अनुक्रम विशिष्टता जीन विनियमन के लिए महत्वपूर्ण है. नियामक प्रोटीन है कि विशिष्ट दृश्यों को पहचान जीन विनियमन के लिए महत्वपूर्ण हैं. ऐसे प्रोटीन के लिए कार्यात्मक बाध्यकारी साइटों को परिभाषित करना एक चुनौतीपूर्ण जैविक समस्या है। आरएनए-बाइंडिंग प्रोटीन के लिए बाइंडिंग साइट की पहचान के लिए एक पुनरावर्ती दृष्टिकोण का वर्णन यहाँ किया गया है और यह सभी आरएनए-बाध्यकारी प्रोटीनों पर लागू होता है।