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ワームアライメントとWorm_CP、カエノハブディティス・エレガンスから得られた蛍光画像データの矯正と定量化のための2つのオープンソースパイプライン
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Worm-align and Worm_CP, Two Open-Source Pipelines for Straightening and Quantification of Fluorescence Image Data Obtained from Caenorhabditis elegans
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ワームアライメントとWorm_CP、カエノハブディティス・エレガンスから得られた蛍光画像データの矯正と定量化のための2つのオープンソースパイプライン

DOI:
10.3791/61136-v

•

11:16 min

•

May 28, 2020

•

, , , ,
1Babraham Institute

Chapters

  • 00:05Introduction
  • 00:57Mounting Fixed Worms for Imaging
  • 02:56Creating Montage Images of Aligned Single Worms Using the Worm-align FIJI Pipeline
  • 06:01Analyzing Single-worm Fluorescence Intensity Using the Output from Worm-align in an Automated CellProfiler Pipeline
  • 08:07Results: Fluorescence Quantification with the Worm_CP Pipeline
  • 09:50Conclusion

Summary

Automatic Translation

Automatic Translation

ワームアライン/Worm_CPは 、Caenorhabditis elegans サンプルをまっすぐにして整列させ、事前のトレーニング手順を必要とせずにワーム画像ベースのアッセイを採点するために使用できるシンプルなFIJI /CellProfilerワークフローです。生きた動物の熱ショック誘発発現や固定試料中の脂質滴の定量化に、ワームアライメント/Worm_CPを適用しました。

Tags

Keywords: Worm-alignWorm CPCaenorhabditis ElegansFluorescence Image DataStraighteningQuantificationFijiCellProfilerMouth MicropipetteMounting MediumAgarose PadLevamisoleImage Analysis

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