Den nåværende protokollen bruker en biomolekylær simuleringspakke og beskriver molekylærdynamikken (MD) tilnærming for modellering av villtype caspase og dens mutante former. MD-metoden gjør det mulig å vurdere den dynamiske utviklingen av caspasestrukturen og den potensielle effekten av mutasjoner eller posttranslasjonelle modifikasjoner.