Este artigo introduz um protocolo experimental utilizando tecnologia de digitalização 3D que constrói duas escalas espaciais: a escala espacial macroscópica da anatomia do cérebro inteiro imaged por RM a > 100 μm e a escala espacial microscópica de distribuições neuronais utilizando Coloração imuno-histoquímica e um sistema de arranjo multieletrodo e outros métodos (~ 10 μm).