Summary
만성 림프모구 백혈병 (CLL)은 서방 세계에서 가장 흔한 백혈병이 이다. NFAT 녹음 방송 요인 개발 및 많은 세포 유형에 활성화의 중요 한 레 귤 레이 터는. 여기, 우리 NFAT2의 소설 대상 유전자를 식별 하기 위해 인간의 CLL 세포에 chromatin immunoprecipitation (칩)의 사용에 대 한 프로토콜을 제시.
Abstract
만성 림프모구 백혈병 (CLL) 악성 B 세포 복제품 확장 특징 이다 고 서방 국가에서 가장 흔한 백혈병을 나타냅니다. CLL 환자의 대다수는 질병의 나태 한 과정 뿐만 아니라 그들의 백혈병 세포의 anergic 형 B 세포 수용 체 외부 자극에 응답을 참조를 표시 합니다. 우리는 최근 녹음 방송 요인 NFAT2 CLL에 아의 중요 한 레 귤 레이 터가 나타났습니다. 다른 질병에서 녹음 방송 요인의 역할의 분석의 주요 과제는 그것의 특정 대상 유전자의 id입니다. 이 pathogenetic 메커니즘 및 잠재적인 치료 내정간섭의 해명에 대 한 큰 의미입니다. Chromatin immunoprecipitation (칩) 단백질 DNA 상호 작용을 설명 하는 고전적인 기법 이며 포유류 세포에 있는 녹음 방송 요인의 직접적인 대상 유전자를 식별 하는 데 따라서 수 있습니다. 여기, 칩 인간 CLL 세포에 NFAT2의 직접적인 대상 유전자로 LCK 를 식별 하기 위해 사용 되었다. DNA와 관련 된 단백질 포름알데히드를 사용 하 여 가교 된 이며 이후 쥡니다 대략 200-500의 기본적인 쌍 (bp)의 DNA 파편에 의해 전단. NFAT2와 관련 된 상호 연결 된 DNA 파편은 다음 선택적으로 αNFAT2 항 체를 사용 하 여 셀 파편에서 immunoprecipitated. 정화, 후 관련된 DNA 파편은 양적 실시간 PCR (qRT-PCR)을 통해 검색 됩니다. 분명 농축 된 DNA 시퀀스 NFAT2에서 비보에의해 타겟으로하는 게놈의 지구를 대표 한다. DNA와 필요한 항 체의 선택의 적절 한 전단 하는 것이이 방법의 성공적인 응용 프로그램에 대 한 특히 중요 합니다. 이 프로토콜은 대상 유전자와 NFAT2의 직접적인 상호 작용의 데모에 이상적입니다. 그것의 주요 한계는 그대로 생물의 여러 전사 인자 들의 대상 유전자 분석 대규모 분석에 칩을 사용 하는 데 어려움.
Introduction
만성 림프모구 백혈병 (CLL) 나타냅니다 서방 국가 있는 성인에서 가장 흔한 백혈병,1세포 성숙 B 표현 CD19, CD23, 그리고 CD5의 고유한 축적을 전시. 대부분의 환자 들은 몇 년에 대 한 구체적인 치료를 필요로 하지 않는다는 나태 한 질병 과정을 전시 한다. 반면, 일부 환자는 면역 화학요법 또는 다른 표적으로 한 치료2,3즉각적인 치료 내정간섭을 요구 하는 빠른 진행을 보여줍니다. 활성화 된 T 세포 (NFAT)의 핵 요소는 다양 한 발달을 조절 하는 전사 인자와 수많은 셀 종류4,,56활성화 프로세스의 집합입니다. 우리가 최근에7나태 한 질병 가진 환자에서 overexpression 헌법의 및 활성화 CLL 세포에 NFAT2 보여 주었다. 여기, 그것은 라는 아7B 세포 수용 체 자극에 응답 하지 않는 상태를 조절. NFAT2에 림프 톨 특정 단백질 티로신 키 니 아 제 (LCK) 발기인 및 인간 CLL 세포, 특정 chromatin immunoprecipitation 분석 결과에서 LCK 식 조절 (칩) 개발 및 고용.
칩은 유전자 표현8에 녹음 방송 요인의 역할을 조사 하기 위해 여러 가지 기술 중 하나. 유전자 발현은 밀접 하 게이 과정9,10,,1112에 대신할 참여 하는 전사 인자와 매우 복잡 한 방식으로 여러 규제에 의해 조율 된. 공간과 시간적 맥락에서 유전자 발현을 조절 하는 전사 인자에 수많은 종 (예를 들어, 개발 및 차별화)13,,1415, 발견 되었습니다. 16,,1718. 오류와 관련 된 녹음 방송 요인 복잡 한 제어 메커니즘에 암19,20를 포함 하 여 pathologic 프로세스의 다양 한 발생할 수 있습니다. 따라서, 녹음 방송 요인 및 그들의 각각 대상의 식별 소설 치료 길21,22를 제공할 수 있습니다. 이 흥미로운 분야를 조사 하기 위해 여러 가지 방법을 칩, 전기 이동 기동성 교대 분석 실험 (EMSA), 다양 한 DNA 풀 다운 분석 실험 및 기자-분석 실험8,,1112, 처럼 사용할 수 있습니다. 23 , 24.
특정 전사 인자는 게놈의 특정 지역 상호 작용 입증을 vivo에서 칩 이상적인 기술25입니다. 이 위해 DNA와 살아있는 세포에 관련 된 단백질은 십자가 UV 방사선 조사 또는 포 름 알 데히드 (상호 연결 된 칩, XChIP)를 사용 하 여. 이 단계는 더 나은 DNA 및 단백질 복구 소위 기본 칩 (NChIP)26에서 생략 됩니다. DNA 단백질 복합물은 이후 약 200-500의 기본적인 쌍 (bp)와 관심의 녹음 방송 요인에 대 한 특정 항 체를 사용 하 여 셀에서에서 immunoprecipitated의 파편으로 쥡니다에 의해 전단. 그리고 나 서 연결 된 DNA 파편 정화 PCR, 분자 클로닝 및 시퀀싱에 의해 특징. 대체 기술을 사용 하 여 microarrays (칩-온-칩) 또는 다음-세대 시퀀싱 (칩 Seq) immunoprecipitated DNA를 분석.
칩 길모어에 의해 처음 도입 및 1984 그들은 UV를 사용 하는 경우에 Lis covalently 상호 연결 DNA 빛과 생활에 단백질을 바운드 박테리아27. 세포 세포의 용 해 및 세균성 RNA 중 합 효소의 immunoprecipitation, 알려진된 유전자의 특정 프로브는 vivo에서 유통 및 RNA 중 합 효소의 밀도 매핑하는 데 사용 되었다. 방법은 진 핵 RNA 중 합 효소 II 열 충격 단백질 유전자 초파리28의 분포를 분석 하 같은 수 사관에 의해 연속적으로 사용 되었다. XChIP 분석 결과 Varshavsky와 동료 처음 열 충격 단백질 유전자29,30와 H4 히스톤의 협회를 공부 cross-linking 포름알데히드를 사용 하 여 더 세련 되었다. 때문에 자연스럽 게 그대로 epitopes 더 나은 DNA와 단백질 복구의 이점을 운반 NChIP 접근 및, 따라서, 더 큰 항 체 특이성, 처음 Hebbes와 동료 198831에 의해 설명 되었다.
칩의 DNA 단백질 상호 작용 분석을 다른 기술에 비해 장점은 사실, 녹음 방송 요인의 실제 상호 작용 수 조사 비보에 아무 프로브 또는 버퍼 또는 젤에 의해 만들어진 인공 조건 8,,1112고용. 차세대 시퀀싱 칩을 결합 하 여 여러 개의 목표를 동시에 확인할 수 있습니다.
이 방법의 주요 한계는 그대로 생물25에 대규모 분석을 그것의 제한 적용. 도전만 수준 낮은 또는 좁은 시간 창 동안 각각 단백질 표현 됩니다 경우 칩 기술을 사용 하 여 차동 진 식 패턴의 분석 될 수 있습니다. 또 다른 잠재적으로 제한 요인은 적절 한 항 체 칩11적합의 가용성 이다.
여기에 제시 된 칩 프로토콜 양적 실시간 PCR (qRT-PCR)으로 대상 유전자의 녹음 방송 요인의 비보에 식별을 위해 사용할 수 있습니다. 특히, 목표 CLL에 NFAT2의 소설 대상 유전자를 확인 했다. 칩은 직접 인간의 CLL 환자 세포의 자연 조건 하에서 다른 대상 유전자의 발기인 지구에 NFAT2의 바인딩을 보여에 그것의 잠재력 때문에 선택 되었다.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Protocol
모든 실험 인간의 소재와 실시 튀빙겐 대학교의 윤리 위원회에 의해 승인 했다 고 서 면된 동의 샘플이이 연구에 기여 하는 모든 환자에서 얻은.
1. 격리와 자극의 Jurkat 세포
참고: 프로토콜을 최적화 하려면 사용 Jurkat 세포 라인을 표현 하는 NFAT2의 높은 수준으로 알려져 있다. 모든 단계는 층 류 두건 아래 수행 됩니다.
- 물 욕조에 37 ° C로 온난 하 여 10 %FCS 1% 페니실린/스 보충 RPMI 1640의 50 mL를 준비 합니다.
- RPMI 1640의 20 mL에서 37 ° C, 5% CO2 셀 문화 플라스 크에 1-2 d6 셀/mL 10 %FCS 1% 페니실린/스 약 2 x 10의 밀도 보충을 위한 Jurkat 세포 문화 (셀 Trypan와 계산 됩니다 블루 얼룩 및 현미경 Neubauer 챔버) 200 x g에 5 분 동안 centrifuging 여 수확 하는 고.
- 피 펫과 상쾌한을 제거 하 고 10 %FCS 1% 페니실린/스 보충 RPMI 1640의 10 mL에 셀 resuspend. 그 후, 기존의 trypan 푸른 얼룩 및 현미경 Neubauer 챔버 셀을 계산 합니다.
- 200 x g 에 5 분 동안 1.3 단계에서 세포를 원심 하 고 열망 하 여는 상쾌한을 제거 합니다. 그런 다음 resuspend RPMI 1640 pipetting으로 10 %FCS 1% 페니실린/스와 전송 새로운 기존의 5 mL 튜브에 1 mL 보충에 2 x 107 셀/mL의 조밀도에 셀.
- 32.4 nM phorbol myristate 12 13-아세테이트 (PMA) 및 1 µ M ionomycin 추가 하 여 세포를 자극. 다음 16 h 37 ° C와 5%의 CO2 열 튜브의 뚜껑에 대 한 셀을 품 어 (오염 방지 씰링 필름 공기 침투성 사용할 수 있습니다).
2. 절연 및 인간 환자에서 기본 CLL 세포의 자극
참고: 환자 샘플 인수 하 고 앞에서 설명한7자극 했다. 모든 단계는 층 류 두건 아래 수행 됩니다.
- 환자 로부터 혈액을 그릴 하 고 밀도 그라데이션 분리를 수행 하기에 필요한 장비를 준비: 21 G 바늘, 지 혈 대, NH4-헤 파 린-혈액 컬렉션 주사기 (예: S-monovettes), PBS, 그리고 밀도 그라데이션 중간 x 1 (밀도 1.077 g/mL) .
- 따라 venipuncture, 주사기로 CLL 환자 (ca. 40 mL 혈액 환자 당)에서 혈액을 그립니다. 다음 50 mL 원뿔 튜브에 혈액을 전송 합니다. 10 mL PBS와 주사기를 세척 하 고 혈액-PBS-현 탁 액 (혈액의 볼륨에 튜브 수 조정) 50 mL 튜브에 수영장.
- 신선한 50 mL 원뿔 튜브에 밀도 그라데이션 매체의 15 mL를 준비 합니다. 그 후, 레이어 35 mL는 혈액-PBS-현 탁 액의 밀도 그라데이션 중간에 신중 하 게. 이 위해 평면 각도에서 튜브를 보유 하 고 천천히 혈액-PBS-현 탁 액 50 mL 원뿔 튜브의 아래쪽 벽에 대 한 플라스틱. 더 많은 혈액-PBS-서 스 펜 션의 50 mL 원뿔 튜브에 축적은, 직각까지 튜브의 각도 증가 합니다. 혈액-PBS-서 스 펜 션의 볼륨에 따라이 단계를 반복 합니다.
- (브레이크) 없이 20 분 560 x g 에서 원심 분리를 수행 다음 주변 혈액 단 세포 (PBMCs)를 포함 하는 단 세포 단계를 추출 합니다. 이렇게 하려면 5 mL 혈 청 학적인 피 펫과 밀도 그라데이션 분리의 흰색 interphase를 수집 하 고 새로운 50 mL 원뿔 튜브에 전송 합니다.
- PBS와 360 x g에서 5 분 동안 원심 분리기로 50 mL에 세포 현 탁 액을 채우십시오. 포부는 상쾌한을 제거 합니다. 275 x g에 5 분 동안 원심 분리와 함께이 단계를 반복 합니다. 그런 다음 5-10 mL 50 mL 원뿔 튜브에 PBS에에서 한 환자의 세포 수영장.
- 1.3에서 설명한 대로 셀을 계산 합니다.
참고: 그것은 CLL 세포 격리 된 PBMCs, 셀이이 절차에 대 한 직접 사용 될 수 또는 B 세포 격리 실시 하는 경우에, 예를 들어, 마그네틱 셀 정렬 (맥)을 통해의 비율에 따라 달라 집니다. B 세포 격리 좋지만 CLL 세포의 비율이 총 림프 톨 (cytometry 통해 결정)의 95% 이상 사용 하는 경우 생략할 수 있습니다. 혈액의 CLL 환자 고정 하 고 제조업체의 지침에 따라 lysed. 제조업체의 지침에 따라 수행 됩니다 CD19 FITC와 CD5-PE 항 체와 얼룩 그리고 셀 cytometry 통해 분석 된다. 모범 환자는 그림 1, 있는 CLL 세포의 비율 이다 89.03%에에서 표시 됩니다. 따라서, B 세포의 고립이이 환자에서 수행 되어야 하는. 생리 적인 B 세포의 비율은 무시할 수 (3.72% 예에서)는. - 10 %FCS, 1% 페니실린/스, 100mm 비 본질적인 아미노산, 1mm 나트륨 pyruvate와 50 m m β-mercaptoethanol 200 x g 에서 5 분 미리 따뜻하게 (37 ° C) 보충 RPMI 1640의 10 mL로 세포를 세척 하 고는 상쾌한 포부에 의해 제거.
- 2 x 107 셀/ml RPMI 1640 FCS가 10%, 1% 페니실린/스, 100mm 비 본질적인 아미노산, 1mm 나트륨 pyruvate와 50 m m β-mercaptoethanol (37 ° C) 및 채우기 셀 서 스 펜 션의 1 mL 5 mL 튜브에 보충에 셀을 조정 합니다.
참고: ß-mercaptoethanol 산화 스트레스를 중화 시킬 때 채택 된다. - 32.4 PMA nM 1 µ M ionomycin를 추가 하 여 세포를 자극. 다음 16 h 37 ° C와 5%의 CO2 열 튜브의 뚜껑에 대 한 셀을 품 어 (오염 방지 씰링 필름 공기 침투성 사용할 수 있습니다).
참고: 스트레스의 수준을 감소 시키는 세포 자극의 16 h 이전 인큐베이터에서 37 ° C, 5% CO2 에서 1 시간에 대 한 휴식 될 수 있습니다.
3. 고정, 세포 세포의 용 해, 및 Chromatin 전단
참고: 환자 샘플 Jurkat 세포는 고정 및 수정7이전에 설명 된 대로 제조업체의 지시에 따라 상용 칩 키트 lysed. 고정 층 흐름 후드에서 수행 됩니다.
- 셀의 고정을 위한 37% 포름알데히드, 1.25 M 글리신의 1 mL 1.5 mL 튜브, 1 x PBS의 4 mL 5ml 튜브와 얼음 상자 1 mL 1.5 mL 튜브를 준비 합니다.
- 단계 1.5 또는 2.9에서에서 각각 보육 시간에 대 한 세포의 자극, 후 5 분 동안 200 x g 에 5 mL 튜브를 회전 하 고 resuspend 5 mL 튜브에 PBS의 500 µ L에 셀.
- 340 µ M 포름알데히드 (37% 포름알데히드의 13.5 µ L)에 있는 셀에 추가 합니다. 신중 하 게 여기저기 pipetting으로 간단한 혼합 후 2.5 분 (Jurkat 세포) 또는 실 온에서 5 분 (환자 샘플) 정지를 품 어.
참고: 장기간된 고정 시간 보장 최적의 전단 1 차 셀 필요 합니다. - 고정을 중지 하 고 즉시 그 후 얼음에 4 ° c.에서 5 분 동안 500 x g 에서 원심 분리기 셀을 넣어 또 다른 5 분에 대 한 품 어 125 m m 글리신 (1.25 M 글리신의 57 µ L) 추가 포부는 상쾌한을 제거 합니다.
- 4 ° C에서 5 분 동안 200 x g 에서 얼음 처럼 차가운 PBS의 1 mL로 두 번 셀을 세척 하 고 열망 하 여는 상쾌한 모든 시간을 제거.
참고: 고정, 후 프로토콜 수 일시 정지 됩니다. 고정된 셀-80 ° c.에 저장 한다 테스트 하려면, 다음 프로토콜에서 사용 하기 위한 항 체 epitope 하지 고정 통해 복 면 하는 경우, 추가 샘플 통해 SDS 페이지 젤 전기 이동 법 그리고 서쪽 오 점 분석에 사용할 수 있습니다. 다음이 단계는 제조업체의 지침에 따라 단백질의 100 µ g으로 수행 됩니다. 모든 αNFAT2 항 체는 1:1000, 1:10000의 희석에서 GAPDH 항 체의 희석에 사용 됩니다. 적절 하 고 부적 절 한 항 체를 가진 Jurkat 세포에서 고정된 샘플의 모범적인 이미지는 그림 2에 표시 됩니다. - 아래로 pipetting으로 상업적으로 사용 가능한 세포의 용 해 버퍼 1의 5 mL에 셀 펠 릿을 resuspend. 그런 다음 샘플 통에 얼음에 놓고 떨고 있는 동안 10 분 동안 그들을 품 어.
참고: 세포의 용 해, 이전 셀 수 있을 붕괴 10 액체 질소에 s. 이 Jurkat 세포에 대 한 유용 하지만 기본 환자 샘플에 피해 야 한다. 해체, 장소 5 5 mL 튜브는 특정 컨테이너에 액체 질소의 5-10 mL에 s. 안전 안경 및 적절 한 안전 장갑을 착용 하십시오. - 그 후, 4 ° C에서 5 분 동안 500 x g 에서 튜브 원심 고 pipetting으로 상쾌한을 신중 하 게 제거 합니다.
- 상업적으로 사용 가능한 세포의 용 해 버퍼 2의 5 mL에 셀 아래로 pipetting으로 균질 하 고 동요 하는 동안 얼음에 10 분 동안 품 어. 그런 다음 4 ° C에서 5 분 동안 500 x g 에서 튜브 원심 고 pipetting으로 상쾌한을 신중 하 게 제거 하는 방법.
- 500 µ L (Jurkat 세포)에 셀 펠 릿 resuspend 또는 전단의 140 µ L (환자 샘플) 버퍼 1 protease 억제제 x 1 (5 µ L 또는 1.4 µ L, 각각)와 얼음에 10 분을 위한 혼합물을 품 어.
- Chromatin 전단에 대 한 전송할 셀-서 스 펜 션의 140 µ L 단계의 3.9 sonicator 튜브 (공기 방울 및 샘플 볼륨 때문에 필요한 경우이 단계 반복 생산 방지). 200-500 bp DNA 파편을 얻으려면 9.375 W의 평균 사건 힘 전단 10 분 (셀 라인) 또는 7.5 분 (환자 샘플) 7 ° C의 온도에 초점 맞춘된 울트라 sonicator에 튜브를 놓습니다.
- 마지막으로, 작은 원심 분리기에서 4 ° C에서 10 분 동안 15700 x g 에서 원심 고 상쾌한 새로운 1.5 mL 튜브에 수집 합니다.
- 적절 한 조각 크기에 대 한 테스트, 1.5% TBE agarose 젤에서 젤 전기 이동 법을 통해 전단된 chromatin의 20 µ L를 분석. 좋은 나쁜 품질의 Jurkat 세포에서 깎인된 chromatin의 모범적인 이미지는 그림 3에 표시 됩니다. 이 시점에서, 프로토콜 수 있습니다 잠재적으로 일시 정지 됩니다. 깎인된 chromatin-80 ° c.에 저장 한다
4. 염색 질 Immunoprecipitation
참고: chromatin immunoprecipitation 상용 칩 키트 수정7제조업체의 지침에 따라 수행 되었다.
- Immunoprecipitations (70 µ L (Jurkat 세포) 또는 전단된 chromatin 플러스 1 항 체의 15 µ L (환자 샘플))의 수를 계산 하 고 1.5 mL 튜브에 있는 강 수 당 단백질 코팅 A 구슬의 20 µ L를 준비. 아래로 pipetting으로 강수량 당 칩 버퍼 1 x 1의 40 µ L에 비즈를 세척, 구슬 1 분 자기 선반에 휴식 하 고는 상쾌한 pipetting으로 제거. 4 번 총에이 단계를 수행 합니다. 결국, 1 x 칩 버퍼 1 원래 볼륨에 구슬 resuspend.
- Immunoprecipitation 자체에 대 한 αNFAT2 항 체 (7A6)의 10 µ g을 사용 하 여 바인딩된 대상 시퀀스 NFAT2를 캡처. IgG-컨트롤로 토끼 IgG 항 체 (DA1E)의 2.5 µ g를 사용 합니다. 표 1에 표시 된 대로 신선한 1.5 mL 튜브에 반응을 준비 합니다.
참고: 그것은 누구의 epitope는이 프로토콜에 대 한 고정 동안 마스크 하지 높은 선호도와 단일 클론 항 체를 사용 하는 것이 중요입니다. Polyclonal 항 체는 그것은 훨씬 더 어렵게 받은 결과 적절 하 게 해석 하는 변이의 추가 수준을 소개 합니다. - 6 rpm에 회전 바퀴에 4 ° C에서 하룻밤 4.2 단계에서 혼합물을 품 어.
- 다음에 하루 5에 대 한 튜브를 회전 작은 원심 분리기에서 7000 x g s 1 분 자기 선반에 그들을 품 어 및 포부는 상쾌한 제거. 워시 워시 버퍼 1, 2, 3, 4의 각각을 한 번 구슬 연속적으로.
- 이렇게 하려면 워시 버퍼의 350 µ L에 비즈를 resuspend 하 고 6 rpm에 회전 바퀴에 4 ° C에서 5 분 동안 그들을 품 어.
- 그 후, 5에 대 한 튜브를 회전 s 7000 x g 작은 원심 분리기에서. 다음, 그들 자석 선반에서 1 분, 제거는 상쾌한 놓고 워시 버퍼를 추가 합니다.
- 마지막 세척 단계 후 pipetting으로 상쾌한을 제거 하 고 차입 버퍼 1의 100 µ L에 구슬 차지 6 rpm에 회전 바퀴에 30 분 동안 그들을 품 어.
- 튜브를 곧 스핀 (5 작은 원심 분리기에서 7000 x g s) 1 분 자기 선반에 두십시오.
- 새로운 1.5 mL 튜브에 pipetting으로 상쾌한 전송 그리고 차입 버퍼 2의 4 µ L를 추가 합니다.
- 입력된 컨트롤을 만들려면 1 µ L 깎인된 chromatin의 차입 버퍼 2의 차입 버퍼 1과 4 µ L의 99 µ L 믹스 (이 설정에는 환자 당 3 개의 튜브: 하나 입력 제어, IgG-컨트롤 및 하나 αNFAT2 샘플).
- 4 h 65 ° C에서와 1.5 mL 튜브 통에 1300 rpm에 대 한 샘플을 품 어. 추가 100% 소 프로 파 놀, 소용돌이 및 스핀 100 µ L 5에 대 한 샘플 작은 원심 분리기에서 7000 x g 에서 s.
- 철저 하 게 vortexing에 의해 사용 가능한 자석 구슬 resuspend, 모든 샘플을 구슬의 10 µ L을 추가 하 고 6 rpm에 회전 바퀴에 실 온에서 1 h에 품 어.
- 부 화 후 5에 대 한 튜브를 회전 s 작은 7000 x g 에서 원심 및 자석 선반에 1 분 동안 넣어. 포부는 상쾌한을 제거 합니다.
- 워시 버퍼 1의 100 µ L에 구슬 resuspend. 혼합 하 고 6 rpm에 회전 바퀴에 실 온에서 5 분 동안 품 어 튜브 반전.
- 5에 대 한 튜브를 회전 s 7000 x g 작은 원심 분리기에서 그들 자석 선반에서 1 분 놓고는 상쾌한 pipetting으로 제거. 워시 버퍼 2 단계 4.13-4.14 반복 합니다.
- 그 후, 포부에 의해 워시 버퍼를 제거 하 고 차입 버퍼의 55 µ L에 구슬 resuspend 하 고, 침전 된 DNA elute 하 6 rpm에 회전 바퀴에 실 온에서 15 분 동안 품 어. 마지막으로, 5에 대 한 튜브를 회전 s 7000 x g 작은 원심 분리기에서 자석 선반에 1 분 동안 그들을 배치 하 고 새로운 1.5 mL 튜브에는 상쾌한 전송.
참고: 여기는 프로토콜 수 있습니다 잠재적으로 일시 정지 됩니다. -20 ° c.에 eluted DNA는 저장 합니다 다음
5. CLL 세포에 NFAT 대상 유전자의 탐지.
- 표 2에 표시 된 대로 모든 샘플에 대 한 중복 qRT-PCR 반응을 수행 합니다.
참고: 대상 유전자의 검출에 대 한 양적 실시간 PCR (qRT-PCR)는 실시를 실시간 PCR 장비 상용 qRT-PCR 혼합을 사용 하 여. - 흰색 96-잘 반응 플레이트를 사용 하 여 반응 및 RT-PCR 악기에 대 한. 자전거 상태는 다음과 같습니다: 95 ° C 30에 대 한 s, [95 ° C 5에 대 한 s, 30 60 ° C s] 40 주기 x.
참고: 입력 (undiluted 또는 희석 1시 10분, 1: 100과 nuclease 무료 물에서 1:1000)의 직렬 희석 상대 농축을 계산 하는 데 사용 됩니다. Jurkat 세포, 일리노이-2 긍정적인 컨트롤32로 사용 되었다. CD40L, B 세포에 NFAT2의 잘 알려진 대상 CLL33,34NFAT2의 소설 대상 유전자에 대 한 예제로 CLL 세포에 LCK 긍정적인 제어로 사용 되었다. CD40L, 일리노이-2 와 LCK 발기인 지역의 뇌관 특정 시 약 및 장비에 설명 되어 있습니다.
6. 정규화 및 데이터 분석
주:일리노이-2, CD40L ( LCK)의 발기인 지구에 대 한 상대적 농축 정규화에 대 한 IgG 제어를 사용 하 여 계산 됩니다.
- 먼저, 입력된 직렬 희석, 일리노이-2, CD40L 와 qRT-PCR 데이터에서 평가 소프트웨어를 통해 LCK 발기인 지역에 대 한 Ct (임계값 주기) 값을 결정 합니다.
- 통해 입력의 직렬 희석 농도 대 한 표준 곡선을 정의 합니다. 이 표준 곡선으로 일리노이-2, CD40L 집중력과 모든 샘플의 각 복제본에 대 한 LCK 발기인 영역을 계산 합니다.
- 다음, 중복의 평균을 계산 합니다. 그런 다음 참조로 IgG immunoprecipitation 샘플을 설정 합니다. 이 샘플에 대 한 상대적인 농축 1.0으로 정의 하 고이 참조를 (NFAT2 immunoprecipitation)에서 다른 샘플을 비교.
- 마지막으로, IgG 참조의 농도 의해 샘플의 농도 나누어 상대 농축을 계산 합니다.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Representative Results
그림 1 에서는 CLL 환자 CD19 FITC와 CD5-PE 항 체와 얼룩 후 수행의 모범 흐름 cytometry 분석. 그림 1a 는 CLL 환자의 혈액에 있는 세포의 대부분을 대표는 림프 톨의 게이팅 보여 줍니다. 그림 1b CD19의 비율을 보여줍니다+/CD5+ CLL 세포, 림프 톨이 예에서 89.03%를 대표 하는. CD19 비율+/CD5- B 세포는 각각 환자에 3.72%.
그림 2 다른 기간 SDS-PAGE 그리고 서쪽 오 점 하 여 평가 대 한 고정 Jurkat 세포에서 항 체 실적의 예를 보여줍니다. 다른 제조 업체에서 다른 항 체 분석 되었다. 그림 2a 녹색 형광 방지 마우스 항 체 검출 하는 다른 제조 업체에서 αNFAT2 항 체 (클론 7A6)의 성능을 보여줍니다. 항 체 제조업체 1의 보여주었다 고정 (밴드 A)과 Jurkat 세포 2.5 분 또는 5 분에 대 한 고정 된 경우에 없이 그것의 epitope 바인딩 (밴드 B 또는 C, 각각). ΑNFAT2-항 체 (클론 7A6) 제조 업체 2, 다른 한편으로에서 하지 Jurkat 세포에도 약한 성과 보여 고정 (밴드 D). 고정, 시이 제조 업체의 항 체도 약한 결과 (E (2.5 분 고정)와 F (5 분 고정) 밴드)를 달성. 그림 2b 빨간색 형광 방지 토끼 항 체 검출 하는 다른 제조업체에서 αNFAT2 항 체 (클론 D15F1)의 성능을 보여줍니다. 이 항 체를 또한 약하게 고정된 샘플 (밴드 A)에서 수행 하 고 밴드의 부재 고정 (밴드 B (2.5 분 고정)와 C (5 분 고정))으로 epitope의 마스크를 나타냅니다.
그림 3 다른 고정 및 평가 좋고 가난한 품질의 전단 젤 전기 이동 법 후 얻은 Jurkat 세포에서 깎인된 chromatin의 예를 보여줍니다. A와 B 밴드 (0 분 고정 또는 2.5 분 고정, 각각) 쇼 좋은 품질 전단 chromatin, 일반 얼룩으로 agarose 젤에 검출 될 수 있는 200-500 bp의 DNA 조각 크기가 특징 이다. 다른 한편으로, 가난한 품질의 전단된 chromatin 예상된 DNA 얼룩 (밴드 C) 뿐만 아니라 더 큰 또는 예상된 조각 크기 범위 (밴드 D-F) 보다 작은 얼룩의 거의 완전 한 또는 완전 한 부재에 의해 인식할 수 있습니다. 얼룩의 완전 한 부재는 시작 물자의 부족 한 금액의 사용을 나타냅니다. 작은 DNA의 검출 밴드를 위해 과도 한 DNA 전단 (E) 큰 DNA 파편 힌트 부족 전단 동안 힌트 파편.
그림 4 Jurkat 세포는 전형적인 실험의 결과 보여 줍니다. LCK 는 잠재적인 NFAT2 대상으로 분석 했다. 일리노이-2 는 T 세포에 NFAT2의 잘 정의 된 대상 유전자는 긍정적인 제어로 사용 되었다. 제어 IgG 항 체는 정규화에 이용 되었다. 그림 4a 일리노이-2 긍정적인 통제의 중대 한 풍부에 의해 문서화 하는 최적의 결과 함께 실험을 보여줍니다. 이 실험에서 LCK LCK Jurkat 세포에서 직접 NFAT2 대상 임을 입증 하는 침전 된 DNA 시퀀스의 중요 한 농축은 종결 될 수 있다. 그림 4b 고정 또는 일리노이-2 긍정적인 통제에 농축의 낮은 정도 일으키는 차선 전단 절차를 누락으로 인해 품질이 DNA와 수행 실험을 보여줍니다.
그림 5 기본 인간 CLL 세포를 사용 하 여 수행 하는 실험의 결과 보여 줍니다. CD40L 는 긍정적인 통제, LCK B 세포에서 알려진된 NFAT2 대상 실험 대상으로 분석 했다. 그림 5a 는 긍정적인 통제에 CD40L DNA의 농축의 상당한 수준으로 실험을 보여줍니다. LCK DNA의 더 강한 농축에서 LCK 기본 인간 CLL 세포에 직접 NFAT2 대상 이기도 종결 될 수 있습니다. 그림 5b 는 부적당 한 털 때문에 대부분 품질이 DNA와 수행 실험을 보여줍니다. 아니 상당한 농축 CD40L DNA의 의미 실험 데이터를 렌더링 하는 긍정적인 컨트롤에서 검출 될 수 있습니다.
그림 1: CLL 환자의 모범적인 흐름 cytometry 분석. (CLL 환자의 a) 샘플 CD19 FITC와 CD5-PE 항 체와 얼룩 후 cytometry 통해 분석 되었다 고 림프 톨 문이 있었다. (CD19의 비율 b) 그 후,+/CD5+ CLL 세포와 CD19+/CD5- B 세포 결정 되었다. 여기, CD19+/CD5+ CLL 세포 세포의 89.03% 반면 CD19+/CD5- B 세포 림프 톨의 3.72%를 나타냅니다. 모범 환자 표시 됩니다. 이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭 하십시오.
그림 2: SDS 페이지 및 서양 오 점 하 여 평가 하는 고정된 Jurkat 세포에서 항 체 성능의 예. (a) Jurkat 세포 고정 했다 0 분 (밴드 A 및 D), 2.5 분 (밴드 B 및 E), 또는 5 분 (C와 F)와 αNFAT2-항 체 (클론 7A6) 서로 다른 제조 업체에서 (A-C 밴드 = 제조업체 1, D-F 밴드 = 제조 업체 비교 2) 되었다. 제조자 1의 항 체는 더 나은 전반적인 성능, 고정된 샘플 (밴드 A-C와 D-F 밴드 비교)에 높은 선호도와 바인딩 했다. (b) αNFAT2-항 체 (클론 D15F1) 서로 다른 제조 업체에서 사용 되었다. 이 항 체 고정된 샘플 (밴드 A)에서 성능만 저하 그리고는 epitope 고정 시 마스크 했다. 따라서, 항 체의 아무 바인딩 고정 (밴드 B와 C) 후 검출 될 수 있는. 이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭 하십시오.
그림 3: 젤 전기 이동 법에 의해 평가 Jurkat 세포에서 좋은 가난한 전단 질 chromatin의 예. Jurkat 세포 고정 되었고 다른 기간에 대 한 전단. 2.5 분 (B와 E 밴드), 또는 5 분 (C와 F) 0 분 (밴드 A 및 D)에 대 한 고정이 이루어졌다. 전단 (밴드 A C) 10 분 또는 20 분 (D-F 밴드) 수행 되었다. 양질의 전단 chromatin의 200-500 bp (밴드 A 및 B) 각 지역에 얼룩으로 검출 될 수 있는 DNA 조각 크기 특징 이다. 품질의 chromatin DNA의 거의 완전 한 또는 완전 한 부재 하 여 부적절 한 전단 조건 (때문에 시작 물자 사용 (밴드 C) 또는 더 작은 또는 더 큰 크기 영역에 얼룩에 의해 부족 한 금액으로 인해 얼룩 인식 될 수 있다 밴드 D-F)입니다. 이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭 하십시오.
그림 4: Jurkat 세포 qRT-PCR에 의해 평가의 칩. (a) NFAT2 LCK 과 Jurkat 세포에 일리노이-2 발기인에 바인딩합니다. LCK 와 일리노이-2 발기인 지구 NFAT2 항 체와 침전의 상대 농축 qRT-PCR에 의해 분석으로 표시 됩니다. 3 개의 독립적인 칩 실험 ± sem의 의미 표시 됩니다 (스튜던트 t-검정, * P < 0.05; * * P < 0.01 * * * P < 0.001). (b) DNA 샘플 품질 전단 chromatin에서에서 사용 되었다. 아니 관련 바인딩 대상 시퀀스에 NFAT2의 검출 될 수 있습니다. 비슷한 사진은 아무 고정 되었거나 NFAT2 항 체와 함께 부 화 시간이 충분 하지 않았다 경우 감지할 수 있습니다. 3 개의 독립적인 칩 실험 ± sem의 의미 표시 됩니다 (스튜던트 t-검정, * P < 0.05; * * P < 0.01 * * * P < 0.001). 이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭 하십시오.
그림 5: qRT-PCR에 의해 평가 하는 기본 인간 CLL 세포의 칩. (a) NFAT2는 구체적으로 환자는 질병의 나태 한 과정에서 기본 인간 CLL 세포에 LCK 및 CD40L 발기인에 바인딩합니다. 다이어그램이 보여줍니다 LCK 및 CD40L 발기인 지구 qRT-PCR에 의해 분석 NFAT2 항 체와 침전의 상대 농축. 3 개의 독립적인 칩 실험 ± sem의 의미 표시 됩니다 (스튜던트 t-검정, * P < 0.05; * * P < 0.01 * * * P < 0.001). (b) DNA 품질 전단 chromatin와 환자 샘플에서 사용 되었다. 각 대상 시퀀스에 NFAT2의 아무 바인딩 관찰 될 수 있었다. 3 개의 독립적인 칩 실험 ± sem의 의미 표시 됩니다 (스튜던트 t-검정, * P < 0.05; * * P < 0.01 * * * P < 0.001) 이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭 하십시오.
| 항목 | IP 당 볼륨 (µ L) |
| 5% BSA | 6 |
| 프로 테아 제 억제제 x 100 | 3 |
| 칩 버퍼 1 x 5 | 56 |
| 깎인된 chromatin | 15 µ L (70 µ L) x |
| 단백질 코팅 자석 구슬 | 20 |
| 칩 seq 학년 물 | 185-x-y |
| 항 체 (αNFAT2 또는 IgG 제어) | y (1.09 µ L 또는 1 µ L) |
| 총 | 270 |
표 1: 일정 pipetting chromatin immunoprecipitation. Chromatin immunoprecipitation 테이블에 표시 된 대로 반응 준비 하 여 수행 되었다.
| 항목 | qRT-PCR 당 볼륨 (µ L) |
| immunoprecipitated DNA | 9 |
| qRT-PCR 믹스 | 10 |
| 앞으로 뇌관 (LCK/CD40L/일리노이-2) | 0.5 |
| 반전 뇌관 (LCK/CD40L/일리노이-2) | 0.5 |
| 총 | 20 |
표 2: qRT-PCR pipetting 일정. QRT-PCR 반응을 테이블에 표시 된 대로 준비 하 여 수행 되었다.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Discussion
성공적인 칩 분석 실험을 수행의 중요 한 단계는 적절 한 항 체의 선택과 과정25전단 chromatin의 최적화. ΑNFAT2 항 체의 선택이이 프로토콜의 개발 중 특히 어려운 것으로 판명. 상업적으로 사용할 수 있는 여러 αNFAT2 항 체와이 작품 부 럽 잘 및 다른 응용 프로그램의 대부분은, 복제 7A6 칩7성공적으로 사용 될 수 있는 유일한 항 체 했다. 도 살 일 걸 요 다른 제조 업체에서 동일한 7A6 항 체 칩에 그들의 성과 관하여 중요 한 차이 전시. 주요 도전은 XChIP 프로토콜25에서 사용 하는 고정 과정에 의해 대상 단백질 epitopes의 잠재적인 장애 이다.
절차를 기울이기 chromatin XChIP에서 적절 한 결과 얻기 위한 중요 한 이기도 합니다. 200-500 bp의 조각 크기 agarose 젤 전기 이동 법에 의해 평가 되었다 발견이 NFAT2 칩 프로토콜7에서 최적의. 이 분석 결과 수행할 때 자료 또는 더 작은 또는 더 큰 크기의 DNA 파편을 일반적으로 시작 하는 DNA의 부족의 결과로 부적당 한 전단 조건 차선의 결과가 발생할. 차선의 전단 또한 관찰 되었다 냉동 하 고 rethawed PBMCs. 그러므로를 사용 하 여 DNA 파편의 과도 한 털의 증가 뿐만 아니라 세포에서 DNA의 낮은 수율에서 결과 PBMCs의 녹고.
칩 키트 및 칩 급 항 체의 광범위 한 다양 한의 가용성은 도전, 하지만 또한 넓은 맥락에서 기법을 사용 하 여 가능성을 제공 합니다. 따라서, 녹음 방송 요인의 다양성에 다른 세포 유형 조사 수 있습니다. 예를 들어 (NFAT1 및 NFAT4) NFAT 가족의 다른 일원 최근 칩35,,3637을 사용 하 여 조사 있다.
여기에 사용 되는 칩 키트도 우리의 요구에 맞게 수정 했다. 첫째, 사용 된 항 체에 의해 인식 하는 epitope의 방지 하 고 최적의 기울이기 사용 고정 시간 조정 되었다. 세포의 용 해 및 기울이기에 사용 되는 버퍼의 볼륨도 다른 세척 단계 동안 세포의 손실을 줄이기 위해 변경 되었습니다. 또한, 전단 조건 200-500 bp의 범위에서 DNA 파편을 얻기 위해 최적화 되었다. 그들은 비교 하 고 더 경제적인 것으로 판명으로 프로 테아 제 억제제와 항 체 IgG 제어 다른 상용 약으로 교환 되었다. 제조업체에서 제공 하는 캐리어를 포함 하는 단계는 DNA의 강 수로 방해로 생략 되었다. 결국, elute DNA를 사용 하는 버퍼의 양은 항복 qRT-PCR에 사용 될 충분 한 볼륨에 적응 했다.
다양 한 회사에서 다른 몇 가지 키트 있다 고 키트 없이 칩을 수행할 가능성도 있다. 그러나, 테스트 및 설립은 매우 도전적인 다른 고정 및 기울이기 방법 분석된 세포와 단백질의 호환성 같은 고려 될 많은 요인이 있다. 언급 한 키트는 우리의 실험실에서 잘 설립 했다으로 사용 되었다.
적절 한 항 체를 식별 하거나 각각의 개별 전사 요소에 대해 생성 된 때문에이 방법의 주요 제한 그대로 모형 유기 체에서 대규모 조사에 그것의 제한 적용입니다. 만 적은 수의 셀 또는 제한 된 시간 창 동안에 저급에 표현 되는 유전자의 분석 칩 또한 도전 수 있습니다.
칩은 그대로 진 핵 세포25에 그것의 각각 대상 유전자와 특정된 녹음 방송 요인의 직접적인 상호 작용을 설명 하기 위해 골드 표준, 다양 한 다른 기술 단백질과 DNA 사이 상호 작용을 조사 하는 . EMSA 셀 lystates24에 낮은 풍부 DNA 의무적인 단백질을 검출 하는 유용한 방법입니다. 그것은 또한 체계적인 DNA 프로브 mutational 분석을 통해 특정 단백질의 친화 력을 바인딩 특성을 사용할 수 있습니다. 칩에 비해 EMSA의 주요 이점은 사실 일반적으로 실질적으로 더 적은 시간이 각각 분석 결과 설정 하는 것 이다. DNA 풀 다운 분석, 미 판 캡처 및 탐지 분석 실험 및 기자 분석 실험 단백질 DNA 상호 작용23분석을 다른 기술이 있습니다.
최근 개발 만들었습니다 그것 microarray 기술 (칩-온-칩)38,,3940 또는 다음-세대 시퀀싱 (칩 Seq의 조합에 의해 게놈 넓은 접근에 칩 분석 결과 적용 하 )41,,4243.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Disclosures
저자는 공개 없다.
Acknowledgments
이 작품은 DFG에 의해 지원 되었다 뮤 3340/1-1과 도이치 Krebshilfe 111134 (둘 다 M.R.M.에 게 수 여 하는) 부여 부여. 우리 감사 Elke Malenke 우수한 기술 지원).
Materials
| Name | Company | Catalog Number | Comments |
| 1 X PBS | Sigma Aldrich | D8537 | |
| 1.5 mL tube shaker Themomixer comfort | Eppendorf | 5355 000.011 | Can be substituted with similar instruments |
| 10X Bolt Sample Reducing Agent | Thermo Scientific | B0009 | |
| 20X Bolt MES SDS Running Buffer | Thermo Scientific | B0002 | |
| 37 % Formaldehyde p.a., ACS | Roth | 4979.1 | |
| 4X Bolt LDS Sample Buffer | Thermo Scientific | B0007 | |
| Anti-NFAT2 antibody | Alexis | 1008505 | Clone 7A6 |
| Anti-NFAT2 antibody | Cell Signaling | 8032S | Clone D15F1 |
| Anti-NFAT2 antibody ChIP Grade | Abcam | ab2796 | Clone 7A6 |
| big Centrifuge | Eppendorf | 5804R | Can be substituted with similar instruments |
| CD19-FITC mouse Anti-human | BD Biosciences | 555412 | Clone HIB19 |
| CD5-PE mouse Anti-human CD5 | BD Biosciences | 555353 | Clone UCHT2 |
| Density gradient medium Biocoll (Density 1,077 g/ml) | Merck | L 6115 | |
| DNA LoBind Tube 1.5 mL | eppendorf | 22431021 | |
| FBS superior | Merck | S0615 | |
| Flow Cytometer | BD Biosciences | FACSCalibur | Can be substituted with similar instruments |
| Halt Protease and Phosphatase Inhibitor Cocktail (100X) | Thermo Scientific | 78440 | |
| iBlot 2 Gel Transfer Device | Thermo Scientific | IB21001 | |
| iBlot 2 Transfer Stacks, nitrocellulose, regular size | Thermo Scientific | IB23001 | |
| iDeal ChIp-seq kit for Histones | Diagenode | C01010059 | |
| Ionomycin calcium salt | Sigma Aldrich | I3909 | |
| IRDye 680LT Donkey anti-Rabbit IgG (H + L), 0.5 mg | LI-COR Biosciences | 926-68023 | |
| IRDye 800CW Goat anti-Mouse IgG (H + L), 0.1 mg | LI-COR Biosciences | 925-32210 | |
| LI-COR Odyssey Infrared Imaging System | LI-COR Biosciences | B446 | |
| LightCycler 480 Multiwell Plate 96, white | Roche | 4729692001 | Can be substituted with other plates in different real-time PCR instruments |
| Lysing Solution OptiLyse B | Beckman Coulter | IM1400 | |
| M220 AFA-grade water | Covaris | 520101 | |
| M220 Focused-ultrasonicator | Covaris | 500295 | |
| Magnetic rack, DynaMag-15 Magnet | Thermo Scientific | 12301D | Can be substituted with similar instruments |
| MEM Non-Essential Amino Acids Solution 100X | Thermo Scientific | 11140050 | |
| Microscope Axiovert 25 | Zeiss | 451200 | Can be substituted with similar instruments |
| microTUBE AFA Fiber Pre-Slit Snap-Cap 6x16mm | Covaris | 520045 | |
| Neubauer improved counting chamber | Karl Hecht GmbH & Co KG | 40442012 | Can be substituted with similar instruments |
| NH4 Heparin Monovette | Sarstedt | 02.1064 | |
| Nuclease-free water | Promega | P1193 | |
| NuPAGE 4-12% Bis-Tris Protein Gels, 1.0 mm, 15-well | Thermo Scientific | NP0323BOX | |
| Odyssey® Blocking Buffer (TBS) 500 mL | LI-COR Biosciences | 927-50000 | |
| Penicillin/Streptomycin 100X | Merck | A2213 | |
| PerfeCTa SYBR Green FastMix | Quanta Bio | 95072-012 | |
| PMA | Sigma Aldrich | P1585 | |
| Primer CD40L promotor region forward | Sigma Aldrich | 5’-ACTCGGTGTTAGCCAGG-3’ | |
| Primer CD40L promotor region reverse | Sigma Aldrich | 5’-GGGCTCTTGGGTGCTATTGT -3’ | |
| Primer IL-2 promotor region forward | Sigma Aldrich | 5’-TCCAAAGAGTCATCAGAAGAG-3’ | |
| Primer IL-2 promotor region reverse | Sigma Aldrich | 5’-GGCAGGAGTTGAGGTTACTGT-3’ | |
| Primer LCK promotor region forward | Sigma Aldrich | 5’-CAGGCAAAACAGGCACACAT-3’ | |
| Primer LCK promotor region reverse | Sigma Aldrich | 5’-CCTCCAGTGACTCTGTTGGC-3’ | |
| Rabbit mAb IgG XP Isotype Control | Cell Signaling | # 3900S | Clone DA1E |
| Real-time PCR instrument | Roche | LightCycler 480 | Can be substituted with similar instruments |
| Roller mixers | Phoenix Instrument | RS-TR 5 | |
| RPMI 1640 Medium, GlutaMAX Supplement | Thermo Scientific | 61870010 | |
| Safety-Multifly-needle 21G | Sarstedt | 851638235 | |
| SeeBlue Plus2 Pre-stained Protein Standard | Thermo Scientific | LC5925 | |
| Shaker Duomax 1030 | Heidolph Instruments | 543-32205-00 | Can be substituted with similar instruments |
| small Centrifuge | Thermo Scientific | Heraeus Fresco 17 | Can be substituted with similar instruments |
| Sodium Pyruvate | Thermo Scientific | 11360070 | |
| ß-Mercaptoethanol | Thermo Scientific | 21985023 | |
| Tris Buffered Saline (TBS-10X) | Cell Signaling | #12498 | |
| Trypan Blue solution | Sigma Aldrich | 93595-50ML |
References
- Byrd, J. C., Jones, J. J., Woyach, J. A., Johnson, A. J., Flynn, J. M. Entering the Era of Targeted Therapy for Chronic Lymphocytic Leukemia: Impact on the Practicing Clinician. Journal of Clinical Oncology. 32 (27), 3039-3047 (2014).
- Woyach, J. A. Survival of the weak (signalers): anergy in CLL. Blood. 121 (19), 3781-3783 (2013).
- Hallek, M., et al. Guidelines for diagnosis, indications for treatment, response assessment and supportive management of chronic lymphocytic. Blood. , (2018).
- Hogan, P. G., Chen, L., Nardone, J., Rao, A. Transcriptional regulation by calcium, calcineurin, and NFAT. Genes and Development. 17 (18), 2205-2232 (2003).
- Macian, F. NFAT proteins: key regulators of T-cell development and function. Nature Reviews Immunology. 5 (6), 472-484 (2005).
- Muller, M. R., Rao, A. NFAT, immunity and cancer: a transcription factor comes of age. Nature Reviews Immunology. 10 (9), 645-656 (2010).
- Marklin, M., et al. NFAT2 is a critical regulator of the anergic phenotype in chronic lymphocytic leukaemia. Nature Communications. 8 (1), 755 (2017).
- Geertz, M., Maerkl, S. J. Experimental strategies for studying transcription factor-DNA binding specificities. Briefings in Functional Genomics. 9 (5-6), 362-373 (2010).
- Slattery, M., et al. Absence of a simple code: how transcription factors read the genome. Trends in Biochemical Sciences. 39 (9), 381-399 (2014).
- Cumbo, F., Vergni, D., Santoni, D. Investigating transcription factor synergism in humans. DNA Research. , (2017).
- Gade, P., Kalvakolanu, D. V. Chromatin Immunoprecipitation Assay as a Tool for Analyzing Transcription Factor Activity. Methods in molecular biology. 809, Clifton, N.J. 85-104 (2012).
- Mundade, R., Ozer, H. G., Wei, H., Prabhu, L., Lu, T. Role of ChIP-seq in the discovery of transcription factor binding sites, differential gene regulation mechanism, epigenetic marks and beyond. Cell Cycle. 13 (18), 2847-2852 (2014).
- Flores, E., Picossi, S., Valladares, A., Herrero, A. Transcriptional regulation of development in heterocyst-forming cyanobacteria. Biochimica et Biophysica Acta. , (2018).
- Callens, C., Tucker, M. R., Zhang, D., Wilson, Z. A. Dissecting the role of MADS-box genes in monocot floral development and diversity. Journal of Experimental Botany. 69 (10), 2435-2459 (2018).
- Shen, Q., Toulabi, L. B., Shi, H., Nicklow, E. E., Liu, J. The forkhead transcription factor UNC-130/FOXD integrates both BMP and Notch signaling to regulate dorsoventral patterning of the C. elegans postembryonic mesoderm. Developmental Biology. 433 (1), 75-83 (2018).
- Tang, X., Zhao, Y., Buchon, N., Engstrom, Y. The POU/Oct Transcription Factor Nubbin Controls the Balance of Intestinal Stem Cell Maintenance and Differentiation by Isoform-Specific Regulation. Stem Cell Reports. , (2018).
- Bertacchi, M., Parisot, J., Studer, M. The pleiotropic transcriptional regulator coup-tfi plays multiple roles in neural development and disease. Brain Research. , (2018).
- Aronson, B. E., Stapleton, K. A., Krasinski, S. D. Role of GATA factors in development, differentiation, and homeostasis of the small intestinal epithelium. American Journal of Physiology: Gastrointestinal and Liver Physiology. 306 (6), G474-G490 (2014).
- Fernandez, L. P., Lopez-Marquez, A., Santisteban, P. Thyroid transcription factors in development, differentiation and disease. Nature Reviews: Endocrinology. 11 (1), 29-42 (2015).
- Jiang, S., et al. Novel role of Forkhead box O 4 transcription factor in cancer: bringing out the good or the bad. Seminars in Cancer Biology. , (2018).
- Daniel, P. M., et al. PI3K Activation in Neural Stem Cells Drives Tumorigenesis which can be Ameliorated by Targeting the cAMP Response Element Binding (CREB) Protein. Neuro-Oncology. , (2018).
- Chen, W. T., Chen, Y. K., Lin, S. S., Hsu, F. T. Hyperforin Suppresses Tumor Growth and NF-kappaB-mediated Anti-apoptotic and Invasive Potential of Non-small Cell Lung Cancer. Anticancer Research. 38 (4), 2161-2167 (2018).
- Ausubel, F. M. Current protocols in molecular biology. , Wiley & sons. (1994).
- Garner, M. M., Revzin, A. A gel electrophoresis method for quantifying the binding of proteins to specific DNA regions: application to components of the Escherichia coli lactose operon regulatory system. Nucleic Acids Research. 9 (13), 3047-3060 (1981).
- Fujita, T., Fujii, H. Biochemical Analysis of Genome Functions Using Locus-Specific Chromatin Immunoprecipitation Technologies. Gene Regulation and Systems Biology. 10 (Suppl 1), 1-9 (2016).
- O'Neill, L. P., Turner, B. M. Immunoprecipitation of native chromatin: NChIP. Methods. 31 (1), 76-82 (2003).
- Gilmour, D. S., Lis, J. T. Detecting protein-DNA interactions in vivo: distribution of RNA polymerase on specific bacterial genes. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 81 (14), 4275-4279 (1984).
- Gilmour, D. S., Lis, J. T. In vivo interactions of RNA polymerase II with genes of Drosophila melanogaster. Molecular and Cellular Biology. 5 (8), 2009-2018 (1985).
- Solomon, M. J., Larsen, P. L., Varshavsky, A. Mapping protein-DNA interactions in vivo with formaldehyde: evidence that histone H4 is retained on a highly transcribed gene. Cell. 53 (6), 937-947 (1988).
- Varshavsky, A. Discovery of cellular regulation by protein degradation. Journal of Biological Chemistry. 283 (50), 34469-34489 (2008).
- Hebbes, T. R., Thorne, A. W., Crane-Robinson, C. A direct link between core histone acetylation and transcriptionally active chromatin. EMBO Journal. 7 (5), 1395-1402 (1988).
- Decker, E. L., Skerka, C., Zipfel, P. F. The early growth response protein (EGR-1) regulates interleukin-2 transcription by synergistic interaction with the nuclear factor of activated T cells. Journal of Biological Chemistry. 273 (41), 26923-26930 (1998).
- Grammer, A. C., et al. The CD40 ligand expressed by human B cells costimulates B cell responses. Journal of Immunology. 154 (10), 4996-5010 (1995).
- Pham, L. V., Tamayo, A. T., Yoshimura, L. C., Lin-Lee, Y. C., Ford, R. J. Constitutive NF-kappaB and NFAT activation in aggressive B-cell lymphomas synergistically activates the CD154 gene and maintains lymphoma cell survival. Blood. 106 (12), 3940-3947 (2005).
- Zhou, Z. H., et al. The acid-sensing ion channel, ASIC2, promotes invasion and metastasis of colorectal cancer under acidosis by activating the calcineurin/NFAT1 axis. Journal of Experimental and Clinical Cancer Research. 36 (1), 130 (2017).
- Estrada-Aviles, R., Rodriguez, G., Zarain-Herzberg, A. The cardiac calsequestrin gene transcription is modulated at the promoter by NFAT and MEF-2 transcription factors. PloS One. 12 (9), e0184724 (2017).
- Kadziolka, B., Lesniak, W., Filipek, A. Regulation of CacyBP/SIP expression by NFAT1 transcription factor. Immunobiology. 222 (8-9), 872-877 (2017).
- Lieb, J. D., Liu, X., Botstein, D., Brown, P. O. Promoter-specific binding of Rap1 revealed by genome-wide maps of protein-DNA association. Nature Genetics. 28 (4), 327-334 (2001).
- Ren, B., et al. Genome-wide location and function of DNA binding proteins. Science. 290 (5500), 2306-2309 (2000).
- Iyer, V. R., et al. Genomic binding sites of the yeast cell-cycle transcription factors SBF and MBF. Nature. 409 (6819), 533-538 (2001).
- Johnson, D. S., Mortazavi, A., Myers, R. M., Wold, B. Genome-wide mapping of in vivo protein-DNA interactions. Science. 316 (5830), 1497-1502 (2007).
- Robertson, G., et al. Genome-wide profiles of STAT1 DNA association using chromatin immunoprecipitation and massively parallel sequencing. Nature Methods. 4 (8), 651-657 (2007).
- Schmid, C. D., Bucher, P. ChIP-Seq data reveal nucleosome architecture of human promoters. Cell. 131 (5), author reply 832-833 831-832 (2007).
