Вся 3D структура и клеточное содержание органоидов, а также их фенотипическое сходство с оригинальной тканью могут быть захвачены с помощью протокола 3D-изображения с разрешением одной клетки, описанного здесь. Этот протокол может быть применен к широкому кругу органоидов, меняющихся по происхождению, размеру и форме.