Journal
/
Biology
/
Inherent Dynamics Visualizer, et interaktivt program til evaluering og visualisering af output fra en Genregulerende Netværksslutningspipeline
JoVE Journal
Biology
A subscription to JoVE is required to view this content.  Sign in or start your free trial.
JoVE Journal Biology
Inherent Dynamics Visualizer, an Interactive Application for Evaluating and Visualizing Outputs from a Gene Regulatory Network Inference Pipeline

Inherent Dynamics Visualizer, et interaktivt program til evaluering og visualisering af output fra en Genregulerende Netværksslutningspipeline

DOI:
10.3791/63084-v

•

10:44 min

•

December 07, 2021

•

, , , ,
1Department of Biology,Duke University, 2Department of Mathematical Sciences,Montana State University, 3Department of Mathematical Sciences,Florida Atlantic University

Chapters

  • 00:04Introduction
  • 00:46Node Finding
  • 03:40Edge Finding
  • 05:32Network Finding
  • 08:14Results: Investigating the Core Oscillator Gene Regulatory Network of the Yeast Cell-Cycle
  • 10:06Conclusion

Summary

Automatic Translation

Automatic Translation

Inherent Dynamics Visualizer er en interaktiv visualiseringspakke, der opretter forbindelse til et genregulerende netværksslutningsværktøj til forbedret, strømlinet generation af funktionelle netværksmodeller. Visualizeren kan bruges til at træffe mere informerede beslutninger om parameterisering af slutningsværktøjet og dermed øge tilliden til de resulterende modeller.

Tags

Gene Regulatory NetworkInference PipelineInherent Dynamics VisualizerInteractive ApplicationVisualizationParameter ExplorationTime Series DataAnnotation FileOutput FileNumber Of ProcessesDLxJTKCutoffGene List

Article

Embed

ADD TO PLAYLIST

Usage Statistics

Related Videos

Regulatory T cells: Therapeutic Potential for Treating Transplant Rejection and Type I Diabetes

Using an Automated Cell Counter to Simplify Gene Expression Studies: siRNA Knockdown of IL-4 Dependent Gene Expression in Namalwa Cells

Kvantitativ sammenligning af Cis-Regulatory Element (CRE) Aktiviteter i transgene Drosophila melanogaster</em

Brug SecM Arrest Sequence som et redskab til at isolere ribo bundne polypeptider

Selektiv opsamling af 5-hydroxymethylcytosine fra genomisk DNA

En hurtig og pålidelig Pipeline for bakteriel Transkriptomet Analyse Case study: Serin-afhængig genregulering i<em> Streptococcus pneumoniae</em

Visualisere Stromule Frekvens med Fluorescence Microscopy

En simpel metode til dyrkning af sojabønner Protoplasts og ansøgning til forbigående gen Expression analyser

Fotodiode-baseret optisk billedbehandling til optagelse af netværksdynamik med enkelt-neuronopløsning i ikke-transgene hvirvelløse dyr

En bioinformatikrørledning til undersøgelse af molekylær udvikling og genekspression ved hjælp af RNA-seq

Read Article