Denne protokollen presenterer en detaljert oppsummering av strategier for å inokulere planterøtter med jordbårne mikrober. Eksemplifisert for sopp Verticillium longisporum og Verticillium dahliae, er tre forskjellige rotinfeksjonssystemer beskrevet. Potensielle anvendelser og mulige nedstrømsanalyser fremheves, og fordeler eller ulemper diskuteres for hvert system.