Mikrobiell biofilm danner komplekse arkitekturer på interphases og utvikler seg til svært skala-avhengige romlige mønstre. Her introduserer vi et eksperimentelt system (hard-og programvare) for automatisert anskaffelse av 3D optisk sammenheng tomografi (OCT) datasett. Dette verktøysettet tillater ikke-invasiv og multi-skala karakterisering av biofilm morphogenesis i rom og tid.