Das vorliegende Protokoll verwendet ein biomolekulares Simulationspaket und beschreibt den molekulardynamischen (MD) Ansatz zur Modellierung der Wildtyp-Caspase und ihrer mutierten Formen. Die MD-Methode ermöglicht es, die dynamische Entwicklung der Caspase-Struktur und die möglichen Auswirkungen von Mutationen oder posttranslationalen Modifikationen zu beurteilen.