Vi præsenterer her, en detaljeret protokol for at identificere homologe rekombination begivenheder, der fandt sted i mus embryonale stamceller ved hjælp af det sydlige blotting og/eller PCR. Denne metode er eksemplificeret ved generation af nonmuscle myosin II genetiske udskiftning musemodeller ved hjælp af traditionelle embryonale stamcelle-baseret homologe rekombination-medieret målretning teknologi.