I dette manuskriptet presenteres en protokoll for å utføre FACS-basert måling av BK-polyomavirus transcriptional aktivitet ved å bruke HEK293T celler transfekterte med en toveis reporter plasmider som uttrykker tdTomato og eGFP. Denne metoden videre gjør det mulig å kvantitativt bestemme innflytelsen av romanen forbindelser på viral transkripsjon.