Mitophagy är den primära mekanismen för mitokondriell kvalitetskontroll. Utvärderingen av mitophagy in vivo hindras emellertid av bristen på tillförlitliga kvantitativa analyser. Här presenteras ett protokoll för observation av mitophagy i levande celler med användning av ett cellpermeant grönfluorescerande mitokondrifärgämne och ett rött fluorescerande lysosomfärgämne.