सूक्ष्मजीवी जैवफिल्में इंटरफेज में जटिल आर्किटेक्चर बनाती हैं और अत्यधिक पैमाने पर निर्भर स्थानिक पैटर्न में विकसित होती हैं। यहाँ, हम 3 डी ऑप्टिकल सामंजस्य टोमोग्राफी (OCT) डेटासेट के स्वचालित अधिग्रहण के लिए एक प्रयोगात्मक प्रणाली (हार्ड और सॉफ्टवेयर) पेश करते हैं। इस toolset अंतरिक्ष और समय में biofilm morphogenesis के गैर इनवेसिव और बहु पैमाने पर विशेषता की अनुमति देता है.