Här, vi beskriver en metod för att rena intakt kloroplaster från Arabidopsis blad och deras tre sub huvudfack (kuvert, stroma, och thylakoids), med en kombination av differential centrifugations, kontinuerlig Percoll lutningar, och diskontinuerliga sackaros övertoningar. Metoden är värdefull för subplastidial och subcellulär lokalisering av proteiner av immunoblotting och proteomik.