Abstract
DNA 추출 프로토콜의 효능을 조사되는 시료의 종류와 분석을 수행 하류의 두 종류에 따라 크게 좌우 될 수있다. 새로운 세균 지역 사회 분석 기술 (예를 들어, microbiomics, 메타 지노믹스)의 사용이 분야 내에서 농업과 환경 과학 및 많은 환경 시료에서 더욱 확산되고 있음을 감안하면 물리 화학적 및 미생물 (독특한에서 예를 들어, 배설물과 쓰레기 / 침구 샘플이 될 수 있습니다 가금류 생산 스펙트럼), 적절하고 효과적인 DNA 추출 방법이 신중하게 선택되어야한다. 따라서, 신규 한 반자동 하이브리드 DNA 추출법 환경 가금류 생산 샘플을 사용하기 위해 특별히 개발되었다. 기계적 및 효소 :이 방법은 DNA 추출의 두 가지 주요 유형의 조합이다. 두 단계의 격렬한 기계적 균질화 공정 (비드를 사용하여 고해 구체적 environmen 제형분변 샘플 시료 매트릭스로부터 박테리아를 제거하고 DNA를 향상과 그람 양성 세균 커뮤니티 회원 복구를 향상시키기 위해 탈 샘플)을 "황금 표준"효소 DNA 추출법의 시작 부분에 첨가 하였다. 하이브리드 방식의 효소 추출 부 개시하고 나면, 나머지 정제 공정은 시료 처리량을 증가시키고 시료 처리 오류를 감소시키는 로봇 자동화 된 워크 스테이션을 사용 하였다. 가금류의 배설물과 쓰레기 샘플을 처리 할 때 엄격한 기계 및 효소 DNA 추출 방법에 비해,이 소설 하이브리드 방법은 정량적 고려 전반적으로 최상의 성능을 결합 총 세균 지역 사회의 추정 (microbiomics 사용) (16S rRNA 유전자 qPCR에 사용)과 정성을 제공 .
Protocol
환경 가금류 생산 샘플 1. 기계 균질화
- 추출에 앞서, 95 ° C 수욕을 설정하고 수조 시간은 그 온도에 도달 할 수있다.
- 2 ml의 용균 매트릭스 E 관에 흙이나 배설물의 0.33 g을 달다.
- 이 튜브의 용량을 초과 다음 해결책에 따라 발생할 수 있기 때문에, 튜브 샘플의 0.33 g을 초과하지 마십시오.
- RT에 해동 냉동 샘플 무게 전에.
- 토양 / 대변의 1g 총을 분석하기 위해, 아웃 셋 무게 개별 환경 시료 0.33 g 샘플을 복제.
- 사전에 추출 원추형 매트릭스 관내 -20 ° C에서 샘플들을 저장이 필요할 경우.
- 825 μL 나트륨 인산염 버퍼 및 샘플 튜브에 PLS 솔루션의 275 μl를 추가합니다. ~ 15 초 동안 소용돌이를 사용하여 혼합 한 후 5 분 동안 14,000 XG에서 원심 분리.
- superna을 가만히 따르다TANT은 버퍼 ASL 700 μl를 추가합니다. 5 초 동안 소용돌이를 사용하여 혼합한다.
- 헤드 스페이스는이 시점에서 원뿔 튜브에서 사용할 수있는 (~ 10 %의 총 부피)이 있는지 확인하십시오. 상층에 빈 공간이없는 경우, 튜브는 교차 오염 및 / 또는 샘플의 손실을 초래할 수있는 다음 균질화 단계 중에 누출되는 경향을 가질 것이다.
- FastPrep (24) 악기로 샘플을 놓고 40 초 동안 6.0 m / sec의 속도로 샘플을 균질화.
- 5 분 동안 14,000 XG에서 균질화 된 샘플을 원심 분리기. 멸균이 ML의 microcentrifuge 관에 뜨는을 전송합니다.
- 샘플에서 DNA 복구를 극대화하기 위해, 반복 같은 멸균, 2 ML의 microcentrifuge 관에 상층 액을 결합, 1.6 1.4 단계를 반복합니다.
샘플의 균질에서 억제 2. 효소 억제
참고 :이 프로토콜은 QIAamp DNA 의자 미니 키트를 사용합니다.
- 품어5 분 동안 95 ° C의 물욕 상등액 상등액 내의 나머지 세포로부터 DNA 복구를 최대화한다.
- 대부분 그람 음성 미생물을 함유하는 샘플을 70 ℃에서 배양한다. 그람 양성균이 (가금류 배설물 샘플의 경우입니다) 존재하는 경우, 95 ° C에서 배양한다.
- 압력이 밀봉 된 마이크로 원심 튜브에 구축 할 수있는 튜브가 열려 "팝업"되지 않도록하고 잠재적으로 샘플 볼륨을 잃고 마이크로 원심 튜브에 플라스틱 잠금 클립을 사용합니다.
- 압력, 다시 캡 마이크로 원심 튜브를 해제하고 15 초 동안 소용돌이를 사용하여 혼합 각 microcentrifuge 관을 엽니 다.
- 1 분 동안 14,000 XG에서 샘플을 원심 분리기 상층 액의 1.2 ml의를 제거하고 새 멸균 2 ml의 microcentrifuge 관에 배치합니다.
- 각 샘플 1 InhibitEx 탭을 추가하고 샘플을 균일하게 흰색 / 오프 하얀 액체가 될 때까지 소용돌이를 사용하여 섞는다.
- t을 피샘플을 포함하는 microcentrifuge 관으로 배치하면서 InhibitEx 탭을 ouching. 이를 위해 오픈 microcentrifuge 관 바로 위에 탭을 포함하는 블리스 터 팩을 배치하고 부드럽게 블리스 터 팩에서 그리고 microcentrifuge 관에 탭을 누릅니다.
- 5 분 동안 14,000 XG에서 RT (~ 25 ° C에서)에서 1 분 샘플과 원심 분리기를 품어.
- 5 분 동안 14,000 XG에서 멸균 1.5 ml의 microcentrifuge 관과 원심 분리기에 모든 액체를 전송합니다.
- 액체를 전송할 때 단계 2.5의 끝에 microcentrifuge 관 하단의 펠릿 수도있는 나머지 미립자를 피한다.
QIAcube 로봇 워크 스테이션을 사용하여 3. 자동화 된 DNA 정제
주 : 플라스틱 소모품의 개수, 원심 분리기 내에서 샘플 로터 어댑터의 배치, 및 완충제 / 용액의 필요한 볼륨 NUM에 의존실행 중입니다 샘플의 BER.
- 회 전자 어댑터 내에서 해당 슬롯에 용출 튜브 및 필터 튜브를 추가합니다. 각 샘플에 대해, 로터의 중간 어댑터 슬롯에 400 μL를 추가한다. 샘플 수에 따라 정제하지 올바른 배열로 워크 스테이션에서 원심 로터 어댑터를 놓는다.
- 실패가 정화 프로토콜의 원심 분리 단계 중 하나 동안 전단을 초래할 수 그렇게 때문에 microcentrifuge 관 뚜껑이 모두 제대로 로터 어댑터 내에 고정되어 있는지 확인합니다.
- 워크 스테이션에 1,000 μL, 200 μL 필터 - 팁 필요한 수를 추가하고 버퍼의 필요한 양을 가진 제공하는 버퍼의 병을 채 웁니다.
참고 :이 정화 프로토콜 (AL, AW1, AW2 및 AE)에 필요한 버퍼가 모든 QIAamp DNA 의자 미니 키트에 포함되어 있습니다. 사용자는 AW의 BU에 필요한 100 % 에탄올을 공급해야ffers 및 정제 공정에 사용되는 용액으로서. - 멸균 1.5 ml의 microcentrifuge 관에 공급 된 단백질 분해 효소 K 솔루션의 필요한 볼륨을 추가하고 워크 스테이션 슬롯에 배치합니다. 또한, 워크 스테이션의 통 부분을 2ml의 안전한 잠금 마이크로 원심 샘플 튜브의 RB (정제되는 샘플의 수와 같다) 필요한 번호를 추가한다.
- 샘플 튜브의 뚜껑이 제대로 시스템이 초기에 필요한 모든 플라스틱과 액체가 요청에 사용할 수 있는지 확인하기 위해 워크 스테이션을 검사 할 때 오류가 발생합니다 그렇게 실패 이후, 워크 스테이션의 해당 슬롯에 배치되어 있는지 확인합니다 실행합니다.
- 병원체 탐지 프로토콜 및 워크 스테이션이 제대로 장착되었는지 확인하기 위해 이후의 화면을 읽기 - 인간 의자를 - 워크 스테이션에 터치 스크린을 사용하여, DNA 의자를 선택합니다. 일단 모든 검사 화면이 프로토콜을 실행하려면 시작을 전달됩니다.
- 12 개 이상의 샘플에서 DNA를 추출하면 12 샘플의 실행이 워크 스테이션에 완료 ~ 72 분을 소요하기 때문에, 샘플의 다음 세트의 균질화 과정 (1 단계)을 시작합니다.
- 이후의 다운 스트림 분석에 필요한 때까지 -20 ° C에서, 회 전자 어댑터에서 샘플을 제거 그들을 모자, 장소.
- 이때, 원심 분리 / 증발 - 기반 시스템을 사용하여 개개의 샘플 (총 분석 량 = 1g) 미국 3 복제 정제를 결합. ETDA 트리스 완충액 100 ㎕의 최종 부피로 복제하고 용출액을 다시 결합한다.
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Representative Results
이 연구를 위해 신선한 배설물 배설물과 쓰레기 샘플은 미국 남동부에있는 상업 육계 (~ 25,000 조류)에서 발견되었다. 육계 (루스 루스) 콥-500이 교차했다, 그들은 샘플링 시간 59 일 이전했다. 신선한 배설물과 쓰레기 샘플 (waterer / 급전선 사이에, waterer / 공급 라인 근처 패드를 냉각 근처, 배기 팬 근처) 집에서 네 가지 영역에서 회복하고, 각 영역에서 샘플 풀링 다섯을 포함했다 그 지역 내에서 샘플. 집의 네 가지 영역에서 샘플을 추출하고, 양적 / 질적으로 샘플 유형 (깔짚 또는 분뇨)에 따라 개별적으로 분석 하였다. 아래에 제시된 데이터는 모두 환경 샘플 유형에 대한 집 전체에 대한 평균 값을 나타냅니다.
총 16S rDNA 염기 중 농도, 시료에 포함 된 총 세균 지역 사회의 추정은 이전에 게시하여 결정 하였다에드 qPCR에 프로토콜 (20), 및 값 DNA의 양이 각각의 추출 방법에서 복구하여 정상화되었다 (형광 분석을 기반으로 이전 21 설명했다. 세 가지 추출 방법 중 그림 1은 기계적 방법은 지속적으로 가장 높은 총 세균 표준화 된 유전자 풍요를 한 것으로 보여 모두 배설물과 쓰레기 샘플에 대한 추정치 (5.85 ± 0.16와 5.56 ± 0.08 로그 (10) 16S rDNA의 복사 ng를 -1 DNA는 각각 추출) 효소 방법은 지속적으로 가장 낮은 배설물과 쓰레기 전망 (4.83 ± 0.54와 4.61 ±을 제공하는 반면 0.13 로그 10의 16S rDNA의 복사본은 -1 DNA)를 각각 추출 하였다. 신규 한 하이브리드 추출법 0.05 ≤ (p) 효소법보다 높아지고, 대 기계적인 방법과 통계적으로 유사한 유의 것으로 나타났다 정규화 16S rDNA 염기 존재비를 수득 NG 배설물과 쓰레기 샘플 (5.50 ± 0.16 모두와5.23 ± 0.14 ng를 로그 (10) 16S rDNA의 사본 -1 각각 추출 된 DNA). 따라서, 기계적 및 하이브리드 추출 방법 모두 효소법보다 이들 샘플 내 총 세균 커뮤니티보다 질적 추정치를 제공했다.
나바 몰리나 등. 검토 질적으로 각 샘플 형태 및 추출법 microbiomic 흐름으로부터 총 세균 공동체 평가하기 위해 (2013) (22)를 사용 하였다. 즉, 16S rRNA 유전자의 V4 영역은 PCR MiSeq 시퀀싱 어댑터를 포함하는 프라이머 및 골 레이 바코드 증폭시키고 일루미나 MiSeq 플랫폼 (23, 24)에 순차. 원시 시퀀스 데이터는 디폴트 매개 변수를 사용 QIIME 1.7.0-DEV 25,26,27에서 처리 하였다. 시퀀스 데이터 처리부를 포함 : 품질 필터링하는 단계; OTU 클러스터링 (97 % 임계 값에서 열린 참조) UCLUST 27 사용; <0.005 % (22)의 OTU 풍부 필터링 수준(31); Greengenes 13_5 참조 데이터베이스 (28)에 대해 RDP 분류를 사용하여 분류 할당; Greengenes 코어 세트 (28)에 대한 PyNAST 29 서열 정렬; FastTree 30 사용하여 계통 건설. core_diversity_analyses.py 스크립트는 모든 알파 베타 메트릭 다이버 시티를 실행하고, 샘플 당 7,865 시퀀스들의 순서화 깊이 모든 플롯, 차트 및 통계를 생성하기 위해 사용되었다.
선택된 DNA 추출법 회수 분변 및 깔짚 microbiomes에 분명한 영향을 나타내었다. 문 수준에서 시작 (표 1), 전체 데이터 (배설물과 쓰레기 샘플 모두에 대한 회계) 방법은 매우 파괴적인 균질화 단계 (기계, 하이브리드) 그람 양성 문 (門)의 높은 존재비와 일반적으로 굴복 지역 사회 (98.0을 가진 것으로 나타났다 및 97.49 %, 효소법 (81.74 %)의 각각에) 상대. 반대로, 그람 음성 문 (門)어느 기계 (1.89 %) 또는 하이브리드 (2.38 %) 방법에 비해 효소 방법 (17.49 %)에서 복구 전체 세균 지역 사회의 더 큰 부분을 나타낸다. 전체적인 microbiomic 프로파일에 대한 상기 차분 추출 효과 및 그람 양성 및 그람 음성균의 유병률 효과적으로 속 레벨에서 입증되었다 (도 2) 효소법의 마이크로 바이 보여준 반면, 상대적으로 유사한 microbiomic 프로파일을 생성 국지적 기계적 및 하이브리드 방법 복구 된 분류군의 상대적 풍요의 다른 분포. 예를 들어, 분변 spp.in 그람 음성 Alistipes (와 빨간색 블록; 전체 공동체의 7.71 %)은 (효소법 심각 다른 두 추출 방법에 대한 지문 감소된다 빨간 화살표를 사용하여 추출하고; 0.47 -0.81 %), 그러나 그람 양성 락토 SPP. ENZ를 사용하는 경우 (L 대형 보라색 블록) 훨씬 더 널리 감소했다기계적 또는 하이브리드 방법 (각각 57.22 %와 61.85 %)에 비해 ymatic 방법 (42.71 %). 분류군의 상대적 존재비는 세 가지 추출 방법 사이에 약간의 차이를 전시하면서 그럼에도 불구하고, 발견 된 분류군의 총 수는 모두 대변 (92 분류군 112) 및 쓰레기 (96의 112 분류군)에 대한 모든 세 가지 방법 비슷 하였다.
효소 방법은 지속적으로 일관되게 이러한 생태에 대한 가장 낮은 추정치를 보여주는 기계적인 방법으로, 배설물과 쓰레기 샘플 모두 (CHAO1, 계통 학적 다양성과 형평성 측정, 각각 사용) 최대의 풍요 로움, 다양성, 그리고 균일와 세균 지역 사회를 굴복 파라미터 (표 2). 하이브리드 방법은 지속적으로 다른 두 가지 방법에 생태 지표에게 중개를 보여 주었다. 통계적으로, 모든 시료에서 생태 추정에 관계없이, 추출 방법, 유사한 것으로 밝혀졌다 효소법 비록쓰레기 샘플을 분석 할 때 기계적 방법에 비해 훨씬 풍부한 (P = 0.045) 마이크로 바이 옴에서 발생했다. 다른 중요한 차이가 추출 방법 중에서 발견되지 동안 생태 파라미터 간의 최대 차이는 일반적으로 하이브리드 방식이 다른 두 가지 방법에 동일하게 수행하여, 효소 및 기계적 방법 중에서 발견되었다; 이들의 추출 방법과 유사한 정량 평가 (도 1).
그림 1. 질적 세균 지역 사회 비교 DNA 추출 방법을 기반으로. 열이 DNA의 양에 대한 표준화 된 qPCR에 의해 결정 분변 (고체 바)에서 복구 또는 쓰레기 (점선 바) 샘플 (로 평균 10 -transformmed 16S rRNA 유전자 복사본을 기록 대표 ) 형광 결정에 기초. 목이 값을 얻기 위해 사용 E DNA 추출법은 X 축에 표시된다. 오차 막대는 (4) 복제 샘플 사이의 표준 편차를 나타낸다. 각 샘플 타입 (또는 대변 쓰레기)의 경우, 상기 열 글자 Tukey의 다중 비교 시험 (p = 0.05)를 사용하여 일방향 ANOVA 분석에 기초하여 크게 다른 수단을 나타낸다.
DNA 추출 방법 그림 2. 속 수준 microbiomic 비교. 각 열은 대변 (처음 세 개의 열)과 쓰레기에 대한 각각의 추출 방법에 대한 복구 분류군 (16S rRNA 유전자 Illumina의 MiSeq 데이터 기준) 평균 총 세균 커뮤니티 (대표 마지막 세 개의 열) 샘플. 각 열은 육계 내에서 별개의 영역에서 4 다른 샘플의 평균을 나타냅니다. 열 기지에서 편지는 EXTR을 나타냅니다액션 메소드 (M = 기계, E = 효소, H = 하이브리드). 각 열에서 다른 색상은 각 장군에 대한 전반적인 지역 사회 내 속, 색상의 상대적 풍부 모든 컬럼에 대해 동일 나타냅니다.
DNA 추출 방법의 표 1. 왕국 문 수준 microbiomic 비교. 상대 존재비 (%의 총 시퀀스를 복구) 각 2 그람 양성 (방선균 및 후벽 균)의 DNA 추출 방법 3 그람 음성에 대한 (Bacteriodetes, 프로 테오 박테리아, 테네 리쿠 테스) 문 (門) 두 샘플 유형에서 microbiomic 분석을 회복했다.
r에 ichness 표 2. 인접 쌍 비교, QIIME를 사용하여 분석 속 수준 microbiomic 세균 지역 사회를 기반으로 세 가지 DNA 추출 방법에 대한 다양성, 및 평탄도 예상. 모두 샘플 유형의 경우, 페어 비교는 세 가지 추출 방법의 조합을 수행 하였다. 평가 총 세균 지역 사회의 매개 변수 (CHAO1 통계를 기반으로 α-다양성), 다양성 (β-다양성 계통 학적 다양성 통계 기준),과 (형평성 통계 기준) 균일 성을 풍부하게 포함되어 있습니다. 값은 육계에서 4 별개의 영역 샘플의 평균 (표준 편차)를 나타내며, α = 0.05 수준 쌍을 이룬 비교 사이의 의미를 결정하는 데 사용되었다. 이 테이블의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.
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Discussion
사용 된 DNA 추출법 샘플 이전 1,3,6- 본 DNA 추출법의 종속 특성을 분석지지 모두 분변 샘플 및 깔짚 정량적 총 세균 커뮤니티 추정치들을 달성. 배설물과 쓰레기 샘플 모두를 들어, DNA 추출 방법의 성능의 순서는 정량적 (기계> 하이브리드> 효소)과 정성 (효소> 하이브리드> 기계) 총 세균 지역 사회 추정치 달랐다. 하이브리드 방법은 높은 정량 또는 정성적인 추정치를 생성하지 않는 반면, 두 경우의 하이브리드 방식함으로써 정량적 전체의 최상의 조합을 생산, 최고 성능의 추출 방법 (도 1, 표 2)에 대한 통계적으로 비슷 결과를 가져 세 가지 추출 방법의 세균 지역 사회 평가는 시험했다. 이 세균 지역 사회 PROFIL 주목 NE한다본 연구 (도 2, 표 1)와 환경 시료를 사용하여 다른 4,5,8,9,11,12 이전 연구의 결과에서 보듯 ES 강하게 DNA 추출법에 의해 수행 될 수 있고, 이러한 효과는 차동 강하게 수도 연구 데이터의 분석 및 해석에 영향을 미친다. 이 알고, 연구자들은 강력하게 자신의 샘플 유형 및 연구 별 연구 기초 실험의 목표에 적합한 추출 방법을 고려해야합니다.
신규 한 하이브리드 방법의 유효성에 중요한 단계는 강력한 호모 크게 복잡 분변 / 토양 매트릭스에서뿐만 세균 세포의 분리를 돕기 위해 단계뿐만 아니라 그람 양성 커뮤니티 회원 강하다 세포벽을 분해하는 것 . 높은 정량적 평가 (그림 1)이 균질화 단계를 사용하여 모두 추출 방법에 대한 microbiomes 내에서 그람 양성 방선균 및 후벽 균의 높은 비율 (
이 방법은 설명 된 바와 같이, 사용자가 인식 할 필요가있는 몇 가지 특정 요구 사항을 포함하고 있습니다. 제 고출력 균질의 사용뿐만 아니라 시판 추출 키트의 일부 구성 요소이다. 이전 연구 기계적 비드 비팅 단계 또는 고성능이 균질 DNA 추출 효율을 향상시키고 4,5,9을 수득 것을 증명; (다른 특수 장비의 사용이 요구 될 수있다) 따라서, 기계적 균질화 공정의 다른 유형의 하이브리드 추출법에 통합 될 수있다. 또한 여기에 설명 된 하이브리드 방식으로 인해 가금류 샘플 15 이전의 지역 사회에 기반을 둔 연구에서이 용해하는 매트릭스의 성공에 구체적으로 환경 시료에 대한 특정 균질을 위해 설계되어 비드를 제패 한 튜브를 사용, 31-33. 이 도시 되었기 때문에 마지막 "금 표준"효소 DNA 추출법 (QIAamp DNA 의자 미니 키트) 분변 시료를 사용할 때 가장 효과적인 효소 추출법으로, 하이브리드 프로토콜의 샘플 DNA의 효소 정제에 필요한 3,18,19. 로보 틱 워크 스테이션의 사용이 (키트 지시 손에 의해 수행 될 수있다) 요구되지 않지만, 로봇 스테이션의 사용은 크게, 처리량을 증가 처리 오류를 최소화하고, 또한 하류 분석 7 고품질 DNA 초래한다. 이 유형의 자동화는, 기존의 기계 키트를 사용하는 하이브리드 방식의 또 다른 장점을 나타내며, 이는 현재 사용할 수 없습니다.
현재,이 프로토콜에 기재된 로봇 스테이션은 72 분에서 12 샘플의 최대 처리로 한정되어 있지만, 예비 작업이 방법은 높은 처리량 workstati에서 동일하게 잘 작동하는 것으로 나타났다즉, 40 분 이내에 96 개의 샘플들을 처리 할 수에 (데이타 미기재). 더 많은 샘플이 전형적인 일 이내에 반자동 방식으로 처리 될 수 있기 때문에 훨씬 더 높은 처리량이 옵션의 테스트를 더 크게 하이브리드 방법의 효능을 향상시킬 것이다. 또한,이 신규 한 DNA 추출 방법을 사용하여 예비 데이터는 다른 가금류 관련 샘플에 효과적임을 보여 주었다 (예를 들면, 피부 / 깃털 린스, 카 커스 린스, 맹장 컨텐츠 균질)뿐만 아니라, 환경 시료 (예, 농토 다른 유형 돼지 배설물, 말 배설물, 염소 배설물, 소 배설물). 따라서, 미래의 연구는 많은 농업과 환경 시료에서 DNA의 추출을위한 하이브리드 방법의 효능을 결정해야합니다. 미래 연구에 의해이 방법의 추가 검증은 잠재적으로 농업 및 환경 설정의 다양한에서 총 세균 지역 사회의 평가에 대해이 방법의 폭 넓은 채택 할 수있다.
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Materials
| Name | Company | Catalog Number | Comments |
| Lysing Matrix E tube | MPBio | 6914-050 | Different sizes available and the last 3 numbers of the cat. No. indicate size (-050 = 50 tubes, -200 = 200 tubes, -1000 = 1,000 tubes) |
| Sodium Phosphate Solution | MPBio | 6570-205 | Can be purchased individually, or also contained within the FastDNA Spin Kit for feces (Cat. No. 116570200) |
| PLS Buffer | MPBio | 6570-201 | |
| Buffer ASL (560 ml) | Qiagen | 19082 | |
| FastPrep 24 homogenizer | MPBio | 116004500 | 48 x 2 ml HiPrep adapter (Cat. No. 116002527) available to double throughput of mechanical homogenization step |
| QIAamp DNA Stool Mini Kit | Qiagen | 51504 | |
| QIAcube24 (110V) | Qiagen | 9001292 | Preliminary results show that QIAcube HT (Cat. No. 9001793) can be used to improve throughput, but different consumables are required of this machine and more comparative work needs to be done. |
| Filter-Tips, 1,000 ml (1024) | Qiagen | 990352 | |
| Filter-Tips, 200 ml (1024) | Qiagen | 990332 | |
| QIAcube Rotor Adapters (10 x 24) | Qiagen | 990394 | For 1.5 ml microcentrifuge tubes included with in the rotor adapter kit there is an alternative. It is Sarstedt Micro tube 1.5 ml Safety Cap, Cat. No. 72.690 |
| Sample Tubes RB (2 ml) | Qiagen | 990381 | Alternative: Eppendorf Safe-Lok micro test tube, Cat. No. 022363352 |
References
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