Summary

Tampone Metodo di campionamento per la rilevazione di Norovirus umana sulle superfici

Published: February 06, 2017
doi:

Summary

A macrofoam based sampling methodology was developed and evaluated for the detection and quantification of norovirus on environmental hard surfaces.

Abstract

norovirus umani sono una delle principali cause di un'epidemia di gastroenterite e sporadici in tutto il mondo. Poiché la maggior parte delle infezioni sono o diffondono direttamente per via da persona a persona o indirettamente tramite superfici ambientali o cibo, fomiti contaminati e superfici inanimate sono veicoli importanti per la diffusione del virus durante focolai di norovirus.

Abbiamo sviluppato e valutato un protocollo utilizzando tamponi macrofoam per il rilevamento e la tipizzazione dei norovirus umani provenienti da superfici dure. Rispetto ai tamponi in fibra con punta o salviette antistatiche, tamponi macrofoam consentire il recupero virus (range 1,2-33,6%) dalle superfici dei sedili wc fino a 700 cm 2. Il protocollo include i passaggi per l'estrazione del virus dalle tamponi e ulteriore concentrazione dell'RNA virale utilizzando colonne di rotazione. In totale, 127 (58,5%) dei 217 campioni di tamponi che erano stati raccolti da superfici in navi da crociera e le strutture di assistenza a lungo termine in cui norovirus gastroenterite era statosegnalati risultati positivi per GII norovirus mediante RT-qPCR. Di questi 29 (22,8%) potrebbe essere genotipizzati con successo. In conclusione, l'individuazione di norovirus sulle superfici ambientali che utilizzano il protocollo che abbiamo sviluppato può aiutare a determinare il livello di contaminazione ambientale durante le epidemie, così come il rilevamento del virus quando i campioni clinici non sono disponibili; può anche facilitare il monitoraggio dell'efficacia delle strategie di bonifica.

Introduction

Norovirus umani sono una delle principali cause di un'epidemia e sporadici gastroenterite acuta in tutto il mondo 1, 2, 3. Il virus è estremamente contagiosa e la trasmissione avviene attraverso persona diretta all'interazione persona o indirettamente attraverso il contatto con alimenti contaminati, acqua o superfici ambientali. Norovirus può essere versato per lunghi periodi e prolungato la sopravvivenza del virus sulle superfici ambientali è stata documentata 1, 2, 3. Durante spargimento di picco, miliardi di particelle virali vengono rilasciati per grammo di feci e vomito contiene anche un numero sufficiente di particelle virali di causare infezioni 4, 5, 6, 7, 8,ef "> 9, 10. Inoltre, il trasferimento del virus tra le superfici inanimate e la pelle umana può facilmente verificarsi 2, 11, 12. Quindi, il monitoraggio della contaminazione ambientale può aiutare a indagini sui focolai e nel valutare l'efficacia di clean-up e procedure di disinfezione.

Diversi protocolli di campionamento ambientali sono stati descritti per la rilevazione di rotavirus, colifago MS2, calicivirus felino (FCV), e batteriofago P22 13, 14, 15, 16. Tuttavia, le condizioni di validazione descritti in questi studi, tra cui essiccazione veloce (<1 ora) e piccole superfici (25 x 100 cm 2), potrebbero non rappresentare adeguatamente le impostazioni del campo. Inoltre, il basso livello di contaminazione di enviro previstosuperfici nmental richiedono protocolli che sono in grado di rilevare pochissime particelle virali.

Abbiamo sviluppato un metodo di campionamento di superficie macrofoam-based per il rilevamento e la tipizzazione di norovirus. Questo metodo è stato validato nel corso di diversi focolai di norovirus. Il protocollo comprende 1) come raccogliere campioni di tampone da superfici ambientali (2) come mantenere meglio l'integrità dei campioni durante la raccolta e il trasporto al laboratorio, e 3) prove di laboratorio e la tipizzazione di norovirus.

Protocol

1. Tampone campionamento nel campo Indossare un paio di guanti puliti. Misurare le dimensioni della zona di campionamento senza toccare la superficie con un nastro di misurazione o un righello. Cercare di stimare l'area nel modo più accurato possibile e compilare un modulo di rapporto (Tabella supplementare 1). Controllare il kit tampone per eventuali perdite e borse trasporto del campione etichetta e kit tamponi. Spostare il tampone attrave…

Representative Results

La figura 1 presenta un diagramma di flusso del protocollo di campionamento tampone. Questo protocollo è costituito da quattro fasi principali; 1) la raccolta dei campioni, 2) conservazione e il trasporto, 3) virale purificazione dell'RNA e concentrazione e 4) analisi RT-qPCR e genotipizzazione. Figura 1: Diagramma di flusso d…

Discussion

Norovirus hanno una dose infettiva umana del 50% tra i 18 ei 10 3 20 particelle virali. Pertanto, anche la contaminazione di basso livello di superfici può costituire un rischio per la salute pubblica. Diversi aspetti del protocollo di campionamento tampone sono stati valutati tra cui: 1) diversi materiali tampone, 2) condizioni di conservazione tamponi durante il trasporto, 3) la concentrazione di RNA virale, e 4) colifago MS2 il controllo di estrazione interna.

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Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

The authors have no acknowledgements.

Materials

Generic name for kits
Macrofoam swab Premoistened EnviroMax Swab kit  Puritan 2588060PFUW
 RNA Lysis buffer  CDC UNEX buffer Microbiologics Cat No MR0501
RNA extraction spin column Midi column Omega Biotek Cat No R6664-02
RNA purification spin column Zymol RNA Clean and Concentrator kit  Zymo Research Cat No R1016
Real time RT-PCR kit AgPath kit One-Step RT-PCR Kit Life Technologies Cat No 4387391
Conventional RT-PCR kit Qiagen one step RT-PCR kit Qiagen kit Cat No 210212
Gel extraction kit Qiagen QIAquick gel extraction kit Qiagen kit Cat No 28704 or 28706
Coliphage MS2 ATCC Cat No 15597-B1
RNA run-off transcripts Bacteriophage MS2 (ATCC No. 15597-B1) can be cultivated using Escherichia coli (E.coli) Famp (ATCC No. 700891). 
Realtime PCR platform Applied Biosystems Model ABI 7500 GI and GII RNA run off transcripts were quantified spectrophotometrically at A260, diluted in diethyl pyrocarbonate-treated water to 1 × 106 copies/ μl, and stored at −80°C with 1.0 U /μl RNasin (Promega, Madison, WI). 
Optical 96-well reaction plate Thermo Scientific Cat No 4316813
MicroAmp Clear Adhesive Film  Thermo Scientific Cat No 4306311

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Cite This Article
Park, G. W., Chhabra, P., Vinjé, J. Swab Sampling Method for the Detection of Human Norovirus on Surfaces. J. Vis. Exp. (120), e55205, doi:10.3791/55205 (2017).

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