Summary
الخلايا النتوءية البنكرياسية هي سلائف للخلايا الخبيثة التي تؤدي إلى أورام البنكرياس. ومع ذلك ، فإن عزل خلايا البنكرياس السليمة القابلة للحياة يمثل تحديا. هنا ، نقدم طريقة فعالة لتفكك أنسجة البنكرياس. يمكن بعد ذلك استخدام الخلايا لتسلسل الحمض النووي الريبي أحادي الخلية (scRNA-seq) أو للزراعة المشتركة ثنائية أو ثلاثية الأبعاد.
Abstract
يشتمل البنكرياس على جهازين رئيسيين: جهاز الغدد الصماء، الذي ينتج الهرمونات ويفرزها، والجهاز الخارجي الإفراز، الذي يمثل حوالي 90٪ من البنكرياس، ويشمل الخلايا التي تنتج إنزيمات الهضم وتفرزها. تنتج إنزيمات الهضم في الخلايا العنيبية البنكرياسية، وتخزن في حويصلات تسمى الزيموجينات، ثم تطلق في الاثني عشر عبر قناة البنكرياس لبدء عمليات التمثيل الغذائي. يمكن للإنزيمات التي تنتجها الخلايا العنيبية أن تقتل الخلايا أو تحلل الحمض النووي الريبي الخالي من الخلايا. بالإضافة إلى ذلك ، فإن الخلايا العنيبية هشة ، وتؤدي بروتوكولات التفكك الشائعة إلى عدد كبير من الخلايا الميتة والبروتياز و RNases الخالية من الخلايا. لذلك ، فإن أحد أكبر التحديات في هضم أنسجة البنكرياس هو استعادة الخلايا السليمة والقابلة للحياة ، وخاصة الخلايا العنيبة. يوضح البروتوكول المقدم في هذه المقالة طريقة من خطوتين قمنا بتطويرها لتلبية هذه الحاجة. يمكن استخدام البروتوكول لهضم البنكرياس الطبيعي أو البنكرياس الذي يتضمن آفات ما قبل خبيثة أو أورام البنكرياس التي تشمل عددا كبيرا من الخلايا اللحمية والمناعية.
Introduction
يعد سرطان البنكرياس الغدي القنوي (PDAC) أحد أكثر أنواع السرطان عدوانية1. تدعم الأدلة السريرية فكرة أن PDAC يتطور من خلايا نظام الإفراز الخارجي ، بما في ذلك الخلايا العنيبية ، على مدى سنوات عديدة ، مدفوعة بطفرات في الجين الورمي الأولي KRAS2.
تشمل أورام البنكرياس العديد من أنواع الخلايا المختلفة ، وقد ثبت أن الخلايا الخبيثة تمثل 20٪ -50٪ فقط من كتلة الورم3. تتفاعل أنواع الخلايا المختلفة مع الخلايا الظهارية ، وتدعم تحولها ، وتعزز تكوين الورم ونموه. تسبب الأحداث المبكرة حؤول الآسيين ، مما يؤدي إلى آفات مجهرية تسمى ورم البنكرياس داخل الظهارة (PanINs) ، والتي يمكن أن تتطور في بعض الحالات إلى PDAC4.
هناك حاجة ماسة للتحقيق في هذه التفاعلات واستهداف الإشارات المحورية. يعد تسلسل الحمض النووي الريبي أحادي الخلية (scRNA-seq) طريقة قوية تكشف عن التعبير الجيني بدقة خلية واحدة ، وبالتالي تتبع التغييرات التي تمر بها الخلايا الظهارية ، وبالتالي تمكين استكشاف تطور سرطان البنكرياس.
تشريح الأنسجة وهضمها إلى خلايا مفردة هي المرحلة الأولى في تجربة scRNA-seq. هناك عدة عوامل تجعل عملية هضم أنسجة البنكرياس صعبة بشكل خاص: أ) تمثل الخلايا العنيبية أكثر من 90٪ من البنكرياس وتحتوي الخلايا العنيبية على كميات كبيرة من الإنزيمات الهضمية ، بما في ذلك البروتياز و RNases التي تقلل من جودة المكتبات القائمة على الحمض النووي الريبي ؛ (ii) الخلايا العنيبية حساسة للغاية وقد تتحلل إذا تم استخدام البروتوكولات القياسية ؛ (iii) تعبر الخلايا العنيبية عن عدد صغير من الجينات بمستويات عالية جدا. لذلك ، إذا تم تحليل هذه الخلايا أثناء التجربة ، فقد يؤدي ذلك إلى تلويث ملف تعريف التعبير الجيني المرصود للخلايا الأخرى ؛ (IV) أنسجة البنكرياس المستعادة من الأورام هي مادة لاصقة ، مما يجعل من الصعب تشريحها دون إتلاف الخلايا. وبالتالي ، على الرغم من أن الحفاظ على قابلية عالية لجميع أنواع الخلايا أمر مطلوب ، إلا أن العدد الكبير وحساسية الخلايا العنيبية يضيفان تعقيدا إضافيا. تفرض هذه العوامل صعوبات في تحقيق تعليق أحادي الخلية قابل للتطبيق بنسبة تزيد عن 80٪ ولا يحتوي على كتل ، كما هو مطلوب لتجارب scRNA-seq.
هنا ، قمنا بتطوير بروتوكول باستخدام التربسين C وكولاجيناز P ، جنبا إلى جنب مع المراقبة المتكررة للأنسجة. هذا يدعم التفكك إلى خلايا مفردة مع الحفاظ على قابلية عالية لدعم نجاح تجارب scRNA-seq 5,6.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Protocol
وافقت لجنة الأخلاقيات المشتركة (اللجنة المؤسسية لرعاية واستخدام الحيوان) التابعة للجامعة العبرية (القدس ، إسرائيل) ومركز هداسا الطبي (القدس ، إسرائيل) على بروتوكول الدراسة لرعاية الحيوان (MD-18-15417-5 "ديناميات الأنسجة في سرطان البنكرياس في الفئران") ، وامتثل البروتوكول المقدم هنا لجميع اللوائح الأخلاقية ذات الصلة للاختبارات والبحوث على الحيوانات. الجامعة العبرية هي جمعية لتقييم واعتماد المعهد الدولي لرعاية المختبرات.
ملاحظة: تم الحصول على مخزون سلالة الماوس # 007908 والمخزون # 019378 والمخزون # 008179 من مختبر جاكسون. PRT (كراس+/LSL-G12D; Ptf1a-CreER ؛ Rosa26LSL-tdTomato) الفئران عن طريق عبور السلالات المذكورة أعلاه. تم استخدام الفئران من كلا الجنسين ، بين 6 أسابيع و 15 شهرا من العمر ، للدراسة. تم تحضير عقار تاموكسيفين عن طريق إذابة المسحوق في زيت الذرة. تم حقن الفئران البالغة (6-8 أسابيع من العمر ، الإناث والذكور) بعقار تاموكسيفين تحت الجلد في اليومين 0 و 2 بجرعة 400 مغ / كغ وفحصت مرتين في الأسبوع بعد الحقن. لم يكن من الممكن قياس الأورام لأنها كانت موجودة داخليا. لذلك ، تم إجراء القتل الرحيم إذا لوحظت علامات سريرية غير طبيعية وفقا للبروتوكول الأخلاقي. تم القتل الرحيم للفئران في نقاط زمنية مختلفة بعد تحريض عقار تاموكسيفين ، باستخدام إيزوفلوران وخلع عنق الرحم.
1. تشريح البنكرياس
ملاحظة: للحصول على العائد الأمثل أثناء الاستخراج ولضمان بقاء الخلية بشكل جيد ، يعد التشريح السريع أمرا بالغ الأهمية. لتقصير الوقت اللازم لعزل البنكرياس ، يجب أن تكون جميع الأدوات والمعدات جاهزة على الجليد قبل القتل الرحيم للفأر.
- القتل الرحيم للفأر عن طريق الاختناق CO2 والتحقق باستخدام خلع عنق الرحم. من هذه الخطوة فصاعدا ، يجب تنفيذ جميع الإجراءات باستخدام أدوات تشريح معقمة.
- إصلاح الماوس ورش البطن مع 70 ٪ من الإيثانول. قم بعمل شق على شكل حرف V بطول 2.5 سم في منطقة الأعضاء التناسلية بالمقص والملقط وانتقل إلى الأعلى لفتح تجويف البطن بالكامل.
- حدد موقع المعدة على الجانب الأيسر من الماوس. حدد موقع البنكرياس, الذي هو بالقرب من الطحال. افصل البنكرياس عن المعدة والاثني عشر باستخدام ملقطين (بدون تمزق). استمر وافصل البنكرياس عن الأمعاء الدقيقة والصائم والدقاقي.
- حرك البنكرياس إلى الجانب الأيمن من الماوس. افصل الوصلات المتبقية بين البنكرياس والتجويف الصدري بالملقط لفصل البنكرياس والطحال المتصل به تماما.
- أخرج البنكرياس وانشره لفحصه في طبق بتري على الجليد.
ملاحظة: يجب توخي الحذر خلال هذه الخطوة لإزالة البنكرياس فقط ، وعدم إزالة الأنسجة الدهنية المساريقية أو الأنسجة المجاورة الأخرى جنبا إلى جنب مع البنكرياس ، لتجنب التلوث الخلوي.
2. التفكك الأنزيمي والميكانيكي للبنكرياس
- قم بإعداد المخازن المؤقتة التالية مسبقا.
- مخزن التفكك 1: 4 مل من التربسين C + 6 مل من محلول ملحي مخزن بالفوسفات (PBS) (انظر الجدول 1) لكل عينة.
- مخزن التفكك 2: 9 مل من محلول الملح المتوازن هانكس (HBSS) 1x ؛ 4 ٪ ألبومين مصل البقر (BSA) ؛ 1 مل من كولاجيناز P (10 ملغ / مل) ؛ 200 ميكرولتر من مثبطات التربسين (10 ملغ / مل) ؛ و 200 ميكرولتر من DNase I (10 ملغ / مل) (انظر الجدول 1).
- غسل العازلة: 50 مل من HBSS 1x ؛ 2 غرام من BSA ؛ 1 مل من مثبطات التربسين (10 ملغ / مل) ؛ و 1 مل من DNase 1 (10 مجم / مل).
- محلول إيقاف نشاط الإنزيم: يحتوي HBSS 1x على 5٪ مصل بقري جنيني (FBS) و 150 جم من DNase I (0.2 مجم / مل).
- ضع البنكرياس في أنبوب سعة 50 مل على الثلج. شطف البنكرياس في 10٪ FBS في HBSS 1x. سوف تطفو الأنسجة الدهنية ويغرق البنكرياس. هذه طريقة سهلة لتصور وإزالة الأنسجة الدهنية البيضاء الملوثة التي لا تزال متصلة بالبنكرياس بسرعة.
- نقل أنسجة البنكرياس الماوس إلى طبق بتري معقم يحتوي على 5 مل من HBSS 1x على الجليد. قطع البنكرياس إلى قطع صغيرة من 1 إلى 3 مم3 باستخدام مقص Noyes ومشرط (الشكل 2 أ). في حالة وجود أكثر من عينة واحدة ، يجب حفظ العينات على الثلج بنسبة 10٪ FBS / HBSS 1x.
- نقل الأنسجة إلى أنبوب الطرد المركزي. جهاز طرد مركزي عند 350 × جم عند 4 درجات مئوية لمدة 5 دقائق. نضح وتخلص من المادة الطافية لإزالة شظايا الخلايا وخلايا الدم.
- أعد تعليق القطع في مخزن التفكك 1 الذي يحتوي على 0.02٪ تربسين C-0.05٪ EDTA لمدة 10 دقائق عند 37 درجة مئوية مع التقليب (180 دورة في الدقيقة). يغسل على الفور باستخدام 10٪ من وسط النسر المعدل من FBS / Dulbecco (DMEM). جهاز طرد مركزي لمدة 5 دقائق عند 350 جم عند 4 درجات مئوية.
- اغسل مرة أخرى عن طريق تعليق الحبيبات في 10 مل من المخزن المؤقت للغسيل والطرد المركزي عند 350 × جم لمدة 5 دقائق عند 4 درجات مئوية قبل خطوة التفكك التالية.
- احتضان البنكرياس في مخزن التفكك 2 لمدة 15 دقيقة عند 37 درجة مئوية مع التقليب (180 دورة في الدقيقة).
- بعد 15 دقيقة ، قم بإجراء التفكك الميكانيكي عن طريق سحب شظايا البنكرياس بقوة لأعلى ولأسفل في ماصات معقمة ذات حجم متناقص (25 و 10 و 5 مل من الماصات المصلية) 10 مرات وإعادتها إلى 37 درجة مئوية.
- بعد 5 دقائق إضافية ، كرر التفكك الميكانيكي واستخدم الفحص المجهري الضوئي لمراقبة التفكك وفقا لمقدار التعليق أحادي الخلية. عادة إذا كان أقل من 90٪ من التعليق في هذه المرحلة يتكون من خلايا مفردة معزولة ، فهناك حاجة إلى وقت حضانة أطول. استخدم المثقب الأزرق لمراقبة صلاحية الخلية.
- استمر في الحضانة وأخذ عينات للكشف عن التفكك كل 5 دقائق.
ملاحظة: يعتمد إجمالي وقت الحضانة على الأنسجة ويمكن أن يختلف بين العينات. يجب أن تنتهي الحضانة وتفكك الأنسجة عندما يتم فصل 90٪ من الخلايا إلى خلايا مفردة أو عند اكتشاف انخفاض في قابلية الحياة.
- بعد أن يتفكك نسيج البنكرياس جيدا (يتوافق مع اختفاء شظايا البنكرياس وزيادة تعكر المحلول) (الشكل 2) ، أوقف التفاعل الأنزيمي عن طريق الغسيل مرتين بمحلول إيقاف نشاط الإنزيم لمدة 5 دقائق عند 4 درجات مئوية. من هذه الخطوة ، احتفظ بتعليق الخلية على الجليد.
- مرر تعليق الخلية من خلال شبكة نايلون 70 ميكرومتر وتحقق من صلاحية الخلية تحت المجهر. قد تقلل الأحجام الأصغر من شبكة النايلون من صلاحية الخلية.
- أعد تعليق الحبيبات واغسلها ب 5-10 مل من محلول الغسيل المخزن بالثلج البارد. عد الخلايا.
- إذا لوحظت العديد من خلايا الدم الحمراء ، عالج الخلايا بمحلول تحلل خلايا الدم الحمراء لمدة 2 دقيقة في درجة حرارة الغرفة. في الحالات التي لوحظت فيها كتل ، يجب معالجة العينة مرة أخرى بالتربسين ، كما هو موضح في الخطوة 2.5. يتم الكشف عن الصلاحية باستخدام التريبان الأزرق تحت المجهر ، وإذا كانت الصلاحية أقل من 80٪ ، فيجب عزل الخلايا الحية باستخدام مجموعة إزالة الخلايا الميتة لفرز الخلايا المنشطة مغناطيسيا (MACS) مع أعمدة MACS MS (انظر الجدول 1).
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Representative Results
في عمل نشر مؤخرا5 ، قمنا بتطبيق البروتوكول الموضح أعلاه لاستكشاف المراحل المبكرة من تطوير PDAC باستخدام نموذج الماوس. تم تصميم الفأر وراثيا ليشمل الكاسيتات Ptf1a-CreER و LSL-Kras-G12D و LSL-tdTomato7 ، والتي تسمح بالتعبير عن KRAS النشط بشكل أساسي في الخلايا العنيبية بعد حقن عقار تاموكسيفين.
بعد خلع عنق الرحم (وفقا للبروتوكول الأخلاقي للفأر) ، تم استئصال البنكرياس ، وتم تطبيق البروتوكول الموصوف أعلاه (انظر الشكل 1 والبروتوكول).
لتحسين بروتوكول التفكك ، تم إجراء التفكك مع أو بدون حضانة مسبقة للأنسجة باستخدام التربسين سي. وقد وجد أن الحضانة المسبقة مع التربسين C سرعت التفكك دون التأثير على البقاء. بالإضافة إلى ذلك ، تمت تجربة كولاجيناز مختلفة ، بما في ذلك كولاجيناز D وكولاجيناز 1 أ وكولاجيناز P (انظر الجدول 1). وقد وجد أن استخدام كولاجيناز D أدى إلى موت هائل للخلايا ، وفي الواقع في الدراسات الأخرى التي استخدمت هذا الكولاجين ، كان جزء الخلايا الأسينار صغيرا جدا8. كما أن استخدام كولاجيناز 1 أ لم يوفر النتائج المتوقعة ، لأنه حتى بعد حضانة 90 دقيقة مع كولاجيناز 1 أ ، لم يتم فصل الأنسجة. فقط كولاجيناز P سمح لنا بفصل الأنسجة والحفاظ على قابلية عالية لجميع أنواع الخلايا.
تكررت هذه التجارب في سبع نقاط زمنية مختلفة بعد حقن عقار تاموكسيفين. بالتزامن مع الحؤول العنيبي إلى الأقنية وتشكيل آفة PanIN ، كان هناك تراكم للخلايا اللحمية والمناعية ، بما في ذلك الخلايا الليفية ، وأصبح النسيج مزجما وصلبا. سمحت لنا النقاط الزمنية المختلفة بعد حقن عقار تاموكسيفين بفحص البروتوكول تحت عدة حالات نسيجية مختلفة وقياس تعافي الخلايا الظهارية واللحمية والخلايا المناعية.
يوضح الشكل 2 أ صورة للفأر، والبنكرياس المعزول، وهو نسيج رقيق، موضح في الشكل 2 ج. ينتج اللون الأحمر للأنسجة عن التعبير عن tdTomato في الخلايا العنيبية. تم استخدام البروتوكول بنجاح مع جميع حالات الأنسجة ومع العينات البشرية. ومع ذلك ، قد تختلف أوقات الحضانة مع التربسين والكولاجيناز. لذلك من المهم مراقبة العينة ومراقبة تفكك الأنسجة وصلاحية الخلية كل بضع دقائق تحت المجهر. في مرحلة مبكرة من بروتوكول التفكك ، كانت هناك أعداد منخفضة من الخلايا المعزولة وأعداد كبيرة من الكتل (الشكل 2D ، على اليسار). كان هدفنا هو تحقيق خلايا معزولة قابلة للحياة ، كما هو موضح في الشكل 2D ، في الوسط ، وتجنب انخفاض عدد الخلايا القابلة للحياة (الشكل 2D ، يمين).
من المهم ملاحظة أن أوقات الحضانة الأطول قللت من صلاحية الخلايا. بدءا من نسيج بحجم 0.5 × 10 سم3 ، استعدنا ما مجموعه 5 × 106 خلايا ، 5 × 105 منها كانت خلايا إيجابية للطماطم . وفقا لتحليل فرز الخلايا المنشط بالتألق (FACS) في الشكل 3 ، يدعم بروتوكول تفكك البنكرياس لدينا استعادة أنواع متعددة من الخلايا ، بما في ذلك الخلايا العنيبية ، والخلايا الأقنية ، والخلايا البطانية ، والخلايا الليفية ، والخلايا المناعية ، والخلايا المحيطة ذات الصلاحية العالية. ومع ذلك ، قد تكون النسبة الفعلية بين عدد الخلايا من كل نوع في الأنسجة قبل التفكك مختلفة ، ويستدل عليها من الصور الفلورية لأقسام البنكرياس المجمدة التي تشمل الخلايا الإيجابية tdTomato (الشكل 2E). يتم عرض الجدوى العالية التي تحققت باستخدام البروتوكول المفصل أعلاه من خلال تحليل FACS (الشكل 3) وتعداد الخلايا الحية / الخلايا الميتة باستخدام مقياس الدم (الشكل 3H).
لكل عينة ، أجرينا scRNA-seq ، وتمشيا مع تحليل FACS ، أكدنا اكتشاف جميع أنواع الخلايا المذكورة أعلاه (الشكل 4A ، B) ، في كل من الأنسجة المقطوعة من جميع النقاط الزمنية بعد حقن عقار تاموكسيفين. درسنا أيضا تعبير كربوكسي ببتيداز 1 (Cpa1) ، الذي يشفر كربوكسي ببتيداز 1. تعبير Cpa1 في الخلايا العنيبية مرتفع للغاية ويمكن أن يشير إلى مدى تحلل الخلايا العنيبية أثناء التفكك ، وكذلك مدى تلويثها لنسخ أنواع الخلايا الأخرى. اكتشفنا الحد الأدنى من التلوث ، كما يتضح من الشكل 4C ، D. ينتج عن التفكك اللطيف أيضا قابلية عالية تسمح لنا بمتابعة فرز الخلايا لأنواع الخلايا المرغوبة لإجراء تجارب إضافية (الشكل 3).
معا ، تدعم جودة بروتوكول التفكك تجارب متابعة مختلفة ، بما في ذلك scRNA-seq.
الشكل 1: مخطط البروتوكول. الرجاء الضغط هنا لعرض نسخة أكبر من هذا الشكل.
الشكل 2: عزل خلايا البنكرياس. أ: صورة توضح البنكرياس (باللون الأحمر) والكبد وطحال الفأر بعد فتح تجويف البطن بالكامل. ب: الفأر نفسه الموجود في (أ) بعد استئصال البنكرياس. ج: تشريح البنكرياس. البنكرياس بعد إزالته من الحيوان (يسار). البنكرياس بعد الانقسام إلى قطع صغيرة (وسط). فصل الطور بعد الطرد المركزي (يمين). د: مراقبة الخلايا تحت المجهر لفحص صلاحية الخلية الواحدة. إجمالي عزل خلايا البنكرياس الأولية (20x). كتل من الخلايا بعد 15 دقيقة من التفاعل الأنزيمي (يسار). تعليق أحادي الخلية بعد 25 دقيقة من التفاعل الأنزيمي (منتصف). انخفاض صلاحية الخلية بعد حضانة طويلة (يمين). ه: صور مضان لمقطع بنكرياس متجمد. الخلايا العنيبية إيجابية tdالطماطم. تلطيخ DAPI باللون الأزرق (الصورة في 40x). يرجى النقر هنا لعرض نسخة أكبر من هذا الرقم.
الشكل 3: تحليل FACS للمعلق أحادي الخلية لسرطان البنكرياس . (أ) الخلايا الموجبة والسالبة للطماطم . ب: قياس السريان الخلوي للخلايا العنيبية غير المصنفة (الحمراء) مقابل الخلايا العنيبية المصنفة (الزرقاء). (ج، و) الخلايا غير الملوثة ، APC و PB450. (د) تحليل FACS بعد تلطيخه بمضاد CD31 ، وهو علامة للخلايا البطانية. (ه) تحليل FACS بعد تلطيخه بمضاد CD140b ، وهو علامة على الخلايا المحيطة. (ز) تحليل نظام مراقبة الأصول الميدانية بعد تلطيخه بمضاد CD11c، وهو علامة للخلايا المتغصنة والبلاعم. H: نسبة الخلايا الحية والخلايا الميتة في أربع خلايا مختلفة معزولة للبنكرياس. يرجى النقر هنا لعرض نسخة أكبر من هذا الرقم.
الشكل 4: تحليل بيانات scRNA-seq التي تم إنتاجها باستخدام البروتوكول الذي وصفناه في المقالة الحالية. (أ) UMAP يظهر scRNA-seq لبنكرياس الفأر في نقاط زمنية مختلفة بعد حقن عقار تاموكسيفين ، كما هو موضح في الجانب الأيمن من اللوحة. (ب) تم تحديد أنواع الخلايا بناء على علامات معروفة. (ج، د) يتم تلوين الخلايا وفقا لمستوى التعبير Cpa1 (في C) أو مستوى tdTomato (في D). يرجى النقر هنا لعرض نسخة أكبر من هذا الرقم.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Discussion
في هذه المقالة ، نقدم بروتوكولا لتفكك أنسجة البنكرياس. البروتوكول بسيط وسهل الاستخدام ويوفر أداة لعزل الخلايا المفردة القابلة للحياة من أنسجة البنكرياس في مراحل مختلفة أثناء عملية الورم الخبيث ، بما في ذلك الأورام الصلبة. في الدراسات السابقة ، تم استخدام أنواع مختلفة من الكولاجين لهضم البنكرياس 8,9. يؤدي استخدام كولاجيناز قوي للغاية ، مثل كولاجيناز د ، إلى عدد كبير من الخلايا المناعية ونسبة أقل من الخلايا الطلائية. يسمح استخدام كولاجيناز P بهضم البنكرياس المناسب لأنسجة البنكرياس السليمة أو الورمية.
بناء على ملاحظاتنا ، يمكن عزل جميع أنواع الخلايا. لقد تحققنا سابقا من تسلل الخلايا التائية المناعية ، على سبيل المثال ، باستخدام الكيمياء الهيستولوجية المناعية5 ؛ نعتقد أن عدد الخلايا النسبي الذي لاحظناه في تحليلنا هو تقريب مناسب للتمثيل الفعلي للخلايا في الأنسجة ، باستثناء الخلايا العنيبية الهشة وبالتالي كانت ممثلة تمثيلا ناقصا. نوصي باستخدام الكيمياء الهيستولوجية المناعية أو علم النسخ المكاني10،11،12 إذا كانت هناك حاجة لنسب دقيقة من أنواع الخلايا في الأنسجة. بالإضافة إلى ذلك ، لاحظنا أن تفكك الأنسجة من الفئران البرية في غياب تعبير KRAS النشط بشكل أساسي هو أكثر صعوبة ويتطلب مراقبة أكثر تكرارا ، لوقف التفاعل الأنزيمي في الوقت المحدد عن طريق إضافة 10٪ FBS إلى المخزن المؤقت للغسيل وتجنب موت الخلايا الهائل. يتوافق هذا أيضا مع التلوث من بعض النصوص الأسينار الوفيرة للغاية ، مثل Cpa1 ، على الرغم من أن بروتوكولنا يقلل من هذه المشكلة.
يمكن استخدام عزل الخلية ل scRNA-seq ، كما أوضحنا5 ، لزراعة الخلايا ، أو كمواد أولية للعضويات ، على سبيل المثال.
الحاجة إلى الأنسجة الطازجة هي أحد قيود الطريقة. تم مؤخرا استخدام نهج بديل يركز على عزل النوى ، تسلسل الحمض النووي الريبي أحادي النواة (sNuc-seq) 13 ، للتحقيق في أورام PDAC من المرضى بدقةخلية واحدة 11. في المستقبل ، سيكون من المثير للاهتمام مقارنة جودة بيانات الخلايا الظهارية البنكرياسية التي يتم الحصول عليها من sNuc-seq مقارنة ب scRNA-seq. الأهم من ذلك ، أن استخراج النواة لا يسمح بزراعة الخلايا ، والفرز لإثراء أنواع معينة من الخلايا أمر صعب للغاية. لذلك ، سيكون بروتوكول تفكك الأنسجة مفيدا في المستقبل لتجارب scRNA-seq ولهذه التطبيقات الإضافية.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Disclosures
يعلن المؤلفون عدم وجود مصالح متنافسة.
Acknowledgments
نود أن نشكر الدكتور أفيتال ساروسي بورتوغيز للمساعدة في تحليل البيانات والدكتور درور كولودكين غال للمساعدة في إنشاء البروتوكول في دراسة سابقة. نشكر جميع الأعضاء السابقين والحاليين في مختبر بارناس. نشكر الدكتورة جيليان كاي والدكتور مايكل كانوفسكي على مساعدتهما في التحرير. حصل هذا المشروع على تمويل من منحة مؤسسة العلوم الإسرائيلية (رقم 526/18 O.P.) ، وبرنامج Alex U. Soyka ، ومنحة من صندوق أبحاث السرطان الإسرائيلي (جائزة التطوير الوظيفي البحثي).
Materials
| Name | Company | Catalog Number | Comments |
| Reagent or Resource | |||
| 70 µm nylon mesh | Corning | cat##431751 | |
| BSA | Sigma Aldrich | cat# A7906 | |
| Collagenase P | Roche | cat# 11213857001 | |
| Critical Commercial Assay | |||
| DAPI | Sigma Aldrich | cat#MBD0015 | |
| Dnase I | Roche | cat# 10104159001 | |
| Experimental Models: Organisms/Strains | |||
| Fetal Bovine Serum South American | ThermoFisher | Cat#10270106 | |
| Hanks' Balanced Salt Solution | Biological industries | cat#02-018-1A | |
| KRASLSL-G12D mice | Jackson Laboratory | JAX008179 | |
| MACS dead cells removal kit | Milteny Biotec | cat#130-090-101 | |
| PBS | Biological industries | cat#02-023-1A | |
| Ptf1a-CreER mice | Jackson Laboratory | JAX019378 | |
| Ptf1a-CreER; Rosa26LSL-tdTomato mice | Jackson Laboratory | JAX007908 | |
| Trypsin C-EDTA 0.05% | Biological industries | cat# 03-053-1A | |
| Trypsin inhibitor | Roche | cat#T6522 |
References
- Siegel, R. L., Miller, K. D., Jemal, A.
- Yachida, S., et al. Distant metastasis occurs late during the genetic evolution of pancreatic cancer. Nature. 467 (7319), 1114-1117 (2010).
- Peng, J., et al. Author correction: single-cell RNA-seq highlights intra-tumoral heterogeneity and malignant progression in pancreatic ductal adenocarcinoma. Cell Research. 29 (9), 777 (2019).
- Hruban, R. H., Wilentz, R. E., Kern, S. E.
- Schlesinger, Y., et al. Single-cell transcriptomes of pancreatic preinvasive lesions and cancer reveal acinar metaplastic cells' heterogeneity. Nature Communications. 11 (1), 4516 (2020).
- Kolodkin-Gal, D., et al. Senolytic elimination of Cox2-expressing senescent cells inhibits the growth of premalignant pancreatic lesions. Gut. 71 (2), 345-355 (2021).
- Kopp, J. L., et al. Identification of Sox9-dependent acinar-to-ductal reprogramming as the principal mechanism for initiation of pancreatic ductal adenocarcinoma. Cancer Cell. 22 (6), 737-750 (2012).
- Elyada, E., et al. Cross-species single-cell analysis of pancreatic ductal adenocarcinoma reveals antigen-presenting cancer-associated fibroblasts. Cancer Discovery. 9 (8), 1102-1123 (2019).
- Bernard, V., et al. Single-cell transcriptomics of pancreatic cancer precursors demonstrates epithelial and microenvironmental heterogeneity as an early event in neoplastic progression. Clinical Cancer Research. 25 (7), 2194-2205 (2019).
- Moncada, R., et al. Integrating microarray-based spatial transcriptomics and single-cell RNA-seq reveals tissue architecture in pancreatic ductal adenocarcinomas. Nature Biotechnology. 38 (3), 333-342 (2020).
- Hwang, W. L., et al. Single-nucleus and spatial transcriptome profiling of pancreatic cancer identifies multicellular dynamics associated with neoadjuvant treatment. Nature Genetics. 54 (8), 1178-1191 (2022).
- Cui Zhou, D., et al. Spatially restricted drivers and transitional cell populations cooperate with the microenvironment in untreated and chemo-resistant pancreatic cancer. Nature Genetics. 54 (9), 1390-1405 (2022).
- Habib, N., et al. Massively parallel single-nucleus RNA-seq with DroNc-seq. Nature Methods. 14 (10), 955-958 (2017).
