تشكل الأغشية الحيوية الميكروبية بنيات معقدة في المراحل البينية وتتطور إلى أنماط مكانية تعتمد على النطاق إلى حد كبير. هنا، نقدم نظام تجريبي (الثابت والبرمجيات) للاقتناء الآلي للتصوير المقطعي للتماسك البصري 3D (OCT). تسمح مجموعة الأدوات هذه بالتوصيف غير الغازي والمتعدد النطاق لمورفوجينيسيس الفيلم الحيوي في المكان والزمان.