本プロトコルは、生体分子シミュレーションパッケージを使用し、野生型カスパーゼおよびその変異形態をモデル化するための分子動力学(MD)アプローチを記載する。MD法は、カスパーゼ構造の動的進化および突然変異または翻訳後修飾の潜在的な影響を評価することを可能にする。