Name: Protein Analiz Sürekli Tanıma Desenler oluşturma Elektronik Dil (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2014-09-16T15:00:00.000+00:00
Duration: 8 min 46 s
Description: Keşfedin elektronik dil yapımını ve yüzey plazmon rezonans görüntüleme ile protein analizi yöntemini. Bu teknik, sürekli evrim profilleri oluşturarak protein ayrımını kolaylaştırır.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Yazarlar, Laurie-Amandine Garçon'a destek için Grenoble'daki LANEF'in doktora hibesini kabul etmek istiyor. Bu çalışma, Fransız Ulusal Araştırma Ajansı (ANR-grant 06-NANO-045) tarafından mali olarak desteklenmiştir.

Çeşitli Çözümleri ve Protein Örneklerinin 1. Hazırlık <ol><li> , 50 mM NaH 2 PO 4, 50 mM NaCl ihtiva eden fosfat tampon çözeltisi (PBS-G) 100 mi, pH 6.8 &#39;de% 10 gliserol hazırlayın. </li><li> PH 7.4 olan 10 mM HEPES, 150 mM NaCl,% 0.005 Tween 20 içeren HEPES tampon çözeltisi 250 ml hazırlayın. </li><li> PBS-G 0.2 mM&#39;de laktoz (Şekil 1) sülfatlanmış yapı bloğunun 1 (BB1), laktoz ve yapı taşı 2 (BB2) içinde bir stok çözelti hazırlayın. </li><li> 1 uM A rakis hypogaea lektin (AHL) 500 nM, miyoglobin de ve 500 nM&#39;de lisozim: HEPES, protein çözeltisinin 1 ml hazırlayın. </li><li> Ultra-saf su içinde% 1 SDS ile 20 ml hazırlayın. </li></ol> CoCRR Array 2. Hazırlık <ol><li> % 75 oksijen,% 25 argon, 0.6 mbar, gücü 40 W: Bu koşullar altında 3 dakika boyunca plazma temizleyici ile kullanımdan önce 48 saat prizma altın yüzeyini temizleyin </li><li> Onbir saf ve karışık Solutio hazırlayın[BB1] / ile BB1 ​​ve BB2 ns ([BB1] + [BB2]), PBS-G içinde 0,1 mM toplam bb konsantrasyonda% 10 artışlar ile, 0 ile% 100 arasında oranları. </li><li> Depozit toplam 44 noktanın (Şekil 2), her oran için dört kat olarak temassız bir gözcü kullanılarak prizma yüzeyi üzerindeki bu saf ve karışık çözümler 8 nl damlacıkları. Not: PBS-G çözeltisine,% 10 gliserol, solvent buharlaşması ve çökelme sonrası bb konsantrasyon değişimini azaltmak için çok önemlidir. </li><li> Ultra saf su 1 ml içeren bir Petri kabı içinde prizma yerleştirin ve altın yüzeyde BB1 ​​ve BB2 kendini düzenlemesinden RT&#39;de göre O / N bırakın. Burada, bu karışık SAM ortalama yüzey bileşimi yerleştirme karıştırılmış çözeltisinin bileşimi (Şekil 3) 11 yansıttığı varsayılmaktadır. </li><li> Ultra-saf su ile iyice yıkayın ve daha sonra prizmanın bir argon akışı altında kurutun. </li></ol> 3. Protein Algılama SPRI tarafından <ol><li> Incubato ayarlayınR&#39;nin SPRI cihaz, protein algılama sırasında sıcaklık değişiminin neden olduğu kırılma indeksi değişiklikleri önlemek için 25 ° C sıcaklıkta yerleştirilir. </li><li> (PEEK), bir bilgisayar kontrollü bir şırınga pompası, gaz alıcı ve 6 bağlantı noktası, orta basınçlı enjeksiyon valfına bağlanan akış hücresinin (Şekil 4) 10 ul polieter eter keton olmayan bir işlevselleştirilmiş durulama prizma yerleştirin. Taze süzülmüş ve tampon HEPES çalışan degaze ile akış sistemi doldurun. </li><li> Durulama prizma çıkarın ve akış hücresi CoCRR dizi içeren prizma yerleştirin. 100 ul / dakika akış hızında, HEPES. CCD kamera yardımı ile hızlı çalışan tampon geçirilerek prizma yüzeyi üzerinde mevcut olan hava kabarcıklarını. </li><li> Dizinin iyi bir tezat görüntü ve SPRI sistemine entegre yazılım yardımı ile esaslı ilgi alanı için aynı çapa sahip bir daire çizerek, her nokta için çalışma alanı tanımlayın. </li><li> Yansıtan temsil plazmon eğrileri, İztüm noktalar için olay açısı, fonksiyonunda ivity eğrileri. </li><li> Yansıtma eğrilerinin en yüksek yamacında çalışma açısının (kinetik eğrileri kaydedilmiş olacak hangi pozisyon) seçin. Kinetik ölçümleri için seçilen çalışma açısına düzeltmek için tarama ayna döndürün. </li><li> Tüm noktalar için yansıma sinyal istikrarlı ve sürekli kadar akış sisteminde HEPES çalışmaya devam eder. </li><li> Konumu &quot;yük&quot; enjeksiyon valfi ile numune döngü (500 ul) içine şırınga ile 1 ml AHL çözüm enjekte. Ardından &quot;enjeksiyon&quot; konumuna enjeksiyon valfi koydu. Tüm protein enjeksiyonu için kullanılan akış hızı 100 ml / dak idi. </li><li> Tüm noktalar aynı anda zamana karşı yansıtma değişimlerini izleyerek kinetik ölçümler başlayın. </li><li> Proteini enjekte sonunda, 8 dakika boyunca tampon maddesi ile dizi yıkayın. Son olarak, yeniden 1 ml% 1 SDS ile enjekte edilir. </li><li> Diğer p için aynı prosedürü tekrarlayınroteinler. </li></ol> 4. Veri İşleme ve Analizi <ol><li> Akış hücreye protein çözeltisi girişi sonra, bağlayıcı molekül ortaya çıkar ve plazmon eğrilerinin bir kayma ve yansıtma bir varyasyonunu neden olur. Adı geçen görüntü edinim program sensogramlarını (Şekil 5B) vererek SPR görsel Şekil 5A verir gri skala seviyelerinin, ölçülen ışık şiddeti değerleri dönüştürür ve zamana karşı yansıtma değişimini üretir. </li><li> [BB1] karşı her proteini enjekte sonunda yansıtma (R%) çizmek için bir matematik bilgisayar yazılımını kullanın / ([BB1] + [BB2]) Her bir numune için 2D sürekli evrim profili (CEP) oluşturmak için oranı (Şekil 5C). </li><li> [BB1] / ([BB1] + [BB2]) sensörgramlar içinde oranı Ekle (Şekil 5B) her proteinin (Şekil 5D) için 3D sürekli evrim manzara (CEL) oluşturmak için. </li></ol>

<ol><li>Margulies, D., Hamilton, A. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Combinatorial+protein+recognition+as+an+alternative+approach+to+antibody-mimetics%5BTitle%5D)+AND+%22Current+Opinion+in+Chemical+Biology%22%5BJournal%5D)">Combinatorial protein recognition as an alternative approach to antibody-mimetics.</a> Current Opinion in Chemical Biology. 14, 705-712 (2010).</li>
<li>Umali, A. P., Anslyn, E. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+general+approach+to+differential+sensing+using+synthetic+molecular+receptors%5BTitle%5D)+AND+%22Current+Opinion+in+Chemical+Biology%22%5BJournal%5D)">A general approach to differential sensing using synthetic molecular receptors.</a> Current Opinion in Chemical Biology. 14, 685-692 (2010).</li>
<li>Baldini, L., Wilson, A. J., Hong, J., Hamilton, A. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Pattern-based+detection+of+different+proteins+using+an+array+of+fluorescent+protein+surface+receptors%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Am.+Chem.+Soc%22%5BJournal%5D)">Pattern-based detection of different proteins using an array of fluorescent protein surface receptors.</a> J. Am. Chem. Soc. 126, 5656-5657 (2004).</li>
<li>Zhou, H. C., Baldini, L., Hong, J., Wilson, A. J., Hamilton, A. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Pattern+recognition+of+proteins+based+on+an+array+of+functionalized+porphyrins%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Am.+Chem.+Soc%22%5BJournal%5D)">Pattern recognition of proteins based on an array of functionalized porphyrins.</a> J. Am. Chem. Soc. 128, 2421-2425 (2006).</li>
<li>Wright, A. T., Griffin, M. J., Zhong, Z., McCleskey, S. C., Anslyn, E. V., McDevitt, J. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Differential+receptors+create+patterns+that+distinguish+various+proteins%5BTitle%5D)+AND+%22Angew.+Chem.+Int.+Ed%22%5BJournal%5D)">Differential receptors create patterns that distinguish various proteins.</a> Angew. Chem. Int. Ed. 44, 6375-6378 (2005).</li>
<li>Wright, A. T., Anslyn, E. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Differential+receptor+arrays+and+assays+for+solution-based+molecular+recognition%5BTitle%5D)+AND+%22Chem.+Soc.+Rev%22%5BJournal%5D)">Differential receptor arrays and assays for solution-based molecular recognition.</a> Chem. Soc. Rev. 35, 14-28 (2006).</li>
<li>You, C. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Detection+and+identification+of+proteins+using+nanoparticle%E2%80%93fluorescent+polymer+%E2%80%98chemical+nose%E2%80%99+sensors%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Nanotechnology%22%5BJournal%5D)">Detection and identification of proteins using nanoparticle–fluorescent polymer ‘chemical nose’ sensors.</a> Nature Nanotechnology. 2, 318-323 (2007).</li>
<li>De, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Sensing+of+proteins+in+human+serum+using+conjugates+of+nanoparticles+and+green+fluorescent+protein%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Chemistry%22%5BJournal%5D)">Sensing of proteins in human serum using conjugates of nanoparticles and green fluorescent protein.</a> Nature Chemistry. 1, 461-465 (2009).</li>
<li>Hou, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Continuous+evolution+profiles+for+electronic-tongue-based+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Angew.+Chem.+Int.+Ed%22%5BJournal%5D)">Continuous evolution profiles for electronic-tongue-based analysis.</a> Angew. Chem. Int. Ed. 51, 10394-10398 (2012).</li>
<li>Campbell, C. T., Kim, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((SPR+microscopy+and+its+applications+to+high-throughput+analyses+of+biomolecular+binding+events+and+their+kinetics%5BTitle%5D)+AND+%22Biomaterials%22%5BJournal%5D)">SPR microscopy and its applications to high-throughput analyses of biomolecular binding events and their kinetics.</a> Biomaterials. 28, 2380-2392 (2007).</li>
<li>Stranick, S. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Nanometer-scale+phase+separation+in+mixed+composition+self-assembled+monolayers%5BTitle%5D)+AND+%22Nanotechnology%22%5BJournal%5D)">Nanometer-scale phase separation in mixed composition self-assembled monolayers.</a> Nanotechnology. 7, 438-442 (1996).</li>
</ol>

Yazarların beyan edecekleri herhangi bir çıkar çatışması yoktur.

<html> Bu eT yapımı için en kritik adımlar sisteminin iyi tekrarlanabilirlik sağlamak için varız. Örneğin, BB1 ve BB2 ait on saf ve karışık solüsyonlarda gliserol% 10 unu ilave, kullanımdan önce, standart bir prosedür ile prizma altın yüzey temizleme BB prizma altın yüzey üzerinde kendi kendine montaj sırasında çözücü buharlaşmasını önlemek için, Her [BB1] için birden çok tekrar / ([BB1] + [BB2]) oranı, vs bırakılması. SPRI protein tespiti için olduğu gibi, çalışma açısının seçimi kritiktir. Genellikle, bu yansı...

Hassas ve hızlı protein algılama yöntemleri tıbbi teşhis ve Proteomikte çok önemlidir. Böyle bioçipler gibi klasik protein-tespit diziler, &quot;kilit ve anahtar&quot; tanıma ilkesine dayalı ve bu aptamers, antikorlar, veya taklitçi gibi belirli reseptörleri gerektirir. Son yıllarda, insan koku duyusunun ve tadına bakma esinlenerek diferansiyel algılama alternatif 1 olarak ortaya çıkmıştır. Bu elektronik burun / dil (eN / eT) yaklaşımı hedef moleküller için son derece spesifik veya seçici olması gerekmez çapraz-reaktif reseptörleri (crrs), bir dizi Analitlerin farklı bağlanmanın dayanmaktadır böylece zahmetli aşmak için izin yüksek ölçüde seçici reseptörleri geliştirme süreci. Onun teşhisine izin veren, bir parmak izi gibi, her bir örnek için ayrı bir desen oluşturur tüm reseptörlerinin birleşik yanıttır. ELEC gelişimi için iki önemli zorluklaretkin bir protein algılama tronic burun / yay yapısal olarak benzer bir analit ve bağlanma olayı için uygun olan iletim sistemine arasında ayrım yeteneğine sahip algılama elemanlarının üretimi. Şimdiye kadar yapılan çalışmalar dizi gelişme 2 için çeşitli yaklaşımlar bildirdi. Bir çalışmada Örneğin proteinlerin bir dizi-bazlı kimlik çeşitli amino asitler veya proteinler ve ücret için farklı çevresel birimlere afinite için bir hidrofobik çekirdeğin sahip diferansiyel reseptörleri sağlamak dipeptidlerin için karboksil grupların birleştirilmesi ile, tetra-carboxyphenylporphyrin türevlerinden hazırlanabilir crrs kullanılarak geliştirilmiştir kazandıran farklı bağlama. Bu sistemi kullanarak, farklı proteinler ve protein karışımları analitlerle etkileşimin ardından 3,4 reseptörlerinin floresanlık sönmesini ölçülerek tespit edilmiştir. Başka bir çalışmada, hexasubsti bir birleştirici şekilde sentezlendi, tripeptid ve boronik asit kısımları içeren 29 crrs oluşan bir kütüphanedeğiştirilmemiş benzen iskele bir göstergesi alım kolorimetrik algılama 5,6 proteinleri algılama için geliştirilmiştir. Böyle bir tasarımla, her reseptör glikoproteinlerden proteinlerinin ayrımında destekli peptid kollardaki varyans göre protein ve boronik asitler ile farklı bağlama kapasitesini göstermiştir. Daha yakın zamanda, bir anyonik floresan polimer poli (p-phenyleneethynylene) (PPE) konjüge edilmiş farklı katyonik fonksiyonalize altın nanopartiküllerinin oluşan bir dizi tespit etmek ve tanımlamak için proteinleri 7 oluşturuldu. Rekabetçi protein için farklı tanıma desen üreten bir protein analit arasındaki bağlanma ve floresan yeniden PPE / altın nano partiküler kompleksleri söndürüldü. Bu çalışmada, fonksiyonalize nanopartikül-protein etkileşimleri nanopartikül uç gruplarının fizikokimyasal özellikleri değiştirilerek ayarlanmıştır. Ayrıca bu yaklaşım, karmaşık ve protein açısından zengin bir ortamda bu protein analizi için etkili olduğu gösterilmiştirfizyolojik ilgili konsantrasyonlarda insan serumu gibi, böylece hastalık durumlarının 8 teşhisi için gerçek örnekleri profil olarak eT potansiyelini gösteren. Çok umut verici olsa da, bu sistemler bazı sınırlamaları vardır. Onlar tasarımı ve oldukça karmaşık yapılara sahip 5 ila 29 crrs sentezlenmesi gerektirir. Buna ek olarak, her bir ölçüm takip sıfırlanır koku sistemi farklı olarak, protein, numune başına bir algılama dizisi hazırlamak gerekir. Son olarak, gerçek zaman bağlanma olguları arasında son derece zordur. Bu bağlamda, bir kombinatoryal yaklaşım, farklı fiziko-kimyasal özelliklere sahip, basit ve kolayca erişilebilir moleküllerinin küçük bir numara kullanarak sürülmüştür (negatif yüklü bir nötr, pozitif yüklü, hidrofilik, hidrofobik, vb.) Yapı blokları (BB) 9 gibi. Ile karışımlar değişen BBS ve kontrollü oranlarda karıştırılması ve izin vererek bir altın yüzey tarafından monteprizma, protein bağlanması için uygun özelliklere sahip birleşik yüzeyler bir dizi oluşturuldu. Özellikle, bu sistem üzerindeki kendinden düzenlenen tek tabakalar, hızlı ve verimli bir şekilde üretilebilir olması için çeşitli birleştirici çapraz-reaktif reseptörleri (CoCRRs) sağlayacak şekilde, son derece farklı bir şekilde yüzey özellikleri, bir dizi kolay bir ayarlama sağlar. Protein algılama optik tespit sistemi kullanılarak gerçekleştirildi, plazmon rezonans görüntüleme (SPRI) yüzey. Kısaca, bir LED&#39;den gelen geniş bir ışın, polarize ışık monokromatik prizma yüzeyi üzerindeki bütün CoCRR dizi aydınlatır. Bir yüksek çözünürlüklü CCD video kamera CoCRR dizinin bütün noktalar arasında gerçek-zamanlı farkı görüntüler sağlar. Bu bağlayıcı olaylar ve kinetik süreçler 10 hakkında detaylı bilgi veren CoCRR dizinin yüzeyinde yerel tüm değişiklikleri yakalar. Bu arada, görüntüleme yazılımı yardımı ile, noktalar karşılık SPR görüntüleri otomatik olarak yansıtma Versu varyasyonları dönüştürülürSensogramlar adı verilen kinetik bağlanma eğrileri, bir dizi üreten bir zaman. Bu nedenle, bağlama SPRI etkinlikleri etiketi içermeyen, eş zamanlı, paralel ve gerçek zamanlı gözlem sağlar. Ayrıca, elde edilen CoCRR dizi protein analizi için yeniden üretilebilir ve tekrar kullanılabilir. Bu protokol, yapı blokları olarak sadece iki küçük molekülleri kullanarak elektronik dil birlikteliğinin yapımını da açıklar ve SPRI ile elde edilen kesintisiz tanıma kalıpları temel alan ortak proteinlerin analizi için uygulanmasını göstermektedir.

<table><tbody><tr><td>SPRi aparatı&nbsp;</td><td>Horiba Scientific-GenOptics</td><td></td><td>SPRi cihazı, 25 ° C'de sıcaklık ayarlı bir inkübatöre yerleştirilir.</td></tr><tr><td>İnkübatör</td><td>Memmert</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Şırınga pompası&nbsp;</td><td>Cavro bilimsel cihazlar</td><td>Cavro XLP 6000</td><td></td></tr><tr><td>Micro Elite Gaz Giderici&nbsp;</td><td>Alltech</td><td>AT590507</td><td></td></tr><tr><td>6 orta basınç enjeksiyon vanası</td><td>Upchurch Scientific</td><td></td><td>Kullanılan enjeksiyon döngüsünün hacmi 500 <l'dir.</td></tr><tr><td>Femto plazma temizleyici (versiyon 7)</td><td>Diener Elektronik</td><td></td><td>2 kanallı on-line gaz giderme sistemi.</td></tr><tr><td>Gözcü</td><td>Siliflow</td><td></td><td>Temassız piezoelektrik gözcüdür.</td></tr><tr><td>SPRi-Biochip</td><td>Horiba Scientific-GenOptics</td><td>36000067</td><td>Prizma, ince bir altın film (45 nm) ile kaplanmış ve görüntüleme amaçlı özel olarak geliştirilmiş yüksek kırılma indisine sahip bir cam prizmadan yapılmıştır.</td></tr><tr><td>Erythrina cristagalli lektin&nbsp;</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>L5390</td><td></td></tr><tr><td>Arachis hypogaea lektin&nbsp;</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>L0881</td><td></td></tr><tr><td>Miyoglobin</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>M1882</td><td></td></tr><tr><td>Lizozim</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>L6876</td><td></td></tr><tr><td>CXCL12 ve alfa;</td><td></td><td></td><td>Dr. Hugues Lortat-Jacob tarafından sağlanmıştır; hazırlık ayrıntıları için, referans 9</td></tr><tr><td>CXCL12&gamma'daki destekleyici bilgilere bakın; &nbsp;</td><td></td><td></td><td>Dr. Hugues Lortat-Jacob tarafından sağlanmıştır; hazırlık detayları için, Prof</td></tr><tr><td>. David Bonnaff&eacute tarafından sağlanan referans 9 Laktoz'daki</td><td></td><td></td><td></td> destekleyici bilgilere bakın; hazırlık detayları için,</tr><tr>Prof. David Bonnaff tarafından sağlanan referans 9<td>Sülfatlanmış laktozdaki</td><td></td><td></td> destekleyici bilgilere bakın<td>; hazırlık detayları için, referans 9</td></tr><tr><td>Gliserol içindeki destekleyici bilgilere bakın.</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>G5150</td><td></td></tr><tr><td>SDS</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>L4509</td><td></td></tr><tr><td>Tween 20</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>274348</td><td></td></tr><tr><td>HEPES</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>H3375</td><td></td></tr><tr><td>Sodyum fosfat monobazik</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>S0751</td><td></td></tr><tr><td>Sodyum klorür</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>S3014</td><td></td></tr></tbody></table>

protein analiz sürekli tanıma desenler oluşturma elektronik dil

Electronic Tongue Generating Continuous Recognition Patterns for Protein Analysis

Mevcut protokolde, protein analizi için elektronik dillerin (eT) inşası için algılama malzemelerinin tasarımını ve üretimini basitleştirmek için kombinatoryal bir yaklaşım geliştirilmiştir. Farklı fizikokimyasal özelliklere sahip, yapı taşları (BB'ler) olarak kullanılan az sayıda basit ve kolay erişilebilir molekülün, değişen ve kontrollü oranlarda karıştırılması ve karışımların bir prizmanın altın yüzeyi üzerinde kendi kendine bir araya gelmesine izin verilmesiyle, protein algılama için uygun özelliklere sahip bir dizi kombinatoryal yüzey oluşturuldu. Bu şekilde, çok sayıda çapraz reaktif reseptör hızlı ve verimli bir şekilde elde edilebilir. Bu tür bir kombinatoryal çapraz reaktif reseptör (CoCRR'ler) dizisini yüzey plazmon rezonans görüntüleme (SPRi) gibi bir optik algılama sistemi ile birleştirerek, elde edilen eT, bağlanma olaylarını gerçek zamanlı olarak izleyebilir ve sıvıdaki numuneler için 2D sürekli evrim profili (CEP) ve 3D sürekli evrim manzarası (CEL) dahil olmak üzere sürekli tanıma modelleri oluşturabilir. Böyle bir eT sistemi, yaygın saflaştırılmış proteinlerin ayırt edilmesi için etkilidir.

Ortak protein analizi için elektronik dil yeteneğini prob, üç proteinler kullanıldı: AHL, miyoglobin ve lizozomunu. Şekil 6'da gösterildiği gibi, her bir protein için, ayrı bir 2D sürekli bir gelişim profil CEP, ve arkadaşları tarafından elde edilmiştir. Buna ek olarak, her bir protein için, zamana bağlı bir sürekli model tanıma gerçek zamanlı adsorpsiyon ve desorpsiyon kinetiğini takip edebilir SPRI, sayesinde, 3D sürekli evrim yatay (CEL) oluşturuldu denir. Şekil 7...

Elektronik dilin (eT) inşası için, algılama malzemelerinin tasarımını ve üretimini büyük ölçüde basitleştiren ve eT'nin sıvıdaki numuneler için sürekli evrim profilleri ve manzaraları oluşturmasına izin veren yeni bir yaklaşım tanımlanmıştır. Elde edilen eT, ayrımcılık gibi yaygın protein analizi için etkilidir.

Protein Analiz Sürekli Tanıma Desenler oluşturma Elektronik Dil

In current protocol, a combinatorial approach has been developed to simplify the design and production of sensing materials for the construction of ...

Aşağıdaki deneyin genel amacı, kombinatoryal bir yaklaşıma dayalı bir elektronik dil oluşturmak ve protein analizi için yüzey plazması ve rezonans görüntüleme yapmaktır. Bu, laktoz ve sülfatlanmış laktozun yapı taşları olarak kullanılması ve karışımlarının, bir dizi kombinatoryal çapraz reaktif reseptör oluşturmak için kendi kendine montaj için bir prizmanın altın yüzeyine bırakılmasıyla elde edilir. İkinci adım yüzey olarak, bağlanma olaylarını gerçek zamanlı olarak izleyen ve SPR görüntüleri ve sensör gramları adı verilen bir dizi kinetik bağlanma eğrisi üreten plazma ve rezonans görüntüleme uygulanır.Daha sonraki veri işleme, her örnek için bir 2B sürekli evrim profili ve bir 3B sürekli evrim manzarası oluşturmak için bir matematik hesaplama yazılımı kullanılarak sensör gramlarına dayalı olarak gerçekleştirilir, sonuçlar, elektronik dilin ortak saflaştırılmış proteinler için farklı 3B sürekli evrim manzaraları oluşturabildiğini ve örüntü tanımaya dayalı ayrımları için verimli olduğunu göstermektedir. Bu tekniğin klasik, elektronik gnosis ve diller gibi mevcut yöntemlere göre çeşitli avantajları vardır. İlk olarak, şarkı reseptörlerinin hazırlanması büyük ölçüde basitleştirilmiştir.Çok çeşitli çapraz reaktif reseptörler, az sayıda molekülü karıştırarak tercih edilebilir. İkincisi, birleştirici yaklaşım sayesinde, elektronik dilimiz tarafından üretilen tanıma kalıpları sürekli olarak kabul edilebilir, böylece anormal sinyaller daha kolay tanımlanabilir. Bu nedenle, kombinatoryal çapraz reaktif reseptör dizisini hazırlamak için daha güvenilir analiz elde edilebilir.İlk olarak, prizmanın altın yüzeyini kullanmadan 48 saat önce bir plazma temizleyici ile %75 oksijen, %25 argon, 0.6 milibar ve 40 watt güç altında üç dakika temizleyin. Daha sonra% 10 gliserol veya PBSG içeren 100 mililitre fosfat tampon çözeltisi hazırlayın. PBS'ye gliserol eklenmesi, biriktirildikten sonra çözücü buharlaşmasını ve yapı bloğundaki veya BBB konsantrasyonundaki değişiklikleri azaltmak için çok önemlidir.Daha sonra laktoz veya yapı bloğu bir ve sülfatlanmış laktoz veya stok çözeltilerinden yapı bloğu iki stok çözeltileri hazırlayın. %10'luk artışlarla sıfır ile %100 arasında oranlara sahip 11 saf ve karışık çözelti hazırlayın ve PBSG'de toplam yapı taşı konsantrasyonu 0.1 milimolar olan bu saf ve karışık çözeltilerin sekiz nanolitrelik damlacıklarını prizma yüzeyine biriktirin, toplam 44 nokta olan her oran için dörtlü çift halinde temassız bir gözcü kullanın, prizmayı bir mililitre ultra saf su içeren bir Petri kabının içine yerleştirin ve gece boyunca bırakın. Buradaki altın yüzey üzerinde BB one ve BB two'nun kendi kendine montajı için oda sıcaklığı. Karışık kendi kendine monte edilmiş tek tabakalardaki ortalama yüzey bileşiminin, biriktirme karışık çözeltisinin bileşimini yansıttığı varsayılmaktadır.Ertesi gün, prizmayı Argonne akışı altında kurutmadan önce ultra saf suyla iyice yıkayın. Protein algılama sırasında sıcaklık değişiminin neden olduğu kırılma indisi değişikliklerini önlemek için yüzey plazması ve rezonans görüntüleme cihazlarının 25 santigrat dereceye yerleştirildiği inkübatörü ayarlayın. Bilgisayar kontrollü bir şırınga pompasına, bir tatlıya ve altı portlu bir orta basınçlı enjeksiyon valfine bağlı 10 mikrolitrelik polieter eter keton akış hücresine işlevsel olmayan bir durulama prizması yerleştirin.Akış sistemini yeni filtrelenmiş ve Degas yığınları çalışan arabellekle doldurun. Durulama prizmasını çıkarın ve kombinasyonel Çapraz reaktif reseptör dizisini içeren prizmayı dakikada 100 mikrolitrelik bir akış hızında akış hücresi çalışma yığınlarına yerleştirin. CCD kameranın yardımıyla, çalışma tamponunu geçerek prizma yüzeyinde bulunan hava kabarcıklarını temizleyin.Dizinin iyi kontrastlı bir görüntüsüne dayalı olarak ilgilenilen alan için aynı çapta bir daire çizerek her nokta için çalışma alanını hızlı bir şekilde tanımlayın ve yüzey plazması ve rezonans görüntüleme sistemindeki entegre yazılımın yardımıyla, tüm noktalar için gelen açının bir fonksiyonu olarak yansıtma eğrilerini temsil eden iz plazma eğrileri. Yansıtma eğrilerinin en yüksek eğiminde kinetik eğrilerin kaydedileceği konum olan çalışma açısını seçin. Kinetik ölçümler için seçilen çalışma açısını sabitlemek için tarama aynasını döndürün.Tüm noktalar için yansıtma sinyali sabit ve sabit olana kadar akış sistemi boyunca yığınlar halinde çalıştırmaya devam edin. Daha sonra, akış hızı dakikada 100 mikrolitreye ayarlanmış şekilde enjeksiyon valfi yük konumundayken 500 mikrolitrelik numune döngüsüne bir mililitre fıstık lektini veya bir HL çözeltisini enjekte etmek için bir şırınga kullanın, enjeksiyon valfini enjeksiyon konumuna getirin. Protein enjeksiyonunun sonundaki tüm noktalarda zamana karşı yansıtma değişimlerini eş zamanlı olarak izleyerek kinetik ölçümlere başlayın.Diziyi sekiz dakika boyunca çalışan arabellekle durulayın. Son olarak, diziyi yeniden oluşturmak için bir mililitre %1 DS enjekte edin. Protein çözeltisinin akış hücresine girmesini takiben diğer proteinler için de aynı işlemi tekrarlayın.Moleküler bağlanma meydana gelir ve plazma eğrilerinde bir kaymaya ve bir refleksivite varyasyonuna neden olur. Görüntü elde etme yazılımı, ölçülen ışık yoğunluğu değerlerini gri ölçek seviyelerine dönüştürerek SPR görüntüleri verir ve sensör gramlarını veren zamana karşı yansıtıcılık varyasyonu oluşturur. Ardından, her örnek için bir 2B sürekli evrim profili oluşturmak için her protein enjeksiyonunun sonundaki yansıtıcılığı yapı taşı oranına karşı çizmek için bir matematik hesaplama yazılımı kullanın.Son olarak, ortak protein analizi için elektronik dilin yeteneğini araştırmak üzere her protein için bir 3D sürekli evrim manzarası adı verilen zamana bağlı bir sürekli tanıma modeli oluşturmak için yapı taşı oranını sensör gramlarına ekleyin, üç protein kullanıldı: her protein için bir HL miyoglobin ve lizozim. 3D olarak gösterildiği gibi elektronik dil tarafından farklı bir 2D sürekli evrim profili oluşturuldu. Bir HL miyoglobin ve lizozim için sürekli evrim manzaraları da üretildi.Elektronik dil, hidrofobik, nötr ve yüklü amino asit kalıntılarının dağılımı gibi proteinlerin yüzey özelliklerine duyarlıdır. Manzaraların elde edilen sürekli evrim profilleri, verimli protein ayrımı ve örüntü tanımaya dayalı ileriye dönük tanımlama için parmak izi olarak kullanılabilir. Bu yaklaşımı denerken, elektronik dilin iyi bir şekilde tekrarlanabilirliğini sağlamak için optimize edilmiş ve standartlaştırılmış deneysel prosedürleri takip etmeyi unutmamak önemlidir.Bu prosedürler, prizmanın temiz ve iyi yüzeyini, yüzey plazma rezonans görüntüleme için çalışma açısının seçilmesini ve sistemi yeniden kullanım için tamamen yenilemek için uygun çözeltinin uygulanmasını içerir. Bu videoyu izledikten sonra, protein analizi için COMBINATOR yaklaşımına ve SOFA plazma rezonans görüntülemeye dayalı olarak elektronik dilin nasıl oluşturulacağını iyi anlamış olmalısınız. Deneyleriniz için iyi şanslar.

electronic-tongue-generating-continuous-recognition-patterns-for

Research

JoVE Journal

Bioengineering

Biyomühendislik

Elektrik alanların uygulama tarafından bir dizi elektrot - Dijital Mikroakiskan ayrık damlacıklar (ml ~ nL) manipülasyon ile karakterize bir tekniktir. Hızlı, sıralı, minyatür otomatik biyokimya testleri yürütmek için çok uygundur. Burada, birkaç proteomik işlem adımlarını otomatik olarak yetenekli bir platform raporu.

Otomatik Proteomik İşleme Dijital Mikroakiskan

Bu video kullanımı ile mikro-desenli yüzeyler, protein-protein etkileşimleri sonraki analizi ile deneyler gösterir. Bu yaklaşım, canlı hücreler protein etkileşimleri tespit etmek imkanı sunar ve kantitatif bilgileri ayıklamak imkanı ile yüksek verimlilik özellikleri bir araya getiriyor.

Mikro desenli Yüzeyler, protein-protein etkileşimleri-vivo Algılama

"E-DNA" sensörleri, reagentless, kan ve diğer karmaşık matrisler doğrudan meydan bile iyi bir performans elektrokimyasal biyosensörler, nükleik asit, protein ve küçük molekül analitler geniş bir algılama için adapte edilmiştir. Burada bu tür sensörlerin üretimi ve kullanımı için genel bir prosedür mevcut.

Nükleik Asitler, Proteinler ve Küçük Moleküller Reagentless Algılama Elektrokimyasal DNA Biyosensörler Fabrikasyon

Biz hızlı bakteri bulunması ve belirlenmesi için bir elektrokimyasal sensör test yöntem açıklanmaktadır. Tahlil, ribozomal RNA (rRNA) türe özgü dizileri için DNA oligonükleotid probları yakalama fonksiyonuna sahip bir sensör dizisi içerir. Yakalama prob ve yaban turpu peroksidaz bağlı DNA oligonükleotid dedektör prob ile hedef rRNA Sandwich melezleme ölçülebilir bir amperometrik akım üretir.

Elektrokimyasal Sensörler kullanarak Bakteriyel Algılama ve Tanıma

Bu video, insan kan trombositlerinden amyotrofik lateral skleroz (ALS) ile ilişkili bir protein biyobelirtecini tespit etmek için bir kılcal elektroforez immünolojik test protokolünü göstermektedir. ALS biyobelirteç proteininin varlığının doğrulanması, trombosit proteinlerinin boyuta dayalı olarak ayrılması ve ardından kemilüminesan tespiti ile elde edilir.

Protein Biyobelirteç Tespiti için Bir Kapiller Elektroforez İmmünoassay

Bir elektrosprey iyonizasyon (ESI) kütle spektrometresine bağlı, şirket içi yerleşik akışlı triptik mikro reaktör ile proteolitik sindirim için hızlı bir protokol sunulmaktadır. Mikroreaktörün üretimi, deney düzeneği ve veri toplama süreci anlatılmaktadır.

Bir akış oranı mikroreaktör MS Algılama Proteinlerin hızlı enzimatik işlenmesi

Biz doğru bir şekilde sıvı Kromatografi yüksek çözünürlüklü bir Kütle Spektrometre için arabirim ile proteinler ile izobarik etiketleme, geniş ayırma, Biyoinformatik araçlarını ve kalite kontrol adımları birlikte quantitate için bir protokol mevcut.

Derin Proteom izobarik etiketleme, kapsamlı sıvı Kromatografi, kütle spektrometresi ve yazılım destekli miktar tarafından profil oluşturma

Kapiller isoelectric odaklanarak proteinler ve onların izoformlarının son derece küçük biyolojik örneklerinden detaylı karakterizasyonu etkinleştirme bir antikor tabanlı, vericiyi, yüksek üretilen iş, tekniğidir. Aşağıda bir protokol olarak algılanmasını ve miktar belirli proteinlerin ve onların izoformlarının otomatik ve robotized bir şekilde açıklanmıştır.

Proteinler ve onların izoformlarının kapiller Isoelectric odaklanarak yöntemi tarafından son derece hassas ve nicel tespiti

Elektrowetting tabanlı dijital mikroakışkan, manipülasyonunu kolaylaştırmak için mikrolitre hacimli damlacıkların görünür temas açısında voltaj güdümlü bir değişiklik kullanan bir tekniktir. Bunu fonksiyonel manyetik boncuklarla birleştirmek, enzime bağlı İmmünosorbent Test (ELISA) kullanılarak numune hazırlama ve patojenlerin tanımlanması için birden fazla laboratuvar ünitesi operasyonunun entegrasyonunu sağlar.

Otomatik Enzimbağlantılı İmmünosorbent Assay için Elektrowetting tabanlı Dijital Mikroakışkanplatformu

Daha önce glikanların proteinler üzerinde otomatik ve hızlı analizi için bir sistem geliştirilmiştir. Bu makale, biyofarmasötikler ve diğer glikokonjugat malzemelerdeki glikan yapılarını analiz etmekle uğraşanlar gibi geniş bir kullanıcı yelpazesi için optimize edilmiş "gliko-kalitatif analiz" protokolünü sunmaktadır.

Tam Otomatik Bir Sistem Kullanılarak Rekombinant Proteinlerin Hızlı Gliko-Kalitatif Değerlendirmesi

Bu çalışma, çevresel numunelerde, biyolojik numunelerde ve yiyecek ve içeceklerde Fe, Cr, As ve F'yi tespit etmek için bir E-Eye-Enable POCT cihazı tasarlama ve geliştirme protokolünü tartışmıştır. Yaklaşık 2000 numune test edildi ve sonuçlar altın standart tekniğe uygun.

Çevresel, Biyolojik ve Gıda Numunelerinde Fe, Cr, F ve As'ın Yerinde Miktar Tayini için TD-DFT Kılavuzlu Gelişmiş E-Göz Algılama Tekniği

Keşfedin elektronik dil yapımını ve yüzey plazmon rezonans görüntüleme ile protein analizi yöntemini. Bu teknik, sürekli evrim profilleri oluşturarak protein ayrımını kolaylaştırır.

Protein Analiz Sürekli Tanıma Desenler oluşturma Elektronik Dil

Daha fazla video keşfet