Begrensning endonucleases med ny sekvens spesifisitet kan utvikles fra enzymer gjenkjenne en delvis degenerert sekvens. Her gir vi en detaljert protokoll som vi med hell brukte til å endre sekvensspesifisiteten til NlaIV-enzymet. Viktige ingredienser i protokollen er in vitro compartmentalization av transkripsjon / oversettelse reaksjon og valg av varianter med nye sekvens spesifisiteter.