ويعتقد أن البكتيريا تلعب دورا رئيسيا في تعريف التنوع الميكروبي في مختلف المنافذ الإيكولوجية. هنا، نحن تصف إجراء فعال لتقييم كيفية البكتيريا تؤثر على الأمعاء تكوين الميكروبيوتا في نموذج حيواني.