Neuroscience
A subscription to JoVE is required to view this content.
You will only be able to see the first 2 minutes.
The JoVE video player is compatible with HTML5 and Adobe Flash. Older browsers that do not support HTML5 and the H.264 video codec will still use a Flash-based video player. We recommend downloading the newest version of Flash here, but we support all versions 10 and above.
If that doesn't help, please let us know.
Beyin Yapılarının Üç Boyutlu Şekil Modellemesi ve Analizi
Chapters
Summary November 14th, 2019
Please note that all translations are automatically generated.
Click here for the English version.
Açık yazılım kullanarak görüntü bölümlemesi ve otomatik bir modelleme paketi kullanarak daha fazla grup-bilge şekil analizi de dahil olmak üzere beyin yapıları üzerinde şekil analizi için yarı otomatik bir protokol sıyoruz. Burada, beyin MR görüntülerinden hipokampal segmentasyon ile 3D şekil analizi protokolünün her adımını gösteriyoruz.
Transcript
Kaba ve gürültülü segmentasyonlara karşı şekil özelliklerinin doğru bir şekilde kurtarılması, tek tek beyin şekli modelleri arasında iyi anatomik yazışmalar elde etmek için çok önemlidir. Çerçevemiz, bireysel şekil modelleme, grup açısından şablon oluşturma ve şekil deformite hesaplaması için çeşitli araçlar sağlar. Ve insan beyninin büyük veri kümeleri için kullanılmıştır.
Bu prosedürü gösteren Dr.Jaeil Kim, beyin şekli modelleme için yazılım geliştirilen benim laboratuvar eski bir yüksek lisans öğrencisi olacaktır. Hipokampal segmentasyon manuel düzenleme için, Grafik kullanıcı arayüzü yazılımı T1 ağırlık manyetik rezonans görüntü ve otomatik hipokampal segmentasyon sonuçları açın. Koronal görünümü seçmek için ekran penceresindeki simgeyi tıklatın ve uncus bulunana kadar ses arasında ilerleyin.
Mevcut olduğu hipokampal maske de dahil olmak üzere, uncus çekildikten sonra hipokampal vücudun maskesini düzeltmek için ekleme ve çıkarma işlevlerini kullanın. Hipokampal kuyruk bulunana kadar hipokampal maske yi düzenlemeye devam edin. Talamusun pulvinar çekirdeği hipokampustan üstün yitirken, fornix ortaya çıkacaktır.
Nikonsın tüm uzunluğunun görülebilen, ancak korpus callosum'un dalak ile henüz sürekli olmadığı hipokampusun son koronal dilimini düzenlemeyi bitirin. Daha sonra maskeleri NifTI formatında hem sol hem de sağ hipokampi için saklayın. Bir grup şablonu modeli oluşturmak için şekil modelleme eklentisini yükleyin ve çalışma popülasyonunun ikili maskelerini içeren bir dizin açmak için Dizin Aç'ı tıklatın.
İstediğin sayıda vertic'i girdirin ve grup şablonu oluşturma için Şablon Yapısı'nı tıklatın. Sonra ortalama şekil örgü kontrol edin. Bireysel şekil rekonstrüksiyonu için, ilgi alanının T1 ağırlıklı manyetik rezonans görüntüsünü ve ilgili segmentasyon maskesini yükleyin ve dosyaları kaydetmek için çalışma dizinini seçin.
Tek tek şekil modellemesi için bir şablon modeli seçin ve şekil modelleme eklentisindeki modelleme parametrelerini gerektiği gibi denetleyin ve değiştirin. Bu nedenle modelleme çerçevemiz neredeyse otomatiktir, ancak bazı adımlar kullanıcı onayı gerektirir. Örneğin, hipokampal bölgeler için değer değilse bir kullanıcı yoğunluk parametresini değiştirmek gerekir.
Ardından, araç seti çalışma tezgahının 3B görünümünde sonucu kontrol edin. Şekil ve deformite ölçümü gerçekleştirmek için, yazılımın veri yöneticisinde ilgi çeken konunun şekil modelini seçin ve ölçümü elde etmek için ilgi çekici şablonu seçmek için Şablon'u seçin' i tıklatın. Burada, bireysel şekil rekonstrüksiyonu için hipokampal şablon modelinin temsili bir deformasyonu görülebilir.
Yöntem, tek tek şekil özelliklerini geri alırken nokta dağılımının bozulmasını en aza indirmek için şablon modelinin büyük ve küçük ölçekli deformasyonuna neden olur. Bu şekilde, segmentasyon maskeleri olan iki deneğin yeniden yapılandırılan şekil modelleri gösterilmiştir. Bu görüntülerde tek tek şekil modelleri, ortalama modelleri ve tek bir şekil modeli ile şekil farkı vektörleri gözlemlenebilir.
Bu veriler, ortalama modele yansıtılan ortalama şekil deformite eşlemlerini temsil emz. Küçük beyin dokusu hacmine sahip bir grup için, ve büyük beyin dokusu hacmine sahip bir grup için. İki grubun şekil deformite haritaları, ilgili bölgelerde hipokampal şekil farkının zıt desenlerini ortaya oluşturur.
Segmentasyon maskesini ve paylaşılan modeli birlikte kontrol edin. Model görüntü sınırına uygun değilse, daha iyi sonuçlar elde etmek için modelleme parametrelerini ayarlayın. Şekil deformitesini kullanarak istatistiksel analiz ler grup bazında yapılan şekli araştırmak için de proje sayfamızda analiz için MATLAB kodu sağladık.
Bu sağlam yöntem klinik çalışmalar bir dizi uygulanmıştır, Alzheimer hastalığı veya yaşlanma çalışması gibi kritik yapı modelleme sadece içeren değil, aynı zamanda bileşik kemiklerin analizi gerektiren ayak-kemik bozuklukları.
Related Videos
You might already have access to this content!
Please enter your Institution or Company email below to check.
has access to
Please create a free JoVE account to get access
Login to access JoVE
Please login to your JoVE account to get access
We use/store this info to ensure you have proper access and that your account is secure. We may use this info to send you notifications about your account, your institutional access, and/or other related products. To learn more about our GDPR policies click here.
If you want more info regarding data storage, please contact gdpr@jove.com.
Please enter your email address so we may send you a link to reset your password.
We use/store this info to ensure you have proper access and that your account is secure. We may use this info to send you notifications about your account, your institutional access, and/or other related products. To learn more about our GDPR policies click here.
If you want more info regarding data storage, please contact gdpr@jove.com.
Your JoVE Unlimited Free Trial
Fill the form to request your free trial.
We use/store this info to ensure you have proper access and that your account is secure. We may use this info to send you notifications about your account, your institutional access, and/or other related products. To learn more about our GDPR policies click here.
If you want more info regarding data storage, please contact gdpr@jove.com.
Thank You!
A JoVE representative will be in touch with you shortly.
Thank You!
You have already requested a trial and a JoVE representative will be in touch with you shortly. If you need immediate assistance, please email us at subscriptions@jove.com.
Thank You!
Please enjoy a free 2-hour trial. In order to begin, please login.
Thank You!
You have unlocked a 2-hour free trial now. All JoVE videos and articles can be accessed for free.
To get started, a verification email has been sent to email@institution.com. Please follow the link in the email to activate your free trial account. If you do not see the message in your inbox, please check your "Spam" folder.
