Aquí se proporciona un protocolo detallado para visualizar las estructuras neuronales desde los niveles mesoscópicos hasta los microscópicos en los tejidos cerebrales. Las estructuras neuronales que van desde los circuitos neuronales hasta las estructuras neuronales subcelulares se visualizan en rodajas cerebrales de ratón limpiadas ópticamente con ScaleSF. Este método de limpieza es una versión modificada de ScaleS y es un método de limpieza de tejido hidrófilo para rodajas de tejido que logra una potente capacidad de limpieza, así como un alto nivel de preservación de las señales de fluorescencia y la integridad estructural. Una cámara de imágenes tridimensional (3D) personalizable está diseñada para un montaje confiable de tejidos cerebrales despejados. Los cerebros de ratón inyectados con un vector de virus adenoasociado que transportaba un gen de proteína fluorescente verde mejorado se fijaron con paraformaldehído al 4% y se cortaron en rodajas de 1 mm de espesor con una cortadora de tejido vibrante. Las rebanadas cerebrales se eliminaron siguiendo el protocolo de limpieza, que incluye incubaciones secuenciales en tres soluciones, a saber, solución ScaleS0, solución salina tampón de fosfato (–) y solución ScaleS4, para un total de 10.5-14.5 h. Las rodajas cerebrales despejadas se montaron en la cámara de imágenes y se incrustaron en gel de agarosa al 1,5% disuelto en la solución ScaleS4D25 (0). La adquisición de imágenes 3D de las rodajas se llevó a cabo utilizando un microscopio de barrido láser confocal equipado con una lente de objetivo de inmersión múltiple de una larga distancia de trabajo. Comenzando con imágenes neuronales mesoscópicas, logramos visualizar estructuras neuronales subcelulares finas, como espinas dendríticas y boutons axonales, en las rebanadas cerebrales ópticamente despejadas. Este protocolo facilitaría la comprensión de las estructuras neuronales desde el circuito hasta las escalas de componentes subcelulares.