量化环境微生物和病毒使用 qPCR

Environmental Microbiology

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Overview

资料来源: 实验室的博士伊恩胡椒和博士查尔斯称-亚利桑那大学
演示作者: 布拉德利施密茨

定量聚合酶链反应 (qPCR),也被称为实时 pcr 技术,是一种广泛用于分子技术用于枚举在环境中的微生物。在这种方法,量化微生物是很大程度上限于古典文化为基础的技术。然而,培养微生物从环境样品可以尤其具有挑战性,并且它一般认为,尽可能少的为 1 到 10%的目前在环境样品中微生物的检出使用这些技术。QPCR 环境微生物学研究中的到来因此拥有先进领域大大,从而更准确地测定等致病微生物的浓度环境样品中的病原体。然而,qPCR 应用微生物技术作为一个重要限制是活生生的、 可行的人口不能区分处于非活动状态或非生物的种群。

该视频演示 qPCR 检测辣椒轻斑驳病毒环境水样中的使用。

Cite this Video

JoVE Science Education Database. 环境微生物学精要. 量化环境微生物和病毒使用 qPCR. JoVE, Cambridge, MA, (2017).

Principles

QPCR 背后的基本原则是产品的常规 PCR — — 重复周期的引物退火对模板、 断裂伸长率的 PCR 产物的变性从模板,导致指数扩增的感兴趣,称为"扩增子",从一个池的起始原料的靶序列相同。QPCR 的创新在荧光化学物质加入的反应,在每个周期直接要由专门补足可视化中"实时"允许 PCR 产物的合成,使它能够量化的原始样品中的模板序列。通常按照阈值周期 (Ct,也被称为量化周期或 Cq),是 PCR 循环的荧光灯产品量超出背景水平的测定量。

量化可以是相对的一个序列的 Ct值相比另一个标准或控制序列。或者,如果旁边样品反应中运行一系列已知数量的 DNA,DNA 量荧光值相比"标准曲线"可以生产,并允许 DNA 样本以绝对量化。

在一个 qPCR 方法,一小段 DNA,称为探针,被设计用来对抗感兴趣的特定目标序列。探针化学附加到一种荧光染料,以及抑制在接近的接近度时染料的荧光信号"淬火"分子。聚合酶,合成 DNA 产品,已有辱人格的 DNA 的活动会导致从探头,因而从猝灭剂分离染料和允许被检测到的荧光信号释放荧光分子。以后每个 PCR 荧光水平被定量测量的周期,增加信号强度关联到更高水平的扩增的靶序列 (称为"扩增") 目前在环境样品内。

Procedure

1.样品采集

  1. 收集土壤使用螺旋或铲到确定的深度。如果收集从根际土壤,只收集击中过剩泥土掉根和所需的土壤刮进收集桶内 7 毫米植物根系周围土壤。
  2. 将无菌尔根瓶放入浸根棍子。举行结束的坚持,以及收集水淹没瓶。将瓶子放入冰冷却器。
  3. 将样品转移到实验室。

2.核酸提取

  1. 为了孤立的微生物从采集的样品,提取它们的 DNA 或 RNA,请参阅朱庇特科学教育视频上社区核酸提取。

3.反向转录

  1. 如果被测定的遗传物质是 RNA,它必须用于生成互补 DNA (cDNA) 通过逆转录聚合酶链反应之前。有关详细信息,请参阅朱庇特科学教育视频 RT-pcr 技术。

4.设置 qPCR

  1. 检索存储在-20 ° C 的试剂和解冻他们在冰上或在室温内清洁罩。在此示例中使用的试剂包括 qPCR 反应混合 (取决于 qPCR 机使用; 包含 DNA 聚合酶),正向和反向引物和 TaqMan 探针。具体被列举的有机体的序列设计引物和探针序列。请参阅当前文学找到感兴趣的序列。在此示例中,将使用罗氏光循环 480 探针混合试剂系统。辣椒轻斑驳病毒将水样中列举。1,2表 1为引物和探针序列。
  2. 解冻在室温中提取 DNA (c) 从样品和阳性对照 DNA (组成的有机体特定序列克隆到细菌质粒)。
  3. 准备类似于 96 孔板 qPCR 板 96 单元格表格模板。标签将加载到板反应的每个单元格。包括为每个样品和标准一式三份,以及阳性对照和阴性对照,如无 DNA 反应的反应。
  4. 计算所需的反应"主组合",其中包括所有是不变的反应,根据制造商的说明与文学之间的试剂的试剂卷。准备所有样品加上控件,和额外的 10%,占移液错误一式三份反应足够主的混合。示例主控形状混合配方,请参阅表 2
  5. 工作内清洁的罩,一旦所有试剂完全解冻都后,将计算出的金额,每个试剂的添加到 1.5 毫升低绑定离心管来创建主组合。涡和简要 minicentrifuge 之前添加的每个试剂。更改每个试剂,防止污染,确保正确的浓度之间的移液器提示。已添加所有的试剂后,涡和 minicentrifuge 管与主的组合,以确保同质性。
  6. 整除的主掺入每个选定好在 96 孔板 PCR 板相应的卷数。
  7. 将 (c) DNA 样本、 质粒阳性对照和阴性对照 (分子级水) 适当的卷添加到指定的井。
  8. 一旦添加了所有样品和控件,用密封铝箔封口板。使用密封工具推从下面箔出空气,防止产生泡沫。仔细地撕下铝箔的边缘。
  9. 离心机离心机与板持有者收集混合物每口井底部密封的 96 孔板。请确保使用配重板以确保离心机将旋转时适当的平衡。脉冲离心机达 1000 rpm,然后让离心机慢慢停止没有刹车。

5.qPCR 操作

  1. 放入 qPCR 机密封的 96 孔板。确保这台机器指示它是准备好开始。
  2. 按照 qPCR 机说明正确输入所有信息所需的软件,然后设置 qPCR 的机器来运行。
  3. 机器完成运行后,软件将能够使用阳性对照已知的浓度来计算每个反应的基因的数量。然后可以计算的原始样品中的病毒数量,基于稀释、 过滤、 浓度、 放大或执行获取 DNA 样本的提取工艺。
试剂 序列 (5' → 3') 卷 (μ L 嗯) 最后混凝土
向前的底漆 GAGTGGTTTGACCTTAACGTTTGA 2.25 900 毫微米
反向引 TTGTCGGTTGCAATGCAAGT 2.25 900 毫微米
探头 FAM-CCTACCGAAGCAAATG-BHQ1 1.0 200 毫微米

表 1。示例引物和探针序列检测辣椒轻斑驳病毒。

试剂 卷 (μ L 嗯) 井数 主混音音量 (μ L)
LC 480 混合 12.5 26 325
分子的 H2O 4.5 117
向前的底漆 2.25 58.5
反向引 2.25 58.5
探头 1.0 26
总计 22.5 585

表 2。个别反应和主混合试剂卷。

定量聚合酶链反应或 qPCR 的出现,使得能够定量地确定任何环境样品中的微生物数量。

标准的 PCR,像 qPCR 标识微生物通过检测存在对生物感兴趣的特定的 DNA 序列。这允许不能在实验室中,使它能够测定更广泛的环境生物培养的微生物检测。此外,qPCR 允许 DNA 定量评估的量。但同时,PCR 方法检测 DNA 从所有的有机体,死的还是活的限制只寻找积极成长样品中的微生物的能力。

这个视频会检讨的化学创新 qPCR 区分常规 PCR,解释如何使用 qPCR 定量检测 DNA,表明一个协议来使用 qPCR 来检测一种 RNA 病毒从土壤样品,和最后,显示如何 qPCR 被应用于环境微生物学今天。

QPCR 背后的基本原则是产品的常规 PCR-重复周期的引物退火对模板、 断裂伸长率的 PCR 产物的变性从模板,导致指数扩增的感兴趣,称为扩增子,从池的起始原料的靶序列相同。

QPCR 的创新在荧光化学物质加入的反应,在每个周期直接要由专门补足可视化中"实时"允许 PCR 产物的合成,使它能够量化的原始样品中的模板序列。数量按照阈值周期通常衡量,简写为 Ct,也被称为量化周期或 Cq,即 PCR 循环的荧光产品数量超过本底水平。

量化可以是相对的在一个序列的 Ct值相比另一个标准或控制序列;相对数量等于两个 Ct的差异的幂。或者,如果旁边样品反应中运行一系列已知数量的 DNA,DNA 量荧光值相比标准曲线可以生产,并允许 DNA 样本以绝对量化。

有荧光分子用于 qPCR 分为两种类型。在一个案例中,结合具体的双链 DNA 的荧光染料列入反应。染料只发出荧光,当绑定到 DNA,从而使所用的双链 DNA 产品要能被定量。

在另一种方法,一小段 DNA,称为探针,被设计用来对抗感兴趣的特定目标序列。探针化学附加到一种荧光染料,以及抑制在接近的接近度时染料的荧光信号"淬火"分子。聚合酶,合成 DNA 产品,已有辱人格的 DNA 的活动会导致荧光分子探针,因此从猝灭剂分离染料和允许被检测到的荧光信号从"发布"。

现在,您了解 qPCR 背后的原则,让我们看看一个协议来使用此技术在确定一种 RNA 病毒,感染植物,辣椒轻斑驳病毒,从土壤样品。

在这个演示中,将从根际土壤,土壤大约 7 毫米周围植物根系受到根和他们共生微生物区收集样品。

收集根际土壤,首先仔细从地面,提取感兴趣的植物和打它删除尽可能多的过剩散装尽可能土壤。包在实验室中进一步加工的植物。

后将样品带回实验室,使用无菌铲进收集容器报废所需的土壤。然后,收集病毒从土壤中提取 RNA。

一旦 RNA 从样品收集的转换成互补或通过反转录 cDNA。请参阅朱庇特 SciEd 视频上逆转录 PCR 的此过程的详细信息。

当准备执行 qPCR 时,解冻冷冻的试剂在室温内专用的层流罩,并放置在一次解冻的冰上。包含 DNA 聚合酶试剂组件应始终保持在冰上。

解冻样本基因和 DNA,如一块圆形的称为已克隆入它的感兴趣的扩增子的质粒 DNA 的阳性对照。

之前装配在 96 孔板 qPCR 板反应,准备在纸上,96 单元格表格模板和标签将加载到板反应的每个单元格。包括为每个样品和标准一式三份,以及阳性对照和阴性对照,如无 DNA 反应的反应。

计算所需的反应"主组合",其中包括所有为常量之间反应的试剂的试剂卷。准备所有样品加上控件,和额外的 10%,占移液错误一式三份反应足够主的混合。

一旦融解试剂,组装 1.5 毫升低吸附微量离心管内的混合。要做到这一点,简要涡调匀,收集任何液体在换热管采用小型离心机,每个试剂和吸管试剂到微量离心管。请务必使用新的吸液反应的每个组件。所有试剂后已添加,涡混合和离心。然后,分装适量的主掺入指定井 PCR 板上。

接下来,涡和离心机每管采集与控制 DNA,并对 PCR 板各自入井吸管适量。一旦添加了示例,密封板与密封箔,并使用密封工具完全压扁密封和推动了任何的气泡。仔细地撕下非胶粘标签,从两端的密封。

充分收集到的井底部的反应混合物,将反应板放入离心机与板持有并得到适当的平衡配重盘转子。脉冲-离心机板材可达 1000 转/分,然后让离心机慢慢没有刹车停下来。

将反应板放入 qPCR 机。设置符合制造商的规范,设置熔化温度根据正在使用的对引物聚合酶链反应程序。设置要运行的反应程序。

QPCR 程序完成后,软件将能够使用阳性对照已知的浓度来计算每个反应的基因的数量。然后可以计算的原始样品中的病毒数量。

QPCR 程序完成后,软件将能够使用阳性对照已知的浓度来计算每个反应的基因的数量。

与 qPCR,转入井、 萃取土壤和从反向转录因子的卷的结果可以计算的初始土壤样品中的病毒数量。

现在,你知道 qPCR 如何进行的让我们看看如何使用它来分析不同环境样品。

qPCR 可以用于量化的病毒从许多不同类型的样品中恢复过来。在此应用程序中,两种不同的腺病毒被集中从水样由大量的不同方法。然后从病毒中提取 DNA 并遭受 qPCR,评价浓度方法的相对效率。

另一个应用程序为基于 qPCR 微生物枚举是量化细菌含量食品及农业样品中 — — 在这个示例中,粪便和垃圾鸡农场抽取样本。而不是针对个别物种,科学家们进行 qPCR 使用引物对高度保守的基因存在于所有的细菌,并量化总在样本中发现的细菌群落。

最后,正如前面提到,传统 qPCR 方法的一个缺点是活的和死的微生物无法区分。然而,通过添加一种化学物质被称为丙啶 monoazide 或 PMA,只能输入在哪里它绑定到 DNA 抑制后续酶反应和 pcr 的死细胞,研究人员在这里得以区分死益生菌的发现在受污染的食物和水中常见致病菌株 o157: h7大肠杆菌

你刚看了量化环境微生物和病毒使用 qPCR 朱庇特的简介。现在,您应该了解 qPCR 是如何工作的如何使用 qPCR 测量量的一种微生物在环境样品和一些应用这种技术。谢谢观赏 !

Applications and Summary

能够量化目标基因组部分副本使用 qPCR 技术是在大量的科学领域中的重要性。示例应用程序包括:

(1) 枚举在水、 土壤、 粮食、 曲面等病原体。

实时荧光定量 PCR 用于枚举在各种环境中的病原体。爆发,水和土壤的样本可以分析感兴趣要查找源造成传播的病原体。然后可以进一步分析源,枚举浓度的病原体,并确定出的污染物量。例如,在爆发期间诺瓦克样病毒引起严重的胃肠炎、 呕吐和腹泻到乘客的游轮上,水和食物样品可能受到实时荧光定量 PCR 来标识源的病毒,不妥善处理,所载高粪便污染的水。

(2) 将减少病原微生物测定废水处理

未经处理的污水水含有丰富的致病微生物,因此必须以保障公众健康治疗。水样品可以收集废水处理火车,沿不同点处使用和分析 qPCR 来确定病原微生物包括病毒含量减少。计算的减少然后提供有价值的信息,至于成效污水处理过程和潜在水重用应用程序。

(3) 测量在环境中的功能基因标记

微生物群落的变化在会员及活动造成环境压力的波动。这些变化可以通过可能由特定环境应激激活的功能基因的分析监控。实时荧光定量 PCR 可用于量化样品中微生物群落活动监视的更改这些基因的表达。例如,qPCR 允许微生物生态学家量化为在人为污染物在土壤环境中的生物降解途径激活基因的表达。

References

  1. Zhang, T., Breitbart, M., et al. RNA Viral Community in Human Feces: Prevalence of Plant Pathogenic Viruses. PLoS Biology. 4, e3 (2005).
  2. Haramoto, E., et al. Occurrence of Pepper Mild Mottle in Drinking Water Sources in Japan. Applied Environmental Microbiology. 79, 7413-7418 (2013).

1.样品采集

  1. 收集土壤使用螺旋或铲到确定的深度。如果收集从根际土壤,只收集击中过剩泥土掉根和所需的土壤刮进收集桶内 7 毫米植物根系周围土壤。
  2. 将无菌尔根瓶放入浸根棍子。举行结束的坚持,以及收集水淹没瓶。将瓶子放入冰冷却器。
  3. 将样品转移到实验室。

2.核酸提取

  1. 为了孤立的微生物从采集的样品,提取它们的 DNA 或 RNA,请参阅朱庇特科学教育视频上社区核酸提取。

3.反向转录

  1. 如果被测定的遗传物质是 RNA,它必须用于生成互补 DNA (cDNA) 通过逆转录聚合酶链反应之前。有关详细信息,请参阅朱庇特科学教育视频 RT-pcr 技术。

4.设置 qPCR

  1. 检索存储在-20 ° C 的试剂和解冻他们在冰上或在室温内清洁罩。在此示例中使用的试剂包括 qPCR 反应混合 (取决于 qPCR 机使用; 包含 DNA 聚合酶),正向和反向引物和 TaqMan 探针。具体被列举的有机体的序列设计引物和探针序列。请参阅当前文学找到感兴趣的序列。在此示例中,将使用罗氏光循环 480 探针混合试剂系统。辣椒轻斑驳病毒将水样中列举。1,2表 1为引物和探针序列。
  2. 解冻在室温中提取 DNA (c) 从样品和阳性对照 DNA (组成的有机体特定序列克隆到细菌质粒)。
  3. 准备类似于 96 孔板 qPCR 板 96 单元格表格模板。标签将加载到板反应的每个单元格。包括为每个样品和标准一式三份,以及阳性对照和阴性对照,如无 DNA 反应的反应。
  4. 计算所需的反应"主组合",其中包括所有是不变的反应,根据制造商的说明与文学之间的试剂的试剂卷。准备所有样品加上控件,和额外的 10%,占移液错误一式三份反应足够主的混合。示例主控形状混合配方,请参阅表 2
  5. 工作内清洁的罩,一旦所有试剂完全解冻都后,将计算出的金额,每个试剂的添加到 1.5 毫升低绑定离心管来创建主组合。涡和简要 minicentrifuge 之前添加的每个试剂。更改每个试剂,防止污染,确保正确的浓度之间的移液器提示。已添加所有的试剂后,涡和 minicentrifuge 管与主的组合,以确保同质性。
  6. 整除的主掺入每个选定好在 96 孔板 PCR 板相应的卷数。
  7. 将 (c) DNA 样本、 质粒阳性对照和阴性对照 (分子级水) 适当的卷添加到指定的井。
  8. 一旦添加了所有样品和控件,用密封铝箔封口板。使用密封工具推从下面箔出空气,防止产生泡沫。仔细地撕下铝箔的边缘。
  9. 离心机离心机与板持有者收集混合物每口井底部密封的 96 孔板。请确保使用配重板以确保离心机将旋转时适当的平衡。脉冲离心机达 1000 rpm,然后让离心机慢慢停止没有刹车。

5.qPCR 操作

  1. 放入 qPCR 机密封的 96 孔板。确保这台机器指示它是准备好开始。
  2. 按照 qPCR 机说明正确输入所有信息所需的软件,然后设置 qPCR 的机器来运行。
  3. 机器完成运行后,软件将能够使用阳性对照已知的浓度来计算每个反应的基因的数量。然后可以计算的原始样品中的病毒数量,基于稀释、 过滤、 浓度、 放大或执行获取 DNA 样本的提取工艺。
试剂 序列 (5' → 3') 卷 (μ L 嗯) 最后混凝土
向前的底漆 GAGTGGTTTGACCTTAACGTTTGA 2.25 900 毫微米
反向引 TTGTCGGTTGCAATGCAAGT 2.25 900 毫微米
探头 FAM-CCTACCGAAGCAAATG-BHQ1 1.0 200 毫微米

表 1。示例引物和探针序列检测辣椒轻斑驳病毒。

试剂 卷 (μ L 嗯) 井数 主混音音量 (μ L)
LC 480 混合 12.5 26 325
分子的 H2O 4.5 117
向前的底漆 2.25 58.5
反向引 2.25 58.5
探头 1.0 26
总计 22.5 585

表 2。个别反应和主混合试剂卷。

定量聚合酶链反应或 qPCR 的出现,使得能够定量地确定任何环境样品中的微生物数量。

标准的 PCR,像 qPCR 标识微生物通过检测存在对生物感兴趣的特定的 DNA 序列。这允许不能在实验室中,使它能够测定更广泛的环境生物培养的微生物检测。此外,qPCR 允许 DNA 定量评估的量。但同时,PCR 方法检测 DNA 从所有的有机体,死的还是活的限制只寻找积极成长样品中的微生物的能力。

这个视频会检讨的化学创新 qPCR 区分常规 PCR,解释如何使用 qPCR 定量检测 DNA,表明一个协议来使用 qPCR 来检测一种 RNA 病毒从土壤样品,和最后,显示如何 qPCR 被应用于环境微生物学今天。

QPCR 背后的基本原则是产品的常规 PCR-重复周期的引物退火对模板、 断裂伸长率的 PCR 产物的变性从模板,导致指数扩增的感兴趣,称为扩增子,从池的起始原料的靶序列相同。

QPCR 的创新在荧光化学物质加入的反应,在每个周期直接要由专门补足可视化中"实时"允许 PCR 产物的合成,使它能够量化的原始样品中的模板序列。数量按照阈值周期通常衡量,简写为 Ct,也被称为量化周期或 Cq,即 PCR 循环的荧光产品数量超过本底水平。

量化可以是相对的在一个序列的 Ct值相比另一个标准或控制序列;相对数量等于两个 Ct的差异的幂。或者,如果旁边样品反应中运行一系列已知数量的 DNA,DNA 量荧光值相比标准曲线可以生产,并允许 DNA 样本以绝对量化。

有荧光分子用于 qPCR 分为两种类型。在一个案例中,结合具体的双链 DNA 的荧光染料列入反应。染料只发出荧光,当绑定到 DNA,从而使所用的双链 DNA 产品要能被定量。

在另一种方法,一小段 DNA,称为探针,被设计用来对抗感兴趣的特定目标序列。探针化学附加到一种荧光染料,以及抑制在接近的接近度时染料的荧光信号"淬火"分子。聚合酶,合成 DNA 产品,已有辱人格的 DNA 的活动会导致荧光分子探针,因此从猝灭剂分离染料和允许被检测到的荧光信号从"发布"。

现在,您了解 qPCR 背后的原则,让我们看看一个协议来使用此技术在确定一种 RNA 病毒,感染植物,辣椒轻斑驳病毒,从土壤样品。

在这个演示中,将从根际土壤,土壤大约 7 毫米周围植物根系受到根和他们共生微生物区收集样品。

收集根际土壤,首先仔细从地面,提取感兴趣的植物和打它删除尽可能多的过剩散装尽可能土壤。包在实验室中进一步加工的植物。

后将样品带回实验室,使用无菌铲进收集容器报废所需的土壤。然后,收集病毒从土壤中提取 RNA。

一旦 RNA 从样品收集的转换成互补或通过反转录 cDNA。请参阅朱庇特 SciEd 视频上逆转录 PCR 的此过程的详细信息。

当准备执行 qPCR 时,解冻冷冻的试剂在室温内专用的层流罩,并放置在一次解冻的冰上。包含 DNA 聚合酶试剂组件应始终保持在冰上。

解冻样本基因和 DNA,如一块圆形的称为已克隆入它的感兴趣的扩增子的质粒 DNA 的阳性对照。

之前装配在 96 孔板 qPCR 板反应,准备在纸上,96 单元格表格模板和标签将加载到板反应的每个单元格。包括为每个样品和标准一式三份,以及阳性对照和阴性对照,如无 DNA 反应的反应。

计算所需的反应"主组合",其中包括所有为常量之间反应的试剂的试剂卷。准备所有样品加上控件,和额外的 10%,占移液错误一式三份反应足够主的混合。

一旦融解试剂,组装 1.5 毫升低吸附微量离心管内的混合。要做到这一点,简要涡调匀,收集任何液体在换热管采用小型离心机,每个试剂和吸管试剂到微量离心管。请务必使用新的吸液反应的每个组件。所有试剂后已添加,涡混合和离心。然后,分装适量的主掺入指定井 PCR 板上。

接下来,涡和离心机每管采集与控制 DNA,并对 PCR 板各自入井吸管适量。一旦添加了示例,密封板与密封箔,并使用密封工具完全压扁密封和推动了任何的气泡。仔细地撕下非胶粘标签,从两端的密封。

充分收集到的井底部的反应混合物,将反应板放入离心机与板持有并得到适当的平衡配重盘转子。脉冲-离心机板材可达 1000 转/分,然后让离心机慢慢没有刹车停下来。

将反应板放入 qPCR 机。设置符合制造商的规范,设置熔化温度根据正在使用的对引物聚合酶链反应程序。设置要运行的反应程序。

QPCR 程序完成后,软件将能够使用阳性对照已知的浓度来计算每个反应的基因的数量。然后可以计算的原始样品中的病毒数量。

QPCR 程序完成后,软件将能够使用阳性对照已知的浓度来计算每个反应的基因的数量。

与 qPCR,转入井、 萃取土壤和从反向转录因子的卷的结果可以计算的初始土壤样品中的病毒数量。

现在,你知道 qPCR 如何进行的让我们看看如何使用它来分析不同环境样品。

qPCR 可以用于量化的病毒从许多不同类型的样品中恢复过来。在此应用程序中,两种不同的腺病毒被集中从水样由大量的不同方法。然后从病毒中提取 DNA 并遭受 qPCR,评价浓度方法的相对效率。

另一个应用程序为基于 qPCR 微生物枚举是量化细菌含量食品及农业样品中 — — 在这个示例中,粪便和垃圾鸡农场抽取样本。而不是针对个别物种,科学家们进行 qPCR 使用引物对高度保守的基因存在于所有的细菌,并量化总在样本中发现的细菌群落。

最后,正如前面提到,传统 qPCR 方法的一个缺点是活的和死的微生物无法区分。然而,通过添加一种化学物质被称为丙啶 monoazide 或 PMA,只能输入在哪里它绑定到 DNA 抑制后续酶反应和 pcr 的死细胞,研究人员在这里得以区分死益生菌的发现在受污染的食物和水中常见致病菌株 o157: h7大肠杆菌

你刚看了量化环境微生物和病毒使用 qPCR 朱庇特的简介。现在,您应该了解 qPCR 是如何工作的如何使用 qPCR 测量量的一种微生物在环境样品和一些应用这种技术。谢谢观赏 !

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