Name: Peptid Epitopların Kantitatif Analiz için bir yüksek veri akışı MHC II Bağlanma Deneyi (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2014-03-25T13:45:00.000+00:00
Duration: 7 min 59 s
Description: Öğrenin, insan MHC II proteinlerine peptit bağlanmasını yüksek verimli 384 kuyucuklu plaka deneyiyle nicel olarak analiz etme yöntemini. Bu yaklaşım, immünojenik epitop tanımlama ve aşı geliştirme çalışmalarını hızlandırır.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

playerTrialDesktop

Bu çalışma NIH hibe R01-GM-098977 ve CBK ve KEG R21-AI-098122 tarafından desteklenmiştir. RSS Mühendislik Thayer School Thayer Yenilik Programı Bursu ile bir Luce Vakfı Bursu tarafından ve kısmen desteklenmiştir.

Dört ana faaliyetleri peptid-MHC II bağlanma tahlili aşağıdaki kısımları içermektedir: 1-Bağlayıcı: Test peptidler çözelti fazı çözünür MHC II proteinlerin bağlanma için etiketli kontrol peptidler ile rekabet eder. Bağlanma Test peptid konsantrasyonları geniş bir aralık üzerinde ölçülür. 2-Yakalama: Bağlanma reaksiyonu dengeye yaklaştıkça sonra, peptid-MHC II kompleksleri yakalanır ve bir hareketsiz kılınmış antikor ile yapıya bağlı tanıma bağlanmamış peptid ve protein ayrılır. 3-Algılama: Çekilen kontrol peptidi nicel zaman çözümlü bir fluoresans kullanılarak tespit edilir. 4-Analizi: Spektroskopik veri, işlenen çizilen ve test peptidi ve MHC II proteinlerinin doza bağımlı bağlanma özelliklerini tespit etmek için analiz edilir. Varsa aşağıdaki prosedüre çeşitli adımlarda, bir sıvı taşıma robot kullanılması tavsiye edilir. Özellikle, 384 oyuklu formatta, otomatik dağıtma ve sıvıların seyreltme daha fazla kullanıcı hatası, sonuçlar en aza indirirtutarlı iyi-kuyu hacimleri ve manuel 96 oyuklu deneyleri (veriler gösterilmemiştir) ile karşılaştırıldığında IC 50 değerleri dar bir% 95 güven aralıklarını verir. Bir sıvı kotarma robotu mevcut değil ise, &quot;(sıvı kotarma robotu)&quot; ile açıklama adımları elle yapılabilir. Mümkünse Benzer şekilde, 384-gözlü formata ile uyumlu olan bir otomatik plaka yıkayıcı tavsiye edilir. Bu etkin plaka yıkama işlemini standardize eder. Bir tabak yıkayıcı mevcut değilse, &quot;(tabak yıkayıcı)&quot; açıklamalı adımları elle yapılabilir. 1.. Coat ELISA Plakası (Gün 1) <ol><li> 10 ug / ml &#39;lik bir konsantrasyona kadar çalışma Borat Tamponu içinde L243 antikor stok (0.5 mg / ml) seyreltin. <ol><li> Kaplamak için tek bir 384-plaka, Borat Tampon 9.8 ml stok antikor 200 ul ekleyin. (Alternatif ölçeklendirme için tamamlayıcı elektronik tablo hesap bakınız). </li></ol></li><li> , 384-w her bir oyuğuna L243 antikor çözeltisi 25 ul ekleell beyaz ELISA plakasını yüksek bağlayıcı. (Sıvı taşıma robotu) </li><li> Bir polyester film ile yalıtılır ve bu plaka, 4 ° C de bir gece inkübe Not: her biri 384-çukurlu ELISA plakası 15 test, bir MHC II aleli için sekiz seyreltilerde peptidler, hem de pozitif ve negatif kontroller için uygun olabilir. Bu sonuçta üçlü ölçümleri verecektir. </li></ol> 2. Test Peptid seyreltme (Gün 1) Marka <ol><li> DMSO içinde her bir test peptidinin bir 10 mM stok ile başlayarak, 384 oyuklu polipropilen plakaları (Tablo 1) kullanılarak sitrat fosfat tamponu içinde aşağıdaki seyreltme serisi olun. (Sıvı taşıma robotu) Not: Tam bir 384-oyuklu polipropilen tabla içinde üç ayrı ELISA plakaları gerektirir. Bir polipropilen plakanın sadece üçte biri, bir ELISA plakasını (Şekil 1) gerekmektedir. </li></ol><table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0"><tbody align="center"><tr><td rowspan="2"> Seyreltme sayısı </td><td> Cilt to önce seyreltme / stok almak </td><td> Ekleme Cilt Sitrat Tampon </td><td> Kons. Seyreltme </td><td> Kons. Cilt Reaksiyonunda </td><td> Kons. nötralize ELISA&#39;da </td></tr><tr><td> (Ul) </td><td> (Ul) </td><td> (UM) </td><td> (UM) </td><td> (UM) </td></tr><tr><td> 1 </td><td> 0.7 </td><td> 35.1 </td><td> 195,531 </td><td> 97,765 </td><td> 48.883 </td></tr><tr><td> 2 </td><td> 14.3 </td><td> 14.3 </td><td> 97,765 </td><td> 48.883 </td><td> 24.441 </td></tr><tr><td> 3 </td><td> 7.1 </td><td> 28.7 </td><td> 19.389 </td><td> 9.695 </td><td> 4.847 </td></tr><tr><td> 4 </td><td> 14.3 </td><td> 14.3 </td><td> 9.695 </td><td> 4.847 </td><td> 2,424 </td></tr><tr><td> 5 </td><td> 7.1 </td><td> 28.7 </td><td> 1.923 </td><td> 0.961 </td><td> 0.481 </td></tr><tr><td> 6 </td><td> 14.3 </td><td> 14.3 </td><td> 0.961 </td><td> 0.481 </td><td> 0.24 </td></tr><tr><td> 7 </td><td> 7.1 </td><td> 28.7 </td><td> 0.191 </td><td> 0.095 </td><td> 0.048 </td></tr><tr><td> 8 </td><td> 14.3 </td><td> 14.3 </td><td> 0.095 </td><td> 0.048 </td><td> 0.024 </td></tr><tr><td colspan="6"> Çıkarın ve seyreltme 8 numaradan peptid çözeltisi 7.1 ul atın. </td></tr></tbody></table> Test Peptid seyreltme serisi Tablo 1.. Hazırlanması. <img alt="Şekil 1" fo:content-width="5in" fo:src="/files/ftp_upload/51308/51308fig1highres.jpg" src="/files/ftp_upload/51308/51308fig1.jpg" /> Şekil 1. Bağlanma Tahlili Peptid yakınlarındaki Plate. 384 oyuklu polipropilen plakalar içerisinde peptid seyreltisi (A) haritası. Her polipropilen plaka şarkı karşı rekabet bağlama reaksiyonlarında 15 peptidler üç grup ağırlayacak<html> le MHC II aleli. Bağlanma reaksiyonu dengeye yaklaştıkça sonra, (B), her bir peptid grubu, bir anti-MHC II antikoru ile önceden kaplanmış olan ayrı bir 384-çukurlu ELISA plakasına, üç kopya olarak transfer edilir. 3. MHC II Master Mix (Gün 1) hazırlayın <ol><li> Reaksiyon Buffer olun <ol><li> Fosfat Tampon 3920 ul 1 mM Pefa bloku 80 ul ve oktil-β-D-glucopyranaside 60 mg ekleyin. (Alternatif ölçeklendirme için tamamlayıcı elektronik tablo hesap bakınız). </li></ol></li><li> Bir 15 ml konik tüp (Tablo 2) kullanılarak reaksiyon tamponu içinde 101 nM&#39;ye seçilen MHC II stok çözelti seyreltin. Not: MHC II konsantrasyon sonunda nötralize ELISA tahlilinde bağlama reaksiyonu, 25 nM, 50 nM olacaktır. MHC II stok konsantrasyonları üretici yeri sayısına bağlı olarak değişecektir. (Ek-tablo hesap bakınız). </li></ol>&quot;&gt; <tbody><tr><td> MHC II Allel DRB1 *: </td><td> 1501 </td></tr><tr><td> MHC II stok konsantrasyonu (mg / ml) </td><td> 1.3 </td></tr><tr><td> MHC II stok konsantrasyonu (mM) </td><td> 20 </td></tr><tr><td> Vol. MHC II Stok Ekle (ml) </td><td> 14.65 </td></tr><tr><td> Vol. Reaction Buffer Ekle (ml): </td><td> 2.885,35 </td></tr><tr><td> MHC II Master Mix Konsantrasyon (nM) </td><td> 101 </td></tr></tbody></table> MHC II master karışımı Tablo 2.. Hazırlanması. 4. Negatif ve Pozitif Kontroller (Gün 1) hazırlayın <ol><li> Adım 2.1 &#39;den 384 oyuklu polipropilen bir plaka (Şekil 1A) &quot;Negatif kontrol&quot; oyuğuna sitrat fosfat tampon 21.5 ul ekleyin. </li><li> 384 oyuklu polipropilen plakanın &quot;Pozitif kontrol&quot; oyuğuna sitrat fosfat tampon 21.5 ul ekleyin. Not: &quot;pozisyonunutive kontrol &quot;altında, 5. bölümünde tamamlanacaktır. </li><li> Bir 1.5 ml Eppendorf tüpüne adım 3.2 ve pipetten MHC II Master Mix 49.5 ul çıkarın. </li><li> Aşama 4,3 MHC II Master Mix 49.5 ul sitrat tampon 0.5 ul ekleyin. </li><li> 384 oyuklu polipropilen plakanın &quot;Negatif kontrol&quot; oyuk (Şekil 1A) adım 4,4 MHC II Master Mix ayarlandı konsantrasyonunun 21.5 ul ekleyin. Not: Bu örnek MHC II protein, NO kontrol peptit, ve NO deney peptid içeren sıfır sinyal negatif denetimini temsil eder. </li></ol> 5. MHC II Master Mix için uygun kontrol peptidi (Gün 1) ekleme <table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0"><tbody><tr><td> MHC II Allel DRB1 * </td><td> Biyotinile kontrol Peptide </td><td> (Tortu) </td><td> Sekans </td></tr><tr><td> 0101 </td><td> Flu-HA-B </td><td> (306-318) </td><td> Biotin-(Ahx) (Ahx) PRYVKQNTLKLAT-amit </td></tr><tr><td> 0301 </td><td> Miyoglobin </td><td> (137-148) </td><td> Biotin-(Ahx) - (Ahx)-LFRKDIAAKYKE-OH </td></tr><tr><td> 0401 </td><td> YAR-B </td><td> (1-14) </td><td> Biotin-(Ahx) (Ahx) YARFQSQTTLKQKT-OH </td></tr><tr><td> 0701 </td><td> TetTox-B </td><td> (830-843) </td><td> Biotin-(Ahx) (Ahx) QYIKANSKFIGITE-OH </td></tr><tr><td> 1101 </td><td> Flu-HA-B </td><td> (306-318) </td><td> Biotin-(Ahx) (Ahx) PRYVKQNTLKLAT-amit </td></tr><tr><td> 1501 </td><td> MBP-B </td><td> (84-102) </td><td> Biotin-(Ahx) (Ahx) NPVVHFFKNIVTPRTPPPS-OH </td></tr></tbody></table> * Biz, ekonomi için 10 mg ölçek sipariş öneririz. Tablo 3. Çeşitli MHC II alelleri için kontrol Peptides. * <ol><li> 20 uM bir seyreltilmiş stokları elde etmek için taze DMSO (DMSO içinde 400 uM depolanan) kontrol peptidi 1:20 seyreltin. <ol><li> 25 ul 400 uM peptid kontrol ekle475 ul DMSO. Not: Bu büyük bir fazla olmakla birlikte, yapışkan DMSO çözeltisi doğru olarak işlenmesine izin verir. </li></ol></li><li> Adım 3.2 &#39;den daha fazla MHC II Master Mix olarak aşama 5.1 (20 mM) 1:100 arasındaki kontrol peptidi seyreltin. <ol><li> MHC II Master Mix kalan 2,850.5 ul Adım 5.2 &#39;de inceltilmiş kontrol Peptid 28.8 ul ekleyin. </li></ol></li><li> 384 oyuklu polipropilen bir plaka (adım 4.2) (Şekil 1A) pozitif kontrol çukuruna kontrol peptidi (adım 5.2) ile MHC II Master Mix 21.5 ul ekleyin. Not: Bu örnek MHC II protein, kontrol peptid, ve NO deney peptid içeren yüksek sinyal pozitif denetimini temsil eder. </li></ol> 6. Bağlanma reaksiyonu, (Gün 1) Marka <ol><li> Binding reaksiyon oluşturmak için bir 1:1 oranında test Peptid seyreltileri (adım 2.1) her bir kontrol peptidi (adım 5.2) ihtiva eden MHC II Master Mix ekleyin. <ol><li> Con içeren MHC II Master Mix 21.5 ul ekleAdım 2.1 &#39;den her bir test Peptid seyreltme 21.5 ul aşama 5.2&#39; den trol Peptide. (Sıvı taşıma robotu) </li></ol></li><li> Bir polyester film ile kapatın ve Binding Reaction çalkalamadan 37 ° C&#39;de olmayan bir CO2 kuluçka makinesi içinde kontrollü 12-24 saat inkübe edilir. </li></ol> 7. Nötralize ve bağlama reaksiyonu, (Gün 2) transfer <ol><li> 37 ° C inkübatör arasındaki bağlanma reaksiyonu (adım 6.2) ihtiva eden 384 çukurlu polipropilen plaka çıkarın. </li><li> Nötralizasyon Tamponu ile Binding Reaction 1:01 seyreltin. (Sıvı taşıma robotu) <ol><li> Her iyi Binding Reaksiyonuna Nötralizasyon Buffer 43 ul ekleyin. </li></ol></li><li> 4 ° C arasındaki ELISA plakasını (adım 1.3) çıkarın ve PBS-% 0.05 Tween 20 içinde 60 ml / yuva ile 3 kez yıkayın. (Tabak yıkayıcı) </li><li> Aktarım aşama 7.3 antikor kaplı 384-çukurlu ELISA plakasının üç kopyalı oyuklarına aşama 7.2 her bir nötralize bağlanma reaksiyonunda 25 ul. (Şekil 1 </strong&gt;) (sıvı taşıma robotu) </li><li> Gece boyunca, 2.5 saat boyunca 37 ° C kuluçka makinesi içinde ya da 4 ° C buzdolabı içinde bir polyester film ve yer ile ELISA plakasını örtün. </li></ol> 8. ELISA Development (Gün 2 ya da 3) <ol><li> Aşama 7.5 ELISA plaka çıkarın, 60 ul / göz PBS-% 0.05 Tween ile 3 kez yıkayın. (Tabak yıkayıcı) </li><li> DELFIA Test Tamponu içinde Streptavidin-Europium stok çözeltisi (0.1 mg / ml streptavidin, 3 + 7 Eu / streptavidin) 1000-kat seyreltiniz. <ol><li> Bir 384-oyuklu bir plaka için, 10 ml Test Tamponu içinde 10 ul streptavidin-europium seyreltin. </li></ol></li><li> Adım 8.1 &#39;den 384 çukurlu ELISA plakasının her oyuğuna seyreltilmiş streptavidin-Evropiyum 25 ul ekle. (Sıvı taşıma robotu) </li><li> 1 saat boyunca oda sıcaklığında karanlıkta bir polyester film ve yer ile plaka örtün. Not: 1 saat bekleme süresi boyunca buzdolabından Cinsel Çözüm kaldırmak ve RO karanlıkta 10 ml / plaka kenaraom sıcaklığı. </li><li> 1 saat inkübe edildikten sonra, 60 ul / göz PBS-% 0.05 Tween ile adım 8.3 3x gelen 384-çukurlu ELISA plakasını yıkayın. (Tabak yıkayıcı) </li><li> Aşama 8.5 384 çukurlu ELISA plakasının her oyuğuna geliştirme çözeltisi 25 ul ekle. (Sıvı taşıma robotu) </li><li> Bir polyester film ile 384-çukurlu ELISA plaka Kapak ve levha 10-15 dakika boyunca oda sıcaklığında karanlıkta oturmasına izin verir. </li><li> 200, Dur Int:. 1000, Ex 340, Em 10-15 dakika inkübe edildikten sonra, bir örneğin, Öropiyum zaman ayarları ile çözüldü floresan levha okuyucu (Başlangıç ​​Int kullanarak adım 8.7 384-çukurlu ELISA plakasının floresans okuma . 615, Kesim: Yok, PMT: Otomatik, / Peki Okur: 50). </li></ol> 9. Veri Analizi <ol><li> Yan yan sütunlarda 3 suret değerleri (Y = floresan ölçüm X = test peptid konsantrasyonu) ile XY formatı grafikte verileri girin. </li><li> Tüm veriler için X değerleri log dönüşümü: X = log (X) </li><li> Günlük tra FitIC50 değeri elde etmek için bir site bağlanma modeline veri nsformed. </li><li> Ortalama negatif kontrol değerine alt değerini kısıtlayın. </li><li> Küresel üst değerini uygun ve küresel uyum parametresi altında veya pozitif kontrol eşit olduğunu sigortalamak. </li></ol>

<ol><li>Steere, A. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Antibiotic-refractory+Lyme+arthritis+is+associated+with+HLA-DR+molecules+that+bind+a+Borrelia+burgdorferi+peptide%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Exp.+Med%22%5BJournal%5D)">Antibiotic-refractory Lyme arthritis is associated with HLA-DR molecules that bind a Borrelia burgdorferi peptide.</a> J. Exp. Med. 203, 961-971 (2006).</li>
<li>Raddrizzani, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Different+modes+of+peptide+interaction+enable+HLA-DQ+and+HLA-DR+molecules+to+bind+diverse+peptide+repertoires%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Immunol%22%5BJournal%5D)">Different modes of peptide interaction enable HLA-DQ and HLA-DR molecules to bind diverse peptide repertoires.</a> J. Immunol. 159, 703-711 (1997).</li>
<li>Osipovitch, D. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Design+and+analysis+of+immune-evading+enzymes+for+ADEPT+therapy%5BTitle%5D)+AND+%22Protein+Eng.+Design%22%5BJournal%5D)">Design and analysis of immune-evading enzymes for ADEPT therapy.</a> Protein Eng. Design. 25, 613-623 (2012).</li>
<li>Moise, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((In+silico-accelerated+identification+of+conserved+and+immunogenic+variola%2Fvaccinia+T-cell+epitopes%5BTitle%5D)+AND+%22Vaccine%22%5BJournal%5D)">In silico-accelerated identification of conserved and immunogenic variola/vaccinia T-cell epitopes.</a> Vaccine. 27, 6471-6479 (2009).</li>
<li>Moise, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effect+of+HLA+DR+epitope+de-immunization+of+Factor+VIII+in+vitro+and+in+vivo%5BTitle%5D)+AND+%22Clin.+Immunol%22%5BJournal%5D)">Effect of HLA DR epitope de-immunization of Factor VIII in vitro and in vivo.</a> Clin. Immunol. 142, 320-331 (2012).</li>
<li>Aggarwal, S. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((What%27s+fueling+the+biotech+engine-2011+to+2012%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">What's fueling the biotech engine-2011 to 2012.</a> Nat. Biotechnol. 30, 1191-1197 (2012).</li>
<li>Trombetta, E. S., Mellman, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cell+biology+of+antigen+processing+in+vitro+and+in+vivo%5BTitle%5D)+AND+%22Ann.+Rev.+Immunol%22%5BJournal%5D)">Cell biology of antigen processing in vitro and in vivo.</a> Ann. Rev. Immunol. 23, 975-1028 (2005).</li>
<li>Warmerdam, P. A. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Elimination+of+a+human+T-cell+region+in+staphylokinase+by+T-cell+screening+and+computer+modeling%5BTitle%5D)+AND+%22Thrombosis+Haemostasis%22%5BJournal%5D)">Elimination of a human T-cell region in staphylokinase by T-cell screening and computer modeling.</a> Thrombosis Haemostasis. 87, 666-673 (2002).</li>
<li>Jones, T. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+and+removal+of+a+promiscuous+CD4%2BT+cell+epitope+from+the+C1+domain+of+factor+VIII%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Thrombosis+Haemostasis%22%5BJournal%5D)">Identification and removal of a promiscuous CD4+T cell epitope from the C1 domain of factor VIII.</a> J. Thrombosis Haemostasis. 3, 991-1000 (2005).</li>
<li>Harding, F. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+beta-lactamase+with+reduced+immunogenicity+for+the+targeted+delivery+of+chemotherapeutics+using+antibody-directed+enzyme+prodrug+therapy%5BTitle%5D)+AND+%22Mol.+Cancer%22%5BJournal%5D)">A beta-lactamase with reduced immunogenicity for the targeted delivery of chemotherapeutics using antibody-directed enzyme prodrug therapy.</a> Mol. Cancer. 4, 1791-1800 (2005).</li>
<li>Mazor, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+and+elimination+of+an+immunodominant+T-cell+epitope+in+recombinant+immunotoxins+based+on+Pseudomonas+exotoxin+A%5BTitle%5D)+AND+%22Proc.+Natl.+Acad.+Sci.+U.S.A%22%5BJournal%5D)">Identification and elimination of an immunodominant T-cell epitope in recombinant immunotoxins based on Pseudomonas exotoxin A.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 109, E3597-E3603 (2012).</li>
<li>Cantor, J. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Therapeutic+enzyme+deimmunization+by+combinatorial+T-cell+epitope+removal+using+neutral+drift%5BTitle%5D)+AND+%22Proc.+Natl.+Acad.+Sci.+U.S.A%22%5BJournal%5D)">Therapeutic enzyme deimmunization by combinatorial T-cell epitope removal using neutral drift.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 108, 1272-1277 (2011).</li>
<li>Kern, F., LiPira, G., Gratama, J. W., Manca, F., Roederer, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Measuring+Ag-specific+immune+responses%3A+understanding+immunopathogenesis+and+improving+diagnostics+in+infectious+disease%2C+autoimmunity+and+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Trends+Immunol%22%5BJournal%5D)">Measuring Ag-specific immune responses: understanding immunopathogenesis and improving diagnostics in infectious disease, autoimmunity and cancer.</a> Trends Immunol. 26, 477-484 (2005).</li>
<li>Li Pira, G., Ivaldi, F., Moretti, P., Manca, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High+throughput+T+epitope+mapping+and+vaccine+development%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Biomed.+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">High throughput T epitope mapping and vaccine development.</a> J. Biomed. Biotechnol. 2010, 325720(2010).</li>
<li>Hoffmeister, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mapping+T+cell+epitopes+by+flow+cytometry%5BTitle%5D)+AND+%22Methods%22%5BJournal%5D)">Mapping T cell epitopes by flow cytometry.</a> Methods. 29, 270-281 (2003).</li>
<li>Singh, H., Raghava, G. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ProPred%3A+prediction+of+HLA-DR+binding+sites%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">ProPred: prediction of HLA-DR binding sites.</a> Bioinformatics. 17, 1236-1237 (2001).</li>
<li>Guan, P., Doytchinova, I. A., Zygouri, C., Flower, D. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MHCPred%3A+bringing+a+quantitative+dimension+to+the+online+prediction+of+MHC+binding%5BTitle%5D)+AND+%22Appl.+Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">MHCPred: bringing a quantitative dimension to the online prediction of MHC binding.</a> Appl. Bioinformatics. 2, 63-66 (2003).</li>
<li>Wan, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((SVRMHC+prediction+server+for+MHC-binding+peptides%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">SVRMHC prediction server for MHC-binding peptides.</a> BMC Bioinformatics. 7, 463(2006).</li>
<li>Bui, H. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Automated+generation+and+evaluation+of+specific+MHC+binding+predictive+tools%3A+ARB+matrix+applications%5BTitle%5D)+AND+%22Immunogenetics%22%5BJournal%5D)">Automated generation and evaluation of specific MHC binding predictive tools: ARB matrix applications.</a> Immunogenetics. 57, 304-314 (2005).</li>
<li>Nielsen, M., Lundegaard, C., Lund, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Prediction+of+MHC+class+II+binding+affinity+using+SMM-align%2C+a+novel+stabilization+matrix+alignment+method%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">Prediction of MHC class II binding affinity using SMM-align, a novel stabilization matrix alignment method.</a> BMC Bioinformatics. 8, 238(2007).</li>
<li>Nielsen, M., Justesen, S., Lund, O., Lundegaard, C., Buus, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((NetMHCIIpan-2.0+-+Improved+pan-specific+HLA-DR+predictions+using+a+novel+concurrent+alignment+and+weight+optimization+training+procedure%5BTitle%5D)+AND+%22Immun.+Res%22%5BJournal%5D)">NetMHCIIpan-2.0 - Improved pan-specific HLA-DR predictions using a novel concurrent alignment and weight optimization training procedure.</a> Immun. Res. 6, 9(2010).</li>
<li>De Groot, A. S., Knopp, P. M., Martin, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((De-immunization+of+therapeutic+proteins+by+T-cell+epitope+modification%5BTitle%5D)+AND+%22Dev.+Biol%22%5BJournal%5D)">De-immunization of therapeutic proteins by T-cell epitope modification.</a> Dev. Biol. 122, 171-194 (2005).</li>
<li>Choi, Y., Griswold, K. E., Bailey-Kellogg, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Structure-based+redesign+of+proteins+for+minimal+T-cell+epitope+content%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Comput.+Chem%22%5BJournal%5D)">Structure-based redesign of proteins for minimal T-cell epitope content.</a> J. Comput. Chem. 34, 879-891 (2013).</li>
<li>Parker, A. S., Choi, Y., Griswold, K. E., Bailey-Kellogg, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Structure-guided+deimmunization+of+therapeutic+proteins%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Comput.+Biol%22%5BJournal%5D)">Structure-guided deimmunization of therapeutic proteins.</a> J. Comput. Biol. 20, 152-165 (2013).</li>
<li>Parker, A. S., Griswold, K. E., Bailey-Kellogg, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Optimization+of+therapeutic+proteins+to+delete+T-cell+epitopes+while+maintaining+beneficial+residue+interactions%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Bioinform.+Comput.+Biol%22%5BJournal%5D)">Optimization of therapeutic proteins to delete T-cell epitopes while maintaining beneficial residue interactions.</a> J. Bioinform. Comput. Biol. 9, 207-229 (2011).</li>
<li>Parker, A. S., Zheng, W., Griswold, K. E., Bailey-Kellogg, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Optimization+algorithms+for+functional+deimmunization+of+therapeutic+proteins%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">Optimization algorithms for functional deimmunization of therapeutic proteins.</a> BMC Bioinformatics. 11, 180(2010).</li>
<li>De Groot, A. S., Martin, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Reducing+risk%2C+improving+outcomes%3A+Bioengineering+less+immunogenic+protein+therapeutics%5BTitle%5D)+AND+%22Clin.+Immunol%22%5BJournal%5D)">Reducing risk, improving outcomes: Bioengineering less immunogenic protein therapeutics.</a> Clin. Immunol. 131, 189-201 (2009).</li>
<li>Wang, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+systematic+assessment+of+MHC+class+II+peptide+binding+predictions+and+evaluation+of+a+consensus+approach%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Comput.+Biol%22%5BJournal%5D)">A systematic assessment of MHC class II peptide binding predictions and evaluation of a consensus approach.</a> PLoS Comput. Biol. 4, e1000048(2008).</li>
<li>Sette, A., Rappuoli, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Reverse+vaccinology%3A+developing+vaccines+in+the+era+of+genomics%5BTitle%5D)+AND+%22Immunity%22%5BJournal%5D)">Reverse vaccinology: developing vaccines in the era of genomics.</a> Immunity. 33, 530-541 (2010).</li>
<li>Moise, L., Cousens, L., Fueyo, J., De Groot, A. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Harnessing+the+power+of+genomics+and+immunoinformatics+to+produce+improved+vaccines%5BTitle%5D)+AND+%22Expert+Opin.+Drug+Discov%22%5BJournal%5D)">Harnessing the power of genomics and immunoinformatics to produce improved vaccines.</a> Expert Opin. Drug Discov. 6, 9-15 (2011).</li>
<li>Sturniolo, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Generation+of+tissue-specific+and+promiscuous+HLA+ligand+databases+using+DNA+microarrays+and+virtual+HLA+class+II+matrices%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Generation of tissue-specific and promiscuous HLA ligand databases using DNA microarrays and virtual HLA class II matrices.</a> Nat. Biotechnol. 17, 555-561 (1999).</li>
<li><a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Biologic+drugs+set+to+top+2012+sales%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Med%22%5BJournal%5D)">Biologic drugs set to top 2012 sales.</a> Nat. Med. 18, 636(2012).</li>
<li>Seib, K. L., Zhao, X., Rappuoli, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Developing+vaccines+in+the+era+of+genomics%3A+a+decade+of+reverse+vaccinology%5BTitle%5D)+AND+%22Clin.+Microbiol.+Infect%22%5BJournal%5D)">Developing vaccines in the era of genomics: a decade of reverse vaccinology.</a> Clin. Microbiol. Infect. 18, 109-116 (2012).</li>
<li>Jiang, W., Boder, E. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High-throughput+engineering+and+analysis+of+peptide+binding+to+class+II+MHC%5BTitle%5D)+AND+%22+Proc.+Natl.+Acad.+Sci.+U.S.A%22%5BJournal%5D)">High-throughput engineering and analysis of peptide binding to class II MHC.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 107, 13258-13263 (2010).</li>
<li>Justesen, S., Harndahl, M., Lamberth, K., Nielsen, L. -L. B., Buus, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Functional+recombinant+MHC+class+II+molecules+and+high-throughput+peptide-binding+assays%5BTitle%5D)+AND+%22Immun%22%5BJournal%5D)">Functional recombinant MHC class II molecules and high-throughput peptide-binding assays.</a> Immun. 5, 1-20 (2009).</li>
</ol>

Leonard Moise tarafından istihdam ve EpiVax, Inc, Providence, RI bulunan özel sektöre ait biyoteknoloji şirketi hisse senedi opsiyonlarını tutar. Bu araştırma raporunda yer alan çalışma şirketin ticari hedefleri ile ilişkili olabilecek herhangi bir önyargı ücretsizdir.

Biotherapeutics 2012 32 ilk beş satan ilaçların dördünü temsil eden, modern tıbbın bir köşe taşı olarak kendilerini kurduk. Biopharmaceuticas sektörü birkaç yıl 6 için sürekli bir büyüme göstermiştir ve yeni ajanların sürekli geliştirme gibi biyobenzerlerin çıkması biyofarmasötik boru hatlarını genişletti. , Geleceğe bakıyorum değerlendirilmesi ve protein tedavisinin immünojenikliğini hafifletici erken evre biyoterapötik gelişiminin ayrılmaz bir parçası haline gelecektir. Bu süreci kolaylaştırmak i...

An erratum was issued for: <a href="https://www.jove.com/video/51308/a-high-throughput-mhc-ii-binding-assay-for-quantitative-analysis">A High Throughput MHC II Binding Assay for Quantitative Analysis of Peptide Epitopes</a>.&#160; There were typos in the Protocol section and Table 2.
Step 3.1.1 in the Protocol was updated from:
Add 80 &#181;l of 1 mM Pefa Bloc and 60 mg of octyl-&#946;-D-glucopyranaside to 3,920 &#181;l of Citrate Phosphate Buffer. (See supplemental spreadsheet calculator for alternative scaling).
to:
Add 80 &#181;l of 1 mM Pefa Bloc and 60 &#181;g of octyl-&#946;-D-glucopyranaside to 3,920 &#181;l of Citrate Phosphate Buffer. (See supplemental spreadsheet calculator for alternative scaling).
Step 5.2&#160;in the Protocol was updated from:
Further dilute the Control Peptide from step 5.1 (20 mM) 1:100 into the MHC II Master Mix from step 3.2.
to:
Further dilute the Control Peptide from step 5.1 (20 &#181;M) 1:100 into the MHC II Master Mix from step 3.2.
Table 2 was updated from:
<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="376">
	<tbody>
		<tr>
			<td>MHC II Allele DRB1*:</td>
			<td>1501</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MHC II Stock Concentration (mg/ml)</td>
			<td>1.3</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MHC II Stock Concentration (mM)</td>
			<td>20</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Vol. MHC II Stock to Add (ml)</td>
			<td>14.65</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Vol. Reaction Buffer to Add (ml):</td>
			<td>2885.35</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MHC II Master Mix Concentration (nM)</td>
			<td>101</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>
to:
<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="376">
	<tbody>
		<tr>
			<td>MHC II Allele DRB1*:</td>
			<td>1501</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MHC II Stock Concentration (mg/ml)</td>
			<td>1.3</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MHC II Stock Concentration (&#956;M)</td>
			<td>20</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Vol. MHC II Stock to Add (&#956;l)</td>
			<td>14.65</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Vol. Reaction Buffer to Add (&#956;l):</td>
			<td>2885.35</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MHC II Master Mix Concentration (nM)</td>
			<td>101</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

An erratum was issued for: <a href="https://www.jove.com/video/51308/a-high-throughput-mhc-ii-binding-assay-for-quantitative-analysis">A High Throughput MHC II Binding Assay for Quantitative Analysis of Peptide Epitopes</a>.&#160; There were typos in the Protocol section and Table 2.

Erratum: A High Throughput MHC II Binding Assay for Quantitative Analysis of Peptide Epitopes

Proteinler terapötik ajanların 6 hızlı büyüyen sınıf ve biyoterapötik boru hatlarının hızlı genişleme protein ilaçların geliştirilmesi ve kullanımı ile ilgili sorunlar üzerinde artan ilgi odaklanmıştır. Bir benzersiz göz sağlıklı ve işleyen bir bağışıklık sistemi, tüm hücre-dışı proteinleri antijen sunan hücreler (APC&#39;ler) tarafından örneklenir, gerçeğinden kaynaklanmaktadır. Bir kez APC &#39;ler tarafından içsel, bir protein küçük peptit fragmanları halinde bölünür ve varsayılan imünojenik bölümler sınıf II ana histokompatibilite kompleksi proteinleri (MHC II) oluk içine yüklenir. Peptid-MHC II kompleksleri daha sonra APC yüzeyi üzerinde görüntülenir, ve gerçek immünojenik peptidleri, aynı kökenli CD4 T hücre yüzey reseptörleri ile 7 üçlü II MHC-peptid-T hücresi reseptörü kompleksler oluşturmak, T hücresi epitopları olarak adlandırılır. Bu kritik moleküler tanıma olay T hücresi aktivasyonuna neden olan bir sinyal akışını kompleks, sitokin salınımını başlatırs, CD4 T hücre aracılı B hücre olgunlaşması ve bağlanan ve soruna neden olan dışsal proteini açık IgG antikorları, dolaşımdaki sonuçta üretim. Bu durumda, proteinlerin imünojenik T hücresi epitoplarını oluşturan belirlenmesi ve MHC II kompleks oluşumu sorumlu anahtar kalıntıların mutasyona tâbi deimmunized olabilir. Bu T hücre epitopları genel olarak çok sayıda ve imünojenik protein boyunca dağıtılmış olabilir, ancak, not taşımaktadır ve epitop silme mutasyonu çoğunluğu protein işlevi veya bir istikrar yanlışlıkla kaybına neden olması muhtemeldir. Bu nedenle, mühendislik biyoterapiler karmaşık ve teknik açıdan zorlayıcı objektif olabilir deimmunized, ancak başarılı T hücresi özü silme projelerin 3,5,8-12 çeşitli örnekler de mevcuttur. Büyük ölçüde terapötik antikor ile sınırlandırılmıştır aşılama-göre &quot;insancıllaştırılması&quot; farklı olarak, epitop, silme bağımsız olarak sekans, yapı, fonksiyon esas olarak herhangi bir protein hedefi uygulanabilir veya homologo kullanılabilirliğiBizi insan iskeleleri. Bu tür bir yaklaşım uygulanması için ilk adım, hedef protein dizisi içinde gömülü önemli peptid epitoplarının tanımlanmasıdır. Sentetik peptidler ve rekombinant insan MHC II molekülleri kullanarak yüksek verim biyokimyasal tahliller epitop tanımlaması ve hafifletme 1,3-5 içine hızlı ön anlayışlar sağlayabilir. Bu ELISA tip tahliller diğer protein / aşı tasarım ve geliştirme araçları için güçlü bir tamamlayıcı olabilir. Örneğin, epitop haritalama bir iyi kurulmuş deneysel bir yaklaşım zaman, işçilik dayanır ve yoğun ex vivo hücre çoğalma tahlilleri 15 kaynak. Kısaca, hedef proteinin primer dizisinin elde edilmesi ilk örtüşen peptidlerin bir panel ayrılmıştır, 12 artıkları ile, genellikle 15-mer peptidleri arasında bitişik üst üste gelir. Peptit paneli kimyasal olarak sentez edilir ve her bir peptidin bağışıklık çevresel bloo kullanılması birkaç farklı bağışıklık birinde test edilirinsan donörlerden 13,14 izole d mononükleer hücreleri (PBMC). Sonuç daha büyük bir güven sağlamak için, peptidler, tipik olarak 50 veya daha fazla farklı vericilerden alman PBMC ile tekrarlı olarak test edilmiştir. Deimmunization nihai hedeftir durumda da, çalışma mutasyona uğramış peptidlerin ek paneller üreten ve daha sonra fonksiyonel analiz için 10 tam uzunlukta proteinin herhangi bir deimmunizing mutasyonlar dahil önce PBMC deneylerinde yeni peptit paneller test etmek için ihtiyaç daha da karmaşıklaşır. Bu hücre deneyleri, insan hastalarda immünojenik potansiyelini değerlendirmek için altın standart olmaya devam ederken böyle bir kapsamlı yaklaşımın etkinliği, hızlı ve yüksek iş II MHC-peptid bağlama deneyi kullanılarak varsayımsal imünogenik epitopların ön filtreleme ile iyileştirilebilir. Aynı şekilde, biyokimyasal peptid-MHC II bağlama deneyleri radikal epitop tanıma işlemini hızlandırmak için silico yöntemlerinde önceden tahmin ile kombine edilebilir.T hücre epitop tahminine yönelik hesaplama araçları çeşitli var; örnekler ProPred 16 arasında, MHCPred 17, SVRMHC 18 ARB 19, 20 SMM-align NetMHCIIpan 21 yanısıra EpiVax 22 böyle EpiMatrix gibi özel araçlar. Aynı şekilde, epitop prediktörler son zamanlarda diğer biyoinformatik ve deimmunizing mutasyonlar protein yapısı ve fonksiyonu 23-26 kesebileceği riskini azaltmak için tasarlanmış entegre protein deimmunization algoritmalar elde etmek için moleküler modelleme araçları ile kombine edilmiştir. Birkaç epitop belirleyiciler makul doğru 27,28 olduğu kanıtlanmış olsa da, hesaplamalı sonuçlar her zaman deneysel doğrulama gerektirir. Hızlı, yüksek verimli ve uygun maliyetli deneysel yöntemler siliko epitop tahminler için bir ön filtre olarak en uygundur. Benzer şekilde, epitop prediktörler ters vaccinolo için antijen seçimi sürebilirsingy 29,30. Örneğin, biyoinformatik gelişmeler hızlı bir patojen proteomlarda çıkarılan bütün protein ya da peptid epitoplarının formunda aşı adaylarını tanımlamak tüm genom ekranlar vermiştir. Bu sağlayan teknoloji koruyucu aşıların keşfi ve gelişimi yeniden şekillendirilmesi iken, immünojenik aşı adaylarının ısrarlı büyük listelerinin şeklinde yeni bir meydan okuma sunuyor. Yüksek üretim peptid-MHC II bağlama deneyleri peptit bağlanma afinitesine miktarının ve birden fazla MHC II alelleri arasında karışıklık bağlanarak epitopu noktası rehberlik eder. Protein deimmunization ile olduğu gibi, deneysel yöntemler sonuçta vaat eden aşı potansiyel hesaplama tahmini doğrulamak için gereklidir. Burada, 384-gözlü formata ölçekli bir peptid MHC-II bağlama deneyi açıklanmıştır. Protokol derece paralelleştirilmiş ve daha önce 96-çukurlu plaka biçimleri 1,3-5 tarif kıyasla% 75 oranında reaktif madde maliyetlerini azaltır. Tek Liqui kullanılmasıd robot işleme, bu yöntem, bir araştırmacı kolayca en az 48 saat sekiz konsantrasyonları ve dört MHC II aleli tipleri aralığı üzerinde üç kez yaklaşık doksan deney peptidleri analiz etmeyi sağlar. Bu makalede, bir MHC II aleli karşı yedi deney peptidlerinin analizi için, bir 384-çukurlu ELISA plaka kurulumu tarif etmektedir, ancak kolayca istenilen peptidleri ve / veya MHC herhangi bir sayıda deney ölçek şekilde yayılmış tabaka hesap ek malzeme olarak verilmiştir II molekülleri.

<table><tbody><tr><td>Sodyum Tetraborat Dekahidrat</td><td>Sigma</td><td>221732</td><td></td></tr><tr><td>Sitrik Asit</td><td>Sigma</td><td>C1901</td><td></td></tr><tr><td>Dibazik Sodyum Fosfat</td><td>Sigma</td><td>S7907</td><td></td></tr><tr><td>Trizma HCl</td><td>OmniPur</td><td>9310</td><td></td></tr><tr><td>Ara-20</td><td>Sigma</td><td>P7949</td><td></td></tr><tr><td>%100</td><td>DMSO Sigma</td><td>D8418</td><td></td></tr><tr><td>Sekizli-& beta;-D-Glukopirans,</td><td>Fischer</td><td>29836-26-8</td><td></td></tr>, <tr><td>Pefa Bloğu, SCF</td>, <td>Roche</td><td>1158591600</td><td></td></tr>, <tr><td>Dulbecco' s 10x Fosfat Tamponlu Salin</td><td>Invitrogen</td><td>14200-166</td><td></td></tr><tr><td>DELFIA Test Tamponu</td><td>Perkin Elmer</td><td>4002-0010</td><td></td></tr><tr><td>DELFIA Geliştirme Tamponu</td><td>Perkin Elmer</td><td>4001-0010</td><td></td></tr><tr><td>Europium Etiketli Streptavidin</td><td>Perkin Elmer</td><td>1244-360</td><td></td></tr><tr><td>L243 anti-HLA-DR antikoru</td><td>Biolegend</td><td>307602</td><td></td></tr><tr><td>Biyotinillenmiş izleyici peptitler</td><td>21. Yüzyıl Biyokimyasalları</td><td>Özel Sipariş</td><td></td></tr><tr><td>Testi peptitleri (1-4 mg,% 85 saflıkta)</td><td>Genscript</td><td>Özel Sipariş</td><td></td></tr><tr><td>Saflaştırılmış HLA-DRB1 monomerleri (biyotinillenmemiş)</td><td>Benaroya Araştırma Enstitüsü*</td><td>Özel Sipariş</td><td></td></tr><tr><td>384 kuyucuklu beyaz ÇED/RIA plakası</td><td>Termo</td><td>460372</td><td></td></tr><tr><td>Polipropilen 384 oyuklu plaka</td><td>Costar</td><td>3656</td><td></td></tr><tr><td>Film, AxySeal, 80 & mikro; m, ELISA Aplikatörü&nbsp;</td><td>Axygen Ascientific</td><td>PCR-SP</td><td></td></tr><tr><td>MilliQ Su</td><td>N/A</td><td>N/A</td><td></td></tr><tr><td>Epimotion Sıvı İşleyici (veya benzeri)</td><td>Eppendorf</td><td>5075</td><td></td></tr><tr><td>Select TS Plaka Yıkayıcı (veya benzeri)</td><td>BioTek</td><td>405</td><td></td></tr><tr><td>SpectraMax Gemini Mikroplaka Okuyucu (veya benzeri)</td><td>Moleküler Cihazlar</td><td>N/A</td><td></td></tr><tr><td colspan="4">*Rekombinant insan MHC II molekülleri, Benaroya Tetramer Çekirdek Laboratuvarı'ndan elde edilebilir. Bakınız: https://www.benaroyaresearch.org/our-research/core-resources/tetramer-core-laboratory</td></tr></tbody></table>

peptid epitopların kantitatif analiz için bir yüksek veri akışı mhc ii bağlanma deneyi

A High Throughput MHC II Binding Assay for Quantitative Analysis of Peptide Epitopes

Rekombinant insan MHC II molekülleri ile Biyokimyasal deneyler, hızlı ve nicel imünojenik epitop tanımlama bakış açıları, silme ya da tasarım 1,2 sağlayabilir. Burada, bir peptid-MHC II bağlanma deneyi 384-gözlü formata şekilde ölçeklendirilir. Küçültülmüş protokol% 75 reaktif madde maliyetlerini azaltır ve daha önce 96 oyuklu protokoller 1,3-5 tarif daha yüksek bir kapasiteye sahip olmasıdır. Özel olarak, deneysel tasarım 384-çukurlu ELISA plaka başına bir MHC II aleli karşı 15 peptidlerin sağlam ve tekrarlanabilir bir analiz izin verir. Tek bir sıvı kotarma robotu kullanılarak, bu yöntem, bir araştırmacı, en az 48 saat sekiz konsantrasyonları ve dört MHC II aleli tipleri aralığı üzerinde üç kez yaklaşık doksan deney peptidleri analiz etmeyi sağlar. Protein deimmunization veya aşı tasarımı ve geliştirme alanlarında çalışan Diğerleri protokol kendi işlerini kolaylaştırmada yararlı bulabilirsiniz. Özellikle, adım-adım talimatlar ve görsel biçimivallahi diğer kullanıcıların hızla ve kolayca kendi laboratuarlarında bu metodolojiyi kurmak için izin vermelidir.

Enterobacter cloacae P99 beta-laktamaz (BLA) (Genbank ID # X07274.1) ait olgun peptid dizisi, MHC II aleli DRB 1 * 1501 (Tablo 4) için varsayılan peptit bağlayıcı için ProPred 16 ile analiz edilmiştir. ProPred zorunlu bir çapa P1 tortusu ile 117 nonamer peptidler tanımlanmıştır (örneğin, bir M, L, I, V, E, Y, ya da 31, bağlama MHC II için gerekli pozisyon 1, at W). % 5 eşiğinde, sadece daha yüksek puan veya 2.6 &#39;e eşit olasıdır bağlayıcılardır ile peptidleri. ...

Rekombinant insan MHC II molekülleri ile biyokimyasal analizler hızlı, kantitatif immünojenik epitop tanımlaması içine anlayışlar, silme ya da tasarım sağlayabilir. Burada, 384 oyuklu plakalara ölçekli bir peptid MHC-II bağlama deneyi açıklanmıştır. Bu maliyet etkin biçim protein deimmunization ve aşı tasarım ve geliştirme alanlarında yararlı ispatlamak zorundadır.

Peptid Epitopların Kantitatif Analiz için bir yüksek veri akışı MHC II Bağlanma Deneyi

Biochemical assays with recombinant human MHC II molecules can provide rapid, quantitative insights into immunogenic epitope identification, deletion, or ...

Bu prosedürün genel amacı, yüksek verimli bir 384 kuyucuklu plaka testi kullanarak kısa peptitlerin insan MHC iki bağışıklık proteinlerine bağlanmasını nicel olarak belirlemektir. Bu işlem, öncelikle ilgilenilen peptitlerle solüsyon fazı kompetisyon bağlanma testlerinin gerçekleştirilmesiyle sağlanır. İkinci adımda, dengeye ulaşmuş peptit-MHC iki kompleksleri, yüksek bağlanma kapasiteli ELIZA plakalarına immobilize edilmiş bir anti-MHC iki antikoru ile yakalanır.Ardından, yakalanan kompleksler opium işaretli streptavidin ile inkübe edilir ve ardından bağlanmamış streptavidin yıkanarak uzaklaştırılır ve yakalanan opium aktive edilir. Son olarak, yakalanan MHC two kontrol peptid seviyelerini nicelleştirmek için zaman çözünürlüklü florometri kullanılabilir. Bu yöntem, hedef proteinlerin immunojenik potansiyeline dair öncül bilgiler sağlayabilir.Özellikle in silico tahmincilerin çıktılarını doğrulamak için yararlıdır. Prosedüre, 384 kuyucuklu yüksek bağlama kapasiteli beyaz bir ELISA plakasının her kuyucuğuna 25 µL taze seyreltilmiş L 2 43 antikor çözeltisi ekleyerek başlayın; plakayı bir polyester filmle kapatın ve 4 °C'de gece boyu inkübe edin. Ardından, her bir test maddesinin 10 mM

a-high-throughput-mhc-ii-binding-assay-for-quantitative-analysis

Research

JoVE Journal

Biology

Biyoloji

Epitopa spesifik T-hücrelerinin alçak frekans popülasyonları izole etmek ve akış sitometrisi ile analiz etmek için bunları MHC tetramerleri ve manyetik mikro-küreler: Bu protokol peptit kullanımı açıklanmıştır. Bu yöntem ilgi endojen T hücre popülasyonlarının doğrudan çalışma...

Peptid: Epitop-spesifik T-hücrelerinin MHC tetramer bazlı Zenginleştirme

Bu video, histon peptitleri üzerindeki translasyon sonrası modifikasyonları (PTM'ler) tanıyan antikorların özgüllüğünü profillemek için peptit mikrodizi teknolojisini uygulayan bir tekniği göstermektedir. Bilinen PTM kombinasyonlarına sahip hareketsizleştirilmiş florofor konjuge histon peptitleri içeren bir mikrodizi slaytı, hedef PTM'ye özgü antikorlarla muamele edilir. Bu işlem, antikorun hedef için özgüllüğünü ve hedef olmayan PTM'lerle potansiyel çapraz reaktivitesini tanımlamaya yardımcı...

Antikorların Özgüllük Profili için Bir Peptit Mikroarray Teknolojisi

Bu el yazması, işlevselleştirilmiş düzlemsel destekli lipid çift tabakası ile temas halinde olan bir T hücresinin immünolojik sinapsı içinde meydana gelirken, T hücresi antijen reseptörü (TCR) ile antijenik peptit yüklü MHC molekülleri arasındaki bağlanma dinamiklerini ölçmek için (tek moleküllü) Förster Rezonans Enerji Transferi (FRET) tabanlı testlerin nasıl yapılacağını açıklar.

TCR-pMHC Bağlama Ölçüm<em&gt; In Situ</em&gt; Bir FRET tabanlı Mikroskopi Assay kullanılarak

Burada, yüksek çözünürlüklü (~ 30.000) MS-algılama, peptid parçacıkları Monoklonal antikor çivili peptid standartları miktar için ardından peptid öncüleri iyon hareketlilik ayrılması ile birleştiğinde bir Kromatografik tahlil açıklamak Özet.

Bir HS-MRM tahlil için Protein Biyofarmasötikler sıvı Kromatografi iyon hareketlilik QTOF kütle spektrometresi tarafından Host-hücre proteinleri miktar

Burada yazarlar, saflaştırılmış bir monoklonal antikor ve nokta-leke hibridizasyonulama yoluyla peptit taraması kullanarak doğrusal bir antijenik epitop tanımlamak için basit ve verimli bir protokol sunmaktadır. Tanımlanan epitop daha sonra terapötik ve tanısal uygulamalarda kullanılabilir.

Peptid, bir monoklonal antikor tarafından tanınan lineer B-hücresi epitopunun belirlenmesi: Tarama destekli

Biopanning bakteriyel görüntü kitaplıkları peptid benzeşme reaktifler, antikorlar için güçlü bir alternatif keşfi için kanıtlanmış bir tekniktir. Yarı Otomatik sıralama yöntemini burada yanlış pozitif oluşumunu azaltmak için biopanning aerodinamik. Burada düşünce süreci ve adayların değerlendirilmesi ve aşağı akım analizi en aza indirerek uygulanan teknikler gösterilmektedir.

Peptid benzeşme reaktif keşif ve elde edilen yalıtır analizi için bakteriyel ekran kütüphanelerin yarı otomatik Biopanning

Qa-1 (HLA-E insan) klasik olmayan MHC kompleksi 1b molekülleri bir gruba ait. Bağışıklama Qa-1-bağlama epitopları ile doku özgü bağışıklık yönetmelik çoğaltmak ve birkaç otoimmün hastalıkları iyileştirmek için gösterilmiştir. Burada biz bir protein Qa-1 epitopları tanımlanması için çakışan bir peptid Kütüphane strateji tanımlarlar.

Qa-1 epitopları bir protein eşlemek için çakışan Peptide Kütüphane

Burada, eski için bir iletişim kuralı mevcut antijen spesifik CD8 vivo nitel tespiti+ T hücreleri. Analiz tek hücre süspansiyonlar organları veya küçük miktarda kan ile mümkündür. Çok çeşitli çalışmalar sitotoksik T hücre yanıt (aşı ve kanser immünoterapi çalışmaları) analizini gerektirir.

Anti-vektör ve Anti transgene özel CD8 eşzamanlı miktar+ T hücreleri MHC ile ben Tetramer sonrasi hipererjik bir Viral vektör ile boyama

Bu iletişim kuralı açıklar tek zinciri MHC sınıf ı insan CD8 + T hücre aktivasyonu moleküler etkileşimlerde araştırmaya kompleksleri: mühendislik antijen sunan tek zincir ifade hücreleri nesil oluşturur, kültür insan CD8 + T hücre klonu ve T hücre aktivasyonu deneyler.

Tek zincir MHC Co-agonism insan CD8 + T hücre aktivasyonu içinde araştırmak için teknoloji kullanımı

Hepatit B virüsü (HBV) türevi peptit matrisi baz alınarak, HBV'ye özgü CD4 T hücre yanıtları HBV'ye özgü CD4 T hücreli epitopların tanımlanmasına paralel olarak değerlendirilebilir.

Peptit Matrisi Bazlı HLA-DR-Restricted CD4 T-Cell Epitoplarının HBV'ye Özgü CD4 T hücre yanıtlarının analizi ve tanımlanması

Burada, MHC sınıf I ve sınıf II peptit komplekslerinin yüksek kaliteli immünopeptidomik veriler sağlayan fare ve insan hücre çizgilerinden arındırılması için bir protokol sunuyoruz. Protokol, piyasada bulunan antikorları kullanarak numune hazırlamaya odaklanır.

İmmünopeptidomik: Kütle Spektrometresi Analizi için Fare ve İnsan MHC Sınıfı I ve II İlişkili Peptitlerin İzolasyonu

Öğrenin, insan MHC II proteinlerine peptit bağlanmasını yüksek verimli 384 kuyucuklu plaka deneyiyle nicel olarak analiz etme yöntemini. Bu yaklaşım, immünojenik epitop tanımlama ve aşı geliştirme çalışmalarını hızlandırır.

Peptid Epitopların Kantitatif Analiz için bir yüksek veri akışı MHC II Bağlanma Deneyi

Daha fazla video keşfet