Protokollet utvecklar en tredimensionell (3D) modell av en dendritisk segment med dendritiska spines för modellering synaptisk plasticitet. Den konstruerade nät kan användas för beräkningsmodellering av AMPA-receptorhandel i den långsiktiga synaptisk plasticitet med hjälp av mjukvaruprogrammet Blender med CellBlender och MCell.