Это видео демонстрирует технику для извлечения ДНК из видов микробов резидентом в задней кишке термитов. Подготовка слайд мокрыми гору, которая полезна для визуализации сообщества кишечнике микробные иллюстрируется также и тур по богатых видами среды кишечника дается.
Термиты являются одними из немногих животных, как известно, способность существовать исключительно за счет потребления древесины. Термита тракта кишки содержит плотные и богатые видами микробной популяции, что способствует деградации лигноцеллюлозы преимущественно в ацетат, основным питательным веществом заправки термитов метаболизм (Odelson и Breznak, 1983). В рамках этих микробных популяций бактерии, археи метаногенных, а в некоторых («нижнее») термитов, эукариотических простейших. Таким образом, термиты отлично предметов исследования для изучения взаимодействия между видов микроорганизмов и многочисленных биохимических функций, которые они выполняют в пользу хозяина. Видовой состав микробных популяций в борьбе с термитами кишки, а также ключевые гены, вовлеченные в различные биохимические процессы были изучены с использованием молекулярных методов (Кудо и др., 1998;. Шмит-Вагнера и др., 2003;. Salmassi & Лидбеттер, 2003). Эти методы зависят от добычи и очистки высококачественных нуклеиновых кислот из термита среде кишечника. Добыча методике, описанной в этом видео представляет собой модифицированный составления протоколов, разработанных для добычи и очистки нуклеиновых кислот из проб окружающей среды (Мор и др., 1994;. Berthelet и др., 1996;. Парди и др., 1996;. Salmassi & Лидбеттер, 2003;. Оттесен и др. 2006), и он производит ДНК от термитов кишке материала, пригодного для использования в качестве шаблона для полимеразной цепной реакции (ПЦР).
По нашему опыту, ДНК, извлеченной из микробных сообществ древесных видов термитов кормления, как nevadensis Zootermopis является достаточно чистым для шаблона ПЦР после одного раунда добычи и очистки. Однако, некоторые термиты, такие как мусор грудью и почвы вскармливание вид может иметь более высокую конц?…
Material Name | Type | Company | Catalogue Number | Comment |
---|---|---|---|---|
PVPP/SDS/phenol | Buffer | homogeneization buffer | ||
DNeasy Tissue Kit | Kit | Qiagen | 77607 | Used according to the protocol for isolation of genomic DNA from crude lysates (Appendix H, product manual version: July 2003) |
TE | Buffer | Sigma | T9285 | 1x buffer (1 mM Tris-HCl, 0.1 mM EDTA, pH 8.0) from 100x concentrate |
zirconia/silica beads | Supplies | BioSpec Products | 11079101z | 0.1 mm |
PVPP | Reagent | Sigma | P6755 | 1% w/v polyvinylpolypyrrolidone prepared from dry reagent as a 1x suspension in TE buffer |
Zootermopsis nevadensis | Animal | Termites | ||
SDS | Reagent | Sigma | L4390 | Sodium dodecyl sulfate 20% soln. in water from dry reagent |
Phenol | Reagent | Sigma | 77607 | TE-saturated, ~73% |
MiniBeadbeater-8 | Tool | BioSpec Products | 963 | |
BSS | Buffered Salt Solution, pH 7.2 | Formulation per liter: 2.5 g K2HPO4, 1.0 g KH2PO4, 1.6 g KCl, 1.4 g NaCl, 0.075 g CaCl, 1 g MgCl, and 10 mL of a 1M soln. of NaHCO3 | ||
AxioPlan-2 | Microscope | Carl Zeiss, Inc. USA | Outfitted with 40x objective, 1.6x optivar and 10x ocular lenses. Samples were viewed using phase contrast illumination |