La médula ósea (BM) es el tejido blando que se encuentra dentro de los huesos donde se produce principalmente la hematopoyesis, el proceso por el cual se generan nuevas células sanguíneas. Como tal, contiene células madre y progenitoras hematopoyéticas (HSPC), así como células estromales de soporte que contribuyen al mantenimiento y regulación de las HSPC. Los trastornos hematológicos y otros trastornos del BM interrumpen la hematopoyesis al afectar a las células hematopoyéticas directamente y/o a través de la alteración del nicho del BM. Aquí, describimos un método para estudiar la hematopoyesis en salud y malignidad a través del análisis fenotípico de HSPC de BM murino y poblaciones de nicho estromal por citometría de flujo. Nuestro método detalla los pasos necesarios para enriquecer las células BM en fracciones endosteal y central BM, así como las estrategias de compuerta apropiadas para identificar los dos tipos clave de células de nicho involucradas en la regulación de HSPC, células endoteliales y células madre mesenquimales. El análisis fenotípico propuesto aquí puede combinarse con mutantes de ratón, modelos de enfermedades y ensayos funcionales para caracterizar el compartimiento HSPC y su nicho.