Summary

Determinação das taxas de decaimento transcrição de todo o genoma em quiescentes e proliferação de fibroblastos humanos

Published: January 02, 2018
doi:

Summary

Descreveremos um protocolo para gerar proliferando e quiescentes fibroblastos dérmicos humanos primários, taxas de decomposição de transcrição de monitoramento e identificação de genes diferencialmente em decomposição.

Abstract

Quiescência é um estado temporário, reversível, em que células cessaram a divisão celular, mas mantém a capacidade de proliferar. Vários estudos, incluindo a nossa, têm demonstrado que a quiescência está associada a generalizada alterações na expressão gênica. Algumas destas mudanças ocorrem através de alterações no nível ou atividade associada a proliferação de factores de transcrição, tais como E2F e MYC. Nós demonstramos que o decaimento do mRNA também pode contribuir para alterações na expressão gênica entre células proliferando e quiescentes. Neste protocolo, descrevemos o procedimento para estabelecer culturas quiescentes e proliferação de fibroblastos humanos prepúcio dérmica. Em seguida, descrevemos os procedimentos para inibir nova transcrição em células proliferando e quiescentes com actinomicina D (ActD). ActD tratamento representa uma abordagem simples e reprodutível para desassociar nova transcrição do decaimento de transcrição. Uma desvantagem da fatura de tratamento é que o curso de tempo deve ser limitado a um curto espaço de tempo porque ActD afeta a viabilidade celular. Níveis de transcrição são monitorados ao longo do tempo para determinar as taxas de decomposição de transcrição. Este procedimento permite a identificação de genes e isoformas que apresentam deterioração diferencial em proliferando contra fibroblastos quiescentes.

Introduction

Níveis de estado estacionário de transcrições refletem a contribuição de decaimento de transcrição e síntese de transcrição. Regulamentada e coordenada transcrição decaimento é um importante mecanismo para controlar processos biológicos1,2,3,4. Por exemplo, taxas de decomposição de transcrição foram mostradas para contribuir para a série temporal de eventos após a ativação pela citoquina inflamatória fator de necrose tumoral5.

Mostramos anteriormente que a transição entre a proliferação e quiescência em fibroblastos humanos primários está associada a alterações dos níveis de transcrição de muitos genes6. Algumas destas mudanças refletem as diferenças na atividade de fatores de transcrição entre estes dois Estados.

Mudanças na taxa de decaimento de uma transcrição também podem contribuir para as alterações do nível de expressão de uma transcrição em dois Estados diferentes7,8. Baseado em nossos achados anteriores que a transição entre a proliferação e quiescência está associada a alterações nos níveis de vários microRNAs9, perguntamos se existe também uma contribuição do decaimento de transcrição diferencial nas alterações em expressão gênica em proliferando contra fibroblastos quiescentes.

A fim de monitorar a estabilidade de transcrição, determinamos a taxa de decaimento de transcrições todo o genoma em proliferando contra células quiescentes. Para conseguir isso, temos monitorado taxas de decaimento em proliferando contra fibroblastos quiescentes introduzindo um inibidor da nova transcrição e monitorar a taxa em que as transcrições individuais desapareceram ao longo do tempo. A vantagem dessa abordagem é que, em comparação com métodos que simplesmente monitorar geral expressão gênica, inibindo a síntese de transcrição novo, seremos capazes de determinar a taxa de decaimento para essas transcrições separadamente da taxa em que forem transcrito.

ActD tratamento para inibir a transcrição de nova e determinar taxas de decaimento de transcrição tem sido aplicado com sucesso em vários estudos anteriores. ActD tem sido usada para dissecar a importância da estabilidade de RNA nas mudanças na abundância de transcrição que resultam do tratamento com citocinas pró-inflamatórias5. Uma abordagem similar também tem sido utilizada para dissecar as diferenças na taxa de decaimento de transcrição em proliferando contra células diferenciadas de C2C12 como a adoptarem uma diferenciada músculo fenótipo10. Como outro exemplo, global mRNA meias-vidas também foram detectados em pluripotentes e tronco embrionárias diferenciadas do mouse células11. Nestes exemplos, decaimento do mRNA tem demonstrado ser importante para a regulação da abundância de transcrição e para a transição de células a célula diferentes Estados.

Aplicando os métodos descritos abaixo, descobrimos que mudanças nas taxas de decomposição de transcrição em aproximadamente 500 genes quando comparando os fibroblastos em proliferação e quiescente Estados12. Em particular, nós descobrimos que os destinos do microRNA miR-29, que é ativador nas células quiescentes, são estabilizados quando células de transição de quiescência. Aqui descrevemos a metodologia que usamos para determinar taxas de deterioração nas células proliferando e quiescentes. Esta metodologia é útil para comparar taxas de decaimento do mRNA global em duas distintas mas condições semelhantes quando é solicitada informação sobre decaindo rapidamente os genes. Ele também pode ser usado para abordar outras questões tais como o efeito das condições de cultura celular na decadência de transcrição, por exemplo, em duas dimensões contra três culturas dimensionais. Taxas de decomposição podem ser determinado genoma-largo com métodos como microarrays ou RNA-Seq. Alternativamente, em tempo real qPCR ou mancha do Norte pode ser usada para determinar as taxas de decomposição de forma gene-por-gene ou isoform-por-isoforma. Estas taxas podem ser usadas para calcular a meia-vida de cada gene monitorado e identificar genes com taxas de decomposição que são diferentes em duas condições.

Protocol

Todos os experimentos descritos foram aprovados pelos conselhos de avaliação institucional na Universidade de Princeton e a Universidade da Califórnia, em Los Angeles. 1. prepare fibroblastos proliferando e inibida pelo contato para curso de tempo ActD Nota: Este protocolo utiliza uma timecourse com quatro momentos. Três amostras biologicamente independentes podem ser coletadas por commit através da recolha de placas de cultura de tecidos diferentes em um experim…

Representative Results

Nós já relatado os resultados das análises de microarray de taxas de decaimento de transcrição em proliferação e inibida por contato primários fibroblastos humanos ao longo de um curso de 8 horas12. É fornecida uma lista de genes com uma mudança significativa na estabilidade de transcrição comparando fibroblastos proliferando e inibida pelo contato em complementar a tabela 1. As intensidades de fluorescência no tempo zero e um longo te…

Discussion

Quiescência pode ser induzida por sinais externos, incluindo a retirada de mitógenos ou soro, falta de aderência de célula e inibição de contato. Inibição de contato, um dos vários métodos possíveis para indução de quiescência, é um processo altamente evolutivamente conservado em que células sair do ciclo celular proliferativo em resposta ao contato célula a célula. Aqui focamos na inibição de contato como um exemplo de um método para induzir quiescência. Estudos anteriores relataram que contato cé…

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

HAC foi o estudioso Milton E. Cassel da Rita Allen Foundation (http://www.ritaallenfoundation.org). Este trabalho foi financiado por subsídios para HAC, do Instituto Nacional de ciências médicas de geral centro da concessão excelência GM071508 P50 (P.I. David Botstein), PhRMA Foundation grant 2007RSGl9572, nacional Science Foundation Grant OCI-1047879 agosto de David, Instituto Nacional de General Medical Sciences R01 GM081686, Instituto Nacional de ciências médicas gerais R01 GM0866465, o Eli & Edythe Broad centro de medicina regenerativa & investigação em células estaminais, centro de saúde/UCLA CTSI NIH das mulheres Iris Cantor Grant UL1TR000124 e a leucemia linfoma sociedade. Pesquisa reportada nesta publicação foi apoiada pelo Instituto Nacional de câncer do institutos nacionais da saúde sob prêmio número P50CA092131. Os financiadores não tinham qualquer papel no projeto de estudo, coleta de dados e análise, a decisão de publicar ou preparação do manuscrito. HAC é um membro do Eli & Edythe amplo centro de medicina regenerativa & investigação em células estaminais, o Instituto de Biologia Molecular de UCLA e o programa interdepartamental de bioinformática da UCLA.

Materials

Centrifuges for microcentrifuge tubes capable of reaching 12,000 x g and 4°C
Equipment for running agarose gels
Sterile tissue culture plates and conical tubes
Dulbecco's Modified Eagle Medium Life Technologies 11965-118
Fetal bovine serum VWR 35-010-CV
Sterile serological pipets, pipettors and pipet tips for tissue culture
Individually wrapped, disposable Rnase-free pipettes, pipette tips and tubes for RNA isolation and analysis
Disposable gloves to be worn when handling reagents and RNA samples
RNaseZap Invitrogen AM9780 For decontaminating work surfaces from RNase
2.0 ml eppendorf tubes
Trypsin-EDTA  Solution 10X Millipore Sigma 9002-07-07
Sterile PBS Life Technologies 14190-250
Trizol Thermo Fisher Scientific 15596018
Actinomycin D Millipore Sigma A1410-2 mg inhibits transcription
Sterile DMSO Fisher Scientific 31-761-00ML solvent for actinomycin D
Chloroform Thermo Fisher Scientific ICN19400225 MP Biomedicals, Inc product
Isopropanol Fisher Scientific BP2618500 molecular biology grade
Ethanol Fisher Scientific BP28184 molecular biology grade
RNase-free Glycogen (20 mg/ml aqueous solution) Thermo Fisher Scientific R0551 carrier for RNA precipitation
TURBO DNA-free Kit Thermo Fisher Scientific AM1907 removes DNA with DNase, then, in a subsequent step,  inactivates DNA and removes divalent cations
Agarose Thermo Fisher Scientific ICN820721 MP Biomedicals, Inc product
Loading dye for RNA gel Thermo Fisher Scientific R0641 suitable even for denaturing electrophoresis
Millenium RNA markers Thermo Fisher Scientific AM7150 RNA ladder
One-color RNA Spike-in Kit Agilent Technology 5188-5282 Example spike-in control for Agient microarray analysis
Tris base Fisher Scientific BP152-1 molecular biology grade, for TAE buffer
Glacial acetic acid Fisher Scientific A38-500 for TAE buffer
EDTA Fisher Scientific BP120-500 electrophoresis grade, for gels
Ethidium bromide Millipore Sigma E7637 for molecular biology
External RNA Controls Consortium RNA Spike-in Mix Thermo Fisher Scientific 4456740 Spike-in control for RNA Seq
TruSeq Stranded mRNA Library Preparation Kit A (48 samples, 12 indexes) Illumina RS-122-2101 for RNA Seq
96-well 0.3 ml PCR plate Thermo Fisher Scientific AB-0600 for real-time qPCR
Microseal B adhesive seals Bio-Rad MSB1001 for real-time qPCR
Rnase/Dnase-free Reagent Reservoirs VWR 89094-662 for real-time qPCR
Rnase/Dnase-free Eight tube strips and caps Thermo Fisher Scientific AM12230 for real-time qPCR
SuperScript Reverse Transcriptase Invitrogen 18090010 for real-time qPCR
AMPure XP Beads Beckman Coulter A63880 for real-time qPCR

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Mitra, M., Lee, H. N., Coller, H. A. Determining Genome-wide Transcript Decay Rates in Proliferating and Quiescent Human Fibroblasts. J. Vis. Exp. (131), e56423, doi:10.3791/56423 (2018).

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