Vele biologische structuren ontbreken gemakkelijk definieerbare bezienswaardigheden, waardoor het moeilijk is om de moderne morfometrische methoden toe te passen. Hier tonen we methoden om de muis baculum (een bot in de penis), waaronder dissectie en microCT scannen, gevolgd door computationele werkwijzen semi-monumenten die worden gebruikt om de grootte en vorm kwantificeren variatie definiëren bestuderen.
Modern morfometrie biedt krachtige methoden om de grootte en vorm variatie kwantificeren. Een eerste vereiste is een lijst van coördinaten die mijlpalen te definiëren; maar dergelijke coördinaten moeten homologe structuren vertegenwoordigen in specimens. Hoewel veel biologische objecten bestaan uit gemakkelijk te herkennen oriëntatiepunten tot de veronderstelling van homologie te voldoen, veel ontberen dergelijke structuren. Een mogelijke oplossing is om plaats semi-oriëntatiepunten mathematisch op een object dat dezelfde morfologische regio over exemplaren vertegenwoordigen. Hier illustreren we een recent ontwikkelde pijpleiding naar semi-oriëntatiepunten van de muis baculum (penis bot) mathematisch te definiëren. De methoden van toepassing worden op uiteenlopende voorwerpen.
Het gebied van morfometrie bevat diverse methoden om de grootte en vorm van de biologische vorm, een fundamentele stap in wetenschappelijk onderzoek 1, 2, 3, 4, 5, 6 kwantificeren. Traditioneel is de statistische analyse van de grootte en vorm begint door het identificeren oriëntatiepunten op een biologische structuur, en vervolgens meten van lineaire afstanden, hoeken en verhoudingen, die in een multivariate kader kunnen worden geanalyseerd. -Landmark gebaseerde Geometric Morfologie is een aanpak die de ruimtelijke positie van monumenten behouden, behoud van geometrische gegevens uit het verzamelen van gegevens door middel van analyse en visualisatie 5. Gegeneraliseerde Procrustes Analyse (GPA) kan worden toegepast om de variatie in de locatie, omvang, en de rotatie van bezienswaardigheden verwijderen om een afstemming tussen specimens dat m producereninimizes hun kwadraat verschillen – wat overblijft is vorm verschil 7.
Een belangrijk concept van elke morfometrische analyse homologie, of het idee dat men een betrouwbare oriëntatiepunten die biologisch zinvolle en discrete functies die overeenkomen tussen exemplaren of structuren kunnen identificeren. Bijvoorbeeld, menselijke schedels hebben homologe processen foramina, hechtingen, en leidingen die kunnen toelaten morfometrische analyses. Helaas, de identificatie van overeenkomstige plekken die moeilijk in veel biologische structuren, vooral die met gladde oppervlakken of bochten 8, 9, 10.
We benaderen dit probleem hieronder met behulp van computationele geometrie. De algemene werkstroom is een driedimensionale scan van het object dat kan worden voorgesteld als een puntenwolk genereren en draai transformeren dat puntenwolk zodat alle specimens zijn gericht op een gemeenschappelijk coördinatensysteem. Toen we mathematisch definiëren semi-oriëntatiepunten van specifieke regio's van het object. Discrete semi-oriëntatiepunten geplaatst op deze regio's zijn biologisch arbitrair 11. Het uitvoeren van GPA en de daaropvolgende statistische analyses kan ongewenste artefacten produceren 8, 12 omdat willekeurig geplaatst oriëntatiepunten niet biologisch homoloog kan zijn. Daarom laten we deze semi-oriëntatiepunten om mathematisch "slide". Deze procedure minimaliseert het potentiaalverschil tussen de structuren. Zoals elders voerden de schuivende algoritme hier gebruikt dient soortgelijke anatomische gebieden die niet gemakkelijk te kwantificeren die overeenkomt oriëntatiepunten 3, 6, 8, 10, 11, 12. Deze methoden hebben hun limitations 13, maar moet worden aangepast aan voorwerpen van verschillende grootte en vorm.
Hier tonen we hoe deze methode in een recente studie van de muis baculum 14 werd toegepast, een bot in de penis die is opgedaan en meerdere onafhankelijke keren verloren tijdens de evolutie van zoogdieren 15. We bespreken de dissectie en de voorbereiding van een specifiek bot, de baculum (Protocol 1), het genereren van microCT beelden (Protocol 2), en de omzetting van deze beelden naar een formaat dat alle downstream computationele geometrie maakt (Protocollen 3 en 4). Na deze stappen, wordt elk monster vertegenwoordigd door ~ 100K xyz-coördinaten. We dan lopen door een reeks van veranderingen die effectief alle exemplaren in een gemeenschappelijke oriëntatie (Protocol 5) af te stemmen, hier semi-oriëntatiepunten van uitgelijnde exemplaren (Protocol 6). Protocollen 1-4 moet ongeacht het object dat wordt onderzocht gelijk zijn. Protocol 5 en 6 Protocol zijn specifiek ontworpen voor een baculum, maar het is onze hoop dat door detaillering deze stappen, kunnen de onderzoekers voorstellen wijzigingen die relevant zijn voor hun doel van belang zou zijn. Zo werden modificaties van deze methoden toegepast op walvissen bekken en ribben 16 te bestuderen.
De kritische stappen in het bovenstaande protocol zijn: 1) het ontleden van de bacula, 2) het verzamelen van de microCT beelden, 3) het omzetten van de microCT uitvoer naar een plat bestand van xyz coördinaten, 4) het segmenteren uit elk monster's puntenwolk, 5) het transformeren van elk monster aan een gestandaardiseerd assenstelsel, en 6) die semi-oriëntatiepunten. Deze stappen worden gemakkelijk aangepast om verschillende objecten tegemoet.
Deze werkwijzen kunnen waarschijnlijk word…
The authors have nothing to disclose.
Tim Daley en Andrew Smith verstrekt veel nuttige computationele discussies tijdens de eerste dagen; Tim Daley schreef het programma rotate_translate_cylindrical die nodig zijn voor Protocol 5. Computational middelen werden door de High Performance Computing Cluster aan de Universiteit van Zuid-Californië. Dit werk werd ondersteund door NIH-subsidie # GM098536 (MDD).
Dissecting scissors | VWR | 470106-338 | Most sizes should work |
Dissecting Forceps, Fine Tip, Curved | VWR | 82027-406 | |
1.7 mL microcentrifuge tube | VWR | 87003-294 | |
Absolute Ethanol | Fisher Scientific | CAS 64-17-5 | To be diluted to 70% for dissections |
Floral Foam | Wholesale Floral | 6002-48-07 | |
uCT50 scanner | Scanco Medical AG, Bruttisellen, Switzerland |