Här beskriver vi ett protokoll för effektiv kromatin immunoprecipitation (ChIP) följt av hög genomströmning DNA-sekvensering (ChIP-seq) av Brun fettvävnad (BAT) isolerad från en mus. Detta protokoll är lämplig för både kartläggning Histon ändringar och utreda genome-wide lokalisering av icke-histonglykoprotein proteiner av intresse i vivo.