Biz retina dekolmanı bir transkriptomik analizi için retinektomi gelen retina örnekleri kullanılır. Ayrıca, cerrahi blokları ve laboratuar arasında RNA koruma sağlayan bir işlem geliştirilmiştir. Biz saflaştırılmış RNA mikroarray analizi için uygun olduğunu sağlamak için sezyum klorür Ultrasantrifügasyon RNA arındırmak için standart bir protokol.
Retina dekolmanı (RD) retina pigment epiteli (RPE) gelen nörosensöriyel retinanın bir ayrılık açıklar. RPE ışığa duyarlı nöronlar, fotoreseptör normal fonksiyonu için gereklidir. RPE, retina dekolmanı hücre dışı sıvı ile dolu bir fiziksel boşluk oluşturur. RD nörosensöriyel retina ve iyonları ve metabolitleri fizyolojik değişim ciddi tedirgin çünkü RPE hem etkileyen hücresel ve moleküler yan etkiler başlatır. Vizyonu için sonucu vizyonu 1 restorasyon iki doku sonuçları hızlı bir reapposition beri dekolmanı süresi ile ilgilidir. RD tedavisi sadece cerrahidir. Vitreus jeli (vitrektomi) çıkarılması retina dekolmanı lehine müstakil alanı çevresinde retina kaldırılması olmayan parçası takip eder. Kaldırılan retina örnekleri res nullius (bir şey) ve dolayısıyla normal atılır.Bu cerrahi örneklerden RNA kurtarmak için, laboratuvara cerrahi blok aktarımı sırasında RNA koruma sağlar prosedürü dergi geliştirdi. Ayrıca sezyum klorür Ultrasantrifügasyon RNA arındırmak için standart bir protokol saflaştırılmış RNA'lar küresel gen ekspresyon analizi için uygun olduğunu sağlamak için. RNA kalitesi hem RT-PCR ve mikroarray analizi ile doğrulandı. Verilerin analizi RD iltihap ve fotoreseptör dejenerasyonunun bir anda tutulumu görülmektedir.
Retina dekolmanı temel tedavi amacı (RD) retina pigment epitel hücrelerinden fotoreseptör ayrılması kaynaklanan fotoreseptör hücre hasarı ve retina iltihabı sınırlamak için bir yol bulmaktır. RD sırasında, RPE hücreleri dediferansiye, göç, aktive edilir ve komplikasyonlara yol açabilir kasılma güçleri uygulamakla, müstakil retina yüzeyinde çoğalırlar. RD transkriptomik analizi RD ve cerrahi ile birlikte son görme sonucu geliştirmek dolayısıyla gelecekteki tedavi molekülleri takip modifiye ifade ile hedef genleri tanımlamak için bir yoldur. İyi deoksiribonükleik asit (DNA) olarak ribonükleik asit (RNA) sabit değil bilinen, genetik çalışmalar için yaygın olarak kullanılmaktadır ikincisi, istikrarı 2 eski 30.000 'den fazla yıllık paleontolojik örneklerinden Neandertal genomunun diziliminin izin vardı. Haberci RNA'ya genomundan genlerin DNA transkripsiyonbüyük gen ifadesinde süreci ve mRNA bir sinyal teşkil için kararsızdır. RNA'lar sinyal sona RNAse enzimler tarafından çok hızlı bir şekilde bozulmuş. Ifade bir araştırma laboratuvarında incelenmiştir önce dokularının organizma izole zaman, RNA'lar çok sık bozulmuş. Bozulmuş RNA analizi gen ekspresyonu için uygun değildir. Laboratuvar personeli ameliyat katılamazlar çünkü, biz kolay bir prosedür geliştirdiği ve sadece cerrah uygun RNAse-ücretsiz bir çözüm içine dokuları kurtarmak için gerektirir. Dokuların RNA stabildir ve bu çözelti, oda sıcaklığında, 72 saat sonra herhangi bir bozulma işareti olmadan analiz edilebilir. Örneklerden RNA'lar laboratuar 3 aktarıldıktan sonra, bir sezyum klorür gradyanı üzerinde ultrasantrifügasyon, bir içeren bir standart yöntem ile saflaştırılır. Daha sonra, RNA kalitesi agaroz jel elektroforezi ve RT-PCR ile incelenmiştir. RNA saflaştırma protokolü vardırDNA ve RNA için farklıdır ve RNA geni ekspresyon çalışmalarında yapısından sinyaller üretecek bir DNA molekülü tarafından kirlenmemesini sağlar kendi yoğunluğuna göre moleküllerin ayrılması avantaj sağlar. Buna ek olarak, sayısal olarak bir hücre içinde en bol RNA olan transferi RNA'lar (tRNA), ribozomal RNA (rRNA) ve haberci RNA'lar (mRNA), olmak bu iki sonuncusu, aynı fiziksel özelliğine göre ayrılır arıtma sürecinin ürünü sonunda. Mikrodizi analitik protokolleri en tRNA, 4-6 tarafından inhibe ters transkriptazlar, ve RNA polimerazlarının kullanımının, çünkü dahil hazırlanmasından tRNA kaldırılması yararlıdır. Cerrahi örneklerden saf RNA standart bir protokol kullanarak etiketli ve bir mikroarray çip melezleşmiştir ve sonuçları iki tamamlayıcı yöntem, yanlış keşif oranı yöntemi kullanılarak ve karşılıklı bilgi ve visuali dayalı yeni bir yöntem kullanılarak analiz edilmektedir edilirWeb-tabanlı sunucu Retinobase 7,8 üzerinde zed.
Cerrahi blok doku kurtarma için bir prosedürün geliştirilmesi retina dekolmanı transcriptome analizi için gerekli olmuştur. Bir cerrahi bu tip acil durumlarda ve göz doktorlarının çalışma, faaliyet zaman biyolojik bir araştırma programına katılmak için çok az zaman var uygulanan olduğunu dikkate almalıyız. Bu retinektomi da istatistiksel numaraları ulaşmak için daha kolay bir şekilde bir ağ ile çalışmak, böylece her hizmet stokastik gerçekleştirilir. Bu ağ olarak, doku toplama standardi…
The authors have nothing to disclose.
Biz RNA arıtma protokolü düzenleme katkılarından dolayı Sacha Reichman ve Dominique Santiard-Baron teşekkür ederim.
Name | Company | Catalogue number | Comments (optional) |
Centrifuge | Beckman Coulter | Aventi J-E | |
Rotor | Beckman Coulter | JS-5.3 | |
Ultracentrifuge | Beckman Coulter | LE 80K | |
Rotor | Beckman Coulter | SW41 | |
Power supply | Biorad | Pac 3000 | |
PolytronTM | Kinematica | PT 2100 | Supplied with PT-DA 2105:2 |
Agarose gel electrophoresis device | Biorad | MiniGel Cell GT | |
Imaging System | Biorad | GelDoc-It Imager | |
5 ml sterile polyethylene tube | Greiner | 115261 | |
Sterile polyallomer centrifuge tube | Beckman Coulter | 331372 | |
Chemical reagents | Sigma | Molecular biology grade (RNase and DNase free products) | |
Cleaning Solution | VWR | RBS | |
Microarray chip | Affymetrix | Human U133 plus 2 array |