כאן אנו מתארים צינור צעד אחר צעד ליצירת phylogenies אמין ממערכי נתוני רצף נוקליאוטידים או חומצות אמינו. מדריך זה נועד לשרת את חוקרים או סטודנטים חדשים לניתוח פילוגנטי.