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Developmental Biology
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AMEBaS: Automatische Mittellinienextraktion und Hintergrundsubtraktion von ratiometrischen Fluoreszenz-Zeitraffern polarisierter Einzelzellen

Article DOI: 10.3791/64857-v • 06:03 min • June 23rd, 2023
June 23rd, 2023 •
1, 1,2, 3, 4, 5, 6, 1, 1
1Institute of Mathematics and Statistics, University of São Paulo, 2Center for Mathematics, Computing and Cognition, Federal University of ABC, 3Department of Botany, Institute of Biosciences, University of São Paulo, 4Cell Biology and Molecular Genetics Department, University of Maryland, 5Department of Biosciences, University of Milan, 6Department of Physics, Politecnico di Milano

章节

总结概括
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Derzeitige Methoden zur Analyse der intrazellulären Dynamik polarisierter Einzelzellen sind oft manuell und nicht standardisiert. Dieses Manuskript stellt eine neuartige Bildanalyse-Pipeline zur Automatisierung der Mittellinienextraktion einzelner polarisierter Zellen und zur Quantifizierung des raumzeitlichen Verhaltens aus Zeitraffern in einer benutzerfreundlichen Online-Oberfläche vor.

Tags

Developmental Biology Hintergrundsubtraktion ratiometrische Fluoreszenz-Zeitraffer Polarisierte Einzelzellen Zellpolarität makroskopisches Phänomen Räumlich konzentrierte Moleküle spezialisierte Domänen subzelluläre Ebene asymmetrische morphologische Strukturen Zellteilung Wachstum Migration Störung der Zellpolarität Gewebebezogene Störungen Krebs Magendysplasie Raumzeitliche Dynamik Fluoreszenzreporter manuelle Schritte Mittellinienverfolgung Zeitaufwändig Verzerrungen ratiometrisch Analyse ungleichmäßige Verteilung von Reportermolekülen Hintergrundsubtraktionstechniken Rechenpipeline Automatisierung und Quantifizierung des raumzeitlichen Verhaltens Einzelzellen Pollenschlauch-/Wurzelhaarwachstum Zytosolische Ionendynamik
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