Протокол описывает специфическую маркировку митохондриальных нуклеоидов с коммерчески доступным пятном геля ДНК, приобретение временной промежутки серии живых помеченных клеток с помощью сверх-разрешения структурированной иллюминаторной микроскопии (SR-SIM) и автоматическое отслеживание движения нуклеоидов.