I detta manuskript, ett protokoll presenteras för att utföra FACS-baserade mätningar av BK-polyomavirus transkriptionell aktivitet genom att använda HEK293T celler transfekterade med en dubbelriktad reporter plasmid uttrycker tdtomato och egfp. Denna metod gör det möjligt att kvantitativt bestämma påverkan av nya föreningar på viral transkription.