इस प्रोटोकॉल का लक्ष्य डीएनए के साथ प्रोटीन के एक आयामी प्रसार की संरचनात्मक गतिशीलता को प्रकट करना है, एक अनुकरणीय प्रणाली के रूप में एक संयंत्र प्रतिलेखन कारक WRKY डोमेन प्रोटीन का उपयोग करना। ऐसा करने के लिए, दोनों परमाणुवादी और मोटे दानेदार आणविक गतिशीलता सिमुलेशन के साथ-साथ व्यापक कम्प्यूटेशनल नमूने लागू किए गए हैं।