Summary
हम विकास मीडिया के दो विभिंन प्रकार में Magnetospirillum के कई उपभेदों बढ़ के लिए एक प्रक्रिया प्रस्तुत करते हैं । Magnetospirillum gryphiswaldense तनाव MSR-1 दोनों तरल और हे2 एकाग्रता ढाल अर्द्ध ठोस मीडिया में उगाया जाता है, जबकि एम magneticum तनाव अंब-1 और एम. magnetotacticum तनाव एमएस-1 तरल माध्यम में उगाया जाता है ।
Abstract
Magnetotactic जीवाणु हैं ग्राम-ऋणात्मक, gram, मुख्यतः जलीय prokaryotes सर्वत्र ताजे पानी और समुद्री निवास में. वे biomineralize magnetosomes, जो चुंबकीय नैनोमीटर-मैग्नेटाइट के क्रिस्टल आकार (fe3हे4) या greigite (fe3एस4) एक लिपिड bilayer झिल्ली से घिरा हुआ है, उनके भीतर की क्षमता की विशेषता है कोशिका द्रव्य. सबसे ज्ञात magnetotactic बैक्टीरिया के लिए, magnetosomes कोशिका द्रव्य के अंदर जंजीरों में इकट्ठे हुए हैं, जिससे कोशिकाओं को एक स्थायी चुंबकीय द्विध्रुवीय पल प्रदान और उन्हें बाह्य चुंबकीय क्षेत्र के साथ निष्क्रिय संरेखित करने के लिए कारण. इन विशिष्ट सुविधाओं की वजह से, magnetotactic बैक्टीरिया वाणिज्यिक और चिकित्सा अनुप्रयोगों के लिए एक महान क्षमता है । हालांकि, ज्यादातर प्रजातियों microaerophilic है और विशिष्ट हे2 एकाग्रता आवश्यकताओं, उंहें और अधिक मुश्किल से कई अंय बैक्टीरिया जैसे ई कोलाईके रूप में नियमित रूप से विकसित कर रहे हैं । यहां हम सबसे व्यापक रूप से magnetotactic बैक्टीरिया का अध्ययन उपभेदों के तीन बढ़ती के लिए विस्तृत प्रोटोकॉल वर्तमान, सभी जीनस Magnetospirillumसे संबंधित । इन तरीकों ओ2 एकाग्रता बैक्टीरिया को उपलब्ध कराया की सटीक नियंत्रण के लिए अनुमति देते हैं, ताकि यह सुनिश्चित करने के लिए कि वे आम तौर पर विकसित और magnetosomes संश्लेषित । आगे की पढ़ाई के लिए बढ़ते magnetotactic बैक्टीरिया इन प्रक्रियाओं का उपयोग करने के लिए प्रयोगात्मक विज्ञान में एक विशेषज्ञ होने की आवश्यकता नहीं है. इस लेख में प्रस्तुत सामांय तरीकों को भी अलग और संस्कृति अंय magnetotactic बैक्टीरिया का इस्तेमाल किया जा सकता है, हालांकि यह संभावना है कि विकास मीडिया रासायनिक संरचना को संशोधित करने की आवश्यकता होगी ।
Introduction
Magnetotactic बैक्टीरिया (एमटीबी) मीठे पानी और समुद्री जलीय निवास1में ग्राम-नकारात्मक prokaryotes सर्वव्यापी की एक विस्तृत श्रृंखला का प्रतिनिधित्व करते हैं । इन बैक्टीरिया या तो मैग्नेटाइट (fe3हे4) या greigite (fe3एस4) है, जो ज्यादातर मामलों में कोशिकाओं के अंदर जंजीरों में इकट्ठे कर रहे है से बना चुंबकीय क्रिस्टल का उत्पादन करने की क्षमता का हिस्सा है । इस विशेष संरचनात्मक आकृति कई विशिष्ट प्रोटीन की उपस्थिति के कारण है दोनों बैक्टीरिया के कोशिका द्रव्य में और लिपिड झिल्ली है कि प्रत्येक क्रिस्टल2चारों ओर से घेरे पर । प्रत्येक व्यक्ति क्रिस्टल और उसके आसपास की झिल्ली पुटिका एक magnetosome कहा जाता है और Magnetospirillum प्रजातियों में3के बारे में 30 से ५० एनएम के आकार में लेकर है । magnetosomes की चेन व्यवस्था की वजह से, इन बैक्टीरिया एक स्थायी चुंबकीय द्विध्रुवीय पल है कि उन्हें बाह्य लागू चुंबकीय क्षेत्र के साथ निष्क्रिय संरेखित बनाता है के अधिकारी. इसलिए, इन बैक्टीरिया सक्रिय रूप से चुंबकीय क्षेत्र लाइनों के साथ तैरने, आत्म चालित माइक्रो के रूप में अभिनय, संभवतः और अधिक प्रभावी ढंग से सबसे अनुकूल परिस्थितियों का पता लगाने के लिए (जैसे, ओ2 एकाग्रता) विकास के लिए ।
एमटीबी का एक दिलचस्प गुण उनके दोनों रसायन और उनके magnetosome क्रिस्टल के क्रि को विनियमित करने की क्षमता है । ज्यादातर उपभेदों या तो मैग्नेटाइट या greigite के अपेक्षाकृत उच्च शुद्धता क्रिस्टल का उत्पादन, हालांकि कुछ biomineralize दोनों खनिजों4। सभी मामलों में, बैक्टीरिया ठीक आकार और उनके एकल चुंबकीय डोमेन क्रिस्टल के आकार को नियंत्रित करने में सक्षम हैं । यह बताता है कि क्यों अनुसंधान के एक महान राशि के लिए कैसे एमटीबी इस biomineralization प्रक्रिया प्रदर्शन की एक बेहतर समझ विकसित किया है । इस प्रक्रिया को समझना शोधकर्ताओं को दर्जी कई वाणिज्यिक और चिकित्सा अनुप्रयोगों के लिए चुंबकीय nanocrystals बनाने की अनुमति हो सकती है ।
एमटीबी पर व्यापक शोध को पर्याप्त बाधा उन्हें प्रयोगशाला में उगाने की कठिनाई रही है. इस काम में इस्तेमाल उपभेदों सहित अधिकांश प्रजातियों, obligately microaerophilic जब एक टर्मिनल इलेक्ट्रॉन स्वीकारकर्ता के रूप में ओ2 के साथ हो रहे हैं । यह बताता है कि क्यों इन बैक्टीरिया अक्सर oxic और anoxic स्थितियों (oxic-anoxic इंटरफेस, OAI) के बीच संक्रमण क्षेत्र में पाए जाते हैं । यह स्पष्ट रूप से पता चलता है कि एमटीबी सटीक हे2 एकाग्रता आवश्यकताओं जो स्पष्ट रूप से ध्यान में रखा जाना चाहिए जब इन जीवों के लिए विकास मीडिया तैयार । इसके अलावा, एमटीबी के महान मौजूदा विविधता का तात्पर्य है कि विभिंन उपभेदों रासायनिक ढाल और पोषक तत्वों के विभिंन प्रकार की आवश्यकता के लिए इष्टतम विकास प्राप्त होगा ।
इस काम में, हम तीन सबसे व्यापक रूप से अध्ययन एमटीबी के बढ़ते के लिए तरीकों का वर्णन: Magnetospirillum magneticum (तनाव अंब-1), एम magnetotacticum (एमएस-1) और एम. gryphiswaldense (MSR-1) । इन प्रजातियों phylogenetically Proteobacteria जाति में Alphaproteobacteria वर्ग के हैं, आकृति विज्ञान में पेचदार है और सेल के प्रत्येक छोर पर एक ध्रुवीय flagellum के अधिकारी हैं । हम दोनों तरल और हे2 एकाग्रता ढाल अर्द्ध ठोस मीडिया, पहले से प्रकाशित मध्यम व्यंजनों5,6पर आधारित में तनाव MSR-1 बढ़ते के लिए प्रोटोकॉल प्रदान करते हैं । हम भी एक विस्तृत प्रोटोकॉल वर्तमान में बढ़ते उपभेदों के लिए अंब-1 और एमएस-1 में संशोधित चुंबकीय Spirillum विकास माध्यम (MGSM)7.
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Protocol
1. एन2 स्टेशन की स्थापना
नोट: यह न्यूनतम रिसाव के साथ गैस टैंक से जुड़ा हो सकता है ताकि टयूबिंग के भीतरी व्यास का चयन और एक 1 मिलीलीटर प्लास्टिक सिरिंज के सिलेंडर कसकर इस टयूबिंग में फिट बैठता है. पूर्ण N2 बक स्टेशन का एक उदाहरण चित्रा 1में प्रदान की गई है ।
- सुरक्षित रूप से एक एन2 गैस टैंक करीब स्थापित करने के लिए एक बेंच जिस पर वहां पर्याप्त जगह के लिए n2 स्टेशन सेट (लगभग ५० cm की लंबाई) है ।
- टैंक से कनेक्ट करने के लिए काफी लंबे समय तक जहां स्टेशन का निर्माण किया जाएगा क्षेत्र तक पहुंचने के लिए ट्यूबिंग का एक टुकड़ा । यदि आवश्यक हो, किसी भी रिसाव से बचने के लिए टैंक के उत्पादन पर Teflon टेप लागू होते हैं ।
- एक ही समय में मध्यम के पांच बोतलों bubbling में सक्षम स्टेशन का निर्माण, लंबाई में लगभग 5 सेमी की टयूबिंग के चार टुकड़े काट ।
- ३ ३ तरह टी के आकार का प्लास्टिक फिटिंग के साथ एक लाइन में टयूबिंग के टुकड़े इकट्ठा । एक अतिरिक्त टी के आकार की फिटिंग के माध्यम से एन2 टैंक के उत्पादन में टयूबिंग के टुकड़े के लिए इस लाइन के एक छोर से कनेक्ट करें । एक ९० ° दूसरे छोर पर कोहनी फिटिंग जोड़ें ।
- एक क्षैतिज धातु रॉड बेंच के ऊपर लगभग 30 सेमी रखा करने के लिए संरचना संलग्न करने के लिए टेप का प्रयोग करें ।
- टयूबिंग के पांच टुकड़े कनेक्ट (लगभग 20 सेमी लंबाई में) १.४ कदम में स्थापित फिटिंग के मुक्त outputs के लिए ।
- पांच १.० एमएल प्लास्टिक सीरिंज से पिस्ते हटा दें और इन सीरिंज के बड़े सिरे को (यानी, सुई को विपरीत दिशा में) काट लें, केवल एेसे हिस्से को रखते हुए । इन सीरिंज को कॉटन के साथ भरें, कसकर भी न खाए.
- टयूबिंग के 20 सेमी लंबे ऊर्ध्वाधर टुकड़े में सीरिंज डालें और साबुन पानी का उपयोग करने के लिए सुनिश्चित करें कि कोई रिसाव है जब N2 बह रहा है ।
- ५ २५ जी सुई (०.५ मिमी x 25 मिमी) की टोपियां निकालें और पतली टयूबिंग के 10 सेमी टुकड़े में इन सुइयों डालें । सुनिश्चित करें कि सुइयों कसकर टयूबिंग में फिट बैठते हैं ।
चेतावनी: इस कदम के दौरान छुरा का खतरा है । धीरे करो और ध्यान से करो । - एन2 स्टेशन के सिरिंजों को स्टेप १.९ में तैयार की गई सुइयों को अटैच करें. सुनिश्चित करें कि N2 सभी पांच लाइनों के माध्यम से बह रही है और स्टेशन स्टैंड पर रखने के द्वारा ।
2. विकास मध्यम तैयारी
नोट: यह माध्यम से तैयार की मात्रा को समायोजित करने के लिए संभव है, 2.1.2, -8 और 2.3.8 चरणों में समझाया के रूप में. पानी और रसायनों की मात्रा का इस्तेमाल किया बस आनुपातिक समायोजित करने की जरूरत है । अनुपूरक तालिका 1में सभी मध्यम घटकों की भूमिका बताई गई है ।
- MSR के लिए तरल विकास माध्यम की तैयारी-1
- आसुत जल की १०० मिलीलीटर के लिए घाट साइट्रेट के ०.२४५ जी जोड़कर एक 10 मिमी घाट साइट्रेट समाधान तैयार करें । गर्मी और हलचल भंग करने के लिए, जब तक नारंगी स्पष्ट समाधान के लिए एक पीले प्राप्त की है । आटोक्लेव एक मानक चक्र का उपयोग कर समाधान (१२१ डिग्री सेल्सियस से कम 15 मिनट जोखिम) और फिर अंधेरे में कमरे के तापमान पर इस शेयर समाधान की दुकान ।
नोट: एक हाला स्पष्ट हो जाता है जब घाट साइट्रेट समाधान त्यागें । - आसुत जल के 1 L से युक्त एक चोंच में, सरगर्मी करते समय निम्न क्रम में जोड़ें: १.० मिलीलीटर का पता लगाने खनिज अनुपूरक समाधान, ०.१ g of KH2पीओ4, ०.१५ g of MgSO4.7 H2O, २.३८ g ऑफ़ HEPES, ०.३४ g ऑफ़ नैनो3 , खमीर निकालने के ०.१ जी, सोया बीन peptone के ३.० जी, पोटेशियम के ४.३५ मिलीलीटर स्तनपान (६०% डब्ल्यू/डब्ल्यू समाधान) और 5 मिलीलीटर की 10 मिमी Fe (III) साइट्रेट स्टॉक समाधान ।
नोट: यदि वृद्धि मध्यम की एक छोटी राशि की जरूरत है आनुपातिक मात्रा समायोजित करें । एक एन2 के लिए एक ही समय में पांच बोतलें bubbling में सक्षम स्टेशन के लिए, इस तरह इस प्रोटोकॉल के 1 चरण में बनाया एक के रूप में, मध्यम के ३०० मिलीलीटर तैयार करते हैं ।
चेतावनी: ट्रेस खनिज और Fe (III) साइट्रेट स्टॉक समाधान बाँझ रखा जाना चाहिए । संक्रमण से बचने के लिए, मानक बाँझ तकनीक का उपयोग करें जब उन्हें का उपयोग कर (एक Bunsen बर्नर का उपयोग कर बोतलों की लौ खुला सबसे ऊपर) और औषधालय के लिए बाँझ पिपेट सुझावों का उपयोग करें. एक फ्रिज में 4 डिग्री सेल्सियस पर खनिज समाधान की दुकान । - सभी रसायनों के अलावा के बाद, 1 मीटर NaOH समाधान के साथ ७.० करने के लिए पीएच समायोजित करें । १२५ मिलीलीटर सीरम बोतलों में नए सिरे से तैयार मध्यम वितरण । प्रत्येक बोतल में मध्यम के ६० मिलीलीटर डालो ।
- 30 मिनट के लिए मध्यम में 2 बुलबुला n भंग ओ2हटाने के लिए, छोटे एन2 स्टेशन से जुड़े ट्यूबिंग का उपयोग कर चरण 1 में वर्णित है । प्रत्येक बोतल के शीर्ष पर एक butyl-रबड़ डाट प्लेस, एक छोटे से खोलने के लिए अतिरिक्त गैस बोतल से बाहर निकलने की अनुमति के लिए छोड़ ।
चेतावनी: फोम फार्म जबकि N2के साथ bubbling हो सकता है । फोम उत्पादन से बचने के लिए तदनुसार गैस का प्रवाह समायोजित करें । - तैयार डाट और एक एल्यूमीनियम सील के साथ प्रत्येक बोतल सील समेटना । एल्यूमीनियम सील सुनिश्चित करता है कि बोतल प्रोटोकॉल के बाकी के दौरान बंद रहता है ।
- सुई और एन2 स्टेशन से पतली टयूबिंग डिस्कनेक्ट करें और उन्हें साफ सुई (1 इंच, ≤ 23G) के साथ बदलें । एन2 टैंक के वाल्व समायोजित करें ताकि गैस की एक कोमल सतत प्रवाह टैंक से बाहर निकालता है (के बारे में ५० मिलीलीटर/
नोट: 23G से बड़ा सुइयों डाट में स्थाई unsealed छेद छोड़ सकते हैं । - रबर डाट के माध्यम से, मध्यम की एक बोतल में एन2 टैंक से जुड़े सुइयों में से एक डालें । तुरंत एक ही बोतल में एक और साफ सुई डालें । अंय बोतलों के लिए इस कदम को दोहराने और दो एन के बारे में 30 मिनट के लिए n 2 द्वारा बोतलों में हवा कीजगह के लिए प्रवाह ।
- इसी सुई को हटाकर एन2 स्टेशन से एक बोतल डिस्कनेक्ट कर दीजिये । मध्यम की बोतल में दबाव वायुमंडलीय दबाव को कम हो जाती है और दूसरी सुई को हटाने तक कुछ सेकंड के लिए रुको । सभी शेष बोतलों के लिए इस चरण को दोहराएँ ।
चेतावनी: कदम 2.1.4 के बाद विकास मध्यम की बोतलों को फिर से दर्ज करने से ओ2 को रोकने के लिए, त्वरित उत्तराधिकार में कदम 2.1.4-2.1.8 प्रदर्शन करते हैं । यदि सभी बोतलों एक ही समय में एन2 स्टेशन से कनेक्ट नहीं किया जा सकता है, कदम 2.1.4-2.1.8 बोतलों के पहले सेट के लिए और फिर शेष बोतलों के लिए इन चरणों को दोहराने के साथ आगे बढ़ना । - बोतलें आटोक्लेव । उन्हें कमरे के तापमान पर रात भर शांत रहने दें और बाद में उन्हें कमरे के तापमान पर स्टोर करें ।
- आसुत जल की १०० मिलीलीटर के लिए घाट साइट्रेट के ०.२४५ जी जोड़कर एक 10 मिमी घाट साइट्रेट समाधान तैयार करें । गर्मी और हलचल भंग करने के लिए, जब तक नारंगी स्पष्ट समाधान के लिए एक पीले प्राप्त की है । आटोक्लेव एक मानक चक्र का उपयोग कर समाधान (१२१ डिग्री सेल्सियस से कम 15 मिनट जोखिम) और फिर अंधेरे में कमरे के तापमान पर इस शेयर समाधान की दुकान ।
- अंब-1 और एमएस-1 के लिए लिक्विड ग्रोथ मीडियम की तैयारी
- एक 10 मिमी घाट quinate समाधान तैयार करें । सबसे पहले ०.१९ आसुत जल के १०० मिलीलीटर में quinic एसिड की जी भंग, तो FeCl3. 6H2के ०.२७ ग्राम जोड़ें ओ. हलचल भंग करने के लिए, जब तक एक गहरे लाल, स्पष्ट समाधान प्राप्त की है । आटोक्लेव एक मानक चक्र का उपयोग कर समाधान (१२१ डिग्री सेल्सियस से कम 15 मिनट जोखिम) ।
नोट: एक बाँझ शेयर समाधान के रूप में अंधेरे में कमरे के तापमान पर घाट quinate समाधान की दुकान. जब कोई हाला स्पष्ट हो जाता है तो समाधान छोड़ें । - एक चोंच में आसुत जल के 1 एल युक्त, में क्रम में निंनलिखित जोड़ें जबकि सरगर्मी: विटामिन पूरक समाधान के १०.० मिलीलीटर, ट्रेस खनिज पूरक समाधान के ५.० मिलीलीटर, KH के2पीओ4, ०.८४८ ग्राम के सोडियम succinate dibasic की एमएल hexahydrate, ०.५७५ जी के di-सोडियम tartrate डाईहाइड्रेट, सोडियम एसीटेट trihydrate के 0.083 जी, ०.१% जलीय Resazurin के 0.45 मिलीलीटर, नैनो के ०.१७ जी3, ascorbic एसिड की ०.०४ ग्राम और 10 मिमी Fe के ३.० मिलीलीटर (III) quinate स्टॉक समाधान ।
नोट: यदि वृद्धि मध्यम की एक छोटी राशि की जरूरत है आनुपातिक मात्रा समायोजित करें । एक एन2 के लिए एक ही समय में पांच बोतलें bubbling में सक्षम स्टेशन के लिए, इस तरह इस प्रोटोकॉल के 1 चरण में बनाया एक के रूप में, मध्यम के ३०० मिलीलीटर तैयार करते हैं ।
चेतावनी: विटामिन, ट्रेस खनिज और Fe (III) quinate स्टॉक समाधान बाँझ रखा जाना चाहिए । संदूषण से बचने के लिए, मानक बाँझ तकनीक और बाँझ पिपेट सुझावों का उपयोग करें जब वितरण. एक फ्रिज में 4 डिग्री सेल्सियस पर खनिज और विटामिन समाधान की दुकान । - सभी रसायनों के अलावा के बाद, 1 मीटर NaOH समाधान का उपयोग कर ६.७५ के लिए पीएच समायोजित करें ।
- प्रोटोकॉल के शेष के लिए 2.1.3-2.1.9 चरणों का संदर्भ लें ।
- एक 10 मिमी घाट quinate समाधान तैयार करें । सबसे पहले ०.१९ आसुत जल के १०० मिलीलीटर में quinic एसिड की जी भंग, तो FeCl3. 6H2के ०.२७ ग्राम जोड़ें ओ. हलचल भंग करने के लिए, जब तक एक गहरे लाल, स्पष्ट समाधान प्राप्त की है । आटोक्लेव एक मानक चक्र का उपयोग कर समाधान (१२१ डिग्री सेल्सियस से कम 15 मिनट जोखिम) ।
- MSR-1 के लिए अर्द्ध-ठोस विकास माध्यम तैयार करना
- आसुत जल के १०० मिलीलीटर में कश्मीर के2HPO4 और ४.१७८ ग्राम के KH2पीओ4 के ३.३६२ ग्राम भंग करके एक ०.५ मीटर फॉस्फेट बफर सॉल्यूशन नं० ७.० तैयार करें । अगर पीएच ७.० है और KH2PO4 या NaOH के साथ थोड़ा पीएच समायोजित अगर जरूरत की जांच करें । एक सील कांच की बोतल में समाधान की दुकान (प्लास्टिक के लिए बेहतर करने के लिए ऑक्सीजन एक्सचेंज से बचने के लिए) ।
- ०.०२ M हाइड्रोक्लोरिक समाधान के १०० मिलीलीटर तैयार करें । जोड़ें ०.२ FeCl के2. 4H2ओ इस समाधान के लिए और हलचल को भंग करने के क्रम में एक 10 मिमी लौह क्लोराइड समाधान प्राप्त करने के लिए । एक सील कांच की बोतल में अंधेरे में समाधान की दुकान ।
- आसुत जल के १०० मिलीलीटर में NaHCO3 के ६.७२ जी भंग करके एक ०.८ एम सोडियम बिकारबोनिट समाधान तैयार करें । एक सील कांच की बोतल में समाधान की दुकान ।
- आटोक्लेव चरणों में तैयार समाधान 2.2.1-2.2.3 एक मानक चक्र का उपयोग (१२१ डिग्री सेल्सियस से कम 15 मिनट जोखिम) । उंहें अंधेरे में बाँझ स्टॉक समाधान के रूप में स्टोर ।
- आसुत जल के 1 L से युक्त एक चोंच में, सरगर्मी करते हुए निम्न क्रम में जोड़ें: ट्रेस खनिज अनुपूरक समाधान की 5 मिलीलीटर, ०.२ मिलीलीटर की 1% जलीय resazurin समाधान, ०.४ ग्राम के NaCl, ०.३ ग्राम के एनएच4सीएल, ०.१ जी के MgSO4. 7H2 o, ०.०५ ग्राम के CaCl2. 2H2हे, सोडियम succinate के 1 ग्राम, सोडियम एसीटेट के ०.५ ग्राम, खमीर निकालने के ०.२ ग्राम और आगर के १.६ ग्राम.
- एल्यूमीनियम पंनी के साथ चोंच कवर और चरण -6 में तैयार समाधान आटोक्लेव.
- बस आटोक्लेव चक्र के अंत से पहले, एक ताजा 4% एल तैयार-cysteine · एचसीएल ज2ओ हल को भंग करके L का ०.८ g-cysteine · एचसीएल आसुत जल के 20 मिलीलीटर में एच2ओ । 5 मीटर NaOH समाधान के साथ पीएच ७.० के समाधान को बेअसर ।
सावधानी: यह महत्वपूर्ण है कि cysteine समाधान cysteine के ऑक्सीकरण से बचने के लिए ताजा तैयार है । एक फ्रिज में 4 डिग्री सेल्सियस पर खनिज समाधान की दुकान । - autoclaving के बाद, मध्यम को 50-60 डिग्री सेल्सियस तक ठंडा होने दें और एक Bunsen बर्नर की लौ के नीचे यूरिन लाएं । एल्यूमीनियम पंनी निकालें और जल्दी से आदेश में निंनलिखित जोड़ने जबकि धीरे सरगर्मी: विटामिन समाधान के ०.५ मिलीलीटर, बाँझ फॉस्फेट बफर स्टॉक समाधान के २.८ मिलीलीटर, बाँझ लौह क्लोराइड स्टॉक समाधान के 3 मिलीलीटर, बाँझ सोडियम बिकारबोनिट स्टॉक की १.८ मिलीलीटर समाधान और फिल्टर के 10 मिलीलीटर-निष्फल cysteine समाधान ।
नोट: यदि वृद्धि मध्यम की एक छोटी राशि की जरूरत है आनुपातिक मात्रा समायोजित करें । यह आमतौर पर मध्यम के १२० मिलीलीटर के एक बैच तैयार करने के लिए सुविधाजनक है ।
चेतावनी: सभी समाधान भविष्य के उपयोग के लिए बाँझ रहना चाहिए । जब वितरण मानक बाँझ तकनीक और बाँझ पिपेट सुझावों का उपयोग कर 2.3.8 कदम प्रदर्शन. - सभी रसायनों के अलावा के बाद, 16 मिलीलीटर बाँझ पेंच टोपी Hungate ट्यूबों में गर्म माध्यम हस्तांतरण । प्रत्येक ट्यूब में मध्यम के 12 मिलीलीटर स्थानांतरण और ट्यूबों सील ।
चेतावनी: संक्रमण से बचने के लिए, एक Bunsen बर्नर की लौ के तहत कदम 2.3.9 प्रदर्शन करते हैं । यह आगर जम से पहले प्रदर्शन, जबकि मध्यम ४० डिग्री सेल्सियस या इसके बाद के संस्करण पर है । - कई घंटे के लिए परेशान ट्यूबों छोड़ जब तक आगर जम और OAI स्पष्ट हो जाता है, बेरंग अंतरफलक के लिए एक गुलाबी के रूप में materializing, मध्यम की सतह के नीचे लगभग 1 से 3 सेमी.
नोट: मध्यम धीरे ट्यूब में बेरंग बारी चाहिए । इस संक्रमण के लिए आवश्यक समय की मात्रा चर रहा है और शुरू में मध्यम में भंग ओ2 की राशि पर निर्भर करता है ।
3. टीका का एमटीबी
नोट: उपभेदों की संस्कृतियों अंब-1, एमएस-1 और MSR-1 वाणिज्यिक प्राप्त किया जा सकता है (सामग्री की तालिका) ।
चेतावनी: एक Bunsen बर्नर की लौ के तहत, बाँझ परिस्थितियों में सभी निम्न चरणों का पालन करें ।
- टीका के संवेदनहीन MSR-1, अंब-1 और एमएस-1 के लिक्विड मीडियम में
- एक butyl-रबड़ डाट और एक एल्यूमीनियम सील समेटना के साथ एक खाली १२५ मिलीलीटर सीरम बोतल सील । डाट के माध्यम से बोतल में दो सुई डालें, और एक सिरिंज उन में से एक के लिए १.७ चरण में के रूप में तैयार कनेक्ट. एन2 स्टेशन के लिए इस्तेमाल एक के रूप में टयूबिंग के एक ही प्रकार के माध्यम से2 ओ के एक सिलेंडर के लिए सिरिंज कनेक्ट.
- चलो हे2 के बारे में 30 मिनट के लिए बोतल के माध्यम से प्रवाह, यह सुनिश्चित करने के लिए कि बोतल में सभी हवा हे2की जगह है । दोनों सुई निकालें, बोतल में एक मामूली दबाव के लिए अनुमति देता है और फिर आटोक्लेव । बोतल का उपयोग करने से पहले कमरे के तापमान को शांत करने की अनुमति दें ।
ध्यान दें: समय बचाने के लिए, मध्यम तैयारी के दौरान 3.1.1 और 3.1.2 चरण निष्पादित करें और मध्यम या स्टॉक समाधानों के साथ बोतल को आटोक्लेव करें । - दोनों नए सिरे से मध्यम बोतल के डाट के सबसे ऊपर है और उन के शीर्ष पर ७०% इथेनॉल समाधान की कुछ बूंदें लगाने और उंहें एक Bunsen बर्नर की लौ के माध्यम से गुजर द्वारा ओ2 बोतल निष्फल ।
- एक बाँझ सिरिंज और एक सुई का उपयोग करना, ओ 2 की बोतल से 1 मिलीलीटर निकालने और ताजा मध्यम बोतल में स्थानांतरण । सुई कसकर सिरिंज में किसी भी हवा से बचने के लिए इस कदम के दौरान सिरिंज पर फिट बैठता है कि सुनिश्चित करें.
- यदि एक और एक कांच की बोतल में हो संस्कृति से इनोक्युलम का उपयोग, दोनों ताजा मध्यम बोतल और पुराने संस्कृति की बोतल के डाट उन में से शीर्ष पर ७०% इथेनॉल समाधान की कुछ बूंदें लागू करने और उंहें एक Bunsen बर्नर की लौ के माध्यम से गुजर निष्फल । जमे हुए संस्कृति की एक ट्यूब से इनोक्युलम का उपयोग कर, बस इसे एक Bunsen बर्नर की लौ के तहत सील ट्यूब के साथ कमरे के तापमान को गर्म करते हैं ।
- यदि एक और एक गिलास की बोतल में उगाया संस्कृति से इनोक्युलम का उपयोग, inoculate पुराने संस्कृति के 1 मिलीलीटर ताजा माध्यम में । यदि किसी जमे हुए शेयर से inoculate का प्रयोग किया जाए तो inoculate केवल ०.१ मिलीलीटर को पतला करने के लिए ग्लिसरॉल या dimethyl sulfoxide (DMSO) को जमने वाली प्रक्रिया में इस्तेमाल करें. दोनों ही मामलों में, एक बाँझ सुई और एक बाँझ सिरिंज का उपयोग करें.
- ३२ डिग्री सेल्सियस पर संस्कृति की मशीन और यह ताजा माध्यम में 4 से 7 दिनों के बाद inoculate ।
- टीका के MSR-1 में हे2 ग्रैडिएंट अर्द्ध ठोस माध्यम
- सत्यापित करें कि ताजा माध्यम की ट्यूब एक अच्छी तरह से परिभाषित OAI, बेरंग अंतरफलक के लिए एक गुलाबी द्वारा सामग्री प्रदर्शित करता है ।
- यदि इनोक्युलम एक और हे2 एकाग्रता ढाल अर्द्ध ठोस संस्कृति से आ रहा है, एक बाँझ पिपेट टिप के साथ संस्कृति के pipetting ५० µ एल द्वारा बैक्टीरिया फसल बैक्टीरिया द्वारा गठित बैंड पर रखा । धीरे से ताजा मध्यम (गुलाबी/बेरंग अंतरफलक) में OAI पर इन बैक्टीरिया inoculate, परेशान अंतरफलक से परहेज । अगर इनोक्युलम जमी हुई संस्कृति से आ रही है तो उसी तरह इनोक्युलम के १०० µ l के साथ आगे बढ़ें ।
- ट्यूब सील और बैक्टीरिया 25 डिग्री सेल्सियस और 30 डिग्री सेल्सियस के बीच बढ़ने दो । बैक्टीरिया के बैंड से पहले एक ही प्रक्रिया का उपयोग कर ताजा माध्यम में स्थानांतरण माध्यम की सतह तक पहुंचता है ।
4. जीवाणुओं का अवलोकन
- यह के शीर्ष पर ७०% इथेनॉल समाधान लागू करने और यह एक Bunsen बर्नर की लौ के माध्यम से गुजर द्वारा संस्कृति की बोतल के डाट निष्फल । अर्द्ध ठोस माध्यम के लिए, एक Bunsen बर्नर की लौ के नीचे ट्यूब खोलें । एक बाँझ सुई और एक बाँझ सिरिंज का उपयोग करने के लिए बैक्टीरिया निकालने.
- यह सुनिश्चित करने के लिए हैंगिंग ड्रॉप विधि8 का उपयोग करें कि बैक्टीरिया चुंबकीय और गतिशील दोनों हैं ।
नोट: चरण कंट्रास्ट माइक्रोस्कोपी महान परिणाम देता है, लेकिन अनिवार्य नहीं है । 10x 60X से लेकर आवर्धन उपयुक्त हैं । - संचरण इलेक्ट्रॉन माइक्रोस्कोपी (उनि) का उपयोग करने के लिए सेल संरचना और विस्तार में magnetosomes8निरीक्षण.
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Representative Results
विकास मीडिया की सफल तैयारी का आकलन निम्नानुसार किया जा सकता है. इस प्रक्रिया के अंत में, स्पष्ट समाधान (यानी, किसी भी वेग से मुक्त) प्राप्त किया जाना चाहिए (यह दोनों तरल मीडिया और हे2 ढाल अर्द्ध ठोस माध्यम के लिए सच है) । टीका से पहले MSR-1 लिक्विड मीडियम के अपेक्षित पहलू को प्रदर्शित करने वाली एक तस्वीर को चित्रा 2aमें देखा जा सकता है । एक सफल हे2 एकाग्रता ढाल अर्द्ध ठोस माध्यम कुछ ही घंटों के बाद एक OAI के गठन से संकेत दिया है, 1 की उपस्थिति के द्वारा संकेत दिया-गुलाबी मध्यम के 3 सेमी ट्यूब के शीर्ष पर (चित्रा 3, ट्यूब ए) । बाकी का माध्यम बेरंग होना चाहिए । टीका से पहले एक अखिल गुलाबी मध्यम resazurin के पूर्ण ऑक्सीकरण का संकेत है और इसलिए ओ2 एकाग्रता ढाल की एक असफल तैयारी की ।
तरल माध्यम में सफल विकास टीका के बाद ४८ ज के बारे में जांच की जा सकती है (या कुछ दिनों के बाद अगर इनोक्युलम एक जमे हुए संस्कृति से आ रहा है) बस turbidity के लिए संस्कृतियों का परीक्षण करके एक प्रकाश स्रोत या एक spectrophotometer का उपयोग कर । सफल विकास turbidity साबित करना है कि वास्तव में बैक्टीरिया (चित्रा बी) वृद्धि हुई द्वारा पुष्टि की है । यदि मध्यम ४८ ज के बाद स्पष्ट रहता है, तो जीवाणु नहीं बढ़े हैं । एक तरल मध्यम संस्कृति के लिए आम तौर पर बढ़ रही है, बैक्टीरिया synthesizing magnetosomes की उपस्थिति के बाद एक चुंबकीय हलचल प्लेट पर मध्यम की बोतल रखकर और एक टॉर्च के साथ रोशन द्वारा ४८ ज की जांच की जा सकती है । एक कम सरगर्मी गति से कम, मध्यम "फ़्लैश", वैकल्पिक रूप से गहरे रंग की खोज और प्रयोगात्मक की स्थिति के संबंध में सरगर्मी चुंबक के उंमुखीकरण के आधार पर उज्जवल चाहिए । एक गैर-चुंबकीय संस्कृति के लिए, प्रायोगिक तौर पर कोशिकाओं द्वारा बिखरे हुए प्रकाश की तीव्रता निरंतर बनी रहेगी.
अर्द्ध ठोस माध्यम में सफल वृद्धि गुलाबी/बेरंग अंतरफलक पर बैक्टीरिया की एक microaerophilic बैंड के गठन से संकेत दिया है । बैक्टीरिया और ओ2 ढाल में परिवर्तन द्वारा ओ2 की खपत के कारण, बैंड धीरे OAI (चित्रा 3, ट्यूब बी) का पालन करने के लिए विस्थापित होगा ।
फांसी छोड़ विधि पर्यवेक्षक जांच करने के लिए सक्षम बनाता है कि बैक्टीरिया दोनों चुंबकीय और गतिशील हैं । कुछ ही मिनटों के बाद, एमटीबी फांसी ड्रॉप के किनारे पर ध्यान देना चाहिए, साबित करना है कि वे सक्रिय रूप से चुंबकीय क्षेत्र लाइनों (4a आंकड़ा) के साथ तैरने । कोशिकाओं चुंबकीय रहे हैं यह सुनिश्चित करने के लिए, ड्रॉप के बगल में बैठे चुंबक के उन्मुखीकरण फ्लिप. बैक्टीरिया विपरीत किनारे (फिगर 4b) की ओर तैरने शुरू कर देना चाहिए । अंत में, magnetosomes की आकृति को उनि के साथ चेक किया जा सकता है । व्यास में लगभग 30-45 एनएम के Cuboctahedral क्रिस्टल9मनाया जाना चाहिए । इन क्रिस्टल आम तौर पर एक लंबी श्रृंखला या प्रजातियों में कई छोटे जंजीरों में व्यवस्थित कर रहे है यहां अध्ययन (5 चित्रा) ।
चित्रा 1 : एन2 का चित्रण बक थाना । (क) योजनाबद्ध प्रतिनिधित्व. (ख) सेटअप का चित्र । एक सफल स्टेशन बड़ी और पतली टयूबिंग की उचित लंबाई इतनी है कि पतली प्रोटोकॉल के १.९ कदम में वर्णित टयूबिंग के अंत में मध्यम में डूबे रहता है गैस bubbling कदम के दौरान होगा । गैस का प्रवाह भी हर समय समायोज्य होना चाहिए, यह सुनिश्चित करने के लिए कि सभी ओ2 हटा दिया जाता है और यह कि माध्यम फैल नहीं है । कृपया यहां क्लिक करें इस आंकड़े का एक बड़ा संस्करण को देखने के लिए ।
चित्रा 2 : तरल विकास मध्यम से पहले और टीका के बाद की बोतलें । (क) टीका से पहले स्पष्ट MSR-१ मध्यम. (ख) पंकिल MSR-1 मध्यम सफल वृद्धि के 3 दिनों के बाद । कृपया यहां क्लिक करें इस आंकड़े का एक बड़ा संस्करण को देखने के लिए ।
चित्रा 3 : हे2 ट्यूबों ग्रैडिएंट अर्द्ध ठोस माध्यम से पहले (ट्यूब A) और 10 दिनों के बाद (ट्यूब B) टीका. ट्यूब बी में बैक्टीरिया का बैंड एक लाल तीर से संकेत दिया है ।
चित्र 4 : 20X आवर्धन पर एक फांसी बूंद प्रयोग के विशिष्ट परिणाम चरण कन्ट्रास्ट माइक्रोस्कोपी का उपयोग कर । (क) एमटीबी एक चुंबक के दक्षिण ध्रुव की ओर तैरने और तरल/हवा अंतरफलक पर संचित । (ख) 1 मिनट चुंबक flipping के बाद, अधिकांश कोशिकाओं को देखने के क्षेत्र छोड़ दिया है ।
चित्रा 5 : एक अंब-1 सेल के उनि अवलोकन. Magnetosome जंजीरों लाल तीर से संकेत कर रहे हैं । दो कशाभिका काले तीर से संकेत कर रहे हैं ।
अनुपूरक तालिका 1. कृपया यहां क्लिक करें इस तालिका डाउनलोड करने के लिए ।
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Discussion
एमटीबी के विशिष्ट हे2 एकाग्रता आवश्यकताओं को प्रयोगशाला में विकसित करने के लिए उन्हें गैर तुच्छ बनाते हैं । तरल माध्यम के लिए प्रोटोकॉल का एक महत्वपूर्ण कदम सभी ओ 2 के प्रारंभिक हटाने के माध्यम से है क्रम में ओ2की एक निश्चित मात्रा जोड़ने के द्वारा अंतिम एकाग्रता को नियंत्रित करने के लिए, बस टीका से पहले । यह दिखाया गया है कि MSR-1 लगभग पूरी तरह से एरोबिक शर्तों के तहत बढ़ता है, तथापि, कोशिकाओं की चुंबक काफी कम है । इसी अध्ययन से परिणाम से पता चला है कि उपभेदों अंब-1 और एमएस-1 पूरी तरह से एरोबिक शर्तों6के तहत नहीं बढ़ता है । MSR-1 के अर्द्ध ठोस संस्कृति के लिए, सभी ओ2 पहले cysteine समाधान द्वारा कम है और फिर ओ2 एकाग्रता ढाल प्रकट होता है, OAI के गठन के लिए अग्रणी । यदि एक संस्कृति अच्छी तरह से विकसित नहीं होती है या चुंबकीय नहीं है, हे2 एकाग्रता की जांच करने के लिए पहली बात होना चाहिए ।
अर्द्ध ठोस विकास माध्यम अज्ञात एमटीबी को अलग करने के लिए एक दिलचस्प विकल्प है या प्रजातियों है कि दोनों हे2 और redox ढाल के लिए अत्यधिक संवेदनशील है बढ़ रही है, के रूप में यह स्थिर ढाल के अस्तित्व को सुनिश्चित करता है और बैक्टीरिया की स्थिति पर खुद को अनुमति देता है सबसे अच्छा विकास की स्थिति की पेशकश स्थान । तरल माध्यम अधिक के साथ काम करने के लिए सुविधाजनक है जब उच्च मात्रा की जरूरत है (जैसे, डीएनए निष्कर्षण के लिए), या जब आगे विश्लेषण के लिए कोशिकाओं परआयोजित की जरूरत है (जैसे, magnetosome अध्ययन) के रूप में यह से कोशिकाओं की एक आसान जुदाई के लिए अनुमति देता है विकास मध्यम । अर्द्ध ठोस माध्यम में आगर वास्तव में कोशिका कटाई तकनीक के साथ हस्तक्षेप हो सकता है ।
कुछ संस्कृतियों में, कोशिकाओं को कई बार गैर-गतिशील हो, की संभावना के कारण सहज उत्परिवर्तनों । गैर-गतिशील कोशिकाओं जीवित है और विकास के माध्यम में वृद्धि के बाद से वे अपने अस्तित्व के लिए आवश्यक पोषक तत्वों को खोजने के लिए तैरने की जरूरत नहीं है । मानक दौड़-ट्रैक विधि10 तो एक गतिशील संस्कृति ठीक करने के लिए इस्तेमाल किया जा सकता है के बाद से ही gram कोशिकाओं को दौड़ ट्रैक नीचे तैर सकते हैं । चुंबकीय phenotype के नुकसान भी संस्कृति में हो सकता है अगर ओ2 एकाग्रता इष्टतम है, फिर से सहज उत्परिवर्तनों11के कारण । उस मामले में सबसे अच्छा समाधान के लिए ताजा माध्यम में जंगली प्रकार के जीवाणुओं के जमे हुए शेयरों inoculating द्वारा एक नई संस्कृति शुरू है । वैकल्पिक रूप से, रेस ट्रैक तकनीक भी एक चुंबकीय संस्कृति की वसूली की अनुमति दे सकते हैं ।
यह अंय जीवों द्वारा संस्कृति के संदूषण से बचने के लिए आवश्यक है और इसलिए प्रोटोकॉल का सबसे बाँझ तकनीक का उपयोग किया जाना चाहिए । एक Bunsen बर्नर की लौ के तहत जोड़ तोड़ आमतौर पर अपूतित शर्तों को ध्यान में रखते हुए संतोषजनक परिणाम देता है । हालांकि, अगर संस्कृति एक संदूषण प्रवण वातावरण में उगाया जाता है, अतिरिक्त सावधानियों लिया जाना चाहिए, जैसे एक लामिना प्रवाह हूड में काम कर रहे है जब मध्यम और inoculating बैक्टीरिया को तैयार करने के रूप में । यह ध्यान दिया जाना चाहिए कि संदूषण के जोखिम अर्द्ध ठोस माध्यम में अधिक है के रूप में ट्यूबों के लिए हर बार कोशिकाओं को हटा रहे है खोला जाना चाहिए ।
इन प्रोटोकॉल पर्याप्त बैक्टीरिया की वृद्धि को सक्षम करने के लिए कई प्रयोगों के विभिंन प्रकार, जैसे भौतिक अध्ययन के रूप में ऑप्टिकल माइक्रोस्कोपी पर आधारित12, 13, इलेक्ट्रॉन माइक्रोस्कोपिक इमेजिंग14,15, एक्स-रे spectromicroscopy िरा16, जीनोमिक और प्रोटीन स्टडीज17,18। यदि आवश्यक हो, निलंबन में बैक्टीरिया की उच्च सांद्रता केंद्रापसारक द्वारा प्राप्त किया जा सकता है । इसके अलावा, magnetosomes और निकाला जा सकता है सेल छर्रों या घने सेल के केंद्रापसारक द्वारा प्राप्त निलंबन से आगे अनुप्रयोगों के लिए शुद्ध19।
विकास मीडिया योगों आमतौर पर एक ही शासी सिद्धांतों के आधार पर कर रहे है (यहां वर्णित विकास मीडिया में प्रत्येक घटक की भूमिका की सूची का एक सारांश के लिए अनुपूरक तालिका 1 देखें) । एक कार्बन स्रोत बैक्टीरिया के लिए उपलब्ध होना चाहिए, कार्बनिक एसिड के माध्यम से (जैसे, succinate, एसीटेट, tartrate, स्तनपान कराने वाली) या बिकारबोनिट के रूप में अकार्बनिक यौगिकों । एक उपयुक्त कार्बन स्रोत का चुनाव बैक्टीरिया के चयापचय पर निर्भर करता है । डीएनए और प्रोटीन में मौजूद नाइट्रोजन, और फास्फोरस (डीएनए, झिल्ली) भी आवश्यक है और यहां वर्णित व्यंजनों में नैनो3, एनएच4सीएल और KH2पीओ4 द्वारा प्रदान की जाती है । एक बफर (HEPES, फास्फेट बफर) पीएच परिवर्तन का विरोध करने के लिए आवश्यक है । खनिज पूरक समाधान ट्रेस एंजाइमों के लिए cofactors शामिल हैं, और विटामिन coenzymes के रूप में या कुछ एंजाइमों के लिए कार्यात्मक समूहों के रूप में बैक्टीरिया द्वारा इस्तेमाल किया जा सकता है । खमीर निकालने और सोया बीन peptone एमिनो एसिड और प्रोटीन उत्पादन के लिए इस्तेमाल किया लवण का एक स्रोत प्रदान करते हैं । चूंकि एमटीबी redox संवेदनशील हैं, एक या कई को कम करने एजेंटों अक्सर मध्यम करने के लिए जोड़ा जाना चाहिए (जैसे, cysteine, ascorbic एसिड, स्तनपान कराने वाली) । लोहे का एक प्रमुख स्रोत (जैसे, घाट साइट्रेट, घाट quinate, लौह क्लोराइड) biomineralization के लिए मध्यम में की जरूरत है । अंत में, ओ2 की एक छोटी राशि टर्मिनल इलेक्ट्रॉन स्वीकारकर्ता के रूप में microaerophilic बैक्टीरिया के लिए आवश्यक है । बाध्य anaerobic एमटीबी के बजाय नाइट्रेट या नाइट्रस ऑक्साइड जैसे अंय यौगिकों का उपयोग करें ।
इन प्रोटोकॉल के प्रमुख सीमा है कि वहां कोई गारंटी नहीं है कि वे एमटीबी की अंय प्रजातियों के लिए काम करेंगे । संवेदनहीन अंब-1, एमएस-1 और MSR-1 सभी मीठे पानी एमटीबी हैं और इसलिए इस लेख में वर्णित व्यंजनों का इस्तेमाल समुद्री magnetospirilla को बढ़ने के लिए नहीं किया जा सकता जैसे Magnetospira thiophila तनाव एमएमएस-1, Magnetospira तनाव QH-2, या अन्य समुद्री एमटीबी, जिसमें उच्च लवण सांद्रता की आवश्यकता होती है । हालांकि, एमटीबी के अंय उपभेदों बढ़ने के लिए, और नए उपभेदों के अलगाव के लिए, सामांय दोनों तरल और अर्द्ध ठोस मीडिया के लिए इस लेख में प्रस्तुत तरीकों को विभिंन व्यंजनों के साथ मीडिया तैयार किया जा सकता है ।
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Disclosures
लेखकों का खुलासा करने के लिए कुछ नहीं है ।
Acknowledgments
हम अपने समर्थन के लिए एमटीबी संस्कृतियों, एडम पी हिचकॉक और Xiaohui झू के साथ उनकी मदद के लिए रिचर्ड बी Frankel धंयवाद, जबकि एमटीबी विश्वविद्यालय में McMaster संस्कृतियों की स्थापना, और मेरिको रीड प्रशिक्षण और इलेक्ट्रॉन माइक्रोस्कोपी सुविधा के उपयोग के लिए (McMaster विश्वविद्यालय, स्वास्थ्य विज्ञान के संकाय) । इस काम को नेचुरल साइंसेज एंड इंजीनियरिंग रिसर्च काउंसिल ऑफ कनाडा (NSERC) और यूएस नेशनल साइंस फाउंडेशन ने सपोर्ट किया था ।
Materials
Name | Company | Catalog Number | Comments |
AMB-1 | American Type Culture Collection (ATCC) | ATCC 700264 | |
MS-1 | ATCC | ATCC 31632 | |
MSR-1 | Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen (DSMZ) | DSM 6361 | |
Ferric citrate | Sigma-Aldrich | F3388-250G | |
Trace mineral supplement | ATCC | MD-TMS | |
KH2PO4 | EMD | PX1565-1 | |
MgSO4.7 H2O | EMD | MX0070-1 | |
HEPES | BioShop Canada Inc | HEP001.250 | |
NaNO3 | Sigma-Aldrich | S5506-250G | |
Yeast extract | Fischer scientific | DF210929 | |
Peptone | Fischer scientific | DF0436-17-5 | |
Potassium L-lactate solution (60%) | Sigma-Aldrich | 60389-250ML-F | |
D-(-)-Quinic acid | Sigma-Aldrich | 138622 | |
FeCl3.6H2O | Fischer scientific | I88-100 | |
Vitamin supplement | ATCC | MD-VS | |
Sodium succinate hexahydrate | Fischer scientific | S413-500 | |
Sodium L-tartrate dibasic dihydrate | Sigma-Aldrich | 228729-100G | |
Sodium acetate trihydrate | EMD | SX0255-1 | |
Resazurin | Difco | 0704-13 | |
Ascorbic acid | Sigma-Aldrich | A4544-25G | |
K2HPO4 | Caledon | 6620-1-65 | |
FeCl2 .4H2O | Sigma-Aldrich | 44939-250G | |
Sodium bicarbonate | EMD | SX0320-1 | |
NaCl | Caledon | 7560-1 | |
NH4Cl | EMD | 1011450500 | |
CaCl2.2 H2O | EMD | 1023820500 | |
Agar A | Bio Basic Canada Inc | FB0010 | |
L-cysteine.HCl.H2O | Sigma-Aldrich | C7880-100G | |
1.0 mL syringes | Fischer scientific | B309659 | |
25G x 1 needles | BD | 305125 | |
125 mL serum bottles | Wheaton | 223748 | |
20 mm aluminum seals | Wheaton | 224223-01 | |
20mm E-Z Crimper | Wheaton | W225303 | |
Butyl-rubber stoppers | Bellco Glass, Inc. | 2048-11800 | |
Hungate tubes | Chemglass (VWR) | CLS-4208-01 | |
Septum stopper, 13mm, Hungate | Bellco Glass, Inc. | 2047-11600 | |
Glass culture Tubes | Corning (VWR) | 9826-16X | |
Hydrochloric acid 36.5-38%, BioReagent | Sigma-Aldrich | H1758-100ML | 11.6 - 12 N |
References
- Blakemore, R. P. Magnetotactic bacteria. Annual Reviews in Microbiology. 36 (1), 217-238 (1982).
- Uebe, R., Schüler, D.
Magnetosome biogenesis in magnetotactic bacteria. Nature Reviews Microbiology. 14 (10), 621 (2016). - Faivre, D., Schuler, D.
Magnetotactic bacteria and magnetosomes. Chemical Reviews. 108 (11), 4875-4898 (2008). - Bazylinski, D. A., et al. Controlled biomineralization of magnetite (Fe3O4) and greigite (Fe3S4) in a magnetotactic bacterium. Applied and Environmental Microbiology. 61 (9), 3232-3239 (1995).
- Lefèvre, C. T., et al. Diversity of magneto-aerotactic behaviors and oxygen sensing mechanisms in cultured magnetotactic bacteria. Biophysical Journal. 107 (2), 527-538 (2014).
- Heyen, U., Schüler, D. Growth and magnetosome formation by microaerophilic Magnetospirillum strains in an oxygen-controlled fermentor. Applied Microbiology and Biotechnology. 61 (5-6), 536-544 (2003).
- Blakemore, R. P., Maratea, D., Wolfe, R. S. Isolation and pure culture of a freshwater magnetic spirillum in chemically defined medium. Journal of bacteriology. 140 (2), 720-729 (1979).
- Oestreicher, Z., Lower, S. K., Lin, W., Lower, B. H. Collection, isolation and enrichment of naturally occurring magnetotactic bacteria from the environment. Journal of Visualized Experiments. (69), (2012).
- Pósfai, M., Lefèvre, M., Trubitsyn, C., Bazylinski, D. A., Frankel, R. Phylogenetic significance of composition and crystal morphology of magnetosome minerals. Frontiers in Microbiology. 4, 344 (2013).
- Wolfe, R. S., Thauer, R. K., Pfennig, N. A 'capillary racetrack' method for isolation of magnetotactic bacteria. FEMS Microbiology Ecology. 3 (1), 31-35 (1987).
- Schübbe, S., et al. Characterization of a spontaneous nonmagnetic mutant of Magnetospirillum gryphiswaldense reveals a large deletion comprising a putative magnetosome island. Journal of Bacteriology. 185 (19), 5779-5790 (2003).
- Nadkarni, R., Barkley, S., Fradin, C. A comparison of methods to measure the magnetic moment of magnetotactic bacteria through analysis of their trajectories in external magnetic fields. PloS One. 8 (12), e82064 (2013).
- Waisbord, N., Lefèvre, C. T., Bocquet, L., Ybert, C., Cottin-Bizonne, C. Destabilization of a flow focused suspension of magnetotactic bacteria. Physical Review Fluids. 1 (5), 053203 (2016).
- Komeili, A., Vali, H., Beveridge, T. J., Newman, D. K. Magnetosome vesicles are present before magnetite formation, and MamA is required for their activation. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 101 (11), 3839-3844 (2004).
- Scheffel, A., et al. An acidic protein aligns magnetosomes along a filamentous structure in magnetotactic bacteria. Nature. 440 (7080), 110 (2006).
- Zhu, X., et al. Measuring spectroscopy and magnetism of extracted and intracellular magnetosomes using soft X-ray ptychography. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 113 (51), E8219-E8227 (2016).
- Schüler, D. Molecular analysis of a subcellular compartment: the magnetosome membrane in Magnetospirillum gryphiswaldense. Archives of Microbiology. 181 (1), 1-7 (2004).
- Kolinko, I., et al. Biosynthesis of magnetic nanostructures in a foreign organism by transfer of bacterial magnetosome gene clusters. Nature Nanotechnology. 9 (3), 193 (2014).
- Hergt, R., et al. Magnetic properties of bacterial magnetosomes as potential diagnostic and therapeutic tools. Journal of Magnetism and Magnetic Materials. 293 (1), 80-86 (2005).
- Lefevre, C. T., et al. Novel magnetite-producing magnetotactic bacteria belonging to the Gammaproteobacteria. The ISME Journal. 6 (2), 440 (2012).
- Williams, T. J., Lefèvre, C. T., Zhao, W., Beveridge, T. J., Bazylinski, D. A. Magnetospira thiophila gen. nov., sp. nov., a marine magnetotactic bacterium that represents a novel lineage within the Rhodospirillaceae (Alphaproteobacteria). International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 62 (10), 2443-2450 (2012).
- Zhu, K., et al. Isolation and characterization of a marine magnetotactic spirillum axenic culture QH-2 from an intertidal zone of the China Sea. Research in Microbiology. 161 (4), 276-283 (2010).