，而不是持续流过传感器时，作为SPR中完成的。这种潜在的神器可以作为测试说，在其中分离缓冲液包含结合解离的结合配偶体，并防止它重新绑定到传感器固定化蛋白14过量竞争性蛋白质的“下沉”。在我们的系统中，这是通过与不nonbiotinylated（> 10倍以上杀敌D）的解离效果比较出色地完成了，我们证实了重新绑定不是一个显著的问题8。最后，如果套动能结果并非全球分析（1:1或2:1的模型可用）合身，有故障排除其他分析选项。举例来说，而不是选择“全球（全）”（步骤4.2），“本地”，可以选择独立适应每个传感器跟踪。如果绑定如下一个简单的1:1模型，绘制所观察到的结合率（K 观测值 ） 比的结合配偶体应显示线性关系的浓度，用斜率等于第二阶固有的结合率。该软件的分析选项卡有一个“XY图形“窗口，让这种关系的快速可视化。
我们所使用的仪器的一个限制是可用的温度范围。用范围为2℃以上的环境温度至40℃，可用于仅是稳定在这个范围内的分子。此外，热力学分析由窄的温度范围的限制。另一个一般性的限制是最大测定时间为〜4小时;在此之后，工件发展，由于样品的蒸发从打开的微量滴定板。
相比SPR BLI涉及一种相对简单的布置。该传感器孔列之间的移动与固定体积，而不是样品在传感器的恒定流量。虽然不如SPR敏感，BLI较少由于改变样品的组成变化所影响折射率。总体而言，与此相对的易用性和仪器的灵活性，试验条件之间的转移，劳保局提供SA多功能的工具，生物分子相互作用的体外试验。
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Disclosures
作者宣称，他们有没有利益冲突。
Acknowledgments
我们感谢FortéBio用于提供在图1中所用的图形。这项工作是由美国国立卫生研究院授予GM083088以支持战区导弹防御系统
Materials
| Name | Company | Catalog Number | Comments |
| Octet-RED96 | Pall/FortéBio | 30-5048 | |
| Bovine Serum Albumin | Sigma | A6003-10G | Fatty Acid free |
| Biosensor/Streptavidin | Pall/FortéBio | 18-5019 | Tray of 96 sensors |
| Microtiter plate | Greiner Bio-one | 655209 | Black, Polypropylene |
| Data Acquisition software | Pall/FortéBio | Version 6.4 | Newer versions available |
| Data Analysis software | Pall/FortéBio | Version 6.4 | Newer versions available |
References
- Nirschl, M., Reuter, F., Voros, J. Review of Transducer Principles for Label-Free Biomolecular Interaction Analysis. Biosensors. 1, 70-92 (2011).
- Homola, J. Present and future of surface plasmon resonance biosensors. Anal. Bioanal. Chem. 377, 528-539 (2003).
- Piehler, J., Brecht, A., Gauglitz, G. Affinity Detection of Low Molecular Weight Analytes. Anal. Chem. 68, 139-143 (1996).
- Duncan, T. M. The Enzymes. Energy Coupling and Molecular Motors Vol. Hackney, D. D., Tamanoi, F. XXIII, Elsevier Academic Press. 203-275 (2004).
- Feniouk, B. A., Suzuki, T., Yoshida, M. The role of subunit ε in the catalysis and regulation of FOF1-ATP synthase. Biochim. Biophys. Acta. 1757, 326-338 (2006).
- Cingolani, G., Duncan, T. M. Structure of the ATP synthase catalytic complex (F1) from Escherichia coli in an autoinhibited conformation. Nat. Struc. Mol. Biol. 18, 701-707 (2011).
- Mirsaeidi, M. After 40 years, new medicine for combating TB. Int. J. Mycobacteriol. 2, 1-2 (2013).
- Shah, N. B., Hutcheon, M. L., Haarer, B. K., Duncan, T. M. F1-ATPase of Escherichia coli: The ϵ-inhibited state forms after ATP hydrolysis, is distinct from the ADP-inhibited state, and responds dynamically to catalytic site ligands. J. Biol. Chem. 288, 9383-9395 (2013).
- Burgess, T. L., Ross, S. L., Qian, Y. -x, Brankow, D., Hu, S. Biosynthetic Processing of neu Differentiation Factor: glycosylation, trafficking, and regulated cleavage from the cell surface. J. Biol. Chem. 270, 19188-19196 (1995).
- Loo, T. W., Clarke, D. M. Membrane Topology of a Cysteine-less Mutant of Human P-glycoprotein. J. Biol. Chem. 270, 843-848 (1995).
- Tsao, K. -L., DeBarbieri, B., Michel, H., Waugh, D. S. A versatile plasmid expression vector for the production of biotinylated proteins by site-specific, enzymatic modification in Escherichia coli. Gene. 169, 59-64 (1996).
- Dayne, D. BioLayer Interferometry (BLI) - How Does it Work?. FortéBio newsletter In Interactions. 5, 8-9 (2012).
- Wartchow, C., et al. Biosensor-based small molecule fragment screening with biolayer interferometry. J. Comput. Aided Mol. Des. 25, 669-676 (2011).
- Abdiche, Y., Malashock, D., Pinkerton, A., Pons, J. Determining kinetics and affinities of protein interactions using a parallel real-time label-free biosensor, the Octet. Anal. Biochem. 377, 209-217 (2008).
