Summary
وقد تجلى هناك طريقة بسيطة ومحددة لوضع العلامات الفلورسنت وتعزيز اكتشاف بروتينات سطح الخلية دون خطوة التجزئة. وتم تحليل وفرة الفرق في البروتينات سطح الخلية باستخدام الكهربائي ثنائي الأبعاد (2 - D) وEttan التكنولوجيا DIGE ™.
Abstract
البروتينات السطحية هي المركزية لقدرة الخلايا على الاستجابة لبيئتها وتتفاعل مع الخلايا المجاورة. ومن المعروف أن تكون محرضات من الإشارات كلها تقريبا داخل الخلايا. وعلاوة على ذلك ، وأنها تلعب دورا هاما في التكيف مع البيئة والعلاج من تعاطي المخدرات ، وغالبا ما تشارك في التسبب بالمرض والباثولوجيا (1). البروتين البروتين التفاعلات الجوهرية لمسارات الإشارات ، وكسب مزيد من التبصر في هذه العمليات البيولوجية المعقدة ، وهناك حاجة إلى طرق حساسة وموثوق بها لدراسة بروتينات سطح الخلية. يستخدم ثنائي الأبعاد (2 - D) الكهربائي على نطاق واسع للكشف عن المؤشرات الحيوية وغيرها من الاهداف في عينات البروتين معقدة لدراسة التغيرات التفاضلية. بروتينات سطح الخلية ، ويرجع ذلك جزئيا إلى تدني وفرة (1 2 ٪ من البروتينات الخلوية) ، التي يصعب كشفها في هلام 2 - D دون تجزئة أو بعض الأنواع الأخرى من تخصيب اليورانيوم. كما انهم غالبا ما تظهر على استحياء في 2 مد المواد الهلامية نظرا لطبيعتها مسعور والوزن الجزيئي عالية (2). في هذه الدراسة ، فإننا نقدم لبروتوكول جديد للخلايا سليمة باستخدام الأصباغ CyDye DIGE فلور الحد الأدنى لوضع العلامات المحددة والكشف عن هذه المجموعة المهمة من البروتينات. أظهرت النتائج العلامات المحددة لعدد كبير من بروتينات سطح الخلية مع الحد الأدنى من العلامات البروتينات داخل الخلايا. هذا البروتوكول هو سريعة ، سهلة الاستعمال ، ويمكن استخدام كل ثلاثة CyDye DIGE الأصباغ فلور الأدنى (قبرصي 2 ، 3 و [سي] [سي] 5) لتسمية سطح الخلية البروتينات. هذه الميزات تسمح لمضاعفة استخدام 2 - D جل الفرق الإسفار الكهربائي (2 - D DIGE) مع التكنولوجيا DIGE Ettan وتحليل التغييرات باستخدام بروتين تعبير DeCyder 2 - D برمجيات التحليل التفاضلي. وأعقب مستوى سطح الخلية بروتينات المصل خلال تجويع الخلايا CHO لفترات مختلفة من الوقت (أنظر الجدول 1). تم الكشف عن تغيرات صغيرة في وفرة مع دقة عالية ، ويتم اعتماد النتائج وفقا لأساليب إحصائية محددة.
Protocol
خلية ثقافة
- زراعة خلايا المبيض الهامستر الصيني (CHO - K1) باستخدام معيار إجراءات ثقافة خلية في المتوسط هام F - 12 I مع GlutaMAX تحتوي على 10 ٪ الجنين مصل العجل ، 50 U / مل البنسلين ، و 50 ميكروغرام / مل سلفات الستربتوميسين (Invitrogen).
- تبادل مستنبت لمصل خالية من وسائل الإعلام. وكانت التسمية بروتينات سطح الخلية عند نقاط زمنية مختلفة مع CyDye DIGE فلور Cy3 Cy5 أو الحد الأدنى من الأصباغ (انظر القسم سطح الخلية وصفها أدناه).
- تجمع أعداد متساوية من الخلايا من كل نقطة زمنية والتسمية مع فلور CyDye Cy2 DIGE. استخدام هذه كمعيار الداخلية لكل هلام 2 - D.
- لا يمكن أن يؤديها غالبية التجارب مع CHO - K1 الخلايا ، ولكن الخلايا الليفية جنين الفأر (L1 3T3) وسرطان الغدد الليمفاوية lymphoblasts الماوس استسقاء (EL4) يمكن أن تستخدم أيضا (لا تظهر البيانات).
- زراعة نوعين الخلية الأخيرة في المتوسط مع DMEM GlutaMAX الثاني ، ولكن على خلاف ذلك ، استخدم ظروف مماثلة للخلايا المستخدمة CHO - K1.
سطح الخلية الوسم
- فصل الخلايا الملتصقة بعناية غير إنزيمي ، والفرز وتقسيمها الى aliquots الخلايا x106 5-10. للخلايا النمو في التعليق ، بحذف فصل الخطوة.
- الطرد المركزي للتعليق في الخلية حوالي 800 x ج لمدة 5 دقائق. إزالة supernatants تحتوي على المتوسط.
- غسل الكريات بواسطة resuspendion في الحل 1 مل من الجليد الباردة هانك سولت المتوازن (HBSS) الرقم الهيدروجيني 8.5. طرد 800 XG عند 4 درجة مئوية لمدة 2 دقيقة.
- إزالة وطاف resuspend الكرية الخلية في 200 العازلة الجليد الباردة العلامات ميكرولتر (HBSS الحموضة 8.5 ، 1 م اليوريا).
- تسمية الخلايا سليمة مع 600 بمول الأصباغ CyDye فلور DIGE الحد الأدنى لمدة 20 دقيقة على الجليد في الظلام.
- إخماد ردة الفعل من خلال إضافة 20 ميكرولتر 10 ملي يسين. احتضان لمدة 10 دقيقة.
- يغسل سطح الخلايا المسمى إعادة تعليق مرتين من قبل في 500 درجة الحموضة HBSS ميكرولتر 7.4 ، تليها الطرد المركزي في 800 XG عند 4 درجة مئوية لمدة 2 دقيقة.
تحلل الخلايا والتجزيء
- ليز سطح الخلايا التي تحمل علامات في 150 ميكرولتر العازلة تحلل الباردة (7 M اليوريا ، 2 M ثيويوريا ، الفصلان 4 ٪ ، 30 ملم تريس ، 5 المغنيسيوم خلات الرقم الهيدروجيني 8.5 ملي مول). يترك على الجليد لمدة لا تقل عن 1 ساعة مع vortexing في بعض الأحيان.
- أجهزة الطرد المركزي في lysates في XG 000 10 في 4 لمدة 5 دقائق درجة مئوية. طاف لنقل أنبوب جديد. هذا النموذج هو نموذج غير مجزأة تحتوي على جميع البروتينات الخلوية.
- في موازاة ذلك ، يغسل الكريات الخلية ، على النحو الوارد أعلاه ، ثم يجزئ (باستخدام عدة تجزيء الغشاء ، بيرس) في الغشاء والكسور عصاري خلوي قبل هلام إستشراد 2 - D. كسر غشاء الخلية الداخلية ويحتوي على بروتينات غشاء السطح.
- للمقارنة ، اتبع الإجراء القياسي DIGE Ettan 3 ، وليز ، والتسمية ، وأخيرا ، يجزئ الخلايا. تحديد تركيز البروتين في عينات باستخدام 2 -- مد كوانت كيت (جنرال الكتريك للرعاية الصحية).
2 - D الكهربائي
- ترطيب المواد الهلامية DryStrip Immobiline ، ودرجة الحموضة 3 11NL (24 سم) باستخدام علبة Immobiline DryStrip Reswelling ، 24 سم في 450 ميكرولتر DeStreak محلول معالجة الجفاف (0.5 ٪ IPG العازلة) بين عشية وضحاها.
- تطبيق CyDye المسمى عينات (الموافق 50 ميكروغرام البروتين الكلي) لImmobiline المواد الهلامية DryStrip عن طريق تحميل الكأس انوديك في مشعب وتنفيذ التركيز كهرساوي (IEF) باستخدام نظام Ettan IPGphor IEF الثاني وفقا للتعليمات.
- بعد IEF ، يوازن الشرائط في خطوتين ومكان على رأس كبير (26 × 20 سم) 12.5 ٪ بولي أكريلاميد المواد الهلامية (SDS - PAGE). تراكب مع agarose 0.5 ٪ (في إدارة العازلة التي تحتوي على bromophenol الزرقاء). تشغيل 2 مد الكهربائي باستخدام Ettan DALTtwelve نظام عمودي كبيرة في 5 واط / هلام لمدة 30 دقيقة ، ثم في 15 واط / هلام حتى تصل الجبهة صبغ الجزء السفلي من هلام.
تصوير وتحليل البيانات
- بعد إكمال 2 - D الكهربي ، لتفحص المواد الهلامية Cy3 ، أو Cy2 Cy5 باستخدام اعصار 9410 تصوير الوضع المتغير.
- مقارنة خرائط بقعة من الكسور الغشاء ، الكسور عصاري خلوي ، والعينات غير مجزأة باستخدام DeCyder 2 - D برمجيات التحليل التفاضلي 4.
بعد التلوين
- بعد التصوير ، والفضة وصمة عار في المواد الهلامية وفقا للإجراءات القياسية 5.
تحديد بروتين
- تنمو ، والحصاد ، وغسل وليز المبالغ التحضيرية (ما يقرب من 1 ملغ من البروتين الكلي 10 خلايا CHO x106) من الخلايا ، كما هو موضح أعلاه للحصول على عينة غير مجزأة. استخدام سطح الخلية Cy5 عينة المسمى (انظر أعلاه) ، وارتفاعا ، وتطبيق جنبا إلى جنب مع كميات لا تحمل علامات التحضيرية للبروتين.
- تنفيذ الكهربائي 2 - D كما هو موضح أعلاه ، ولكن هذه المرة ، aplly 600 ميكروغرام غير المسماة الخلية lysate جنبا إلى جنب مع 50 ميكروغرام سطح الخلية المسمى ارتفاع الطلب من قبل كوب انوديك. استخدام علامات مرجعية للسماح للاختيار الصحيح المكان ، والمكان يمكن أن يكونتوين لوحات من الزجاج قبل صب جل وفقا لتوصيات 3.
- مسح الجل في Cy5 القناة للحصول على سطح الخلية Cy5 خريطة الموقع ، تليها تلطيخ البروتين الكلي العميق باستخدام البروتين الكلي الأرجواني صمة 3.
- المباراة معا خرائط المرتبة الثانية باستخدام DeCyder 2 - D البرمجيات وإنشاء قائمة اختيار لجميع البقع المقابلة ل5 قبرصي بروتينات سطح الخلية المسمى. اختيار بروتينات سطح الخلية باستخدام محطة معالجة البقعة Ettan ، مستخرج من المقابس هلام ، وtrypsinate باستخدام هاضم Ettan. تحديد باستخدام - TOF MALDI مطياف الكتلة.
الجدول 1. أجري تجربة DIGE Ettan باستخدام عينات من مصل الخلايا المسمى المنضب وفقا لبروتوكول بروتين سطح الخلية الوسم في الشكل 1.
| عينة | زمن نضوب المصل | صفتها مع CyDye | عدد هلام |
| 1 | -- | قبرصي 3 ، 2 قبرصي | 1 |
| 2 | 30 دقيقة | قبرصي 5 ، 2 قبرصي | 1 |
| 3 | 2 ساعة | قبرصي 3 ، 2 قبرصي | 2 |
| 4 | 4 ساعات | قبرصي 5 ، 2 قبرصي | 2 |
| 5 | 16 ساعة | قبرصي 5 ، 2 قبرصي | 3 |
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Discussion
تركيز البروتين
ويظهر لمحة عامة عن سير العمل وضع العلامات اثنين في الشكل 1. منذ خلايا لا تزال على حالها عند المسمى وفقا للبروتوكول بروتين سطح الخلية الوسم ، يتعرض فقط سطح الخلية البروتينات إلى صبغ. في بروتوكول قياسي DIGE Ettan ، يتم lysed الخلايا قبل أن يتم وضع العلامات والبروتينات المسماة داخل وخارج الخلية (الشكل 1). ولا يعرف كمية النسبية للصبغ للبروتين في البروتوكول بروتين سطح الخلية العلامات ، إذ لا يمكن بروتينات سطح الخلية تكون quantitated على وجه التحديد. ومع ذلك ، فمن المعروف أن بروتينات سطح الخلية تشكل نسبة ضئيلة جدا من البروتينات الخلوية 2. وقد استخدمت حوالي 50-10 X10 6 الخلايا إلى 600 بمول صبغة. قد يكون من الممكن استخدام عدد أقل من خلايا منذ كانت تستخدم فقط 12،5-25 ٪ من العينة في هذه الدراسة nonfractionated الكهربائي عن 2 - D.
الشكل 1. نظرة عامة لوضع العلامات البروتوكولات سير العمل
وتحددت تركيزات البروتين في كسور مختلفة باستخدام أدوات كوانت 2 - D. كان المبلغ البروتين الكلي المستمدة من 10 خلايا CHO X10 - K1 6 920 ميكروغرام في العينة غير مجزأة ، 225 ميكروغرام في الغشاء ميكروغرام / مسعور و 770 جزء في جزء عصاري خلوي / ماء. وهذه المبالغ على الأرجح تختلف تبعا لنوع من الخلايا وحجم الخلايا. قد نسبة من البروتينات التي وصفت في بروتوكول سطح الخلية أن يكون أعلى من العلامات القياسية DIGE Ettan الحد الأدنى ، الذي هو 2-3 ٪ من البروتين الكلي. يبدو أن تعلق جزيء فقط صبغة واحدة في جزيء البروتين ، حيث شكل بقعة غير streaking المستديرة والعمودي من البروتينات الجزيئية منخفضة على المواد الهلامية غائب (الشكل رقم 2 و 3). وأكثر من ذلك أن اثنين من جزيئات البروتين يتسبب في صبغ streaking الرأسي بسبب زيادة الوزن الجزيئي من البروتين المسمى. ومعظمهم من هذه الظاهرة أن ينظر مع البروتينات منخفضة الوزن الجزيئي ، لأن التغيير في الوزن الجزيئي لهذه البروتينات من شأنه أن يؤدي في أكبر تحول في هلام مقارنة مع البروتينات عالية الوزن الجزيئي.
بروتين سطح الخلية العلامات المحددة
اثنان عينات مماثلة من الخلايا السطحية المسمى مع فلور CyDye Cy3 DIGE. وكان lysed واحد وتستخدم مباشرة في 2 - D الكهربائي. وكان lysed العينة الأخرى ومجزأة في الغشاء والكسور عصاري خلوي. يبدو أن تسمية كامل الفلورسنت في كسر الغشاء ؛ الكسر عصاري خلوي كان خاليا من أي البروتينات المسماة (الشكل 2). كان جل نفسه مع عينة بروتين عصاري خلوي ملطخة الفضة وأظهرت النتيجة أن هناك البروتينات في هلام ، ولكن لم يتم تسميتهم باستخدام العلامات البروتين على سطح الخلية البروتوكول. هذه النتائج تشير إلى أن هذا البروتوكول الجديد هو وضع العلامات المحددة لبروتينات سطح الخلية. الصبغة CyDye فلور DIGE لا يظهر أدنى لدخول الخلية أو تمر عبر غشاء الخلية. وتحفظ الخلايا على الجليد قبل وضع العلامات ، وهذا قد يقلل من أي النقل عبر الغشاء. وقت التعرض CyDye فلور DIGE صبغ الحد الأدنى هو أيضا قصيرة نسبيا (20 دقيقة) ، وهو ما يكفي لوصفها البروتين ولكن ليس لدخول الخلية. تفسير آخر ممكن لعدم وجود العلامات داخل الخلية ، حتى لو الصبغة يمر عبر الغشاء ، ودرجة الحموضة داخل الخلية منخفض جدا (<7.4 درجة الحموضة) للتفاعل فعالة لوضع العلامات يحدث (الرقم الهيدروجيني الأمثل 8،5). هو رد فعل تطفئ العلامات تليها غسل الخلايا ، مما يمنع أي مزيد من العلامات البروتين بعد lysed الخلايا. وقد تم تطبيق هذه الطريقة بنجاح على خطوط الخلايا البشرية في المختبر وكذلك إلى نظام البيولوجية المعقدة في الجسم الحي 7.
الشكل 2. خصوصية وضع العلامات بروتين سطح الخلية.
وقد وصفت cellsurface بروتينات الخلايا CHO - K1 مع Cy3 ومجزأة. تم فصل أجزاء مختلفة من قبل D - 2 الكهربي ومسحها ضوئيا لمضان Cy3 (A). كانت نفس المواد الهلامية الفضة ثم الملون (B).
تجزيء
هناك اختلافات طفيفة فقط في نمط بقعة للعينة غشاء مجزأة مقارنة مع العينة nonfractionated (الشكل 2). وتمت مقارنة خرائط المرتبة الثانية باستخدام DeCyder 2 - D برمجيات التحليل التفاضلي وجميع البقع المكتشفة في كسر الغشاء كانت حاضرة أيضا في العينة غير مجزأة. تجزيء ، وبالتالي ، ليس من الضروري تحسين الكشف عن بروتينات سطح الخلية ولكن يمكن استخدامها للتحقق من عدم وجود وسم البروتينات داخل الخلايا.
المقارنة بين بروتوكولات
لتكون قادرة على تقييم مزايا مع الموالي سطح الخلية الجديدةتم تنفيذ بروتوكول وضع العلامات البروتين ، مقارنة مع بروتوكول قياسي DIGE Ettan. وصفت عينتين من خلايا متطابقة - K1 CHO تزرع في نفس القارورة بالتوازي مع بروتوكولات مختلفة اثنين ، على التوالي (الشكل 1). تم تشغيل خلية سطح Cy5 عينة المسمى على هلام نفس lysate Cy3 الخلية المسمى. البقع الخضراء (Cy3) على هلام (الشكل 3A) تمثل البروتينات المسماة باستخدام DIGE Ettan القياسية الإجراء الذي اتبعته تجزيء الغشاء. هذه البقع هي المفترض بروتينات غشاء الخلية بما في ذلك البروتينات السطحية وكذلك البروتينات من الأغشية داخل الخلية (ER ، غولجي ، الحبيبات الخيطية ، والنواة). وقد تم اختيار العلامات القياسية DIGE Ettan الإجراء الذي اتبعته غشاء خطوة تجزيء للمقارنة ، لأنه ينبغي إيلاء أعلى للكشف عن احتمال انخفاض سطح الخلية وفيرة من البروتينات. البقع الحمراء (قبرصي 5) على هلام (الشكل 3A) هي بروتينات سطح الخلية المسمى محددة باستخدام بروتين سطح الخلية الجديدة بروتوكول وضع العلامات التي لا تظهر مع إجراء العلامات القياسية (البقع الخضراء). وعلاوة على ذلك ، فإن البقع الصفراء تمثل البروتينات المتداخلة التي تحدث في كل من العينات باستخدام إما الداخلي (الشكل 3A). سوف يكون من المفيد تطبيق آخر على الجمع بين كل من بروتوكولات وضع العلامات لتمييز البروتينات على سطح الخلية من تلك الموجودة على أغشية الخلايا. وعلاوة على ذلك ، يمكن أن يتبع من المعلومات حول التغيرات النسبية في مستويات بروتين سطح الخلية / غشاء بعد المحفزات المختلفة باستخدام تقنيات وضع العلامات على حد سواء في وقت واحد.
الشكل 3.
(A) لوحات هلام 2 - D لCHO - K1 المسمى Cy5 سطح الخلية عينة المسمى (البقع الحمراء ، انظر البروتوكول 1 ، الشكل 1) وغشاء مجزأة Cy3 العينة (البقع الخضراء ، انظر بروتوكول 2 ، الشكل 1) وفقا ل معيار Ettan DIGE بروتوكول تشغيل في هلام 2 - D نفسه. (ب) 2 - D DeCyder الآراء برامج التحليل التفاضلي من هلام 2 - D يظهر بروتين سطح الخلية المسمى غير مرئية باستخدام معيار Ettan DIGE البروتوكول.
تحديد بروتينات سطح الخلية
منذ نمط بقعة مختلفة جدا بين سطح الخلية المسمى نموذج وعينة البروتين الكلي المسمى ، كان من الضروري أن تدرج على سطح الخلية المسمى ارتفاع لتمكين مطابقة وتحديد البقع سطح الخلية في خريطة بقعة التحضيرية. تم القبض على جميع بروتينات سطح الخلية. يمكن البروتينات سطح الخلية يكون من الصعب تحديد ذلك بسبب وفرة المتدني. قد يكون مقدار البروتين الفعلي في بعض المناطق تكون كافية لتحديد الهوية ، حيث يتم تخصيب بصريا بروتينات سطح الخلية وليس جسديا المخصب باستخدام هذا البروتوكول. لتسهيل تحديد الناجح وفيرة من البروتينات منخفضة سطح الخلية ، ويمكن إثراء كميات من البروتين الكلي التحضيرية للبروتينات غشاء قبل التطبيق في 2 D - الكهربائي. في هذه الخلايا شو ، بروتينات غشاء الخلايا والبروتينات سطح الخلية وتشكل حوالي 20 ٪ من إجمالي البروتين في الخلايا. لهذا النوع من الخلايا ، يمكن أن يحتمل أن تكون كمية البروتين في البقع تكون عاملا بنسبة 5 من تخصيب للبروتينات الغشاء. أيضا ، فإن استخدام الرقم الهيدروجيني الضيقة فترات متدرجة من شرائط IPG تسمح تطبيق كميات أكبر من البروتين. في هذه الدراسة كنا سوى 600 ميكروغرام البروتين الكلي ، مع عدم وجود تخصيب للبروتينات الغشاء ، وقطاع واسع النطاق IPG. كنا لا يزال قادرا على تحديد عدد كبير من بروتينات سطح الخلية ، التي كانت تعرف سابقا 82 ٪ والبروتينات المرتبطة الغشاء.
مضاعفة
لاختبار بروتين سطح الخلية بروتوكول وضع العلامات في تجربة DIGE Ettan باستخدام كل الأصباغ ثلاثة 6 ، سلسلة من عينات من خلايا الدم CHO المنضب تم جمعها وصفت بروتينات سطح الخلية عند نقاط زمنية مختلفة (الجدول 1). تم فصل العينات بواسطة 2 - D الكهربائي. إعداد معيار الداخلية لDIGE تجربة سطح الخلية واضح ومباشر. في هذه الحالة ، تم تجميع قبرصي سطح الخلية المسمى 2 عينات (من جميع نقاط الوقت) وتستخدم كمعيار الداخلية المطبقة على كل هلام 2 - D. كل ثلاثة CyDye DIGE الأصباغ فلور المسمى الحد الأدنى من سطح الخلية البروتينات بالمثل (لا تظهر البيانات). تم الكشف عن التغييرات في التعبير أثناء التجويع المصل للعديد من بروتينات سطح الخلية باستخدام DeCyder 2 - D البرمجيات (الشكل رقم 4).
الشكل 4.
التغيير في التعبير عن بروتينات سطح الخلية اثنين خلال تجويع الخلايا CHO - K1. وقد تم تحليل الخرائط باستخدام بقعة DeCyder 2 - D برمجيات التحليل التفاضلي.
الاستنتاجات
البروتوكول الجديد DIGE Ettan لسطح الخلية البروتين هو وضع العلامات السريع ، بسيطة لشحد ذاتها ، ومحددة للغاية لوصفها بروتينات سطح الخلية. العديد من البروتينات السطحية هي رواية الخلية كشفها فقط عند استخدام الوسم بروتين سطح الخلية البروتوكول. تم الكشف عن أكثر من 80 خلية جديدة للبروتينات سطح الخلايا باستخدام CHO DeCyder 2 - D برمجيات التحليل التفاضلي. أكثر من 80 ٪ من البقع سطح الخلية وتحديد المسمى غشاء بروتينات المرتبطة بها.
ويتحقق به مضاعفة الثلاثة CyDye DIGE الأصباغ فلور الحد الأدنى ، وبالاشتراك مع برنامج DeCyder D - 2 ، وهذا البروتوكول الجديد هو أداة قوية لدراسة بروتينات سطح الخلية بكل المزايا التي تم الحصول عليها مع التكنولوجيا DIGE 2 - D.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Acknowledgments
نشكر الأستاذ Dontscho Kerjaschki ، مايرهوفر كورينا وكريجر سيجورد في معهد علم الأمراض السريرية في جامعة فيينا ، النمسا لتعاونهما.
Materials
| Name | Type | Company | Catalog Number | Comments |
| CyDye DIGE Kit, 2 nmol | Reagent | GE Healthcare | 28-9345-30 | |
| 2-D Quant Kit | Reagent | GE Healthcare | 80-6484-51 | |
| IPG Buffer pH 3-11NL | Reagent | GE Healthcare | 17-6004-40 | |
| Immobiline DryStrip pH 3-11NL, 24 cm | Reagent | GE Healthcare | 17-6003-77 | |
| IPGbox | Tool | GE Healthcare | 28-9334-65 | |
| IPGbox kit | Tool | GE Healthcare | 28-9334-92 | |
| DeStreak Rehydration solution | Reagent | GE Healthcare | 17-6003-19 | |
| Immobiline DryStrip Cover Fluid | Reagent | GE Healthcare | 17-1335-01 | |
| Ettan IPGphor 3 IEF Unit | Instrument | GE Healthcare | 11-0033-64 | |
| Ettan IPGphor Manifold | Instrument component | GE Healthcare | 80-6498-38 | |
| Ettan DALTtwelve Gel Caster | Tool | GE Healthcare | 80-6467-22 | |
| Ettan DALTtwelve Separation Unit and Power Supply/Control Unit | Instrument | GE Healthcare | 80-6466-46 | 230 V unit: 80-6466-27 |
| Typhoon 9410 Variable Mode Imager | Instrument | GE Healthcare | 63-0055-81 | |
| Ettan Spot Picker | Instrument | GE Healthcare | 18-1145-28 | |
| Ettan Digester | Instrument | GE Healthcare | 18-1142-68 | |
| Ettan Spotter | Instrument | GE Healthcare | 18-1142-67 | |
| Ettan MALDI-TOF | Instrument | GE Healthcare | 18-1142-33 | |
| DeCyder 2-D Differential Analysis Software | Other | GE Healthcare | 28-4012-01 | |
| ImageQuant Analysis Software | Other | GE Healthcare | 28-9236-62 | |
| Urea | Reagent | GE Healthcare | 17-1319-01 | |
| CHAPS | Reagent | GE Healthcare | 17-1314-01 | |
| PlusOne Dithiothreitol (DTT) | Reagent | GE Healthcare | 17-1318-01 | |
| Bromophenol Blue | Reagent | GE Healthcare | 17-1329-01 | |
| Tris | Reagent | GE Healthcare | 17-1321-01 | |
| Sodium Dodecylsulfate (SDS) | Reagent | GE Healthcare | 17-1313-01 | |
| PlusOne Glycerol 87% | Reagent | GE Healthcare | 17-1325-01 | |
| PlusOne ReadySol IEF 40% T, 3% C | Reagent | GE Healthcare | 17-1310-01 | |
| PlusOne TEMED | Reagent | GE Healthcare | 17-1312-01 | |
| PlusOne Ammonium Persulfate | Reagent | GE Healthcare | 17-1311-01 | |
| PlusOne Glycine | Reagent | GE Healthcare | 17-1323-01 | |
| 2-D Sample Prep for membrane proteins | Reagent | Pierce, Thermo Scientific | 89864 | |
| Streptomycin sulphate | Reagent | Invitrogen | 15140-122 |
References
- Jang, J. H., Hanash, S. M. Profiling of the cell surface proteome. Proteomics. 3, 1947-1954 (2003).
- Shin, B. K. Global profiling of the cell surface proteome of cancer cells uncovers an abundance of proteins with chaperone function. J Biol Chem. 9, 7607-7616 (2003).
- Ettan DIGE System User Manual. GE Healthcare user manual 18-1164-40. , (2006).
- DeCyder 2-D Differential Analysis Software v 6.0. GE Healthcare data file 11-0011-98 Edition AA. , (2004).
- 2-D Electrophoresis using immobilized pH gradients, principles and methods. GE Healthcare handbook 80-6429-60 Edition AB. , (2002).
- CyDye DIGE fluors and labeling kits. GE Healthcare data file 18-1164-84 Edition AB. , (2003).
- Mayrhofer, C., Krieger, S., Allmaier, G., Kerjaschki, D. DIGE compatible labeling of surface proteins on vital cells in vitro and in vivo. Proteomics. 2, 579-5785 (2006).
- Selective labeling of cell-surface proteins using CyDye DIGE Fluor minimal dyes. GE Healthcare Application Note 11-0033-92 Edition AB. , (2005).
