Summary

التحليل الكمي للربط مرناً قبل البديلة في أقسام الدماغ الماوس باستخدام الحمض النووي الريبي في الموقع التهجين المقايسة

Published: August 26, 2018
doi:

Summary

ويرد وصف بروتوكولا تهجين (ايش) في الموقع الذي يستخدمه النوكليوتيد العقاقير قصيرة للكشف عن أنماط الربط مرناً قبل البديلة في أقسام الدماغ الماوس.

Abstract

يحدث الربط بديلة (AS) في أكثر من 90% جينات البشرية. نمط التعبير إكسون المقسمة بدلاً من ذلك غالباً ما تنظم بطريقة خاصة بنوع خلية. كالتعبير عادة يتم تحليل أنماط RT-PCR وتسلسل الحمض النووي الريبي باستخدام عينات الحمض النووي الريبي معزولة عن أن خلايا. يمكن الاضطلاع في الموقع دراسة أنماط التعبير عن بنية بيولوجية خاصة بالجيش الملكي النيبالي في الموقع التهجين (العش) استخدام المسابير إكسون-محددة. بيد هذا الاستخدام بالتحديد من العش كان محدودا نظراً لأن exons بديلة تكون عادة قصيرة جداً لتصميم إكسون-خاصة بالمجسات. في هذا التقرير، يرد استخدام باسيسكوبي، تكنولوجيا المتقدمة مؤخرا التي توظف النوكليوتيد العقاقير قصيرة في الجيش الملكي النيبالي العش، لتحليل أنماط التعبير في أقسام الدماغ الماوس. إكسون 23 ألف من الورم العصبي الليفي النمط 1 (Nf1) كمثال لتوضيح أن المسابير مفرق القصير إكسون-إكسون يحمل إشارات قوية التهجين مع خصوصية عالية في تحليل الحمض النووي الريبي العش في أقسام الدماغ الماوس. الأهم من ذلك، يمكن استخدام إشارات الكشف مع إكسون إدراج تخطي محددة وتحقيقات لحساب موثوق % تقسم في قيم Nf1 إكسون 23a التعبير في مختلف المجالات التشريحية للدماغ الماوس. ويعرض البروتوكول التجريبي وطريقة الحساب كالتحليل. وتبين النتائج أن باسيسكوبي يوفر أداة قوية جديدة لتقييم كتعبير الأنماط في الموقع.

Introduction

الربط بديلة (AS) هو عملية شائعة التي تحدث أثناء النضج قبل مرناً. في هذه العملية، يمكن تضمين إكسون متفاوتاً في مرناً ناضجة. وهكذا، من خلال، أحد الجينات يمكن توليد مرناس العديد من التعليمات البرمجية لمنتجات مختلفة من البروتين. ومن المقدر أن 92 – 94% جينات البشرية الخضوع للربط البديل1،2. نتجت عن بديل طبيعي الربط أنماط الطفرات الوراثية قد ربطت بعدد كبير من الأمراض، بما في ذلك التصلب العضلي الجانبي وضمور ميوتونيك والسرطان3،4. وبالتالي من الأهمية بمكان التحقيق، وفهم أفضل لآليات تنظيمية الربط بديلة في محاولة لإيجاد علاجات جديدة للأمراض التي تصيب الإنسان.

كما غالباً ما تنظم بطريقة خاصة بنوع خلية. من المهم تحديد نمط التعبير كجين معين في نظام بيولوجي معين. ومع ذلك، هذا يصبح معقداً عند جهاز معقد يحتوي على العديد من أنواع مختلفة من الخلايا، مثل الدماغ أو القلب، وهو درس. وفي هذه الحالة، هو خياراً مثاليا لنظام تحليل الحمض النووي الريبي في الموقع التهجين (العش) استخدام أنسجة الفروع حيث يمكن اكتشاف نمط التعبير كجين معين في العديد من أنواع الخلايا في وقت واحد. وفي الواقع، استخدمت تحقيقات خاصة إكسون لتقييم مستويات التعبير إكسون البديلة5،،من67. غير أن هذا النهج ليس مناسبة لتحليل نمط للأسباب التالية. أولاً، التقليدية وأساليب العش عادة استخدام المسابير أطول من 300 شركة بريتيش بتروليوم، بينما متوسط حجم exons الداخلية الفقاريات (إكسون ليس الأول أو الأخير) هو 170 النيوكليوتيدات8،9. ثانيا، عندما يتم استخدام مجس إكسون على حدة دراسة نمط إكسون بديلة داخلية الربط، isoform مرناً فقط الكشف عنها بواسطة المسبار هو واحد يحتوي على إكسون، بينما isoform مرناً دون إكسون لا يمكن الكشف عنها. وهكذا، معقد لحساب نسبة تقسم في قيمة إكسون البديلة (PSI). وعلاوة على ذلك، يجمع العش الفلورسنت التقليدية غالباً ما العش مع إيمونوستينينج، مما يقلل من كفاءة الكشف ومتانة. على سبيل المثال، في دراسة أن التحقيق الإجهاد الناجم عن الربط isoform التبديل من أستيلكولينستراز (وجع) مرناً، أدمجت في التحقيق العش ديجوكسيجينين والكشف عن استخدام الأجسام المضادة ديجوكسيجينين. وبدلاً من ذلك، تم الكشف عن مسبار المسمى البيوتين المتقارن الفوسفاتيز قلوية/ستريبتافيدين وركيزة الفوسفاتيز القلوية10. يستخدم الأسلوب لا أي استراتيجية التضخيم لزيادة حساسية الكشف. نتيجة لذلك فإنه يمثل تحديا للكشف عن النصوص مرناً التي يتم التعبير عنها في مستويات منخفضة. وهكذا، يلزم وجود نظام مقايسة ايش أبسط وأكثر قوة لتحليل كتعبير الأنماط في الموقع.

باسيسكوبي مؤخرا قد وضعت استناداً إلى منصة رناسكوبي، راسخة، وتستخدم على نطاق واسع نظام مقايسة العش. كلا النظامين المقايسة تستخدم تقنية تضخيم محددة الهدف الذي يزيد من حساسية الكشف عن11،12. وما يميز أحدهما من الآخر هو طول التسلسل المستهدفة، وقصيرة بقدر النيوكليوتيدات 50 باسيسكوبي، والنيوكليوتيدات 300 – 1,000 رناسكوبي. وهكذا، من الممكن تصميم المجسات التي تستهدف تقاطعات إكسون-إكسون للكشف عن isoforms مرناً بديلة محددة. في الدراسة الحالية، وتم وضع إجراء لدراسة أنماط التعبير [نيوروفيبرومتوسس] الكتابة 1 (Nf1) إكسون 23 ألف، إكسون بديلة درس على نطاق واسع في نفس المختبر13،،من1415 , 16 , 17، في أقسام الدماغ الماوس. النتائج تثبت أن باسيسكوبي نظام مثالي لدراسة أنماط التعبير من Nf1 إكسون 23 ألف في الموقع. كما يمكن أن يكون هذا النظام مقايسة تكييفها لتحليل أنماط التعبير من exons بديلة كثيرة، أنه يمثل أداة جديدة قوية في دراسات as.

Protocol

جميع التجارب الموضحة هنا التي تنطوي على الفئران عليها “لجنة الاستخدام” و “رعاية الحيوان حالة Western Reserve جامعة المؤسسية”. عنوان البروتوكول بحلول عام 2016-0068 (PI: لو هوا) هو “دور الربط مرناً قبل بديلة في التنمية فقاريات”. ملاحظة: يتم تضمين معلومات جميع المعدات والمواد الكاشفة واللواز?…

Representative Results

ايش باسيسكوبي أجريت باستخدام ثلاث سلالات من الماوس: CD1 نوع البرية الفئران والفئران البرية نوع C57BL/6J Nf123aIN/23aIN الفئران المسخ في الخلفية C57BL/6J، إكسون التي أدرجت 23 ألف في جميع أنواع الخلايا نتيجة لتصميم موقع الوصلة 14،الطفرات15. <p class…

Discussion

هذا الاتصال تقارير استخدام “العش باسيسكوبي الجيش الملكي النيبالي” القيام بدراسة أنماط التعبير في أقسام الدماغ الماوس. ثبت تقاطع الشعور المضادة إكسون-إكسون أن يسبر أقصر مما يمكن استهداف النيوكليوتيدات 50 إدراج إكسون وتخطي isoforms قويا، وعلى وجه التحديد. وعلاوة على ذلك، يمكن استخدام الإشارات ?…

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

هذا العمل كان يدعمها “جمعية القلب الأمريكية” [معونات 0365274B إلى H.L.]، المعهد الوطني للسرطان [بوغ غي P50CA150964 إلى Z.W.]، “المعاهد الوطنية للصحة” [مكتب للبحوث البنية التحتية المشتركة الأجهزة منحة S10RR031845 إلى مجهرية الخفيفة التصوير مرفق في جامعة الاحتياطي الغربية حالة]، ومجلس المنح الدراسية الصيني [على X.G.].
يشكر المؤلفون ريتشارد لي في “صميم التصوير الضوء الفحص المجهري” لمساعدته مع الشريحة المسح الضوئي.

Materials

Equipment
Hybridization Oven Advanced Cell Diagnostics 241000ACD
Humidity Control Tray (with lid) Advanced Cell Diagnostics 310012
Stain Rack Advanced Cell Diagnostics 310017
Hot plate Fisher Scientific 1160049SH
Imperial III General Purpose Incubator Lab-Line 302
Slide Scanner Leica SCN400
Name Company Catalog Number Comments
Reagents
Pretreatment kit Advanced Cell Diagnostics 322381
Hydrogen Peroxide Advanced Cell Diagnostics 2000899
Protease III* Advanced Cell Diagnostics 2000901
10X Target Retrieval Advanced Cell Diagnostics 2002555
BaseScope Detection Reagent Kit Advanced Cell Diagnostics 332910
AMP 0 Advanced Cell Diagnostics 2001814
AMP 1 Advanced Cell Diagnostics 2001815
AMP 2 Advanced Cell Diagnostics 2001816
AMP 3 Advanced Cell Diagnostics 2001817
AMP 4 Advanced Cell Diagnostics 16229B
AMP 5-RED Advanced Cell Diagnostics 16229C
AMP 6-RED Advanced Cell Diagnostics 2001820
Fast RED-A Advanced Cell Diagnostics 2001821
Fast RED-B Advanced Cell Diagnostics 16230F
50X Wash Buffer Advanced Cell Diagnostics 310091
Negative Control Probe- Mouse DapB-1ZZ Advanced Cell Diagnostics 701021
Positive Control Probe- Mouse (Mm)-PPIB-1ZZ Advanced Cell Diagnostics 701081
Control slide-mouse 3T3 cell pellet Advanced Cell Diagnostics 310045
Name Company Catalog Number Comments
Other supplies
Humidifying Paper Advanced Cell Diagnostics 310015
Washing Rack American Master Tech Scientific 9837976
Washing Dishes American Master Tech Scientific LWS20WH
Hydrophobic Barrier Pen Vector Laboratory H-4000
Glass Slides Fisher Scientific 12-550-15
Cover Glass, 24 x 50 mm Fisher Scientific 12–545-F
Name Company Catalog Number Comments
Chemicals
Ammonium hydroxide Fisher Scientific 002689
100% ethanol (EtOH) Decon Labs 2805
formalde solution Fisher Scientific SF94-4
Hematoxylin I American Master Tech Scientific 17012359
Mounting Medium Vector Labs H-5000
Xylene Fisher Scientific 173942

References

  1. Wang, E. T., et al. Alternative isoform regulation in human tissue transcriptomes. Nature. 456, 470-476 (2008).
  2. Pan, Q., Shai, O., Lee, L. J., Frey, B. J., Blencowe, B. J. Deep surveying of alternative splicing complexity in the human transcriptome by high-throughput sequencing. Nature Genetics. 40, 1413-1415 (2008).
  3. Cieply, B., Carstens, R. P. Functional roles of alternative splicing factors in human disease. Wiley Interdisciplinary Reviews: RNA. 6, 311-326 (2015).
  4. Xiong, H. Y., et al. RNA splicing. The human splicing code reveals new insights into the genetic determinants of disease. Science. 347, 1254806 (2015).
  5. Shirai, Y., Watanabe, M., Sakagami, H., Suzuki, T. Novel splice variants in the 5’UTR of Gtf2i expressed in the rat brain: alternative 5’UTRs and differential expression in the neuronal dendrites. Journal of Neurochemistry. 134, 578-589 (2015).
  6. Cui, Y., Liu, J., Irudayaraj, J. Beyond quantification: in situ analysis of transcriptome and pre-mRNA alternative splicing at the nanoscale. Wiley Interdisciplinary Reviews: Nanomedicine and Nanobiotechnology. 9, (2017).
  7. Trifonov, S., Yamashita, Y., Kase, M., Maruyama, M., Sugimoto, T. Glutamic acid decarboxylase 1 alternative splicing isoforms: characterization, expression and quantification in the mouse brain. BMC Neuroscience. 15, 114 (2014).
  8. Hollander, D., Naftelberg, S., Lev-Maor, G., Kornblihtt, A. R., Ast, G. How Are Short Exons Flanked by Long Introns Defined and Committed to Splicing?. Trends in Genetics. 32, 596-606 (2016).
  9. Cassidy, A., Jones, J. Developments in in situ hybridisation. Methods. 70, 39-45 (2014).
  10. Meshorer, E., et al. Alternative splicing and neuritic mRNA translocation under long-term neuronal hypersensitivity. Science. 295, 508-512 (2002).
  11. Wang, F., et al. RNAscope: a novel in situ RNA analysis platform for formalin-fixed, paraffin-embedded tissues. Journal of Molecular Diagnostics. 14, 22-29 (2012).
  12. Wang, H., et al. RNAscope for in situ detection of transcriptionally active human papillomavirus in head and neck squamous cell carcinoma. Journal of Visualized Experiments. , (2014).
  13. Zhu, H., Hinman, M. N., Hasman, R. A., Mehta, P., Lou, H. Regulation of neuron-specific alternative splicing of neurofibromatosis type 1 pre-mRNA. Molecular and Cellular Biology. 28, 1240-1251 (2008).
  14. Hinman, M. N., Sharma, A., Luo, G., Lou, H. Neurofibromatosis type 1 alternative splicing is a key regulator of Ras signaling in neurons. Molecular and Cellular Biology. 34, 2188-2197 (2014).
  15. Nguyen, H. T., et al. Neurofibromatosis type 1 alternative splicing is a key regulator of Ras/ERK signaling and learning behaviors in mice. Human Molecular Genetics. 26, 3797-3807 (2017).
  16. Zhou, H. L., et al. Hu proteins regulate alternative splicing by inducing localized histone hyperacetylation in an RNA-dependent manner. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 108, E627-E635 (2011).
  17. Sharma, A., et al. Calcium-mediated histone modifications regulate alternative splicing in cardiomyocytes. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 111, E4920-E4928 (2014).
  18. Adzemovic, M. Z., et al. Immunohistochemical Analysis in the Rat Central Nervous System and Peripheral Lymph Node Tissue Sections. Journal of Visualized Experiments. , (2016).
  19. Shokry, I. M., Callanan, J. J., Sousa, J., Tao, R. Rapid In Situ Hybridization using Oligonucleotide Probes on Paraformaldehyde-prefixed Brain of Rats with Serotonin Syndrome. Journal of Visualized Experiments. , (2015).
  20. Erben, L., He, M. X., Laeremans, A., Park, E., Buonanno, A. A Novel Ultrasensitive In Situ Hybridization Approach to Detect Short Sequences and Splice Variants with Cellular Resolution. Molecular Neurobiology. , (2017).

Play Video

Cite This Article
Guo, X., Zhao, Y., Nguyen, H., Liu, T., Wang, Z., Lou, H. Quantitative Analysis of Alternative Pre-mRNA Splicing in Mouse Brain Sections Using RNA In Situ Hybridization Assay. J. Vis. Exp. (138), e57889, doi:10.3791/57889 (2018).

View Video