Här presenterar vi ett detaljerat protokoll för isolering och identifiering av antibiotikaresistenta bakterier från vatten och molekylär karakterisering av deras antibiotikaresistensgener (ARG). Användningen av kulturbaserade och icke-kulturbaserade (metagenomisk analys) tekniker ger fullständig information om den totala bakteriemångfalden och den totala poolen av olika ARG som finns i sötvatten från Mumbai, Indien.