Name: Yoğun Nükleer Ortamda Kromatinin Araştırılması İçin Çok Etiketli Tek Molekül Lokalizasyon Mikroskopi Protokolü (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2026-06-05T13:00:00.000+00:00
Duration: 8 min 49 s
Description: Keşfedin, yoğun nükleer ortamda kromatin bileşenlerinin nanometre ölçeğinde uzamsal analizi için üç renkli tek molekül lokalizasyon mikroskopisi protokolünü. BJ Fibroblast, HeLa ve MCF 10A hücrelerinde uygulanan bu yöntem, kromatin mimarisinin niceliksel haritalanmasını sağlar.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<ol><li>Bond, C., Hugelier, S., Xing, J., Sorokina, E. M., Lakadamyali, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Multiplexed+DNA-PAINT+imaging+of+the+heterogeneity+of+late+endosome%2Flysosome+protein+composition%5BTitle%5D)+AND+%22bioRxiv%3A+The+Preprint+Server+for+Biology%22%5BJournal%5D)">Multiplexed DNA-PAINT imaging of the heterogeneity of late endosome/lysosome protein composition.</a> bioRxiv: The Preprint Server for Biology. , (2024).</li>
<li>Hugelier, S., Colosi, P. L., Lakadamyali, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Quantitative+single-molecule+localization+microscopy%5BTitle%5D)+AND+%22Annu.+Rev.+Biophys%22%5BJournal%5D)">Quantitative single-molecule localization microscopy.</a> Annu. Rev. Biophys. 52 (1), 139-160 (2023).</li>
<li>Lelek, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-molecule+localization+microscopy%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Rev.+Methods+Primers%22%5BJournal%5D)">Single-molecule localization microscopy.</a> Nat. Rev. Methods Primers. 1, 39(2021).</li>
<li>Oddone, A., Vilanova, I. V., Tam, J., Lakadamyali, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Super-resolution+imaging+with+stochastic+single-molecule+localization%3A+concepts%2C+technical+developments%2C+and+biological+applications%5BTitle%5D)+AND+%22Microsc+Res+Tech%22%5BJournal%5D)">Super-resolution imaging with stochastic single-molecule localization: concepts, technical developments, and biological applications.</a> Microsc Res Tech. 77 (7), 502-509 (2014).</li>
<li>Bates, M., Huang, B., Dempsey, G. T., Zhuang, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Multicolor+super-resolution+imaging+with+photo-switchable+fluorescent+probes%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Multicolor super-resolution imaging with photo-switchable fluorescent probes.</a> Science. 317 (5845), 1749-1753 (2007).</li>
<li>Ricci, M. A., Cosma, M. P., Lakadamyali, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Super+resolution+imaging+of+chromatin+in+pluripotency%2C+differentiation%2C+and+reprogramming%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Opin+Genet+Dev%22%5BJournal%5D)">Super resolution imaging of chromatin in pluripotency, differentiation, and reprogramming.</a> Curr Opin Genet Dev. 46, 186-193 (2017).</li>
<li>Heo, S. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Aberrant+chromatin+reorganization+in+cells+from+diseased+fibrous+connective+tissue+in+response+to+altered+chemomechanical+cues%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Biomed+Eng%22%5BJournal%5D)">Aberrant chromatin reorganization in cells from diseased fibrous connective tissue in response to altered chemomechanical cues.</a> Nat Biomed Eng. 7 (2), 177-191 (2023).</li>
<li>Wang, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comprehensive+molecular+characterization+of+the+hippo+signaling+pathway+in+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Rep%22%5BJournal%5D)">Comprehensive molecular characterization of the hippo signaling pathway in cancer.</a> Cell Rep. 25 (5), 1304-1317.e5 (2018).</li>
<li>Zhang, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Multicolor+super-resolution+imaging+using+spectroscopic+single-molecule+localization+microscopy+with+optimal+spectral+dispersion%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Opt%22%5BJournal%5D)">Multicolor super-resolution imaging using spectroscopic single-molecule localization microscopy with optimal spectral dispersion.</a> Appl Opt. 58 (9), 2248-2255 (2019).</li>
<li>Daugird, T. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Correlative+single+molecule+lattice+light+sheet+imaging+reveals+the+dynamic+relationship+between+nucleosomes+and+the+local+chromatin+environment%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Comm%22%5BJournal%5D)">Correlative single molecule lattice light sheet imaging reveals the dynamic relationship between nucleosomes and the local chromatin environment.</a> Nat Comm. 15 (1), 4178(2024).</li>
<li>Kant, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Active+transcription+and+epigenetic+reactions+synergistically+regulate+meso-scale+genomic+organization%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Comm%22%5BJournal%5D)">Active transcription and epigenetic reactions synergistically regulate meso-scale genomic organization.</a> Nat Comm. 15 (1), 4338(2024).</li>
<li>Esa, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Three-dimensional+spectral+precision+distance+microscopy+of+chromatin+nanostructures+after+triple-colour+DNA+labelling%3A+a+study+of+the+BCR+region+on+chromosome+22+and+the+Philadelphia+chromosome%5BTitle%5D)+AND+%22J+Microsc%22%5BJournal%5D)">Three-dimensional spectral precision distance microscopy of chromatin nanostructures after triple-colour DNA labelling: a study of the BCR region on chromosome 22 and the Philadelphia chromosome.</a> J Microsc. 199 (2), 96-105 (2000).</li>
<li>Lelek, M., Di Nunzio, F., Henriques, R., Charneau, P., Arhel, N., Zimmer, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Superresolution+imaging+of+HIV+in+infected+cells+with+FlAsH-PALM%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci%22%5BJournal%5D)">Superresolution imaging of HIV in infected cells with FlAsH-PALM.</a> Proc Natl Acad Sci. 109 (22), 8564-8569 (2012).</li>
<li>Yushchenko, D. A., Bruchez, M. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tailoring+fluorescent+labels+for+far-field+nanoscopy%5BTitle%5D)+AND+%22Far-Field+Optical+Nanoscopy%22%5BJournal%5D)">Tailoring fluorescent labels for far-field nanoscopy.</a> Far-Field Optical Nanoscopy. , 159-188 (2015).</li>
<li>Min, W., Freudiger, C. W., Lu, S., Xie, X. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Coherent+nonlinear+optical+imaging%3A+beyond+fluorescence+microscopy%5BTitle%5D)+AND+%22Annu+rev+phys+chem%22%5BJournal%5D)">Coherent nonlinear optical imaging: beyond fluorescence microscopy.</a> Annu rev phys chem. 62, 507-530 (2011).</li>
<li>Walker, R. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Quantification+of+immunohistochemistry--issues+concerning+methods%2C+utility+and+semiquantitative+assessment+I%5BTitle%5D)+AND+%22Histopath%22%5BJournal%5D)">Quantification of immunohistochemistry--issues concerning methods, utility and semiquantitative assessment I.</a> Histopath. 49 (4), 406-410 (2006).</li>
<li>Dunn, K. W., Kamocka, M. M., McDonald, J. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+practical+guide+to+evaluating+colocalization+in+biological+microscopy%5BTitle%5D)+AND+%22Am+J+Physiol+Cell+Physiol%22%5BJournal%5D)">A practical guide to evaluating colocalization in biological microscopy.</a> Am J Physiol Cell Physiol. 300 (4), C723-C742 (2011).</li>
<li>Castells-Garcia, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Super+resolution+microscopy+reveals+how+elongating+RNA+polymerase+II+and+nascent+RNA+interact+with+nucleosome+clutches%5BTitle%5D)+AND+%22Nucl+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">Super resolution microscopy reveals how elongating RNA polymerase II and nascent RNA interact with nucleosome clutches.</a> Nucl Acids Res. 50 (1), 175-190 (2022).</li>
<li>Finn, E. H., Misteli, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+high-throughput+DNA+FISH+protocol+to+visualize+genome+regions+in+human+cells%5BTitle%5D)+AND+%22STAR+protocols%22%5BJournal%5D)">A high-throughput DNA FISH protocol to visualize genome regions in human cells.</a> STAR protocols. 2 (3), 100741(2021).</li>
<li>Nuebler, J., Fudenberg, G., Imakaev, M., Abdennur, N., Mirny, L. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chromatin+organization+by+an+interplay+of+loop+extrusion+and+compartmental+segregation%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci%22%5BJournal%5D)">Chromatin organization by an interplay of loop extrusion and compartmental segregation.</a> Proc Natl Acad Sci. 115 (29), E6697-E6706 (2018).</li>
<li>Davidson, I. F., Peters, J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genome+folding+through+loop+extrusion+by+SMC+complexes%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Mol+Cell+Biol%22%5BJournal%5D)">Genome folding through loop extrusion by SMC complexes.</a> Nat Rev Mol Cell Biol. 22 (7), 445-464 (2021).</li>
<li>Schueder, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Unraveling+cellular+complexity+with+transient+adapters+in+highly+multiplexed+super-resolution+imaging%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Unraveling cellular complexity with transient adapters in highly multiplexed super-resolution imaging.</a> Cell. 187 (7), 1769-1784.e18 (2024).</li>
<li>Miron, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chromatin+arranges+in+chains+of+mesoscale+domains+with+nanoscale+functional+topography+independent+of+cohesin%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Adv%22%5BJournal%5D)">Chromatin arranges in chains of mesoscale domains with nanoscale functional topography independent of cohesin.</a> Sci Adv. 6 (39), eaba8811(2020).</li>
<li>Ou, H. D., Phan, S., Deerinck, T. J., Thor, A., Ellisman, M. H., O'Shea, C. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ChromEMT%3A+Visualizing+3D+chromatin+structure+and+compaction+n+interphase+and+mitotic+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">ChromEMT: Visualizing 3D chromatin structure and compaction n interphase and mitotic cells.</a> Science. 357 (6349), eaag0025(2017).</li>
<li>Li, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Analysis+of+three-dimensional+chromatin+packing+domains+by+chromatin+scanning+transmission+electron+microscopy+%28ChromSTEM%29%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">Analysis of three-dimensional chromatin packing domains by chromatin scanning transmission electron microscopy (ChromSTEM).</a> Sci Rep. 12 (1), 12198(2022).</li>
<li>Penagos-Puig, A., Furlan-Magaril, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Heterochromatin+as+an+important+driver+of+genome+organization%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Cell+Dev+Biol%22%5BJournal%5D)">Heterochromatin as an important driver of genome organization.</a> Front Cell Dev Biol. 8, (2020).</li>
<li>Millán-Zambrano, G., Burton, A., Bannister, A. J., Schneider, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Histone+post-translational+modifications+-+cause+and+consequence+of+genome+function%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Genet%22%5BJournal%5D)">Histone post-translational modifications - cause and consequence of genome function.</a> Nat Rev Genet. 23 (9), 563-580 (2022).</li>
<li>Li, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Nanoscale+chromatin+imaging+and+analysis+platform+bridges+4D+chromatin+organization+with+molecular+function%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Adv%22%5BJournal%5D)">Nanoscale chromatin imaging and analysis platform bridges 4D chromatin organization with molecular function.</a> Sci Adv. 7 (1), eabe4310(2021).</li>
<li>Li, W. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mature+chromatin+packing+domains+persist+after+RAD21+depletion+in+3D%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Adv%22%5BJournal%5D)">Mature chromatin packing domains persist after RAD21 depletion in 3D.</a> Sci Adv. 11 (4), eadp0855(2025).</li>
<li>Mansisidor, A. R., Risca, V. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chromatin+accessibility%3A+methods%2C+mechanisms%2C+and+biological+insights%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleus%22%5BJournal%5D)">Chromatin accessibility: methods, mechanisms, and biological insights.</a> Nucleus. 13 (1), 236-276 (2022).</li>
<li>Li, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Decoding+topologically+associating+domains+with+ultra-low+resolution+Hi-C+data+by+graph+structural+entropy%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Comm%22%5BJournal%5D)">Decoding topologically associating domains with ultra-low resolution Hi-C data by graph structural entropy.</a> Nat Comm. 9 (1), 3265(2018).</li>
<li>Szabo, Q., Bantignies, F., Cavalli, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Principles+of+genome+folding+into+topologically+associating+domains%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Adv%22%5BJournal%5D)">Principles of genome folding into topologically associating domains.</a> Sci Adv. 5 (4), eaaw1668(2019).</li>
<li>Satam, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Next-generation+sequencing+technology%3A+current+trends+and+advancements%5BTitle%5D)+AND+%22Biology%22%5BJournal%5D)">Next-generation sequencing technology: current trends and advancements.</a> Biology. 12 (7), 997(2023).</li>
<li>Acosta, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Three-color+single-molecule+localization+microscopy+in+chromatin%5BTitle%5D)+AND+%22Light%3A+Sci+Appl%22%5BJournal%5D)">Three-color single-molecule localization microscopy in chromatin.</a> Light: Sci Appl. 14 (1), 123(2025).</li>
<li>Almassalha, L. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chromatin+conformation%2C+gene+transcription%2C+and+nucleosome+remodeling+as+an+emergent+system%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Adv%22%5BJournal%5D)">Chromatin conformation, gene transcription, and nucleosome remodeling as an emergent system.</a> Sci Adv. 11 (2), eadq6652(2025).</li>
<li>Yin, Y., Lee, W. T. C., Rothenberg, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ultrafast+data+mining+of+molecular+assemblies+in+multiplexed+high-density+super-resolution+images%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Comm%22%5BJournal%5D)">Ultrafast data mining of molecular assemblies in multiplexed high-density super-resolution images.</a> Nat Comm. 10 (1), 119(2019).</li>
<li>Xu, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Super-resolution+imaging+of+higher-order+chromatin+structures+at+different+epigenomic+states+in+single+mammalian+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Rep%22%5BJournal%5D)">Super-resolution imaging of higher-order chromatin structures at different epigenomic states in single mammalian cells.</a> Cell Rep. 24 (4), 873-882 (2018).</li>
<li>Xu, J., Liu, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Imaging+higher-order+chromatin+structures+in+single+cells+using+stochastic+optical+reconstruction+microscopy%5BTitle%5D)+AND+%22Bio-Protocol%22%5BJournal%5D)">Imaging higher-order chromatin structures in single cells using stochastic optical reconstruction microscopy.</a> Bio-Protocol. 9 (3), e3160(2019).</li>
<li>Otterstrom, J., Castells-Garcia, A., Vicario, C., Gomez-Garcia, P. A., Cosma, M. P., Lakadamyali, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Super-resolution+microscopy+reveals+how+histone+tail+acetylation+affects+DNA+compaction+within+nucleosomes+in+vivo%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">Super-resolution microscopy reveals how histone tail acetylation affects DNA compaction within nucleosomes in vivo.</a> Nucleic Acids Res. 47 (16), (2019).</li>
<li>Abdelsayed, V., Boukhatem, H., Olivier, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+optimized+buffer+for+repeatable+multicolor+STORM%5BTitle%5D)+AND+%22ACS+Photonics%22%5BJournal%5D)">An optimized buffer for repeatable multicolor STORM.</a> ACS Photonics. 9 (12), 3926-3934 (2022).</li>
<li>Weidner, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Advanced+image-free+analysis+of+the+nano-organization+of+chromatin+and+other+biomolecules+by+single+molecule+localization+microscopy+%28SMLM%29%5BTitle%5D)+AND+%22Comput+Struct+Biotechnol+J%22%5BJournal%5D)">Advanced image-free analysis of the nano-organization of chromatin and other biomolecules by single molecule localization microscopy (SMLM).</a> Comput Struct Biotechnol J. 21, 2018-2034 (2023).</li>
<li>Nieves, D. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+framework+for+evaluating+the+performance+of+SMLM+cluster+analysis+algorithms%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">A framework for evaluating the performance of SMLM cluster analysis algorithms.</a> Nat Methods. 20 (2), 259-267 (2023).</li>
<li>Hyun, Y., Kim, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Recent+development+of+computational+cluster+analysis+methods+for+single-molecule+localization+microscopy+images%5BTitle%5D)+AND+%22Comput+Struct+Biotechnol+J%22%5BJournal%5D)">Recent development of computational cluster analysis methods for single-molecule localization microscopy images.</a> Comput Struct Biotechnol J. 21, 879-888 (2023).</li>
<li>Markaki, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Functional+nuclear+organization+of+transcription+and+DNA+replication%3A+a+topographical+marriage+between+chromatin+domains+and+the+interchromatin+compartment%5BTitle%5D)+AND+%22Cold+Spring+Harb+Symp+Quant+Biol%22%5BJournal%5D)">Functional nuclear organization of transcription and DNA replication: a topographical marriage between chromatin domains and the interchromatin compartment.</a> Cold Spring Harb Symp Quant Biol. 75 (0), 475-492 (2010).</li>
<li>Gelléri, M., Sterr, M., Strickfaden, H., Cremer, C., Cremer, T., Cremer, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Space-time+dynamics+of+genome+replication+studied+with+super-resolved+microscopy%5BTitle%5D)+AND+%22Postepy+biochem%22%5BJournal%5D)">Space-time dynamics of genome replication studied with super-resolved microscopy.</a> Postepy biochem. 70 (1), 8-21 (2024).</li>
<li>Cremer, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+4D+nucleome%3A+Evidence+for+a+dynamic+nuclear+landscape+based+on+co-aligned+active+and+inactive+nuclear+compartments%5BTitle%5D)+AND+%22FEBS+Letters%22%5BJournal%5D)">The 4D nucleome: Evidence for a dynamic nuclear landscape based on co-aligned active and inactive nuclear compartments.</a> FEBS Letters. 589 (20), 2931-2943 (2015).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>Andor iXon Ultra 888 elektron çoğaltan CCD&nbsp;</td><td>Andor</td><td>DU-888U3-CSO-#BV&nbsp;</td><td>NA</td></tr><tr><td>Sığır serum albümini</td><td>Sigma Aldrich</td><td>A7030</td><td>Buffer bloklamada ve yıkamada kullanılır. BSA tabanlı bloklama tamponunu 4°C; C</td></tr><tr><td>Changchun New Industries Optoelectronics Tech. Co., Ltd., Model MGL-FN-532 (532 nm)&nbsp;</td><td>PSU-H-LED&nbsp;</td><td>https://www.cnilaser.com/MGL-FN-532.htm</td><td>NA</td></tr><tr><td>Koherent OBIS Lazer Kutusu (405 nm, 488 nm, 532 nm, 552 nm, 637 nm) & nbsp;</td><td>Tutarlı</td><td>1228877&nbsp;</td><td>3&ndash ile kolimlenmiş lazerler; 10 kW/cm&sup3; örnek alınan ortalama güç, dalga boyu kanalı başına en az 10.000 kare toplanır &nbsp; 10&ntir; 30&nbsp; ms&nbsp; Satın alma süresi.&nbsp;</td></tr><tr><td>DABCO (1,4-Diazabicyclo-(2.2.2)-oktan)</td><td>Sigma</td><td>D27802</td><td>NA</td></tr><tr><td>DBPS (1X)</td><td>Thermo Fisher</td><td>14190-136</td><td>NA</td></tr><tr><td>Distile su</td><td>NA</td><td>NA</td><td>Her türlü damıtılmış su iyidir ve nbsp;</td></tr><tr><td>DTT (Ditiothreitol), 1M</td><td>Sigma</td><td>43816</td><td>NA</td></tr><tr><td>Sekiz iyi odalı kapak cam</td><td>Cellvis</td><td>C8-1.5H-N</td><td>Herhangi bir cam taban plakası olabilir, ancak hacimler kapa göre ayarlanmalıdır.</td></tr><tr><td>Keçi Fare Karşıtı AF568</td><td>Thermo Fisher</td><td>A11004</td><td>Stok Konsantrasyonu: 2 mg/mL Stabilite Etiketleme Sonrası: 2&ntir; 3 gün</td></tr><tr><td>Keçi karşıtı Tavşan AF647</td><td>Thermo Fisher</td><td>A21245</td><td>Stok Konsantrasyonu: 2 mg/mL Etiketleme sonrası stabilite: 4&ntir; 5 gün</td></tr><tr><td>Keçi Sıçanına Karşı A488</td><td>Thermo Fisher</td><td>A11006</td><td>Stok Konsantrasyonu: 2 mg/mL Stabilite Etiketleme Sonrası: 2&ntir; 3 gün</td></tr><tr><td>H3K27ac Birincil Antikor</td><td>Thermo Fisher</td><td>MA5-23516</td><td>Stok Konsantrasyonu: 1.0 mg/mL&nbsp;</td></tr><tr><td>H3K9me3 Birincil Antikor&nbsp;</td><td>Abcam</td><td>AB1769156</td><td>Stok Konsantrasyonu: 1.287 mg/mL&nbsp;</td></tr><tr><td>Yüksek Berraklıkta Poli-Propilen Konik Tüp 15 mL&nbsp; &nbsp;</td><td>Corning&nbsp;</td><td>352096</td><td>Fiksasyon ve Sönme Çözümleri için Kullanılır&nbsp;</td></tr><tr><td>Yüksek Berraklıkta Poli-Propilen Konik Tüp 50 mL</td><td>Corning</td><td>352070</td><td>40 mL'lik çalışan bloklama ve yıkama tamponları için kullanılır</td></tr><tr><td>Hidroklorik asit (HCl), 12M</td><td>Sigma</td><td>258148</td><td>NA</td></tr><tr><td>Mükemmel odak sistemi ile Nikon Eclipse Ti-E;</td><td>Niikon</td><td>TI-DH 611392&nbsp;</td><td>Ters mikroskop&nbsp;</td></tr><tr><td>Nikon SR APO TIRF, 100x büyütme, 1.49 NA&nbsp;</td><td>Nikon</td><td><a href="https://www.microscope.healthcare.nikon.com/products/optics/cfi-apochromat-tirf-series%C2%A0">https://www.microscope.healthcare.nikon.com/products/optics/cfi-apochromat-tirf-series&nbsp; </a></td><td>NA</td></tr><tr><td>Normal keçi serumu</td><td>Abcam</td><td>AB7481-1002</td><td>İlk etiket bittikten sonra kullanılır. Bloklama ve Yıkama Tamponlarında olmalı</td></tr><tr><td>Paraformaldehit 16 %&nbsp;</td><td>Elektron Mikroskopi Bilimleri</td><td>15710</td><td>Fiksatif çözelti olarak kullanılıyor ve yapımından sonra 2 hafta içinde tükenmesi gerekiyor. 4° derecede ışıktan korun; C</td></tr><tr><td>Fosfat tamponlu tuzlu (PBS) 10X</td><td>Ambion</td><td>AM9625</td><td>NA</td></tr><tr><td>Pipet Uçları 1000 uL</td><td>SureOne</td><td>02-707-404</td><td>Her türlü pipet ucu sorun değil, yeter ki s hacim için uygun</td></tr><tr><td>RNAPII-PS2</td><td>Abcam</td><td>AB252855</td><td>Stok Konsantrasyonu: 0.98 mg/mL</td></tr><tr><td>Sodyum Borohidrit</td><td>Thermo Fisher</td><td>S678-10</td><td>Her seferinde buffer'i söndürmek için fresh kullanın.&nbsp;</td></tr><tr><td>Sodyum hidroksit (NaOH)</td><td>Thermo Fisher&nbsp;</td><td>A16037.36</td><td>NA</td></tr><tr><td>Sodyum sülfit</td><td>Sigma</td><td>S0505</td><td>NA</td></tr><tr><td>Triton X-100 %10</td><td>Thermo Fisher&nbsp;</td><td>28314</td><td>NA</td></tr></tbody></table>

yoğun nükleer ortamda kromatinin araştırılması İçin Çok etiketli tek molekül lokalizasyon mikroskopi protokolü

A Multilabel Single Molecule Localization Microscopy Protocol for Investigation of Chromatin in the Dense Nuclear Environment

Yoğun Nükleer Ortamda Kromatinin Araştırılması İçin Çok Etiketli Tek Molekül Lokalizasyon Mikroskopi Protokolü

Super-resolution microscopy has dramatically advanced our ability to interrogate biological structures beyond the diffraction limit, making it ...

a-multilabel-single-molecule-localization-microscopy-protocol-for

Research

JoVE Journal

Bioengineering

Biyomühendislik

Tek molekül mikroskopi, nükleer taşıma yeni bakış açıları sağlanan Yaklaşım.

Tek Molekül Görüntüleme Nükleer Ulaştırma

Yerli birleştirerek ve yüksek çözünürlüklü kütle spektrometresi ile kromatin imunopresipitasyon çapraz bağlanmasıyla, ChroP yaklaşım histon modifikasyonları, çeşitleri ve fonksiyonel olarak farklı kromatin etki de synergizing olmayan histonic proteinlerin kompozit proteomik mimarisini incelemek için olanak sağlar.

ChroP Yaklaşım Kromatin Odağı özgü Proteomic Manzaralar teşrih Chip ve Kütle Spektrometre birleştirir

Biz İmmunosteyn, floresan in situ hibridizasyon, tüm montaj Arabidopsis thaliana ovüllerindeki kantitatif, yüksek çözünürlüklü görüntüleme ile takip DNA boyama için burada etkin ve güvenilir bir protokol sağlar. Bu yöntem başarıyla kromatin modifikasyonları ve nükleer mimarisi kullanılarak analiz edildi.

Tüm montaj ovüllerindeki in Kromatin Modifikasyonu ve Nükleer Mimarlık Kantitatif, Tek hücreli Analizi için Etkin Bir Yöntem<em&gt; Arabidopsis</em

Yeni 5-metilsitozin (oksi-mCs), 5-arasında bakterilerde görülen (5hmC), 5-formylcytosine (5 fC) oksitlenmiş formları bulunan ve 5-carboxylcytosine (5caC) farklı DNA değişiklikleri benzersiz işlevsel roller ile temsil edebilir. Yarı nicel bir iş akışı görselleştirme oksi-mCs kayma dağıtım, sinyal şiddeti profil oluşturma ve colocalization için burada kullanılmıştır.

DNA değişiklikler için Immunostaining: Confocal görüntülerin sayısal analiz

Burada, içinde canlı hücre organelleri tek zar proteinleri çok renkli yerelleştirme için bir iletişim kuralı mevcut. Fluorophores eklemek için kendi kendine etiketleme protein kullanılır. Aynı organel farklı membranlar bölmeleri içinde bulunan proteinler, ~ 18 hassasiyetle lokalize nm.

Çok renkli yerelleştirme mikroskobu canlı memeli hücre organelleri tek membran proteinlerin

3D çok renkli DNA FISH, 3B korunmuş çekirdekler içinde birden fazla genomik loci görselleştirmek için bir araç temsil eder, kesin olarak tek bir hücre düzeyinde nükleer alan içinde karşılıklı etkileşimleri ve lokalizasyon tanımlayan. Burada, adım protokol bir adım insan birincil hücrelerin geniş bir yelpazede için açıklanmıştır.

3D Çok Renkli DNA FISH Aracı İnsan Birincil Hücrelerde Nükleer Mimari Çalışma

CUT&amp;RUN ve varyantları, kromatin üzerindeki protein doluluğunu belirlemek için kullanılabilir. Bu protokol, tek hücreli uliCUT&amp;RUN kullanarak kromatin üzerindeki protein lokalizasyonunun nasıl belirleneceğini açıklar.

Hedefler Altında Ultra Düşük Giriş Bölünmesi ve Nükleaz Kullanarak Salınım Kullanılarak Kromatin Üzerinde Tek Hücreli Faktör Lokalizasyonu

Mevcut protokol, tek moleküllü lokalizasyon mikroskobu verilerinin, bilinen hacmin, genom boyutunun ve hücre döngüsü aşamasının Voronoi mozaiklemesini kullanarak yapışık hücre çekirdekleri içindeki mutlak DNA yoğunluklarını ölçen bir yöntemi açıklamaktadır.

Tek Molekül Lokalizasyon Mikroskobu Kullanılarak Hücre Çekirdeğinde Mutlak DNA Yoğunluğunun Haritalanması

Bu makale, tek moleküllü korelasyon kuvveti ve floresan mikroskobu için nükleozom içeren DNA bağlarının yeniden yapılandırılması için ayrıntılı bir deneysel prosedür sunmaktadır. Ayrıca, kromatin ile etkileşime giren proteinlerin bağlanma davranışını görselleştirmek ve nükleozomların fiziksel özelliklerindeki değişiklikleri analiz etmek için yapılabilecek birkaç aşağı akış deneyini açıklar.

Tek moleküllü korelasyon kuvveti ve floresan mikroskobu için yerinde nükleozom düzeneği

Bu protokol, DNA içsel floresan spektrumlarının örnek hazırlanması, veri toplama ve analizi üzerine ayrıntılı işlemler sağlar.

İçsel Kontrast kullanarak DNA moleküllerinin spektroskopik süper çözünürlüklü görüntülemesi

Bu protokol, izole Arabidopsis çekirdeklerinin tek moleküllü lokalizasyon mikroskopik görüntülemesi için verimli bir iş akışı sunar; optimize edilmiş izolasyon, fiksasyon ve etiketleme kullanılarak kromatin ve RNA Polimeraz II'nin nano ölçekli görselleştirilmesini sağlar. Bu yaklaşım, yüksek çözünürlüklü görüntüleme için diğer kromatin ilişkili proteinlere veya histon modifikasyonlarına kolayca uyarlanabilir.

Arabidopsis çekirdeklerinde tek moleküllü lokalizasyon mikroskopisi için sadeleştirilmiş bir protokol

Keşfedin, yoğun nükleer ortamda kromatin bileşenlerinin nanometre ölçeğinde uzamsal analizi için üç renkli tek molekül lokalizasyon mikroskopisi protokolünü. BJ Fibroblast, HeLa ve MCF 10A hücrelerinde uygulanan bu yöntem, kromatin mimarisinin niceliksel haritalanmasını sağlar.

Yoğun Nükleer Ortamda Kromatinin Araştırılması İçin Çok Etiketli Tek Molekül Lokalizasyon Mikroskopi Protokolü

Daha fazla video keşfet