Her beskriver vi en protokoll for effektiv chromatin immunoprecipitation (ChIP) etterfulgt av høy gjennomstrømming DNA sekvensering (ChIP-seq) av brun fettvev (BAT) isolert fra mus. Denne protokollen er egnet for både kartlegging histone modifikasjoner og undersøker genomet hele lokalisering av ikke-histone proteiner av interesse i vivo.