Summary

Метод альтернативной культуры для поддержания геномной Hypomethylation мышиных эмбриональных стволовых клеток с использованием MEK ингибитор PD0325901 и витамином С

Published: June 01, 2018
doi:

Summary

Мы подробно описаны два химической основе протоколы для культивирования мышиных эмбриональных стволовых клеток. Этот новый метод использует синергетический механизмы содействия тет опосредованной окисления (витамин C) и подавления de novo синтеза 5-метилцитозин (по PD0325901) для поддержания ДНК hypomethylation и плюрипотентности эмбриональных стволовых клеток мыши.

Abstract

Эмбриональных стволовых (ES) клетки способны дифференцироваться в любой из трех зародышевых (Эндодерма, мезодермы или эктодермы) и может генерировать много линий для регенеративной медицины. ES клеток культуры в vitro уже давно предметом широкой озабоченности. Классически, клетки мыши ES поддерживаются в сыворотке и лейкемия ингибирующего фактор (LIF)-содержащих среднего. Однако в сыворотке/LIF условиях, клетки Показать разнородность в морфологии и профиль выражение генов, связанных с плюрипотентности и в основном в метастабильного состояния. Кроме того культивируемых клеток ES выставку глобального hypermethylation, но наивно ES клеток внутренней клеточной массы (ICM) и первичных зародышевых клеток (PGCs) находятся в состоянии глобального hypomethylation. Hypomethylated Состояние ICM и PGCs тесно связан с их плюрипотентности. Чтобы улучшить методы культуры клетки мыши ES, мы недавно разработали новый метод, основанный на выборочно комбинированного использования двух соединений мелкомолекулярных поддерживать состояние hypomethylated и плюрипотентных ДНК. Здесь мы представляем, что совместное лечение дефицита витамина C (Vc) и PD0325901 можно стереть около 90% 5-метилцитозин (5мс) на 5 дней в ES клеток мыши. Содержание созданных 5мс сопоставим с в PGCs. Механистический расследование показывает, что PD0325901 вверх регулирует выражение Prdm14 для подавления Dnmt3b (de novo ДНК метилтрансфераза) и Dnmt3l (кофактор Dnmt3b), уменьшая 5мс синтеза de novo . VC облегчает преобразование 5мс 5-Гидроксиметилцитозин (5hmC) главным образом катализируемые Tet1 и Tet2, указывающее участие пассивного и активного demethylations ДНК. Кроме того Vc/PD0325901 условиях, клетки ES мыши Показать однородной морфологии и плюрипотентных государства. Коллективно мы предлагаем Роман и химико Синергия культуры метод для достижения hypomethylation ДНК и поддержания плюрипотентности в клетки мыши ES. Метод химического зависимых мелкомолекулярных преодолевает основные недостатки сыворотки культуры, и держит обещание сформировать однородные клетки ES для дальнейшего клинического применения и исследования.

Introduction

Клетки ES возникли от ICM бластоциста1. Клетки находятся в состоянии плюрипотентности и могут образовывать все соматические линий и микрофлорой клетки2. Создание клеток ES обеспечивает возможность исследовать развитие процессов в пробирке и может генерировать клетки медицинской значимости для регенеративной медицины, основанной на их плюрипотентности3.

Seminally созданы две группы линий клетки мыши ES в 1981 году и когда клетки, полученные из раннего эмбриона мыши были культивировали в плода бычьим сывороточным (ФБС)-содержащих средний с мыши эмбриональных фибробластов (MEFs) как фидер слой1,4 . MEFs были инактивированных mitotically и предварительно были выращены в блюда до культивирования клеток ES. MEFs обеспечивают поддержку для мыши ES клеток вложения и производят факторов роста для содействия распространению и подавления дифференциация5, в то время как FBS предлагает основные трофических факторов и гормоны для пролиферации клеток. Последующие исследования указали, что LIF, производимые клетки фидера был ключевых цитокинов для самообновления и поддержания плюрипотентности в ES клеток мыши, и добавлением LIF в среду может подменить фидер клетки6. В настоящее время самообеспечение мыши ES клеток в среде FBS/LIF на кормушки-прежнему стандартный метод, принятый многими исследователями. Однако с этим подходом классической культуры возникают некоторые проблемы. Во-первых фидер клетки секретируют избыток и неконтролируемых факторов и может вызвать загрязнение патогенными7. Чтобы избежать этого вмешательства, покрытие поверхности блюда с желатином и добавлением LIF в сыворотке содержащих среднего, альтернативные методы для поддержания клеток мыши ES без подачи слоя клеток. Кроме того клетки ES мыши, выращенной в условиях, сыворотка/LIF экспонат морфологическая гетерогенность популяции клеток и даже уровень экспрессии факторов, связанных с плюрипотентности8. Последние исследования показывают, что в сыворотке/LIF условиях, связанных с плюрипотентности основных факторов транскрипции (включая SOX2, Nanog и OCT4) могут поддерживать плюрипотентности через LIF и WNT сигнализации; Однако в частности, они также активировать фибробластов фактор роста (ФБП) сигнал для запуска дифференцировки8. Из-за двойственной двойного действия основных факторов транскрипции мыши ES клетки культивировали в сыворотке представляют неоднородность, состоящий из двух взаимозаменяемых популяций, один похож на ICM и другой похожий загрунтовать Эпибласт государства8. Кроме того мышь ES клеток в сыворотке крови часто exhibit глобальной hypermethylation9, тогда как ICM и PGCs находятся в состоянии глобального hypomethylated, который тесно связан с их плюрипотентности9,10.

Существует значительный спрос для разработки новых методов для культивирования клеток мыши ES. С 2003 года11 были созданы несколько более протоколов, но продолжает быть некоторые ограничения и недостатки7. С 2008 года, комбинированного использования двух малых молекул протеинкиназы ингибиторов, PD0325901 (ингибитор Митоген активации протеинкиназы (MAPK) / внеклеточных сигналов регулируемой киназы (Эрк) (МЭК)) и CHIR99021 (ингибитора синтазы гликогена Киназа 3 (GSK3)), в N2B27 средних с LIF и без сыворотки открыло новые перспективы для культивирования мыши ES клеток12. Это новое средство определенных характеризуется использованием двух ингибиторов (2i). Мыши ES клетки культивировали в среде 2i/LIF более однородны в клеточных популяций и выражение плюрипотентности факторов. Кроме того клетки мыши 2i/LIF-культивированный ES экспонат ДНК hypomethylation глобально, который ближе к ICM-подобных клеток9,13. Несмотря на это 2i культура имеет свои недостатки. PD0325901 и CHIR99021 нерастворимы в воде и как правило, растворяются в диметилсульфоксида (ДМСО)-на основе фондовых решение, чтобы добавить их в питательную среду. Исследования показали, что долгосрочный и воздействия низких доз клеток ДМСО может привести к цитотоксичность14.

Здесь, мы использовали две небольшие молекулы соединений и разработали новый метод культуры клеток мыши ES. Роман культуры метод сочетает ингибитор PD0325901 Vc и MEK содействовать ДНК hypomethylation быстро и эффективно на сопоставимый уровень PGC, названный как Vc/PD0325901 культивирования протокола. Мышь ES клеток в среде Vc/PD0325901-добавлена сыворотки содержащих экспонат однородности в морфологии и выдержаны в первом состоянии. По сравнению с 2i культуры, мыши ES клетки культивировали в условиях Vc/PD0325901 выставку быстрее кинетика ДНК деметилирования и может достичь уровня hypomethylation, сопоставимую с PGC. Кроме того, использование одного ингибитора (PD0325901) уменьшает ввода ДМСО в среду по сравнению с используемой в 2i (PD0325901/CHIR99021) и уменьшает повреждения клеток.

Protocol

1. Подготовка Подготовить раствор 1,0 мм PD0325901 (МЭК ингибитор) и 3,0 мм CHIR99021 (ингибитор GSK3). Весят 2 мг PD0325901 и добавьте 4.15 мл ДМСО во флаконе из темного стекла. Весят 2 мг CHIR99021 и добавьте 1,43 мл ДМСО во флаконе из темного стекла. Следующие растворения, хранить алик…

Representative Results

VC/PD0325901 синергетически индуцированной глобальной стирания мыши ES клеток. Мышь ES клеток в сыворотке экспонат гиперметилирование ДНК, в то время как клетки pluripotent ICM и PGCs Показать глобальные стирания метилирования и состояние hypomethylated тесно связан с их плюрипотентности<su…

Discussion

В работе мы продемонстрировали новый метод сочетания Vc и PD0325901 для поддержания клеток мыши ES в недифференцированных и hypomethylated состоянии, которое было достигнуто путем синергических действий поощрения ДНК деметилирования, Vc и подавления de novo ДНК Метилирование по PD0325901. Кроме того к…

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

Эта работа была поддержана Национальный фонд Китая естественных наук (21435008 и 21327006 в США) и стратегических приоритетных исследований программа Китайской академии наук (XDB14030200 Г.У).

Materials

fetal bovine serum Australia source Corning 35-076-CV Component of mouse ES cell medium
DMEM/high glucose Hyclone SH30022 Component of mouse ES cell medium
LIF Millipore ESG1107 Component of mouse ES cell medium
non-essential amino acids (NEAA) Gibco 11140050 Component of mouse ES cell medium
sodium pyruvate Gibco 11360070 Component of mouse ES cell medium
L-glutamine Gibco 25030081 Component of mouse ES cell medium
penicillin streptomycin solution Gibco 15140122 Component of mouse ES cell medium
PBS Sigma P5493 Cells rinse
trypsin Hyclone SH30042 Cell dissociation
gelatin Sigma 48722 Dishes coating
PD0325901 Stemolecule 04-0006-10 small-molecule chemical for cell culture
CHIR99021 Stemolecule 04-0004 small-molecule chemical for cell culture
vitamin C Sinopharm Chemical Reagent Co.,Ltd  XW00508171 small-molecule chemical for cell culture
Ultra Bioscience water purification systemr Purelab Ultra Ultra water
DMSO Sigma D8418 Cell freezing medium
centrifuger Eppendorf 5427R DNA and protein extraction
protease inhibitor cocktail Sigma P8340 Component of RIPA buffer
PMSF Protease Inhibitor ThermoFisher Scientific 36978 Component of RIPA buffer
DTT Sigma 43815 Component of RIPA buffer
EGTA Sigma E3889 Component of RIPA buffer
Genomic DNA Purification Kit  Promega A1125 Genomic DNA extraction
NanoDrop 2000 ThermoFisher Scientific NanoDrop 2000 Determination of DNA concentration
calf intestinal phosphatase New England Biolabs M0290 DNA digestion
DNase I New England Biolabs M0303 DNA digestion
snake venom phosphodiesterase I Sigma P4506 DNA digestion
Nanosep 3K Omega Pall OD003C35 filtration of digested DNA
1290 UHPLC system Agilent  1290 UHPLC separation
G6410B triple quadrupole mass spectrometer Agilent  G6410B MS/MS analysis
Zorbax Eclipse Plus C18 column Agilent  Zorbax Eclipse Plus colume for UHPLC separation
5-methylcytosine Solarbio Life Sciences SM8900  standard 5mC
5-hydroxymethylcytosine (standard) Toronto Research Chemicals M295900 standard 5hmC
Prdm14 antibody bioworld BS7634 Western blot analysis-primary antibody
Dnmt3a antibody bioworld BS6587 Western blot analysis-primary antibody
Dnmt3b antibody abcam ab13604 Western blot analysis-primary antibody
Dnmt3l antibody abcam ab3493 Western blot analysis-primary antibody
Dnmt1 antibody abcam ab13537 Western blot analysis-primary antibody
β-tubulin antibody bioworld BS1482MH Western blot analysis-primary antibody
goat anti-rabbit IgG abcam ab6721 Western blot analysis-secondary antibody
goat anti-mouse IgG abcam ab6789 Western blot analysis-secondary antibody
Trizol Invitrogen 15596-026 RNA extraction
reverse transcription system Promega A3500 RNA reverse transcription
GoTaq qPCR Master Mix Promega A6001 RT-PCR
StemTAG alkaline phosphatase staining and activity assay kit Cells Biolabs, Inc. CBA-302  alkaline phosphatase staining analysis
mouse ES cells: WT, 129 SvEv Provided by Professor Guoliang Xu (Shanghai Institutes for Biological Sciences, Chinese Academy of Sciences, Shanghai, China) cell strain of mouse ES cells
microscope Zeiss LSM510 cells observation
GraphPad Prism 5.0 GraphPad Prism Software Inc. 5.0 statistical analysis

References

  1. Evans, M. J., Kaufman, M. H. Establishment in culture of pluripotential cells from mouse embryos. Nature. 292 (5819), 154-156 (1981).
  2. Smith, A. G. Embryo-derived stem cells: of mice and men. Annu. Rev. Cell Dev. Biol. 17, 435-462 (2001).
  3. Murry, C. E., Keller, G. Differentiation of embryonic stem cells to clinically relevant populations: lessons from embryonic development. Cell. 132 (4), 661-680 (2008).
  4. Martin, G. R. Isolation of a pluripotent cell line from early mouse embryos cultured in medium conditioned by teratocarcinoma stem cells. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 78 (12), 7634-7638 (1981).
  5. Eiselleova, L., et al. Comparative study of mouse and human feeder cells for human embryonic stem cells. Int. J. Dev.Biol. 52 (4), 353-363 (2008).
  6. Williams, R. L., et al. Myeloid leukaemia inhibitory factor maintains the developmental potential of embryonic stem cells. Nature. 336 (6200), 684-687 (1988).
  7. Tamm, C., Galitó, S. P., Annerén, C. A comparative study of protocols for mouse embryonic stem cell culturing. Plos One. 8 (12), e81156 (2013).
  8. Yamaji, M. PRDM14 ensures naive pluripotency through dual regulation of signaling and epigenetic pathways in mouse embryonic stem cells. Cell Stem Cell. 12 (3), 368-382 (2013).
  9. Ficz, G., et al. FGF signaling inhibition in ESCs drives rapid genome-wide demethylation to the epigenetic ground state of pluripotency. Cell Stem Cell. 13 (3), 351-359 (2013).
  10. Smith, Z. D., et al. A unique regulatory phase of DNA methylation in the early mammalian embryo. Nature. 484 (7394), 339-344 (2012).
  11. Ying, Q. L., Nichols, J., Chambers, I., Smith, A. BMP induction of Id proteins suppresses differentiation and sustains embryonic stem cell self-renewal in collaboration with STAT3. Cell. 115 (3), 281-292 (2003).
  12. Ying, Q. L., et al. The ground state of embryonic stem cell self-renewal. Nature. 453 (7194), 519-523 (2008).
  13. Leitch, H. G., et al. Naive pluripotency is associated with global DNA hypomethylation. Nat. Struct. Mol. Biol. 20 (3), 311-316 (2013).
  14. Galvao, J., Davis, B., Tilley, M., Normando, E., Duchen, M. R., Cordeiro, M. F. Unexpected low-dose toxicity of the universal solvent DMSO. FASEB J. 28 (3), 1317-1330 (2014).
  15. Yin, R., et al. Ascorbic acid enhances Tet-mediated 5-methylcytosine oxidation and promotes DNA demethylation in mammals. J. Am. Chem. Soc. 135 (28), 10396-10403 (2013).
  16. Guerra, A. D., Rose, W. E., Hematti, P., Kao, W. J. Minocycline modulates NFκB phosphorylation and enhances antimicrobial activity against Staphylococcus aureus in mesenchymal stromal/stem cells. Stem Cell Res. Ther. 8 (1), 171 (2017).
  17. Blaschke, K., et al. Vitamin C induces Tet-dependent DNA demethylation and a blastocyst-like state in ES cells. Nature. 500 (7461), 222-226 (2013).
  18. Tahiliani, M., et al. Conversion of 5-methylcytosine to 5-hydroxymethylcytosine in mammalian DNA by MLL partner TET1. Science. 324 (5929), 930-935 (2009).
  19. Wu, H., Zhang, Y. Mechanisms and functions of Tet protein-mediated 5-methylcytosine oxidation. Genes Dev. 25 (23), 2436-2452 (2011).
  20. Inoue, A., Zhang, Y. Replication-dependent loss of 5-hydroxymethylcytosine in mouse preimplantation embryos. Science. 334 (6053), 194 (2011).
  21. He, Y. F., et al. Tet-mediated formation of 5-carboxylcytosine and its excision by TDG in mammalian DNA. Science. 333 (6047), 1303-1307 (2011).
  22. Maiti, A., Drohat, A. C. Thymine DNA glycosylase can rapidly excise 5-formylcytosine and 5-carboxylcytosine: Potential implications for active demethylation of CpG sites. J. Biol. Chem. 286 (41), 35334-35338 (2011).
  23. Habibi, E., et al. Whole-genome bisulfite sequencing of two distinct interconvertible DNA methylomes of mouse embryonic stem cells. Cell Stem Cell. 13 (3), 360-369 (2013).
  24. von Meyenn, F., et al. Impairment of DNA methylation maintenance is the main cause of global demethylation in naive embryonic stem cells. Mol. Cell. 62, 848-861 (2016).
  25. Li, C., Liu, B., Zhong, S., Wang, H. MEK inhibitor PD0325901 and vitamin C synergistically induce hypomethylation of mouse embryonic stem cells. Oncotarget. 7 (26), 39730-39739 (2016).
  26. Hackett, J. A., et al. Synergistic mechanisms of DNA demethylation during transition to ground-state pluripotency. Stem Cell Reports. 1 (6), 518-531 (2013).
  27. Nakaki, F., Saitou, M. PRDM14: a unique regulator for pluripotency and epigenetic reprogramming. Trends Biochem. Sci. 39 (6), 289-298 (2014).
  28. Nichols, J., Smith, A. Pluripotency in the embryo and in culture. Cold Spring Harb. Perspect. Biol. 4 (8), (2012).

Play Video

Cite This Article
Li, C., Lai, W., Wang, H. An Alternative Culture Method to Maintain Genomic Hypomethylation of Mouse Embryonic Stem Cells Using MEK Inhibitor PD0325901 and Vitamin C. J. Vis. Exp. (136), e56391, doi:10.3791/56391 (2018).

View Video