Summary

Immunoprecipitazione della cromatina dal tessuto dei gangli dorsali seguenti danno assonale

Published: July 20, 2011
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Summary

Vi presentiamo un metodo per immunoprecipitazione della cromatina dal tessuto dei gangli dorsali seguenti danno assonale. L'approccio può essere utilizzata per identificare specifici siti di legame fattore di trascrizione e di importanti modificazioni epigenetiche degli istoni e del DNA per la rigenerazione degli assoni danneggiati sia nel sistema nervoso periferico e centrale.

Abstract

Assoni nel sistema nervoso centrale (SNC), non si rigenerano, mentre quelli del sistema nervoso periferico (PNS) si rigenerano in misura limitata dopo l'infortunio (Teng et al., 2006). Si riconosce che i programmi trascrizionali essenziali per la crescita dei neuriti e assonale vengono riattivati ​​su lesioni in PNS (Makwana et al., 2005). Tuttavia gli strumenti disponibili per analizzare regolazione neuronale gene in vivo sono limitati e spesso difficile.

Gangli delle radici dorsali (DRG) offrono un ottimo sistema modello lesioni perché sia ​​il SNC e SNP sono innervate da un assone biforcata provenienti dal soma stesso. I gangli rappresentano una discreta collezione di corpi cellulari in cui tutti gli eventi trascrizionali si verificano, fornendo così una regione ben definita di attività trascrizionale che possono essere facilmente riproducibile e rimosso dall'animale. Lesioni delle fibre nervose nel PNS (es. nervo sciatico), dove la rigenerazione assonale si verifica, dovrebbe rivelare un insieme di programmi trascrizionali che sono distinti da quelli rispondendo a un infortunio simile nel sistema nervoso centrale, in cui la rigenerazione non avviene (per esempio il midollo spinale ). Siti di legame per il fattore di trascrizione, modificazione degli istoni e DNA derivati ​​da lesioni al sistema nervoso centrale sia PNS o possono essere caratterizzati con immunoprecipitazione della cromatina (ChIP).

Qui, descriviamo un protocollo ChIP utilizzando tessuti fissati DRG del mouse seguente danno assonale. Questa potente combinazione fornisce un mezzo per caratterizzare la pro-ambiente di rigenerazione cromatina necessario per promuovere la rigenerazione assonale.

Protocol

1. Sciatico e dorsale della colonna lesioni nervose L'animale è posto su un asciugamano chirurgico e sotto un thermopad è presente in tutto il procedimento mantenendo la temperatura del corpo del mouse a 37 ° C. Tutti gli animali sono anestetizzati per l'intervento chirurgico con un continuo isoflurano / O 2 amministrazione. Gli strumenti chirurgici vengono sterilizzati in autoclave prima della procedura. Per lesioni sciatico, sia posteriori sono accuratamente rasata, e depilaz…

Discussion

Questo protocollo fornisce un metodo per chiedere direttamente sull'ambiente cromatina durante la rigenerazione assonale nel sistema nervoso adulto seguenti danno assonale. Incorpora il modello DRG lesioni con immunoprecipitazione della cromatina per sondare l'ambiente trascrizionali ed epigenetici successive a lesioni sia alla PNS e CNS. E 'particolarmente utile per gli investigatori che vogliono caratterizzare putativi siti di legame per il loro fattore di trascrizione preferiti, e per determinare se l&#39…

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

Vorremmo ringraziare Andrea Tedeschi per un aiuto nel fissare gli esperimenti ChIP iniziale in laboratorio e Ricco Lindner per il suo contributo per mettere a punto le condizioni per la ChIP. Questo lavoro è stato sostenuto dalla Fondazione Hertie; Grant Fortuna, Università di Tuebingen, e la DFG DI concede 1497/1-1 (tutti concessi a Simone Di Giovanni).

Materials

Reagent Company Catalogue number
10x ChIP Buffer Cell Signaling 7008
2x ChIP Elution Buffer Cell Signaling 7009
ChIP Grade Protein G Magnetic Beads Cell Signaling 9006
Magna Grip Rack (8 well) Millipore 20-400
Chloroform MERCK UN 1888
37% Formaldehyde ROTH CP10.1
10x Glycine Solution Cell Signaling 7005
Glycogen Sigma G1767
10x HBSS Gibco 14185
Histone H3 antibody (rabbit) Cell Signaling 2650
Normal Rabbit IgG Cell Signaling 2729
Phenol/Chloroform/Isoamyl Alcohol ROTH A156.1
Protease Inhibitors Cocktail Tablets Roche 04 693 116 001
Proteinase K (20 mg/ml) Cell Signaling 10012
SDS Lysis Buffer Upstate 20-163
Equipment needed
Sonicator
Micropestle
Microcentrifuge
Thermomixer

References

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  9. Teng, F. Y. Axonal regeneration in adult CNS neurons–signaling molecules and pathways. J Neurochem. 96, 1501-1508 (2006).

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Cite This Article
Floriddia, E., Nguyen, T., Di Giovanni, S. Chromatin Immunoprecipitation from Dorsal Root Ganglia Tissue following Axonal Injury. J. Vis. Exp. (53), e2803, doi:10.3791/2803 (2011).

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