Summary

Factores artificiales de ingeniería para manipular específicamente empalme alternativo en células humanas

Published: April 26, 2017
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Summary

Este informe describe un método bioingeniería para diseñar y construir nuevos factores de empalme artificiales (ASFS) que modulan específicamente el empalme de genes diana en células de mamífero. Este método se puede ampliar para diseñar diversos factores artificiales para manipular otros aspectos del metabolismo del RNA.

Abstract

El procesamiento de la mayoría de los ARN eucariotas está mediado por RNA Binding Proteins (RBPs) con configuraciones modulares, incluyendo un módulo de reconocimiento de ARN, que se une específicamente a la diana pre-mRNA y un dominio efector. Anteriormente, hemos aprovechado el único modo de unión a ARN del dominio PUF en Pumilio humano 1 para generar un andamio de enlace de ARN programable, que se usó para diseñar varias RBPs artificiales para manipular el metabolismo de ARN. Aquí, un protocolo detallado se describe para construir Engineered Splicing Factors (ESF) que están específicamente diseñados para modular el empalme alternativo de los genes diana. El protocolo incluye cómo diseñar y construir un andamio PUF personalizado para un objetivo de ARN específico, cómo construir un plásmido de expresión de ESF fusionando un dominio PUF diseñador y un dominio efector y cómo usar ESFs para manipular el empalme de genes diana. En los resultados representativos de este método, se han descrito también los ensayos comunesde las actividades del FSE utilizando la prensa de empalme, la aplicación de FSE en células humanas cultivadas, y el posterior efecto de los cambios de empalme. Siguiendo los protocolos detallados en este informe, es posible diseñar y generar ESFs para la regulación de los diferentes tipos de splicing alternativo (AS), que proporciona una nueva estrategia para estudiar la regulación de empalme y la función de diferentes isoformas de empalme. Por otra parte, mediante la fusión de diferentes dominios funcionales con un dominio PUF diseñado, los investigadores pueden diseñar factores artificiales que se dirigen a ARN específicos para manipular diversos pasos de procesamiento del ARN.

Introduction

La mayoría de los genes humanos se someten a splicing alternativo (AS) para producir múltiples isoformas con actividades distintas, que ha aumentado en gran medida la complejidad de codificación del genoma 1, 2. AS proporciona un mecanismo importante para regular la función de genes, y está estrechamente regulada a través de diversas vías en diferentes etapas celular y del desarrollo 3, 4. Debido misregulation empalme es una causa común de la enfermedad humana 5, 6, 7, 8, dirigido a la regulación de empalme está convirtiendo en una ruta terapéutica atractiva.

De acuerdo con un modelo simplificado de la regulación de empalme, AS está controlada principalmente por corte y empalme reguladores cis -Elementos (ERE) en pre-mRNA que funcionan como potenciadores de corte y empalme o silenciadores de exones alternativos. ThSREs ESE reclutan específicamente diversos factores de proteínas que actúan en trans (es decir, factores de empalme) que promueven o inhiben la reacción de corte y empalme 3, 9. La mayoría de los factores de empalme activo en trans tienen dominios de unión de ARN específico de secuencia separados de reconocer sus objetivos y dominios efectores para controlar empalme. Los ejemplos más conocidos son los miembros de la (SR) de la familia de proteínas serina / rico en arginina que contienen ARN de reconocimiento de motivos (EMRR), que se unen exonic splicing enhancers y RS C-terminales dominios N-terminales, que promueven la inclusión del exón 10 . A la inversa, hnRNP A1 se une a silenciadores exonic empalme a través de los dominios RRM e inhibe la inclusión del exón través de un dominio rico en glicina C-terminal 11. El uso de este tipo de configuraciones modulares, los investigadores deben ser capaces de diseñar los factores de empalme artificiales mediante la combinación de una específica de unión al ARN de dominio (RBD) con diferentes efecTor que activan o inhiben el empalme.

La clave de tal diseño es utilizar un RBD que reconoce dadas objetivos con ARN programable vinculante especificidad, que es análoga a la ADN vinculante modo de la TALE dominio. Sin embargo, la mayoría de los factores de empalme nativos contienen RRM o K Homología (KH) dominios, que reconocen los elementos cortos de ARN con afinidad débil y por lo tanto carecen de un predictivo de ARN-proteína de reconocimiento "código" 12 . El RBD de PUF proteínas de repetición ( es decir, el dominio PUF) tiene un único modo de reconocimiento de ARN, lo que permite el rediseño de PUF dominios para reconocer específicamente diferentes ARN objetivos [ 13 , 14] . El dominio PUF canónico contiene ocho repeticiones de tres hélices α, cada una de las cuales reconoce una única base en un objetivo de ARN de 8 nt. Las cadenas laterales de aminoácidos en ciertas posiciones de la segunda hélice-α forman enlaces de hidrógeno específicos con el borde de Watson-Crick de tél ARN base, que determina la especificidad de unión de ARN de cada repetición (Figura 1A). El código de reconocimiento de bases de RNA de la repetición PUF es sorprendentemente simple (Figura 1A), lo que permite la generación de dominios PUF que reconocen cualquier combinación posible 8-base (revisado por Wei y Wang 15).

Este principio de diseño modular permite la generación de un empalme Factor Engineered (FSE) que consiste en un dominio PUF personalizado y un dominio de modulación de empalme (es decir, un dominio de SR o un dominio Gly-ricos). Estos ESFs pueden funcionar ya sea como activadores de empalme o como inhibidores para controlar diversos tipos de eventos de empalme, y que han demostrado ser útiles como herramientas para manipular el empalme de genes endógenos relacionados con la enfermedad humana 16, 17. Como un ejemplo, hemos construido ESFs-de tipo Gly PUF para alterar específicamente el corte y empalme del gen Bcl-x, La conversión de la isoforma larga anti-apoptótica (Bcl-xL) a la pro-apoptótica isoforma corta (Bcl-xS). Desplazamiento de la relación de la Bcl-x isoforma era suficiente para sensibilizar a varias células cancerosas a múltiples fármacos de quimioterapia contra el cáncer 16, lo que sugiere que estos factores artificiales pueden ser útiles como reactivos terapéuticos potenciales.

Además de controlar el empalme con dominios de empalme efectoras conocidos (por ejemplo, una RS o Gly-rico de dominio), los factores de PUF ingeniería también se pueden utilizar para examinar las actividades de los nuevos factores de empalme. Por ejemplo, usando este enfoque, hemos demostrado que el dominio C-terminal de varias proteínas SR puede activar o inhibir empalme cuando la unión a diferentes regiones pre-ARNm 18, que el motivo rico en alanina de RBM4 puede inhibir de empalme 19, y que el motivo rico en prolina de DAZAP1 puede mejorar de empalme 20, 21 </ Sup>. Estos nuevos dominios funcionales se pueden utilizar para construir otros tipos de factores artificiales a splicing afinar.

Protocol

1. Construcción de un andamio PUF con Customized Especificidad de unión al ARN por PCR de solapamiento Diseñar una serie de cebadores de PCR que contienen las secuencias PUF que reconocen específicamente diferentes nucleótidos de ARN en cada posición 12 (véase la Tabla 1 para las secuencias del cebador y vea la Figura 1 A para la ARN: código de reconocimiento PUF). Para cada repetición PUF, de diseño cuatro cebad…

Representative Results

Este informe describe el protocolo completo para el diseño y construcción de ESF y reporteros de empalme. También describe la aplicación adicional de ESFs en la manipulación del AS de genes endógenos 16. Para ilustrar los resultados típicos de empalme cambios FSE mediada, se utilizan los datos de nuestro trabajo anterior como un ejemplo. El SESF con diferentes dominios funcionales se pueden utilizar para promover o inhibir la inclusión del exón casete de …

Discussion

Este informe proporciona una descripción detallada para el diseño y construcción de los factores de empalme artificiales que pueden manipular específicamente el corte y empalme alternativo de un gen diana. Este método toma ventaja del modo de unión a la ARN única de PUF repite para producir un andamio de unión al ARN con especificidad personalizado. Se puede utilizar para activar o reprimir empalme.

El paso crítico en este protocolo es la generación del dominio PUF reprogramed que …

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

Este trabajo fue apoyado por la subvención NIH R01-CA158283 y la subvención NSFC 31400726 a ZWYW es financiado por el Programa de Young Thousand Talents y la Fundación Nacional de Ciencias Naturales de China (subvenciones 31471235 y 81422038). XY es financiado por la fundación científica postdoctoral de China (2015M571612).

Materials

High-fidelity DNA polymerase (Phusion High-Fidelity) with PCR buffer New England Biolabs M0530L
DNA ligase (T4 DNA ligase) New England Biolabs M0202L
Liposomal transfection reagent (Lipofectamine 2000) Invitrogen 11668-019
Reduced serum medium (Opti-MEM) Gibco 31985-062
RNA extraction buffer (TRIzol Reagent) ambion 15596018 TRIzol reagent includes phenol, which can cause burns. Wear gloves when handling
BSA (Bovine Serum Albumin) Sigma-Aldrich A7638-5G
PBS (1X) Life Technologies 10010-031
SuperScript III reverse transcriptase Invitrogen 18080044
Caspase-3 antibody Cell Signaling Technology 9668
PARP antibody Cell Signaling Technology 9542
Bcl-x antibody BD Bioscience 610211
beta-actin antibody Sigma-Aldrich A5441
alpha-tubulin antibody Sigma-Aldrich T5168
FLAG antibody Sigma-Aldrich F4042
Nitrocellulose membrane Amersham-Pharmacia RPN203D
ECL Western Blotting detection reagents Invitrogen WP20005
Cy5-dCTP GE Healthcare PA55021
Fluorescence-activated cell sorter BD Bioscience FACSCalibur 
Dulbecco’s Modified Eagle’s Medium (DMEM) GE Healthcare SH30243.01
Fetal bovine serum Invitrogen 26140079
Propidium iodide (PI) Sigma P4170
Bovine Serum Albumin (BSA) Sigma A7638-5G
Triton-X100 Promega H5142
Poly-lysine  Sigma P-4832 Filter sterilize and store at 4 °C
Vector  pWPXLd Addgene 12258
Vector pMD2.G Addgene 12259
Vector psPAX2 Addgene 12260
DNase I (RNase-free) New England Biolabs M0303S
Oligo(dT)18 Primer Thermo Scientific SO131 
Anti-mouse secondary antibody (Anti-mouse IgG, HRP-linked Antibody) Cell Signaling Technology 7076S

References

  1. Wang, E. T., et al. Alternative isoform regulation in human tissue transcriptomes. Nature. 456 (7221), 470-476 (2008).
  2. Pan, Q., Shai, O., Lee, L. J., Frey, B. J., Blencowe, B. J. Deep surveying of alternative splicing complexity in the human transcriptome by high-throughput sequencing. Nat Genet. 40 (12), 1413-1415 (2008).
  3. Wang, Z., Burge, C. B. Splicing regulation: from a parts list of regulatory elements to an integrated splicing code. Rna. 14 (5), 802-813 (2008).
  4. Matera, A. G., Wang, Z. A day in the life of the spliceosome. Nat Rev Mol Cell Biol. 15 (2), 108-121 (2014).
  5. Singh, R. K., Cooper, T. A. Pre-mRNA splicing in disease and therapeutics. Trends Mol Med. 18 (8), 472-482 (2012).
  6. Wang, G. -. S., Cooper, T. A. Splicing in disease: disruption of the splicing code and the decoding machinery. Nat Rev Genet. 8 (10), 749-761 (2007).
  7. Li, Y. I., et al. RNA splicing is a primary link between genetic variation and disease. Science. 352 (6285), 600-604 (2016).
  8. Scotti, M. M., Swanson, M. S. RNA mis-splicing in disease. Nat Rev Genet. 17 (1), 19-32 (2016).
  9. Black, D. L. Mechanisms of alternative pre-messenger RNA splicing. Annu Rev Biochem. 72 (1), 291-336 (2003).
  10. Graveley, B. R., Maniatis, T. Arginine/serine-rich domains of SR proteins can function as activators of pre-mRNA splicing. Mol cell. 1 (5), 765-771 (1998).
  11. Del Gatto-Konczak, F., Olive, M., Gesnel, M. -. C., Breathnach, R. hnRNP A1 recruited to an exon in vivo can function as an exon splicing silencer. Mol Cell Biol. 19 (1), 251-260 (1999).
  12. Auweter, S. D., Oberstrass, F. C., Allain, F. H. Sequence-specific binding of single-stranded RNA: is there a code for recognition. Nucleic Acids Res. 34 (17), 4943-4959 (2006).
  13. Dong, S., et al. Specific and modular binding code for cytosine recognition in Pumilio/FBF (PUF) RNA-binding domains. J Biol Chem. 286 (30), 26732-26742 (2011).
  14. Filipovska, A., Razif, M. F., Nygård, K. K., Rackham, O. A universal code for RNA recognition by PUF proteins. Nat Chem Biol. 7 (7), 425-427 (2011).
  15. Wei, H., Wang, Z. Engineering RNA-binding proteins with diverse activities. Wiley Interdiscip Rev RNA. 6 (6), 597-613 (2015).
  16. Wang, Y., Cheong, C. -. G., Hall, T. M. T., Wang, Z. Engineering splicing factors with designed specificities. Nat Methods. 6 (11), 825-830 (2009).
  17. Choudhury, R., Tsai, Y. S., Dominguez, D., Wang, Y., Wang, Z. Engineering RNA endonucleases with customized sequence specificities. Nat Commun. 3, 1147 (2012).
  18. Wang, Y., et al. A complex network of factors with overlapping affinities represses splicing through intronic elements. Nat Struct Mol Biol. 20 (1), 36-45 (2013).
  19. McCabe, B. C., Gollnick, P. Cellular levels of trp RNA-binding attenuation protein in Bacillus subtilis. J Bacteriol. 186 (15), 5157-5159 (2004).
  20. Wang, Y., Ma, M., Xiao, X., Wang, Z. Intronic splicing enhancers, cognate splicing factors and context-dependent regulation rules. Nat Struct Mol Biol. 19 (10), 1044-1052 (2012).
  21. Choudhury, R., et al. The splicing activator DAZAP1 integrates splicing control into MEK/Erk-regulated cell proliferation and migration. Nat Commun. 5, (2014).
  22. Xiao, X., Wang, Z., Jang, M., Burge, C. B. Coevolutionary networks of splicing cis-regulatory elements. Proc Natl Acad Sci U S A. 104 (47), 18583-18588 (2007).
  23. Wang, Z., Xiao, X., Van Nostrand, E., Burge, C. B. General and specific functions of exonic splicing silencers in splicing control. Mol Cell. 23 (1), 61-70 (2006).
  24. Li, M., Husic, N., Lin, Y., Snider, B. J. Production of lentiviral vectors for transducing cells from the central nervous system. J Vis Exp. (63), e4031 (2012).
  25. Tiscornia, G., Singer, O., Verma, I. M. Production and purification of lentiviral vectors. Nat Protoc. 1 (1), 241-245 (2006).
  26. Venables, J. P. Aberrant and alternative splicing in cancer. Cancer Res. 64 (21), 7647-7654 (2004).
  27. Cooke, A., Prigge, A., Opperman, L., Wickens, M. Targeted translational regulation using the PUF protein family scaffold. Proc Natl Acad Sci U S A. 108 (38), 15870-15875 (2011).
  28. He, C., Zhou, F., Zuo, Z., Cheng, H., Zhou, R. A global view of cancer-specific transcript variants by subtractive transcriptome-wide analysis. PloS one. 4 (3), 4732 (2009).
  29. Venables, J. P., et al. Identification of alternative splicing markers for breast cancer. Cancer Res. 68 (22), 9525-9531 (2008).
  30. Shapiro, I., et al. An EMT-Driven Alternative Splicing Program Occurs in Human Breast Cancer. PLoS Genet. 7 (8), 1002218 (2011).
  31. David, C. J., Manley, J. L. Alternative pre-mRNA splicing regulation in cancer: pathways and programs unhinged. Genes Dev. 24 (21), 2343-2364 (2010).
  32. Ladomery, M. Aberrant alternative splicing is another hallmark of cancer. Int J Cell biol. 2013, (2013).
  33. Karni, R., et al. The gene encoding the splicing factor SF2/ASF is a proto-oncogene. Nat Struct Mol Biol. 14 (3), 185-193 (2007).
  34. Anczukòw, O., et al. SRSF1-regulated alternative splicing in breast cancer. Mol cell. 60 (1), 105-117 (2015).

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Cite This Article
Wei, H., Liu, Y., Wang, Y., Lu, Q., Yang, X., Li, J., Wang, Z. Engineering Artificial Factors to Specifically Manipulate Alternative Splicing in Human Cells. J. Vis. Exp. (122), e54967, doi:10.3791/54967 (2017).

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